I nd o ne s ia J o urna l o f   E lect rica l En g ineering   a nd   Co m p u t er   Science   Vo l.   22 ,   No .   3 J u n 2 0 2 1 ,   p p .   1529 ~ 1 5 3 9   I SS N:  2 5 02 - 4 7 5 2 ,   DOI : 1 0 . 1 1 5 9 1 /i j ee cs.v 2 2 .i 3 . p p 1 5 2 9 - 1 5 3 9          1529       J o ur na l ho m ep a g e h ttp : //ij ee cs.ia esco r e. co m   Para llel  i m ple m e ntatio n of  m a x i mu m - shif a lg o rith m   using   O penM p       At heer   A k ra m   Abd ulRa zz a q 1 ,   Q u s a y   Sh iha b H a m a d 2 ,   Ah m ed  M a j id T a ha 3   1 - 3 Bu sin e ss e s In f o rm a ti c s Co ll e g e ,   Un iv e rsity   o f   In f o rm a ti o n   T e c h n o lo g y   a n d   Co m m u n ica ti o n s,  Ba g h d a d ,   Ira q   3 S o f Co m p u ti n g   a n d   Da ta M in in g   Ce n ter,  Un iv e rsiti   T u n   Hu ss e in   On n ,   J o h o M a lay sia   Un iv e rsiti   Tek n o lo g M a lay sia   (UT M ),   M a la y sia       Art icle  I nfo     AB ST RAC T   A r ticle  his to r y:   R ec eiv ed   Oct  2 3 ,   2 0 2 0   R ev i s ed   A p r   2 9 ,   2 0 2 1   A cc ep ted   Ma y   3 ,   2 0 2 1       S tri n g   m a tch in g   is  c o n sid e re d   a o n e   o f   th e   c e n ter  issu e w it h in   t h e   f ield   o f   c o m p u ter  sc ien c e ,   w h e re   th e re   a re   n u m e ro u c o m p u ter  a p p li c a ti o n s   th a t   su p p ly   th e   c li e n ts  w it h   strin g   m a tch in g   se rv ice s.  T h e   in c re m e n w it h in   th e   n u m b e o f   d a tab a se w h ich   a re   c re a ted   a n d   p ro tec ted   in   n u m e ro u s   c o m p u ter  g a d g e ts  h a d   im p a c ted   re se a rc h e rs  w it h   th e   sla n t o w a rd g e tt in g   ro b u st   tec h n iq u e in   ten d i n g   to   th is  issu e .   In   t h is  stu d y ,   th e   M a x im u m - S h if strin g   m a tch in g   a lg o rit h m   is  c h o se n   t o   b e   e x e c u ted   w it h   m u lt i - c o re   in n o v a ti o n   th ro u g h   th e   u ti l iza ti o n   o f   Op e n M P   p a ra d ig m ,   in   o r d e to   d e c re a se   th e   su c c e ss iv e   ti m e ,   a n d   in c re m e n th e   sp e e d u p   a n d   e ff icie n c y   o f   th e   a lg o rit h m .   T h e   d e o x y rib o n u c leic   a c id   ( DN A ) p ro tein   a n d   th e   En g li sh   tex d a tas e ts  a re   u ti li z e d   t o   tes t h e   p a ra ll e e x e c u ti o n   th a in f lu e n c e t h e   M a x im u m - S h if t   a lg o rit h m   e x e c u ti o n   w h e n   u ti l ize d   w it h   m u lt i - c o re   e n v iro n m e n t.   T h e   re su lt d e m o n stra ted   th a t   th e   e x e c u ti o n   i a ff e c t e d   b y   th e   p e rf o rm a n c e   b e tw e e n   th e   p a ra ll e a n d   c o n se c u ti v e   e x e c u ti o n   o f   M a x im u m - S h if a lg o rit h m   b y   d a ta  ty p e .   T h e   En g li sh   t e x a p p e a re d   i d e a c o m e a b o u w it h i n   th e   p a ra ll e e x e c u ti o n   ti m e   a c o m p a re d   to   o t h e d a tas e ts,  w h e re a th e   DN A   d a tab a se   se t   a p p e a re d   th e   m o st  e lev a ted   c o m e a b o u t   w h e n   c o m p a re d   to   o t h e d a ta  ty p e s   in   term s o f   sp e e d u p   a n d   e ff icie n c y   c a p a b il it ies .     K ey w o r d s :   Data b ase  t y p es   E f f icien c y   Ma x i m u m - s h i f t a l g o r ith m   Op en MP   d ir ec tiv e   P ar allel  ex ec u tio n   ti m e   Sp ee d u p   T h is i a n   o p e n   a c c e ss   a rticle   u n d e r th e   CC B Y - SA   li c e n se .     C o r r e s p o nd ing   A uth o r :   A t h ee r   A k r a m   A b d u l   R az za q   B u s i n ess e s   I n f o r m atic s   C o lle g e   Un i v er s it y   o f   I n f o r m at io n   T ec h n o lo g y   a n d   C o m m u n icatio n s   B ag h d ad ,   I r aq   E m ail:  at h p r o o f @ u o itc. ed u . iq       1.   I NT RO D UCT I O N   T h ca teg o r izatio n   o f   p ar allel   h an d li n g   is   s u b o r d in ate  u p o n   th w a y   o f   t h ass o ciatio n   b et w ee n   t h e   co m p o n e n t s   o f   p r o ce s s in g ,   a n d   is   ca teg o r ized   in to   t w o   f u n d a m en tal  s tr u ct u r es.  T h ese   s tr u ct u r es  ar th e   d is tr ib u ted   m e m o r y   a n d   s h ar ed   m e m o r y .   I n   p ar alleliza ti o n ,   d is s e m i n ated   m e m o r y   co m p u ter s   co m p atib il it y   d ata  a m id   th tr a n s m is s io n   a n d   g o tten   o f   m es s ag e s   t h r o u g h   th co m m u n ica tio n   ar r an g e.   I n   an y   ca s e,   w it h i n   th p ar alleliza tio n   o f   s h ar ed   m e m o r y   co m p u ter s   ( p r o ce s s o r s   o f   m u ltico r an d   f r a m e w o r k s   o f   m u ltip r o ce s s o r ) ,   th e y   h av co m m o n   g et  to   o f   s h ar ed   m e m o r y .   Op en Mp   is   co n s id er ed   th f o r e m o s u tili ze d   ap p licatio n   p r o g r am m i n g   in ter f ac ( A P I )   f o r   th p ar allel  h an d lin g   o f   s h ar ed   m e m o r y .   I m a y   b co l lectio n   o f   r u n - ti m e   lib r ar y   s c h ed u le,   m an d ate s   an d   d ev elo p s ,   an d   O p en MP   E n v ir o n m e n Facto r s   w h ic h   ar b o ls ter ed   b y   th e   f r a m e w o r k s   o f   m u lti - co r e,   p r o ce s s o r s   o f   s h ar ed   m e m o r y ,   an d   th co m p iler s   a n d   clu s te r s .   Mo r eo v er ,   th Op en Mp   d o es  n o r eq u ir t h ad m in i s tr atio n   o f   t h r ea d s   b ec a u s i is   s u b o r d in ate  u p o n   ce r t ain   p ar alleli za tio n   p r o g r am s   h i g h li g h t s   o n   th c o m p u ter   f r a m e w o r k s   o f   s h ar e d   m e m o r y   [ 1 ] [ 2 ] .   T h p a r alleliza tio n   alg o r it h m   h as  to   s elec th p ar ts   o f   p a r allel  th at  co n tain s   it,  an d   it  m ak e s   th ap p r o p r iaten ess   b e t w ee n   th s p ee d   o f   Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
                      I SS N :   2 5 0 2 - 4752   I n d o n esia n   J   E lec  E n g   &   C o m p   Sci,   Vo l.  22 ,   No .   3 J u n 2 0 2 1   :   1 5 2 9   -   1 5 3 9   1530   ex ec u t io n   an d   t h p ar alleliza ti o n   alg o r ith m .   P ar allel  is   ch ar ac ter ized   as  th n ec es s it y   in   f in d in g   i n s tr u ctio n s ,   ch ain   o f   in s tr u ct io n s ,   o r   ce r ta in   p ar ts   o f   t h co d t h at  ar ex ec u ted   w it h   d iv er s co r es  o r   p r o ce s s o r s   at  th e   s a m ti m [ 1 ] .   T h p ar alleliza tio n   o f   s h ar ed   m e m o r y   i s   u t ilized   in   v ar io u s   co m p u ter   ap p licatio n s   s u c h   a s   in tr u s io n   d etec tio n   s y s te m s   ( I DS)   [ 3 ] [ 4 ]   lin ea r   al g eb r [ 5 ] ,   s tr in g   m atc h i n g   alg o r it h m s   [ 6 ]     b io in f o r m at ics [ 7 ] ,   d ata  m i n i n g   [ 8 ] ,   im a g clas s i f icatio n   [ 9 ] ,   an d   T h er ap eu tic  p ictu r p r ep a r in g   [ 1 0 ] .     T h is   s tu d y   co n ce n tr ate s   o n   t h is s u e s   w h ic h   ar r elate d   to   th ex ec u tio n   o f   t h Ma x i m u m - S h i f t   alg o r ith m .   