I n d on e s i an   Jo u r n al   o El e c t r i c al   En gi n e e r i n g   an d   C o m p u te r   S c i e n c e   V o l .   18 ,   N o .   1 A p r i l   20 20 ,   p p.   343 ~ 350   IS S N :   2502 - 4752 ,   D O I :   10. 1 1591 / i j e e c s . v 1 8 .i 1 . pp343 - 350             343       Jou r n al   h o m e pa ge ht t p: / / i j e e c s . i a e s c or e . c om   Fun c t i o n a l   a n a l y s i o f   c a n c e r   g e n e   s u b t y p e   f r o m   c o - c l u st e r i n g   a n d   c l a s si f i c a t i o n       Lo ge n th i r an   M a c h ap 1 ,   A fn i z an fa i z a l   A b d u l l ah 2 ,   Zu r ai n i   A l i   S h ah 3   1 , 2 S y nt he t i c   B i o l o gy   R e s e a r c G r o up ,   U n i v e r s i t i   T e kno l o g i   M a l a y s i a ,   M a l a y s i a   3 A r t i f i c i a l   I nt e l l i g e nc e   a nd   B i o i nf o r m a t i c s   G r o up,   S c ho o l   o f   C o m pu t i ng ,   F a c u l t y   o f   E ng i ne e r i ng ,     U ni v e r s i t i   T e k no l o g i   M a l a y s i a ,   M a l a y s i a       A r ti c l e   I n fo     A B S TR A C T   Ar t i c l e   h i s t or y :   R e c e i v e d   A ug   27 ,   201 9   R e v i s e S e p   16 ,   201 9   A c c e pt e O c t   3 ,   20 1 9       C a nc e r   i s   a   h e t e r o g e ne i t y   g e ne t i c   d i s e a s e   w i t h   hug e   p he no t y pi c   a l t e r a t i o ns   a m o ng   di s s i m i l a r   c a nc e r s   t y pe s   o r   e v e n   be t w e e n   s a m e   c a nc e r   t y p e s .   R e c e nt   e xpa n s i o ns   o f   g e no m e - w i de   p r o f i l i ng   t e c hno l o g i e s   o f f e r   a   c ha nc e   t o   e xp l o r e   m o l e c ul a r   c ha ng e s   v a r i a t i o ns   t h r o ug ho ut   a dv a nc e m e nt   o f   c a nc e r .   T he r e f o r e ,   v a r i o us   s t a t i s t i c a l   a nd   m a c hi n e   l e a r n i ng   a l g o r i t hm s   ha v e   be e d e s i g ne a nd   de v e l o pe d   f o r   t h e   ha ndl i ng   a nd   i n t e r p r e t a t i o n   o f   hi g h - t h r o ug hput   m i c r o a r r a y   m o l e c ul a r   da t a .   D i s c o v e r y   of   m o l e c ul a r   s ub t y pe s   s t ud i e s   ha v e   pe r m i t t e d   t h e   c a nc e r   t o   be   a l l o c a t e i n t o   s i m i l a r   g r o ups   t h a t   a r e   d e l i be r a t e d   t o   p o r t   s i m i l a r   m o l e c ul a r   a nd   c l i ni c a l   c ha r a c t e r i s t i c s .   T h us ,   t he   m a i o b j e c t i v e   o f   t hi s   r e s e a r c h   i s   t o   di s c ov e r   c a nc e r   g e ne   s ubt y pe s   a nd   c l a s s i f y   g e ne s   t o   o bt a i n   hi g he r   a c c ur a c y .   I pa r t i c ul a r   i m p r o v e c o - c l us t e r i ng   a l g o r i t hm   us e d   t o   d i s c o v e r   c a nc e r   s ub t y pe s .   A nd  t h e s up e r v i s e i nf i n i t e   f e a t u r e   s e l e c t i o g e ne   s e l e c t i o n   m e t ho w a s   c o m bi ne w i t m u l t i   c l a s s   S V M   f o r   c l a s s i f i c a t i o o f   s e l e c t e d   g e ne s   a nd  f u r t h e r   b i o l o g i c a l   a na l y s i s .   