S u b s eq u e n tl y ,   t h m o s ad d r ess   i s   Ho w   to   e x p an d   th s p ee d u p   b y   d i m in is h i n g   th co n s ec u ti v e   ti m o f   t h Ma x i m u m - S h i f al g o r ith m   b y   u tili zi n g   Op en MP   p ar allel  m e th o d ? ”  Hen ce ,   th e   s u b   ad d r ess   o f   th e   m ai n   ad d r ess   is   Ho w   to   d e m o n s tr ate  t h e x ec u tio n   e n h a n c e m en o f   t h p ar allel  f o r m   o f   th Ma x i m u m - S h i f t   s tr in g   m atch in g   al g o r ith m   co m p ar ed   w it h   it s   ex ec u tio n   o f   t h co n s ec u ti v e? ”  I n   th i s   m an n er ,   th co n tr ib u tio n   o f   th i s   p ap er   is   to   e x a m i n t h e   ap p r o p r iaten ess   o f   p ar alleliza tio n   th Ma x i m u m - S h i f al g o r ith m   o n   m u lti - co r en v ir o n m e n u tili zi n g   Op en M P .       2.   RE L AT E WO RK S   2 . 1 .       E x a ct   s t ring - m a t ching   a lg o rit h m   Strin g   m atc h in g   is   co n s id er ed   as  s ea r ch i n g   p r o ce s s   e x ec u t ed   to   ex a m in a t w o   li m i ted - len g th s   o f   s tr in g s .   I ca n   b ch ar ac ter ize d   as  ex ac s tr in g   m atc h i n g   p r o ce d u r u tili ze d   to   d is co v er   all   o cc u r r en ce s   o f   th e   p atter n   P   o f   len g t h   o f   ( P   [ 1 ] ….   P   [ m - 1 ] )   wi t h i n   t h tex t str in g   T   o f   le n g th   o f   n   ( T [ 1 ] ….   T [ n - 1 ] ) ,   w h er th e   m   a n d   n   0   an d   th   n . ,   as  w ell  as  b o th   o f   th P   an d   T   h av th s a m letter   s et  .   [ 1 1 ] .   I is   p r ed o m in a n tl y   a n d   b r o ad ly   u t ilized   in   d i f f er en ar ea s   s u c h   as  w eb   s ea r ch   en g i n e,   ar ti f ici a in tel lig e n ce   [ 1 2 ] ,   [ 1 3 ] ,   r em o te  s e n s i n g ,   ae r ial  p h o to g r ap h y ,   ca r to g r ap h y ,   m ed ical  d iag n o s tics   [ 1 ] ,   co m p u tat io n al  b io lo g y   [ 1 4 ] ,   co m p iler s ,   an d   co m m a n d   in ter p r eter s   [ 1 5 ] .   T h p er s is ten ch alle n g es  o f   s tr i n g   m at ch in g   i n clu d th e   d u p licatio n   o f   d atab ases   ea c h   t w o   y ea r s ,   a n d   t h is   a f f ec t ed   th s p ee d   o f   co m p u ter s ,   w h ic h   lead s   to   th e   in cr e m e n w it h i n   th s ize  o f   m e m o r y .   Hen ce ,   u tili ze   o f   th ef f ec ti v s tr i n g - m atc h in g   al g o r ith m s   i s   f u n d a m en ta l to   r eso lv th e s i s s u es [ 1 1 ] [ 1 2 ] .   T h er e   ar v ar io u s   ex ac s tr in g   m atc h in g   alg o r it h m   i n   p r esen c e,   s u ch   as  th h y b r id   alg o r ith m   b et w ee n   th B er r y - R av in d r an   a n d   th e   Sk ip   Sear ch   al g o r ith m s   n a m ed   as  B er r y   R av in d r an   S k ip   Sear ch   ( B R SS alg o r ith m .   T h is   alg o r it h m   is   d ep en d en u p o n   t h m o r s u p er io r   p r o p er ties   o f   th o r ig in a alg o r it h m s ,   w h er e   th s k ip   s ea r ch   alg o r it h m   d e m o n s tr ates  f a v o r ab le  p er f o r m an ce   w h en   it  is   u ti lized   w it h   s m al alp h ab ets  s ize.   Me an w h ile,   t h ef f icie n c y   o f   th B er r y - R a v in d r an   alg o r it h m   is   in   t h p r o v is io n   o f   lo n g   s h if d u r in g   t h e   s ea r ch i n g   tec h n iq u e.   T h p r e p r o ce s s in g   p h a s o f   th is   alg o r ith m   i s   d ep en d en u p o n   t w o   tab les  ( b r B c) ;   tab le   cr ea ted   f r o m   th B er r y - R av i n d r an   alg o r ith m ,   an d   th s ec o n d   tab le   cr ea ted   is   th b u ck et  lis t.  T h s ea r ch in g   p h ase  in v o lv e s   th ch ec k i n g   o f   th ch ar ac ter s   f o u n d   in   th e   b u ck et,   o f   w h ic h   th c h ar ac ter   is   th en   ar r an g e d   b et w ee n   th i n itia p o in o f   t h s ea r ch   a n d   th p atter n   to   th lo ca tio n   o f   t h at  c h ar ac ter   in   th b u ck et.   T h e   co m p ar is o n   is   in itia ted   f r o m   th lef to   th r ig h t,  an d   w h e n   th er is   m atc h   o r   m is m atc h ,   th s h i f ti n g   d ep en d s   o n   t h b u c k et  s h i f v alu b ein g     t h b ad   ch ar ac ter .   Nex t,  t h b u c k et  w ill  u s th e   s h i f t   v al u e,   a n d   i f   th b ad   ch ar ac ter   s h i f   f r o m   len g th   o f   p atter n ,   th e n   t h s h if tin g   is   d ep en d en t o n   th b ad   ch ar ac ter   s h i f t [ 1 6 ] .   T h tw o - s lid i n g   w i n d o w s   alg o r ith m   ( T SW ) ,   d ep en d s   o n   th p atter n   o f   s lid in g   w in d o w s   t o   ch ec k   th e   tex s i m u ltan eo u s l y   f r o m   t h lef an d   r ig h s id e.   T h is   alg o r it h m   u tili ze s   t w o   w i n d o w s ,   o n e   f r o m   t h lef an d   alig n ed   to   th te x f r o m   t h le f s id e,   an d   th s ec o n d   i s   f r o m   th r i g h a n d   is   a lig n ed   to   t h e   tex f r o m   t h r i g h t   s id e.   T h co m p ar is o n   p r o ce s s   b et w ee n   t h p atter n   a n d   tex t o cc u r s   f r o m   b o th   s id es si m u lta n eo u s l y ,   w h e n   th er e   is   m i s m atch ,   t h s h i f ti n g   w il th e n   o cc u r   f o r   b o th   o f   t h t wo   s id es,  f r o m   t h le f s id s h if w il b ex ec u ted   to   th r i g h t,  a n d   t h r ig h w ill  s h i f to   t h le f t   s id e.   T h s h i f o p er atio n   d ep en d s   o n   th e   B er r y -   R a v i n d r an   s h i f t   tech n iq u e,   w h ich   ta k es t w o   c h ar ac ter s   co n s ec u t iv el y   [ 1 7 ] [ 1 8 ] .   I n   ad d itio n   to   th is   alg o r ith m ,   an o th er   alg o r it h m   k n o w n   a s   th e   f r an ek - j en n in g s - s m y t h   ( FJ S)  alg o r ith m   is   h y b r id   b et w ee n   K n u t h - Mo r r is - P r att  ( KM P )   p atter n - m atc h in g   al g o r ith m   an d   Qu i ck   s ea r ch   al g o r ith m ,   w h er e   th er ar t w o   s tag e s   t o   th is   alg o r it h m .   W ith i n   th to   b eg in   w it h   s ta g th er ar e   t w o   s tep s   t h at  ar u tili ze d   b y   t h al g o r ith m   f o r   co m p a r is o n .   A   co m p ar is o n   is   m ad b et w ee n   t h te x w i n d o w   an d   t h p atter n ,   w h er th a lg o r it h m   p r o ce d u r d ep en d s   o n   th Q u ic k   s ea r c h   alg o r it h m .   T h co m p ar is o n   is   s tar ted   f r o m   t h f u r t h es r ig h o f   t h p atter n ,   a n d   w h e n   th er e 's  m i s m a tch ,   t h s h i f d ep en d s   o n   q u ic k   s ea r ch   i m p le m e n tatio n .   Oth er w i s e,   th e   FJ w il d ep en d   o n   t h s ec o n d   s ta g e.   W it h i n   t h s ec o n d   s ta g e,   t h KM P   m atc h in g   tec h n iq u e   w il l star t a   co m p ar is o n   f r o m   t h lef t to   r ig h t,  w h er ea s   t h s h if t is d ep en d e n t o n   t h f ir s t sta g [ 1 9 ] [ 2 0 ] .     2 . 2 .     P a ra llel o f   t he  ex a ct   s t ring - m a t ching   a lg o rit h m s   T h er ar n u m er o u s   p ar allel  ex ac s tr in g   m atch in g   al g o r it h m s   t h at  ar i m p le m en ted   to   ex ten d   t h e   ex ec u t io n   b y   d i m in is h in g   t h ti m co n s u m ed   b y   th al g o r ith m s   o f   th m u lti  co r es p r o ce s s o r s .   On illu s tr atio n   o f   t h p ar allel  s tr i n g   m atc h i n g   al g o r ith m s   th at 's   u tili ze d   in   s ec u r it y   p u r p o s es  is   th Q u ic k   s ea r ch   alg o r ith m   u ti lizin g   Op en Mp   an d   th P th r ea d   ( P o s ix ) .   T h p r o p o s ed   s tr ateg y   is   s ee n   to   h a v m o v ed   f o r w ar d   Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
I n d o n esia n   J   E lec  E n g   &   C o m p   Sci     I SS N:  2502 - 4752       P a r a llel imp leme n ta tio n   o f m a ximu m - s h ift a lg o r ith u s in g   Op en Mp   ( A th ee r   A kra A b d u lRa z z a q )   1531   th ex ec u tio n   o f   in tr u s io n   d etec tio n   s y s te m   ( I DS) ,   th at  d r iv en   to   th i m p r o v ed   d is co v er y   o f   t h h ac k er   tech n iq u e,   w h ich   tr a n s m it s   th e   n e w   r ep o r t to   th n et w o r k   ad m i n is tr ato r   to   tr ea t th as s au l t [ 3 ] .   Fu r t h er m o r e ,   th er ar h y b r i d   p ar allel  m o d els  b et w ee n   MP I   an d   Op en MP   u tili ze d   w it h   s tr i n g   m atc h in g   al g o r ith m s   s u c h   as  B ae za - Yate s   a n d   R eg n ier ,   Ka r p - R ab in ,   Nai v e,   Z h u - T ak ao k a,   an d   th B ak er -   B ir d   ex ac t w o - d i m en s io n al  o n lin al g o r ith m s .   T h h o m o g en eo u s   cl u s ter   an d   m u ltico r s y s te m   w er u s ed   w it h   th e s al g o r ith m s   to   m e asu r t h p er f o r m a n ce .   T h is   s tu d y   el u cid ated   o n   t h i m p r o v e m en t   in   th e   p er f o r m a n ce   o f   t h al g o r ith m s   w h e n   d atab ases   w it h   b ig   s izes  o f   alp h ab et  w er u tili ze d   b ec au s o f   th e   in cr ea s i n   th m i s m atc h e s   in   th p r o ce s s in g   o p er atio n   o f   t h alg o r ith m s   [ 1 ] .       T h er ar ce r tain   ex ac s tr in g - m atch in g   al g o r ith m s   t h at  u til ize  th g r ap h ics  p r o ce s s i n g   u n it  ( GP U) ,   th C o m p u te  u n if ied   d ev ice  ar ch itect u r ( C UD A )   s u c h   as  th Naiv e,   B o y er - Mo o r e - Ho r s p o o l,   Qu ick - Sear c h   an d   Kn u t h - Mo r r is - P r att  alg o r i th m s   w h ic h   w er u tili ze d   w it h   to o ls   o f   C UDA .   Fo llo w i n g   th co m p ar is o n   o f   th s eq u e n tial  a n d   p ar allel  r esu lts   i n   all  o f   th e s alg o r it h m s   in   ter m s   o f   co n s u m ed   ti m wh en   u s i n g   d if f er en t   p atter n   s ize s ,   t h n u m b er   o f   th r ea d s   a n d   d if f er en d atab as es,  it  w a s   d is co v er ed   th at   t h e   r esu lt s   o f   p ar allel  i m p le m en ta tio n   w as  f aster   o f   ap p r o x i m atel y   2 4   ti m es  t h an   th s eq u e n tial  ti m w h e n   la r g tex an d   s m al l   p atter n   s ize  ar u tili ze d   [ 2 1 ] .       3.   P RO P O SE M E T H O D   T h is   s ec tio n   co n tai n s   t h p o in ts   o f   i n ter est  o f   t h Ma x i m u m - S h i f al g o r ith m   t h at  i n clu d ed   th e   p r ep r o ce s s in g   an d   s ea r ch i n g   p h ase  tech n iq u e.   I ex p licate s   th i m p er ati v r ea s o n s   f o r   u n d er s tan d i n g   th p r o p er ties   o f   th Ma x i m u m - S h i f al g o r ith m ,   a s   w el as   ch ec k in g   th e   b eh a v io r   o f   id e n ti f y i n g   th e   p ar ts   o f   co d th at ' s   t i m co n s u m in g   an d   co m p u te - i n ten s i v e.   C o n s eq u e n tl y ,   p ar alleliza t io n   ca n   b u tili ze d   w i t h i n   th e   p r o g r am m i n g   o f   t h Op en MP   s tr ateg y .       3 . 1 .     M a x i m u m - s hift   a lg o rit h m   T h Ma x i m u m - Sh i f al g o r ith m   is   h y b r id   alg o r ith m   a m o n g   t h Q u ick   s ea r ch ,   Z h u - T ak ao k a,   an d   Ho r s p o o alg o r ith m s .   I h as   t w o   p h ase s   co m p r is i n g   t h p r ep r o ce s s in g   a n d   s ea r ch i n g   p h ase.   I n   t h p r ep r o ce s s in g   p h ase,   t h al g o r ith m   d ep en d s   o n   t w o   s elec te d   g o o d   p er f o r m an ce   f u n ctio n s   f r o m   Q u ick   s ea r c h   an d   Z h u - T ak ao k al g o r ith m s .   T h q u ick   s ea r ch   b ad   ch ar ac t er   f u n ctio n ,   w h ic h   th e n ce f o r th   w ill  b k n o w n   a s   q s B c,   is   s elec ted   to   im p r o v t h p er f o r m an ce   o f   h y b r id   al g o r ith m   b y   u s i n g   m a x i m u m   s h if v a lu ( m +1 ) ,   as  s h o w n   i n   ( 1 ) ,   w h i le  t h Z h u - T ak ao k b ad   ch ar ac ter   f u n cti o n   o r   k n o w n   as    ztB c,   is   u s ed   in   th e   alg o r it h m   to   o b tain   th m ax i m u m   s h i f t v al u o f   ( m - 1 )   an d   ( m ) ,   as  s h o w n   i n   ( 2 ) .       ( 1 )       ( 2 )     T h s ea r ch in g   p h ase  o f   t h Ma x i m u m - S h i f al g o r it h m   d ep en d s   o n   t h lef t   to   r ig h t   c o m p ar is o n   tech n iq u f r o m   Q u ic k   s ea r c h   alg o r ith m ,   a n d   also   d ep en d s   o n   t h r ig h to   le f co m p a r is o n   tec h n iq u o f   Ho r s p o o alg o r ith m .   T h co m p ar is o n   o p er atio n   o f   th is   alg o r ith m   d ep en d s   o n   t h co m p ar is o n   o f   th f ir s t w o   ch ar ac ter s   f r o m   t h r ig h t m o s t   b et w ee n   t h tex w in d o w   a n d   th p atter n   as  t h f ir s p h as e.   W h en   t h er is   a   m atc h ,   co m p ar is o n   is   m ad to   th r est  o f   ch ar ac ter s   f r o m   t h lef t - m o s o f   th tex w i n d o w   an d   th p atter n   as   th s ec o n d   p h ase.   I f   t h er i s   m atc h   o r   m is m atc h ,   t h e n   th s h i f ti n g   w il d ep en d   o n   t h m ax i m u m   v al u b et w ee n   th ( m+1 )   f r o m   q s B f u n ctio n   o r   (m - 1)   an d   ( m)   f r o m   ztB f u n ct io n ,   ( as s h o w n   i n   Fig u r 1 )   [ 2 2 ] .     3 . 2 .     P a ra llel o f   m a x i m u m - s h if t   a lg o rit hm   us i ng   O penM P   pa ra dig m   T h is   p ar clar if ies  th o b j ec tiv o f   th s tu d y   p er tai n in g   to   th e   p ar alleliza tio n   s tep s   o f   Ma x i m u m - S h i f t   alg o r ith m .   I en tail s   th m u ltic o r im p le m en tatio n   u s ed   o n   t h Ma x i m u m - Sh if al g o r ith m   an d   th p er f o r m i n g   o f   co d b y   u s in g   th d ir ec t iv e s   an d   th lib r ar y   f u n c tio n s   o f   th Op en MP   p ar ad ig m .   Dep en d in g   o n   th an al y s is   o f   th e   Ma x i m u m - S h i f t a l g o r it h m   i n   t h p r ev io u s   p ar t,  t h co s tl y   p ar t in   th e   s tr i n g   m a tch i n g   alg o r ith m   is   i n   th e   ch ec k i n g   o f   w h et h er   th ch ar ac ter   o f   th tex w i n d o w   m atc h es  th ch ar ac ter   in   th p atter n   [ 6 ] .   T o   r ed u ce   th co s o f   th s ea r ch in g   p h ase  t h at  in clu d e s   th m atch in g   o p er atio n   o f   th c h ar ac ter s   in   t h t ex w i n d o w   an d   t h p atter n ,   th p ar alleliza tio n   i s   t h er ef o r u ti lized   d ep en d in g   o n   th Op en MP   m o d el.   Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