T he   a na l y s i s   o b r e a s t   c a nc e r   a nd   g l i o bl a s t o m a   m ul t i f o r m e   e v i d e nc e s   t h a t   t o g e ne s   i nv o l v e i n   c a nc e r   a nd  t he   pa t hw a y s   pr e s e n t   i bo t c a nc e r   t o g e n e s .   T h e   f unc t i o na l   a n a l y s i s   i s   u s e f ul   i m e di c a l   a nd  pha r m a c e u t i c a l   f i e l d   f o r   c a nc e r   d i a g no s i s   a n p r o g no s i s .   Ke y w or d s :   B i o l o gi c a l   a n a l y s i s   Ca n c e s ub t y pe s   Cl a s s i f i c a t i o n   Co - c l us t e r i n g   M i c r o a rr a y   C opy r i gh t   ©   2020   I n s t i t ut e   o f   A dv anc e E ng i ne e r i ng   and   S c i e nc e .     A l l   r i gh t s   r e s e r v e d .   Cor r e s pon di n g   Au t h or :   L o g e n t hi r a M a c ha p,   S c h o o l   of   Co m put i n g ,   F a c ul t y   of   E n gi n e e r i n g ,   U n i v e r s i t i   T e kn o l o gi   M a l a y s i a ,   8 131 S ku da i   J o h o M a l a y s i a .   E m a i l :   l o gm a c _87 @ y a h o o . c o m       1.   I N TR O D U C TI O N     A b n o r m a l i t i e s   o f   c a n c e r   ge n o m e   c a n   b e   o b s e r v e t hr o ug h   b a s i c   r e s e a r c h e s   w h i c h a v e   b e e n   us e t o   c a t e go r i z e   p a t i e nt s   w i t h   r e s pe c t   t o   e nha n c e   t h e i r   c l i ni c a l   de c i s i o n   m a ki n g   a nd  i m pl e m e nt   m o r e   e ff i c i e n t   t r e a t m e nt s .   E v e n   t h o ug t hi s   t y pe s   of   c a t e go r i z a t i o ha v e   e nh a n c e d   t h e   e f f i c i e n c y   o f   t r e a t m e n t   o f   v a ri o us   c a n c e r s ,   b ut   t h e   h e t e r o ge n e i t y   a m o n g   t h e   po pul a t i o n s   s t i l l   r e m a i n s   a s   a   m a i n   c ha l l e n ge .   T h e   a dv a n c e m e n t   o D N A   m i c r o a rr a y   t e c h n o l o gy   h a s   pe r m i t t e a n   e xt e n s i v e   u n d e r s t a ndi n g   o f   ge n e s   e s pe c i a l l y   i o n c o l o g y   f i e l d   fo r   s t a rt ,   d i a g n o s i s   a nd  p r o g n o s i s   o f   c a n c e r s .   T h e s e   v a r i o us   di a g n o s t i c s   a r e   us e f ul   f o r   di f fe r e nt   t y pe s   of   c a n c e r ,   w h i c l e a d   t o   i n di v i du a l   t r e a t m e n t   p l a n s   a nd  a c c ur a t e   c l i ni c a l   o ut c o m e s   e s t i m a t i o [1,   2] .   A s   t h e   i ni t i a l   s t a ge   i o r g a n i z i ng   a nd   i n v e s t i ga t i n g   hi g h - t hr o ug h pu t   ge n e   e xp r e s s i o d a t a s e t s   i s   t hr o ugh  a r t i f i c i a l   i nt e l l i ge n c e   i de e m a c h i n e   l e a rni n a pp r o a c by   gr o upi n g   t h e m   t o ge t h e r   (c l us t e r )   a c c o r di n t o   s i m i l a b i o l o gi c a l   f e a t u r e s   (ge n e o c o n di t i o n s   (s a m p l e s c o n f e rr e o n   s o m e   s i m i l a r i t y   m e a s ur e s   [3 - 5] M e a n w hi l e   f o r   b o t h   f e a t u r e s   a n c o ndi t i o n s   a r e   t y pi c a l l y   i na de qua t e   w i t h   p ri o k n o w l e dge ,   t h e   c l us t e ri n g   pr o c e s s   i s   c o n duc t e d   a s   a u n s u pe r v i s e p r o c e s s   v i a   g r o upi n g   f e a t u r e s   a n d   c o n d i t i o n s   [6] .   