                      I SS N :   2 5 0 2 - 4752   I n d o n esia n   J   E lec  E n g   &   C o m p   Sci,   Vo l.  22 ,   No .   3 J u n 2 0 2 1   :   1 5 2 9   -   1 5 3 9   1532   I n   th s ea r ch i n g   p h ase,   t h e   Ma x i m u m - S h i f al g o r ith m   is   ex ec u ted   b y   u tili zi n g   t h e   m u ltico r p r o ce s s in g   an d   th p r o g r a m m i n g   Op en MP   en v ir o n m e n t s .   T h p latf o r m   o f   Op en MP   ex ec u ted   in   th e   p r o g r am m i n g   is   d ep en d e n u p o n   th d i v is io n   o f   th w h o le  d ata  to   th c h u n k s   ( b lo ck s )   b y   th Fo r k   o p er atio n   an d   th j o in   p r o ce s s es.  T h p r o g r a m   is   in i tiall y   e x ec u ted   b y   th th r ea d   ter m ed   as  th m ast er   th r ea d ,   an d   th is   th r ea d   d is tr ib u te s   t h f u n cti o n s   to   t h s lav e   ( w o r k er s )   t h r ea d s .   T h p ar allel  Ma x i m u m - Sh i f t   alg o r it h m   in itiate s   t h ex ec u tio n   i n   th e   s er ial  p r o g r am   u s in g   t h m aste r   th r ea d ,   an d   co n ti n u u p   to   t h s ea r c h in g   p h a s e   o p er atio n .   I n   th is   s ta g e,   t h w o r k er   t h r ea d s   ar cr ea ted .   T h n u m b er   o f   th r ea d s   w ill  b 2 4   b ec au s t h e   ex ec u t io n   u tili ze s   t h cl u s ter   w it h   o n n o d an d   2 4   co r es.  E ac h   w o r k er   t h r ea d   i m p le m en ts   t h s ea r ch i n g   p h ase  o p er atio n s   o n   o n b lo ck   f r o m   t h d ata  th at  is   d iv id ed   i n to   b lo ck s ,   an d   w h e n   th ex ec u tio n   is   co m p leted ,   th r es u lt  w ill  b tr an s m itted   i n to   th m aster   t h r ea d .   T h m a s ter   th r ea d   th e n   co llects  all  o f   th r es u lts   b y   u s in g   j o in   o p e r atio n   p r o ce s s ,   an d   w i ll  th en   d is p la y   th f i n al  o u tp u t   ( f in al  r es u lt).   T h is   p r o ce s s   w i ll  b ex ec u ted   in   s er ial  p r o g r a m ,   af ter   th w o r k er   th r ea d s   tr an s m i th r e s u l ts   f o r   ea ch   d ata  b lo ck   to   t h m aster   th r ea d ,   w h ic h   w il l th e n   b au to m atica ll y   ter m i n ated ,   as sh o w n   i n   Fi g u r 2 .             Fig u r 1 .   T h Ma x i m u m - Sh i f t   alg o r ith m   tec h n iq u e       3 .3 .     B a t t uta   clus t er   a rc hite c t ure   T h is   s tu d y   u ti lizes  t h B attu ta   C lu s ter   A r ch itec tu r e,   w h er t h is   cl u s ter   is   p r esen i n   t h P ar allel  an d   Dis tr ib u ted   P r o ce s s i n g   L ab   ( P DC C )   in   th e   Sc h o o o f   C o m p u ter   Scie n ce ,   Un i v er s i ti  Sai n s   Ma la y s ia  ( US M) .   T h is   clu s ter   p o s s es s es   o n n o d w it h   2 4   co r es,  2 x I n tel  Xe o n   E 5 - 2 6 2 0   ( 2 . 0 0 GHz 1 5 MB )   an d   it  h a s   ( 8 GB   DDR3   E C C   DI MM ,   2 T B   7 2 0 0 R P M) ,   ( Nv id ia  T esla  Kep ler   K1 0   8 G B   GDDR5   P ass i v e ) ,   ( 2 x Gig ab it  L AN  P o r t/1 x I P M I   P o r t) ,   in   w h ich   c ase,   th o p er atin g   s y s te m   o f   th is   clu s ter   is   L i n u x   ( Ub u n t u   1 2 . 0 4 . 5   L T S)   an d   th s o f t w ar es  t h at  ar u s ed   in   t h i s   clu s ter   ar th Op en MP ,   Op en MP I   an d   co m p u te  u n i f ied   d ev ice  ar ch itect u r e   ( C UD A ) .     3 .4 .     T he  perf o r m a nce  m et ri cs   I n   th i s   s t u d y   t h p r o p o s ed   alg o r ith m   i s   ex ec u ted   b y   u s in g   t h Op en MP   p ar ad ig m ,   an d   t h r esu lts   o f   th e v alu a tio n   o f   th is   al g o r ith m   ar d ep en d en o n   t h m e tr ics  th at   ar u ti lized   to   co m p ar th r es u lt s   o f   t h e   p ar allel  an d   s eq u e n tial  a lg o r it h m s ,   i n   o r d er   to   ca lcu late  t h ex ten o f   i m p r o v e m e n b et w e en   t h e m .   T h i s   s t u d y   u s ed   m etr ics  co n s is ti n g   o f   th e   ex ec u tio n   ti m e,   s p ee d u p ,   an d   ef f icie n c y   [ 2 3 ] .   T h elap s ed   ti m th at  o cc u r r ed   b et w ee n   th b eg i n n i n g   an d   en d in g   o f   th p er f o r m a n ce   o f   o n p r o c ess o r   is   ter m ed   as  th s eq u e n tial  ti m e,   w h ile  t h ti m co n s u m ed   b et w ee n   t h s tar ti n g   ti m f o r   t h f ir s p r o ce s s o r   to   th f i n is h ed   ti m to   th la s p r o ce s s o r   is   ter m ed   as t h p ar allel  ti m e.   T h T s   d en o tes th e   s eq u en tial e x ec u t io n   ti m e,   w h i le  T p   is   th p ar al lel  ex ec u t io n   ti m e.   Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
I n d o n esia n   J   E lec  E n g   &   C o m p   Sci     I SS N:  2502 - 4752       P a r a llel imp leme n ta tio n   o f m a ximu m - s h ift a lg o r ith u s in g   Op en Mp   ( A th ee r   A kra A b d u lRa z z a q )   1533   T h s p ee d u p   is   u tili ze d   to   o b t ain   th ad v a n ta g es  o f   p ar alleliza tio n   o p er atio n .   T h s p ee d u p   is   th e   r atio   o f   co n s u m ed   ti m b et w ee n   th s eq u e n tial  to   th p ar allel  s tag e s .   T h is   r atio   is   ca lcu lated   b y   u s in g   th e   en s u i n g   eq u a tio n .       Sp ee d u p   ( S)  T s   T p   ( 3 )     W h er th T s   d en o tes  t h ela p s ed   ti m i n   t h s eq u e n tial  s t ag e,   T p   d en o tes  th elap s ed   t i m i n   t h p ar allel  s tag e,   a n d   d en o tes  t h s p ee d u p .   T h r atio   b etw ee n   t h s p ee d u p   an d   th n u m b er   o f   ( p r o ce s s o r s   /co r es)  is   ter m ed   as  th ef f icie n c y .   T h er ar p o s itiv an d   r ev er s r elatio n s h ip   b et w ee n   th n u m b er   o f   ( p r o ce s s o r s /   co r es)  an d   th s p ee d u p   in   th ef f icien c y .   T h e f f ic ien c y   i n cr ea s es  w h en   th e   s p ee d u p   i n cr ea s es.  Me a n w h ile,   i n   in s ta n ce s   w h e n   t h n u m b er   o f   p r o ce s s o r s   in cr ea s ed ,   co n s eq u en t l y   t h e   e f f icien c y   w il b r ed u ce d ,   as  in d icate d   in   th e n s u i n g   ( 4 ) .       E   S /  P   ( 4 )     W h er th P   d en o tes th n u m b er   o f   ( p r o ce s s o r s   / c o r es),   S d e n o tes t h s p ee d u p ,   an d   E   d en o tes th e f f icie n c y .             Fig u r 2 .   T h p ar allel  o f   m a x i m u m - s h i f t a l g o r ith m   u s i n g   Op en MP   m o d el   Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
                      I SS N :   2 5 0 2 - 4752   I n d o n esia n   J   E lec  E n g   &   C o m p   Sci,   Vo l.  22 ,   No .   3 J u n 2 0 2 1   :   1 5 2 9   -   1 5 3 9   1534   4.   T H E   E XP E R I M E NT A L   RE SUL T S AN D I SC USS I O N S   T h e   m a j o r   c o n c e p t   o f   p a r a l l e l i z a t i o n   o n   t h e   M a x i m u m - S h i f t   A l g o r i t h m   i s   f o r   t h e   i m p r o v e m e n t   o f   t h e   e x e c u t i o n   b y   c o m p a r i n g   a n d   m e a s u r i n g   t h e   i m p r o v e m e n t   o f   t h e   p a r a l l e l   t o   t h e   s e q u e n t i a l   a l g o r i t h m .   T h e   f a c t o r s   t h a t   a r e   u t i l i z e d   f o r   t h e   e v a l u a t i o n   o f   t h e   p e r f o r m a n c e   o f   t h e   a l g o r i t h m   a r e   t h e   e x e c u t i o n   t i m e ,   s p e e d u p ,   a n d   t h e   e f f i c i e n c y .   T h e   s t a n d a r d   b e n c h m a r k   d a t a b a s e s   t h a t   a r e   e m p l o y e d   i n   t h i s   s t u d y   a r e   d e o x y r i b o n u c l e i c   a c i d   ( DNA ) P r o t e i n ,   a n d   E n g l i s h   t e x t ,   w h e r e   t h e s e   d a t a b a s e s   a r e   d o w n l o a d e d   f r o m   t h e   ( h t t p : / / p i z z a c h i l i . d c c . u c h i l e . c l / t e x t s . h t m l ) .   T h e   d a t a s e t s   t h a t   a r e   u t i l i z e d   i n   t h e   e x p e r i m e n t   a r e   d i f f e r e n t   i n   t h e   a l p h a b e t   s i z e ,   w h e r e   t h i s   t y p e   i s   u s e d   t o   a n a l y z e   t h e   b e h a v i o r s   o f   t h e   a l g o r i t h m   i n   t h e   d i f f e r e n t   s i z e s   o f   a l p h a b e t .   T h e   M a x i m u m - S h i f t   A l g o r i t h m   i n   b o t h   t h e   s e q u e n t i a l   a n d   p a r a l l e l   a l g o r i t h m s   i m p l e m e n t e d   u s e d   t h e   1 G B   o f   d a t a   s i z e ,   w i t h   d i f f e r e n t   p a t t e r n   l e n g t h s   t h a t   a r e   u t i l i z e d   t o   e v a l u a t e   t h e   b e h a v i o r s   o f   t h e   a l g o r i t h m s .   T h e   p a t t e r n   l e n g t h s   a r e   4 ,   8 ,   1 0 ,   2 0 ,   4 0 ,   6 0 ,   8 0 ,   1 0 0   c h a r a c t e r s ,   w h i c h   a r e   s e l e c t e d   r a n d o m ly   f r o m   t e x t .   I n   t h i s   s t u d y   t h e   n u m b e r s   o f   c o r e s   u t i l i z e d   a r e   2 ,   4 ,   8 ,   1 6 ,   2 0 ,   a n d   2 4   c o r e s .     4 . 1 .     P a ra llel e x ec utio n t i m ev a lua t io n   T h p ar allel  ex ec u tio n   ti m i n clu d e s   th u ti lize  o f   d if f er e n p atter n   len g t h s   an d   1 GB   d a ta  s ize,   as  w ell   as  t h u tili ze   o f   d if f er en alp h ab et  s ize s   s u ch   a s   DN A ,   P r o tein ,   an d   E n g l is h   te x t.  T h f r a m o f   DN d ataset  ca n   b f o u n d   w it h i n   th s h ap o f   4   ch ar ac te r s ,   w h i ch   allu d es  to   th es tab lis h m e n o f   ch e m ica o f   th e   ce ll  p ar t,  w h er ea s   th f r a m o f   P r o tein   d ataset  co m p r is es  o f   2 0   am in o   ac id s .   I n   th m e an   ti m e,   th E n g li s h   tex d ataset   ca n   b f o u n d   w i th i n   t h s h ap co m p r is i n g   o f   1 0 0   letter   s et  s o r ts .   T h r es u lts   o f   t h p ar allel   ex ec u t io n   ti m in   t h m a x i m u m   s h i f al g o r ith m   r ev ea led   t h b est  p er f o r m an ce   ti m i n   co m p ar is o n   to   th e   s eq u en tial ti m e.   Ho w ev er ,   th e r is   o v er h ea d   th at  i m p ac ted   o n   th p ar alleliza tio n   ti m e.     T h o v er h ea d   in cr ea s e s   w h en   t h n u m b er   o f   co r es  i n cr ea s es,  d u to   t h i n cr ea s in   th e   co m m u n icatio n   ti m e,   alo n g s id th in cr ea s i n   th n u m b er   o f   co r es  [ 2 4 ] .   T h r o u g h   t h u s o f   1 GB   d ata  s ize  o f   DN A ,   P r o tein   an d   E n g l is h   d atab ase  ty p e s   as  s h o w n   i n   T ab le s   1 ,   2 ,   an d   3 .   I t   is   r ev ea led   th at  th p ar allel  ex ec u t i o n   ti m d ec r ea s ed   w h e n   th n u m b er   o f   co r es  in cr ea s ed   in   all  d atab ases   ty p es.  T h E n g l is h   tex d ataset   ap p ea r ed   th f i n est  p ar allel  e x ec u tio n   ti m i n   Ma x i m u m - S h i f al g o r ith m   w h e n   co m p ar ed   t o   DNA  an d   P r o tein   d atab ases .   T h r esp ec tiv b es p ar allel  r esu lt s   ar d is p la y e d   as  tak es  a f ter t w o   co r es ,   1 6 4   m s f o u r   co r es 9 4 m s eig h co r es ,   7 3   m s s i x t ee n   co r es ,   7 3 m s t w en t y   co r es ,   7 4 ;   tw e n t y   f o u r   co r es ,   7 7 m s .   T h DNA   d atab ase  ap p ea r ed   th m o s n o ticea b l y   w o r s p ar allel  e x ec u t io n   ti m in   m o s r es u lts   ar d is p la y ed   as  f o llo w s t w o   co r es,  4 8 5 4   m s f o u r   co r es,  2 1 4 3   m s ei g h co r es,  1 1 7 2   m s ;   s i x tee n   co r es,  8 1 6   m s ,   w h er ea s   t h P r o tein   ap p ea r ed   th m o s w o r s r es u lts   w h en   u ti lizi n g   t w en t y   co r es,  7 67   m s a n d   t w en t y   f o u r   co r es,  814   m s .   T h e   DN A   g o th m o s ex ce ed i n g l y   b ad   c o m es  ab o u t,  b ec au s e   it   tak es   lo n g er   ti m to   e x ec u t e.   Usu al l y   s i n ce   t h DN A   h as  s m all  alp h ab et  s ize ,   w h er ea s   th e   E n g li s h   tex h a s   b ig   alp h ab et  s ize  [ 2 5 ] ,   as  s h o w n   in   Fi g u r e   3 ,   Fig u r 4 ,   an d   Fig u r 5.       T ab le  1 .   Seq u en tial e x ec u tio n   ti m a n d   p ar allel  ex ec u t io n   ti m ( m s . )   w h e n   u s i n g     1 GB   o f   DNA   d atab ase     L e n g t h   o f   p a t t e r n   N u mb e r   o f   C o r e s   S e q u e n t i a l   c o r e s   c o r e s   c o r e s   1 6   c o r e s   2 0   c o r e s   2 4   c o r e s   4   9 6 9 4   4 8 5 4   2 1 4 3   1 1 7 2   8 1 6   7 1 9   7 3 7   8   5 4 5 0   2 7 4 9   1 4 0 1   8 6 5   5 2 8   4 5 5   4 7 5   10   4 0 7 9   2 0 7 5   1 2 6 6   7 3 0   4 9 8   4 7 5   4 4 2   20   3 1 0 0   1 5 5 9   7 8 2   4 9 9   3 3 8   3 5 2   3 1 0   40   2 7 0 1   1 3 2 3   7 0 0   4 6 0   3 5 3   4 0 8   3 5 0   60   3 9 7 2   9 8 0   4 9 7   3 2 8   2 5 4   2 5 3   2 3 8   80   3 8 3 4   9 2 0   6 4 8   3 2 4   2 4 7   2 0 8   2 4 2     1 0 0   1 4 7 0   7 1 5   4 4 7   2 6 1   2 2 3   2 0 1   1 7 1     T ab le 2 .   Seq u en tial e x ec u tio n   t i m an d   p ar allel  ex ec u t io n   ti m ( m s . )   w h e n   u s i n g     1 GB   o f   P r o tein   d atab ase     L e n g t h   o f   p a t t e r n   N u mb e r   o f   C o r e s   S e q u e n t i a l   c o r e s   c o r e s   c o r e s   1 6   c o r e s   2 0   c o r e s   2 4   c o r e s   4   5 9 6 5   3 2 7 4   1 5 4 0   1 0 7 1   7 9 1   7 6 7   8 1 4   8   4 2 0 0   2 1 3 4   1 0 9 8   6 3 4   4 2 8   3 6 3   3 6 4   10   3 4 7 7   1 7 8 5   9 0 9   5 6 0   3 1 6   3 3 3   3 3 0   20   1 5 8 6   7 8 5   4 0 2   2 9 2   1 8 3   2 0 3   1 9 4   40   9 0 3   4 4 4   2 5 6   1 6 2   1 2 2   1 3 0   1 2 9   60   5 3 9   2 7 9   2 3 8   1 3 3   1 4 7   1 2 2   1 2 2   80   4 6 9   2 4 2   1 4 5   1 8 9   1 2 2   1 2 0   1 1 8   1 0 0   3 9 0   2 0 8   1 2 3   1 2 9   1 1 9   1 2 1   1 2 3         T ab le  3 .   Seq u en tial e x ec u tio n   ti m a n d   p ar allel  ex ec u tio n   ti m ( m s . )   w h e n   u s in g   1 GB   o f   E n g l is h   d atab ase     L e n g t h   o f   p a t t e r n   N u mb e r   o f   C o r e s   S e q u e n t i a l   2   c o r e s   4   c o r e s   8   c o r e s   1 6   c o r e s   2 0   c o r e s   2 4   c o r e s   4   3 8 6 7   2 2 5 8   9 9 3   6 3 1   4 0 7   4 3 4   4 0 5   8   3 0 5 5   1 5 3 0   8 5 7   4 2 3   2 7 2   2 1 5   2 4 4   10   2 6 4 7   1 1 2 7   8 1 1   3 7 7   2 1 2   2 3 2   2 1 3   20   1 0 5 8   5 3 5   2 7 7   1 8 0   1 1 1   1 1 8   1 1 4   40   5 1 1   2 9 6   1 5 1   88   79   72   77   60   3 4 8   2 2 2   1 2 2   83   81   72   74   80   3 0 0   1 8 1   94   77   73   73   74   1 0 0   2 8 4   1 6 4   94   73   73   74   77       Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
I n d o n esia n   J   E lec  E n g   &   C o m p   Sci     I SS N:  2502 - 4752       P a r a llel imp leme n ta tio n   o f m a ximu m - s h ift a lg o r ith u s in g   Op en Mp   ( A th ee r   A kra A b d u lRa z z a q )   1535         Fig u r 3 .   E v alu atio n s   o f   t h p ar allel  ti m w h en   u s i n g   1 GB   d ata  s ize   w it h   DN A   d atat y p e     Fig u r 4 .   E v alu atio n s   o f   t h p ar allel  ti m w h en   u s in g   1 GB   d ata  s ize   w ith   P r o tein   d at at y p e           Fig u r 5 .   E v alu atio n s   o f   t h p ar allel  ti m w h en   u s in g   1 GB   d ata  s ize  w it h   E n g lis h   te x t d atat y p e       4 .2 .     T he  s peedup   ev a lua t io n   As  s h o w n   in   T ab le s   4 ,   5 ,   an d   6 ,   th s p ee d u p   o f   t h m a x i m u m   s h i f al g o r ith m   s h o w e d   th h i g h   s p ee d u p   ca p ab ilit ies,  w it h   h i g h   p ar allel  e x ec u tio n   ti m a s   c o m p ar ed   to   s eq u e n tia ex ec u ti o n   ti m e.   Fro m   th e   r esu lt s   o f   s p ee d u p ,   th er is   litt le  o v er h ea d   th at  ap p ea r ed   d u r in g   th p ar all el  p r o ce s s ,   as  th is   is   d u to   th co m m u n icatio n   t i m co n s u m e d   b y   s o m o f   t h co r es  w er h i g h ,   a n d   d u to   th lar g d ata  s i ze   u s ed .     T h s p ee d u p   r esu lts   in d icate d   h ig h   s p ee d   o u tco m es  w h e n   2   an d   4   co r es  ar e   u s ed ,   w h ile  th s p ee d u p   o u tco m s h o w ed   g r ad u al  r e d u ctio n   w h e n   8   co r es  an d   ab o v ar u s ed   in   th p r o tei n   d atab ase  s et  a n d   i n   E n g l is h   tex d atasets .   Ho w e v e r ,   in   th DNA   d atab ase  s et,   th r ed u ctio n   o f   s p ee d u p   b eg an   w h e n   1 6   an d   a b o v e   co r es  w er u s ed   ,   as  s h o w n   i n   F ig u r es  6 ,   7   an d   8 ,   as  w ell   as  in   T ab les  4 ,   5   an d   6 .   T h r ea s o n   f o r   th lo w   s p ee d u p   o f   p r o tein   s eq u e n ce   an d   E n g lis h   te x w h e n   co m p ar ed   to   th DNA   d ataset  i s   b ec au s o f   t h b ig   alp h ab et  s ize  o f   t h d ataset,   w h ic h   h ad   led   to   t h r ed u c tio n   i n   t h n u m b er   o f   s h if ti n g   in   th e   s ea r c h in g   tech n iq u o f   t h m a x i m u m   s h if al g o r ith m .   A d d itio n all y ,   it  is   d u to   th d ec r ea s in   t h p ar allel  ti m w h e n   lo n g   p atter n   a n d   in cr ea s ed   n u m b er   o f   co r es  ar u s ed .   A ll  o f   t h m en tio n ed   f ac to r s   r es u lt ed   in   t h lo w   s p ee d   u p   w h en   b i g   alp h ab et  s ize  is   u s ed .   Me an w h ile,   t h s p ee d u p   r es u lt s   u s in g   t h DN A   d atab ase  s et  is   n o af f ec ted   ex ten s i v el y   b ec a u s it  co n s is t s   o f   s m all  alp h ab et  s ize,   in   ad d itio n   to   th f ac t h at  d u r i n g   t h s ea r ch i n g   p h ase,   th er is   an   in cr ea s e   in   th e   s h i f tin g   tec h n iq u e,   w h ich   also   led   to   an   i n cr ea s i n   elap s ed   d u r ati o n   ti m e.   T h b est   s p ee d u p   r esu lt s   ar d is p la y ed   as  f o llo w s t w o   co r es,  1 . 7 7 f o u r   co r es,  3 . 9 8 eig h co r es,  7 . 2 8 s ix teen   co r es,  1 0 . 4 6 ;   t w en t y   co r es,  1 1 . 8 7 t w e n t y   f o u r   co r es,  1 1 . 5 8 .   T h e   m o s ex ce ed in g l y   b ad   s p ee d u p   co m e s   ab o u ar e   d is p la y ed   as  f o llo w s t w o   co r es,  1 . 4 f o u r   co r es,  2 . 0 2 eig h co r es,  2 . 1 9 s ix tee n   co r es,  3 t w e n t y   co r es,  2 . 9 5 t w e n t y   f o u r   co r es,  2 . 9 ,   as a p p e ar ed   in   T a b les 4 ,   5 ,   6 .       T ab le  4 .   T h Sp ee d u p   w h e n   u s in g   1 GB   o f   DN A   d atab ase     L e n g t h   o f   p a t t e r n   N u mb e r   o f   C o r e s     c o r e s     c o r e s     c o r e s   1 6   c o r e s   2 0   c o r e s   2 4   c o r e s   4   1 . 7 6   3 . 9 8   7 . 2 8   1 0 . 4 6   1 1 . 8 7   1 1 . 5 8   8   1 . 7 5   3 . 4 4   5 . 5 7   9 . 1 2   1 0 . 5 9   1 0 . 1 4   10   1 . 7 7   2 . 9 0   5 . 0 2   7 . 3 6   7 . 7 2   8 . 3 0   20   1 . 7 6   3 . 5 1   5 . 5 1   8 . 1 3   7 . 8 1   8 . 8 6   40   1 . 7 0   3 . 2 1   4 . 8 8   6 . 3 6   5 . 5 0   6 . 4 2   60   1 . 6 9   3 . 3 4   5 . 0 6   6 . 5 4   6 . 5 9   6 . 9 7   80   1 . 7 0   2 . 4 1   4 . 8 3   6 . 3 3   7 . 5 2   6 . 4 6   1 0 0   1 . 7 4   2 . 7 8   4 . 7 7   5 . 5 8   6 . 1 9   7 . 2 7     T ab le  5 .   T h Sp ee d u p   w h e n   u s in g   1 GB   o f   P r o tein   d atab ase     L e n g t h   o f   p a t t e r n   N u mb e r   o f   C o r e s     c o r e s     c o r e s     c o r e s   1 6   c o r e s   2 0   c o r e s   2 4   c o r e s   4   1 . 6 1   3 . 4 1   4 . 9 1   6 . 6 5   6 . 6 8   6 . 4 6   8   1 . 6 8   3 . 2 6   5 . 6 4   8 . 3 6   9 . 8 5   9 . 8 3   10   1 . 6 5   3 . 2 5   5 . 2 7   9 . 3 4   8 . 8 7   8 . 9 5   20   1 . 7 3   3 . 3 8   4 . 6 5   7 . 4 3   6 . 6 9   7 . 0 1   40   1 . 7   2 . 9 6   4 . 6 7   6 . 2   5 . 8 2   5 . 8 7   60   1 . 7 2   2 . 0 2   3 . 6 1   3 . 2 7   3 . 9 3   3 . 9 3   80   1 . 7 1   2 . 8 5   2 . 1 9   3 . 3 9   3 . 4 4   3 . 5   1 0 0   1 . 7 2   2 . 9   2 . 7 7   3   2 . 9 5   2 . 9     Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
                      I SS N :   2 5 0 2 - 4752   I n d o n esia n   J   E lec  E n g   &   C o m p   Sci,   Vo l.  22 ,   No .   3 J u n 2 0 2 1   :   1 5 2 9   -   1 5 3 9   1536   T ab le  6 .   T h Sp ee d u p   w h e n   u s in g   1 GB   o f   E n g lis h   d atab ase     L e n g t h   o f   p a t t e r n   N u mb e r   o f   C o r e s   2   c o r e s   4   c o r e s   8   c o r e s   1 6   c o r e s   2 0   c o r e s   2 4   c o r e s   4   1 . 4   3 . 1 7   4 . 9 9   7 . 7 4   7 . 2 6   7 . 7 8   8   1 . 7 4   3 . 1 1   6 . 2 9   9 . 7 9   1 2 . 3 8   1 0 . 9 1   10   1 . 6 6   2 . 3 1   4 . 9 8   8 . 8 5   8 . 0 9   8 . 8 1   20   1 . 7 4   3 . 3 6   5 . 1 7   8 . 3 8   7 . 8 8   8 . 1 6   40   1 . 5 1   2 . 9 5   5 . 0 7   5 . 6 5   6 . 1 9   5 . 7 9   60   1 . 4 1   2 . 6 5   3 . 7 6   3 . 8 5   4 . 3 3   4 . 2 2   80   1 . 4 8   2 . 8 5   3 . 4 8   3 . 6 7   3 . 6 7   3 . 6 2   1 0 0   1 . 5 9   2 . 7 8   3 . 5 8   3 . 5 8   3 . 5 3   3 . 3 9             Fig u r 6 .   E v alu atio n s   o f   t h s p ee d u p   w h en   u s i n g   1 GB   d ata  s ize  w ith   DN A   d atat y p e     Fig u r 7 .   E v alu atio n s   o f   t h s p ee d u p   w h en   u s i n g   1 GB   d ata  s ize  w ith   P r o tein   d at at y p e           Fig u r 8 .   E v alu atio n s   o f   t h s p ee d u p   w h en   u s i n g   1 GB   d ata  s ize  w it h   E n g li s h   te x t d atat y p e       4 .3 .     T he  ef f iciency   ev a lua t io n   As  in d icate d   in   T ab le s   7 ,   8   an d   9 ,   th ef f icie n c y   o f   t h m ax i m u m   s h i f alg o r it h m   i s   h i g h   w h e n   2 ,   4 ,   an d   8   co r es  ar e   u s ed   f o r   DNA ,   P r o tein   an d   E n g lis h   d atab ases .   Ho w e v er ,   th ef f icie n c y   b eg an   to   d ec r ea s e   w h e n   1 6   co r es  an d   ab o v ar u s ed   alo n g s id lo n g   p atter n   le n g t h s   o f   6 0 ,   8 0 ,   an d   1 0 0 .   Nev er th eles s ,   w h e n   t h e   DN A   d ataset  is   u tili ze d ,   t h ef f icien c y   b eg a n   to   r ed u ce   w it h   th u tili za tio n   o f   2 0   co r es.  T h r ea s o n   f o r   th e   w ea k n ess e s   i n   t h e f f icie n c y   b eg an   w ith   t h lo n g   p atter n   le n g t h ,   a n d   w h e n   1 6   co r es  an d   ab o v ar u ti lized   i n   th d ataset s   i s   b ec au s o f   t h o v er h ea d   t h at  i m p ac ted   t h p ar allel  p r o ce s s .   I n   t h i s   e x p er i m en t,  w h en   d ata  s iz e   o f   1 GB   is   e m p lo y ed ,   th er e   is   r ed u ctio n   in   th e f f ic ien c y   w h e n   t h n u m b er   o f   co r es  is   in cr ea s ed .   Fu r t h er m o r e,   d u to   t h p o s itiv r elatio n s h ip   b et w ee n   th ef f icie n c y   a n d   th e   s p ee d u p ,   th ef f icie n c y   i s   o b s er v ed   to   in cr ea s w h e n   th e   s p ee d u p   in cr ea s ed ,   an d   v ice  v er s a.   Du to   th m en tio n ed   r ea s o n ,   th ef f icie n c y   is   o b s er v ed   to   d ec r ea s w h e n   8   co r es  an d   co r v alu e s   ab o v e   8   co r es  an d   lo n g   p atter n   ar u s ed .   T h u ti lizatio n   o f   th DN A   d atab ase  s h o w ed   th h ig h e s e f f ic ien c y   o u tco m i n   co m p ar is o n   to   th P r o tein   a n d   E n g lis h   T ex t   d atat y p es,  as  s h o w n   i n   Fi g u r es  9 ,   1 0   an d   1 1 .   T h b est  ef f icien c y   r es u lts   ar d is p la y ed   as  tak e s   a f ter t w o   co r es,  8 8 %;  f o u r   co r es,  9 9 %;   eig h c o r es,  9 1 %;  s i x tee n   co r es,  6 5 %;  t w en t y   co r es  5 9 %;   t w e n t y - f o u r   co r es  4 8 %.  T h w o r s ef f icie n c y   r e s u lt s   ar d is p lay ed   as  f o llo w s t w o   co r es,  6 9 %;  f o u r   co r es,   5 0 %;  eig h co r es,  2 7 %; s ix tee n   co r es,  1 8 %; t w e n t y   co r es,  1 4 %;  t w e n t y - f o u r   c o r es,  1 2 %; as sh o w n   i n   T ab les 7 ,   8   an d   9.           Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
I n d o n esia n   J   E lec  E n g   &   C o m p   Sci     I SS N:  2502 - 4752       P a r a llel imp leme n ta tio n   o f m a ximu m - s h ift a lg o r ith u s in g   Op en Mp   ( A th ee r   A kra A b d u lRa z z a q )   1537   T ab le  7 .   T h E f f icie n c y   w h e n   u s i n g   1 GB   o f     DN A   d atab ase     L e n g t h   o f   p a t t e r n   N u mb e r   o f   C o r e s     c o r e s     c o r e s     c o r e s   1 6   c o r e s   2 0   c o r e s   2 4   c o r e s   4   8 7 %   9 9 %   9 1 %   6 5 %   5 9 %   4 8 %   8   8 7 %   8 5 %   6 9 %   5 7 %   5 2 %   4 2 %   10   8 8 %   7 2 %   6 2 %   4 6 %   3 8 %   3 4 %   20   8 8 %   8 7 %   6 8 %   5 0 %   3 9 %   3 6 %   40   8 4 %   8 0 %   6 1 %   3 9 %   2 7 %   2 6 %   60   8 4 %   8 3 %   6 3 %   4 0 %   3 2 %   2 9 %   80   8 5 %   6 0 %   6 0 %   3 9 %   3 7 %   2 6 %   1 0 0   8 6 %   6 9 %   5 9 %   3 4 %   3 0 %   3 0 %     T ab le   8 .   T h E f f icie n c y   w h e n   u s i n g   1 GB   o f     P r o tein   d atab ase     L e n g t h   o f   p a t t e r n   N u mb e r   o f   C o r e s     c o r e s     c o r e s     c o r e s   1 6   c o r e s   2 0   c o r e s   2 4   c o r e s   4   8 0 %   8 5 %   6 1 %   4 1 %   3 4 %   2 6 %   8   8 3 %   8 1 %   7 0 %   5 2 %   4 9 %   4 0 %   10   8 2 %   8 1 %   6 5 %   5 8 %   4 4 %   3 7 %   20   8 6 %   8 4 %   5 8 %   4 6 %   3 3 %   2 9 %   40   8 5 %   7 3 %   5 8 %   3 8 %   2 9 %   2 4 %   60   8 6 %   5 0 %   4 5 %   2 0 %   1 9 %   1 6 %   80   8 5 %   7 1 %   2 7 %   2 1 %   1 7 %   1 4 %   1 0 0   8 5 %   7 2 %   3 4 %   1 8 %   1 4 %   1 2 %         T ab le  9 .   T h E f f icie n c y   w h e n   u s i n g   1 GB   o f   E n g l is h   d atab ase     L e n g t h   o f   p a t t e r n   N u mb e r   o f   C o r e s   2   c o r e s   4   c o r e s   8   c o r e s   1 6   c o r e s   2 0   c o r e s   2 4   c o r e s   4   6 9 %   7 9 %   6 2 %   4 8 %   3 6 %   3 2 %   8   8 6 %   7 7 %   7 8 %   6 1 %   6 1 %   4 5 %   10   8 3 %   5 7 %   6 2 %   5 5 %   4 0 %   3 6 %   20   8 6 %   8 3 %   6 4 %   5 2 %   3 9 %   3 3 %   40   7 5 %   7 3 %   6 3 %   3 5 %   3 0 %   2 4 %   60   7 0 %   6 3 %   4 6 %   2 4 %   2 1 %   1 7 %   80   7 4 %   7 1 %   4 3 %   2 2 %   1 8 %   1 5 %   1 0 0   7 9 %   6 9 %   4 4 %   2 2 %   1 7 %   1 4 %             Fig u r 9 .   E v alu atio n s   o f   t h e f f icie n c y   w h e n   u s in g   1 GB   d ata  s ize  w ith   DN A   d atat y p e     Fig u r 1 0 .   E v alu atio n s   o f   t h ef f icien c y   w h en   u s in g   1 GB   d ata  s ize  w ith   P r o tein   d at at y p e           Fig u r 1 1 .   E v alu atio n s   o f   t h ef f icien c y   w h en   u s in g   1 GB   d ata  s ize  w it h   E n g lis h   te x t d atat y p e       5.   CO NCLU SI O N   T h is   s tu d y   ab o u u n co v er s   t h e   f i n d in g s   o f   t h p ar allel  ex ec u tin g   ti m e,   s p ee d u p   an d   t h e f f icien c y   o f   th p ar allel  ti m an d   co m p ar in g   t h at  ti m to   s eq u e n tial  ti m o f   Ma x i m u m - Sh if al g o r ith m   w h e n   u til ized   w it h   m u lti - co r tech n o lo g y   a n d   Op en MP   d ir ec tiv e,   in   a d d itio n   to   th u til izatio n   o f   s e v er al  d ata s ets  w it h   th u tili ze   o f   1 GB   s ize  d atab ases   an d   p atter n   len g th s   o f   4   to   1 0 0   ch ar ac ter s .   T h p ar allel  m ax i m u m - s h if al g o r ith m   ap p ea r ed   tall  ex ec u tio n   ca p ab ilit ies  w h e n   th Op en MP   m o d el  is   u tili ze d ,   an d   w h en   it  is   co m p ar ed   to   co n s ec u tiv e.   T h Ma x i m u m - Sh i f al g o r ith m   g o tten   w a y   b etter   co m es  ab o u w i th   g r ea t   ex ec u t io n   a f ter   th e   ex ec u t io n   o f   p ar alleliza tio n   b y   th m o s ex ce lle n p ar allel  ex ec u tio n   ti m as  co m p ar ed   to   s u cc es s iv ti m e,   th e   Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
                      I SS N :   2 5 0 2 - 4752   I n d o n esia n   J   E lec  E n g   &   C o m p   Sci,   Vo l.  22 ,   No .   3 J u n 2 0 2 1   :   1 5 2 9   -   1 5 3 9   1538   s p ee d u p   an d   th e f f ec in c y   f ac to r s .   T h E n g lis h   te x i n f o r m atio n   ac h ie v ed   th id ea co m e s   ab o u in   p ar allel  ex ec u t io n   ti m e,   in   th m ea n   t i m e,   th u tili za tio n   o f   th DN A   d atab ase  s et  g o tte n   th m o s elev ated   p o s itiv e   co m e s   ab o u in   s p ee d u p   an d   in   ef f icie n c y .   A s   co n clu s io n ,   w s u g g es th m u lti - co r en v ir o n m e n as  th e   ap p r o p r iate  p latf o r m   f o r   p ar alleliza tio n   t h Ma x i m u m - S h i f t   s tr in g   m atc h i n g   a lg o r it h m .   F o r   f u t u r w o r k   t h e   Ma x i m u m - S h i f al g o r ith m   m a y   w ell  b e n h a n ce d   b y   e x ec u t in g   th Ma x i m u m - Sh if a lg o r i th m   to   o th er   m u l ti   co r s tan d ar d s   s u c h   as  P th r ea d   p r o g r am   a n d   m u ltip r o ce s s o r s   m o d els  s u c h   as  MP I ,   as  w el ca n   i m p r o v ed   t h e   alg o r ith m   b y   p ar alleliza tio n   th p r ep r o ce s s in g   w it h   s ea r ch i n g   p h ase.         RE F E R E NC E S   [1 ]   C.   S .   K o u z in o p o u lo s,  P .   M ich a il id is,  a n d   K.   G .   M a rg a rit is ,   P a r a ll e Im p le m e n tatio n   o f   Ex a c Tw o   Di m e n sio n a P a tt e r n   M a tc h in g   A lg o rit h m u sin g   M P a n d   Op e n M P ,   9 t h   He ll e n ic   Eu r o p e a n   Res e a rc h   o n   C o mp u ter   M a th e ma ti c s a n d   it s A p p li c a ti o n s   Co n fer e n c e   p p .   1 - 6 ,   2 0 0 9 .     [2 ]   Y.  Y.  L e o w ,   C.   Y.  Ng ,   a n d   W . F .   W o n g ,   G e n e ra ti n g   h a rd w a r e   fro m   Op e n M P   p r o g ra m s , ”  Pro c e e d in g o f   IEE E   In ter n a t io n a C o n fer e n c e   o n   F ield   Pro g ra mm a b le T e c h n o l o g y p p .   73 - 8 0 ,   2 0 0 6 ,   d o i 1 0 . 1 1 0 9 /F P T . 2 0 0 6 . 2 7 0 2 9 7 .     [3 ]   A .   Hn a if ,   A .   M o h a m m a d ,   O.  A .   A b o u a b d a ll a ,   a n d   S .   Ra m a d a ss ,   P a ra ll e l   Qu ick   S e a rc h   A lg o rit h m   to   S p e e d   P a c k e t   P a y lo a d   F il teri n g   in   NID S ,   J o u r n a o E n g in e e rin g   S c ien c e   a n d   T e c h n o l o g y ,   v o l .   4 ,   n o .   2 ,   p p .   1 - 7 ,   2 0 0 8 .     [4 ]   A .   A .   Ha s a n ,   N.  A b d u Ra sh i d ,   A .   A .   A b d u lraz z a q ,   a n d   M .   A .   A b u - Ha sh e m ,   S tri n g   M a tch in g   A l g o rit h m f o In tru si o n   De tec ti o n   S y ste m   A   S u rv e y   a n d   T a x o n o m y ,   In ter n a ti o n a l   J o u rn a o Ad v a n c e me n t in   Co mp u ti n g   T e c h n o l o g y ,   v o l.   5 ,   n o .   8,   p p .   3 1 7 - 3 3 3 ,   2 0 1 3 d o i: 1 0 . 4 1 5 6 /i jac t. v o l 5 . issu e 8 . 3 6   [5 ]   Je s Cá m a ra ,   Ja v ier Cu e n c a ,   L u is - P e d r o   G a rc ía,  a n d   Do m in g o   G i m é n e z a ,   E m p iri c a M o d e ll i n g   o f   L in e a A l g e b ra   S h a re d - M e m o r y   Ro u ti n e Em p iri c a M o d e ll in g   o f   L in e a A lg e b ra   S h a re d - M e m o r y   Ro u ti n e s,”   Pr o c e d ia   Co mp u ter   S c ien c e , v o 1 8 ,   p p .   1 1 0 - 1 1 9 ,   2 0 1 3 ,   d o i:   1 0 . 1 0 1 6 /j . p ro c s. 2 0 1 3 . 0 5 . 1 7 4 .     [6 ]   N.  Ha z i m ,   M .   A .   S a h ib   Na se r,   a n d   Zaid   G .   A li ,   P a ra ll e Qu ick   S e a rc h   A l g o rit h m   f o th e   Ex a c S tri n g   M a tch in g   P r o b lem   Us in g   Op e n M P ,   J o u rn a l   o f   Co m p u ter   a n d   C o mm u n ica ti o n s ,   v o l .   4 ,   n o .   1 3 ,   p p .   1 - 1 1 ,   2 0 1 6 d o i: 1 0 . 4 2 3 6 /j c c . 2 0 1 6 . 4 1 3 0 0 1 .   [7 ]   Nh a t - P h u o n g   T ra n ,   M y u n g h o   L e e ,   a n d   Do n g   Ho o n   Ch o i ,   Ca c h e   L o c a li t y - Ce n tri c   P a ra ll e S tri n g   M a tch in g   o n   M a n y - Co re   A c c e lera to Ch ip s,”   Hin d a w Pu b li sh i n g   C o rp o r a ti o n ,   S c ie n ti fi c   Pro g ra mm in g ,   v ol .   2 0 1 5 ,   p p .   1 - 2 1 ,   2 0 1 5 ,   d o i:   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 1 5 /9 3 7 6 9 4 .     [8 ]   R.   Jin ,   G .   Ya n g ,   a n d   G .   Ag ra w a l ,   S h a re d   M e m o r y   P a ra ll e li z a ti o n   o f   Da ta  M in i n g   A lg o rit h m s:  T e c h n iq u e s,   P r o g ra m m in g   In terf a c e ,   a n d   P e rf o rm a n c e ,   IEE T ra n sa c ti o n s o n   Kn o wled g e   a n d   Da t a   E n g i n e e rin g ,   v o l.   1 7 ,   n o .   1 p p .   1 - 1 9 ,   2 0 0 5 ,   d o i:   1 0 . 1 1 0 9 /T KD E. 2 0 0 5 . 1 8 .     [9 ]   M .   He m n a n i,   P a ra ll e p r o c e ss i n g   tec h n iq u e f o h ig h   p e rf o rm a n c e   i m a g e   p ro c e ss in g   a p p li c a ti o n s , ”  2 0 1 6   IEE E   S tu d e n ts '   Co n fer e n c e   o n   El e c trica l,   El e c tro n ics   a n d   Co m p u ter   S c ien c e   ( S CEE CS ) ,   p p .   1 - 4 ,   2 0 1 6   d o i:   1 0 . 1 1 0 9 /S CE ECS . 2 0 1 6 . 7 5 0 9 3 1 6 .     [1 0 ]   K.  N.  Ra i,   K .   Na th   Ra i,   a n d   V .   Ku m a S in g h ,   A   P a ra ll e P ro c e ss in g   T e c h n iq u e   Ba se d   o n   G M a n d   BC S   f o r   M e d ica Im a g e   En c r y p ti o n ,   In ter n a ti o n a J o u r n a o In n o v a t ive   T e c h n o l o g y   a n d   Exp l o rin g   En g i n e e rin g   ( IJ IT EE ) v o l.   9 ,   n o .   3 ,   p p .   3 4 1 8 - 3 4 2 7 ,   2 0 2 0 .     [1 1 ]   A .   A b d u lraz z a q ,   Nu r' A in A b d u Ra sh i d ,   a n d   A .   M a j i d   T a h a ,   T h e   En h a n c e d   Hy b rid   A lg o rit h m   f o th e   A b d u lRaz z a q   a n d   Be rry - R a v in d ra n   A lg o rit h m s,   In ter n a ti o n a J o u rn a o E n g i n e e rin g   &   T e c h n o lo g y ,   v o l.   7 ,   n o .   3 pp.   1 7 0 9 - 1 7 1 7 ,   2 0 1 8 ,   d o i:   1 0 . 1 4 4 1 9 /i jet . v 7 i3 . 1 2 4 3 6 .     [1 2 ]   A .   A .   A b d u l   Ra z z a q ,   Nu r' A in A b d u Ra sh i d ,   A .   A h m e d   A b b o o d ,   a n d   Z.   Zain o l T h e   Im p ro v e d   Hy b rid   A lg o rit h m   f o th e   A th e e a n d   Be rr y - Ra v in d ra n   A lg o rit h m s,   In ter n a ti o n a J o u rn a o El e c trica a n d   C o mp u t e En g in e e rin g   ( IJ ECE ) ,   v o l.   8 ,   n o .   6 ,   p p .   4 3 2 1 - 4 3 3 3 ,   2 0 1 8 ,   d o i:   1 0 . 1 1 5 9 1 /i jec e . v 8 i6 . p p 4 3 2 1 - 4 3 3 3 .     [1 3 ]   A .   A .   Ha sa n ,   Nu r' A in A b d u Ra sh id ,   a n d   A .   A k ra m   A b d u lraz z a q ,   M u lt i - p a tt e rn   stri n g   m a tc h in g   a lg o ri th m c o m p a riso n   f o in tr u sio n   d e tec ti o n   sy ste m ,   AIP   Co n fer e n c e   Pro c e e d in g s ,   v o l.   1 6 3 5 ,   n o .   1 .   2 0 1 4   d o i:   1 0 . 1 0 6 3 /1 . 4 9 0 3 5 5 8 .     [1 4 ]   A .   A .   A b d u lraz z a q ,   N u r' A in Ab d u Ra sh id ,   A .   A .   Ha sa n ,   a n d   M .   A .   A b u - Ha sh e m e a l . ,   Ne w   S e a rc h in g   T e c h n iq u e   o f   H y b rid   Ex a c S tri n g   M a tch in g   a lg o rit h m ,   . In ter n a ti o n a Rev iew  o n   Co m p u ter s   a n d   S o f twa re   ( I. RE . CO.S . ) ,   v o l .   11 ,   n o .   1 0 ,   p p .   8 8 4 - 8 9 7 ,   2 0 1 7 ,   d o i:   1 0 . 1 5 8 6 6 / irec o s.v 1 1 i1 0 . 1 0 3 2 1 .     [1 5 ]   A .   A .   A b d u lraz z a q ,   Nu r' A in A b d u Ra sh i d ,   a n d   M .   A .   A b u - H a sh e m A   Ne w   Eff ici e n Hy b rid   Ex a c S tr in g   M a tch in g   A lg o rit h m   a n d   I ts  A p p li c a ti o n s,   L if e   S c ien c e   J o u r n a l   ( L if e   S c i   J ) ,   v o l .   1 1 ,   n o .   1 0 ,   p p .   474 - 4 8 8 ,   2 0 1 4 d o i:   1 0 . 1 5 8 6 6 / irec o s.v 1 1 i 1 0 . 1 0 3 2 1 .     [1 6 ]   A .   A l - m a z ro i,   A   F a st  H y b rid   A lg o rit h m   f o th e   Ex a c S t ri n g   M a tch i n g   P ro b lem ,   Ame ric a n   J o u rn a l   o f   En g i n e e rin g   a n d   A p p li e d   S c ien c e s ,   v o l.   4 ,   n o .   1 ,   p p .   1 0 2 - 1 0 7 ,   2 0 1 1 ,   d o i:   1 0 . 3 8 4 4 /aje a ss p . 2 0 1 1 . 1 0 2 . 1 0 7 .     [1 7 ]   A .   Hu d a ib ,   R.   A l - k h a li d ,   D.  S u le im a n ,   a n d   M .   A b d   A lf a tt a h   Itri q , A   F a st  P a tt e rn   M a tc h in g   A lg o r it h m   w it h   Tw o   S li d i n g   W in d o w (T S W A   F a st  P a tt e rn   M a tch i n g   A lg o rit h m   w i th   T w o   S li d in g   W in d o w (T S W ),   J o u r n a l   o Co mp u ter   S c ien c e ,   v o l.   4 ,   n o .   5 ,   p p .   3 9 3 - 4 0 1 ,   2 0 0 8 ,   d o i:   1 0 . 3 8 4 4 /j c ss p . 2 0 0 8 . 3 9 3 . 4 0 1 .     [1 8 ]   A .   Hu d a ib ,   D .   S u leim a n ,   a n d   A .   Aw a jan ,   A   F a st  P a tt e rn   M a tch in g   A lg o rit h m   Us in g   Ch a n g in g   Co n se c u ti v e   Ch a ra c ters ,   J o u rn a o S o f twa re   En g i n e e rin g   a n d   A p p li c a ti o n ( J S EA ) ,   v o l.   9 , n o .   8 ,   p p .   399 - 4 1 1 ,   2 0 1 6   d o i:   1 0 . 4 2 3 6 /j se a . 2 0 1 6 . 9 8 0 2 6 .     [1 9 ]   S .   I .   Ha k a k ,   e a l . ,   Ex a c S tri n g   M a tch in g   A lg o rit h m s:  S u rv e y ,   Iss u e s,  a n d   F u tu re   Re se a rc h   Dire c ti o n s,”   IE EE   Acc e ss ,   v o l.   7 ,   p p .   6 9 6 1 4 - 6 9 6 3 7 ,   2 0 1 9 ,   d o i:   1 0 . 1 1 0 9 /A CCES S . 2 0 1 9 . 2 9 1 4 0 7 1 .     Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.