T h e   c o n v e n t i o n a l   c l us t e r i ng   i s   n o t   s a i d   t o   b e   a i de a l   m e t h o f o c o m pl i c a t e a n d   h e t e r o ge n e o us   c a n c e r s .   T hi s   i s   b e c a us e ,   t h e r e   a r e   o n l y   c e r t a i ge n e s   i n   a   s ub s e t   o f   s a m pl e s   a r e   e xp r e s s e a s   a   c a n c e ge n e s   i n   c e l l u l a p r o c e s s e s   a m o n g   t h e   s i m i l a r   c l i n i c a l   t y pe s   of   c a n c e r   i a   s pe c i f i c   t i s s ue .   H e n c e ,   i t   h a s   b e e n   f o un a   l i m i t a t i o n   t h a t   a   s i n gl e   ge n e   m i g ht   pl a y   r o l e   i r e gu l a t i n g   a nd  pa rt i c i p a t i ng  i n u m e r o us   c l us t e r s   a nd  p a t h w a y s   of   di ff e r e n t   c o n di t i o n s   [7] .   Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
                                IS S N :   2502 - 4752   In do n e s i a J   E l e c   E ng  &   Co m S c i ,   V o l .   18 ,   N o .   1 A p r i l   20 20  :     343   -   3 50   344   T h e r e f o r e ,   C h e ng  a n d   C hu r c h   [8]   ha s   b e e t h e   pi o n e e i i m pl e m e nt a t i o n   b i - c l us t e ri n g   a p p r o a c o ge n e   e xp r e s s i o n   d a t a s e t s .   F u n d a m e nt a l l y ,   c o - c l us t e r i ng  [o b i - c l us t e r i n g s i m ul t a n e o us l y   c l us t e r s   ge n e s   a nd  s a m pl e s   t o   di s c ov e r   s ub t y pe s   o r   s ub gr o ups   o f   ge n e s   w h i c d i s pl a y s   s i m i l a r   pa t t e rn s   w i t h i c e r t a i c o n di t i o n s   s ub s e t   o f   e xpe r i m e nt s   [9 - 1 1] .   O n   t o o f   t h a t ,   t hi s   a ppl i c a t i o n   ha s   p r o v i de u n i que   o ppo r t u n i t i e s   a nd  c h a l l e n ge s   t o   c l a s s i fy   t um o r s   a n d   di s c o ve r   m o r e   t u m o s ub t y p e   m e c ha ni s m s .   I a dd i t i o t o   t h i s ,   t h e   r e s e a r c h e r s   a r e   a l s t r y i n t o   i de n t i fy   m ul t i pl e   b i - c l us t e r s   a t   a   t i m e .   F o e xa m pl e ,   s t a t i s t i c a l   m e t h o [12] ,   i n f o r m a t i o t h e o r y   [13] m a t r i f a c t o ri z a t i o n   [14 ] ,   a n g ra p h   b a s e b i - c l us t e ri n [ 15] .   M a n y   c o - c l us t e r i ng  m e t h o ds   w e r e   de ve l o p e b y   r e s e a r c h e r s .   C h o   a n d   D h i l l o [1 6]   p r o po s e a   m i n i m u m   s um - s qu a r e r e s i due   c o - c l us t e ri n g   (M S S R CC)  t o   i de nt i fy   c o h e r e n t   b i - c l us t e r s .   M o dul a S i n gu l a V a l ue   D e c om po s i t i o (M o d - S V D w a s   pr o po s e by   A r a d h y a ,   M a s ul l i   [17]   t o   di s c o ve r   b i - c l us t e r s   f r o m   S V D   c o m put a t i o n.   H ua n g ,   S u n   [1 8]   de v e l o p e a   m o di f i e f uz z y   c o - c l us t e r i ng  (M F C C)  w hi l e   H us s a i a n d   R a m a z a n   [19]   p r o po s e a   m e t h o b a s e o n   c o - s i m i l a ri t y   m e a s u r e   b e t w e e n   ge n e s   (a n d   c o n d i t i o n s ).   T h e r e f o r e ,   i t hi s   r e s e a r c w e   pr o po s e t o   i m p r o ve   ne t w o r a s s i s t e d   c o - c l us t e r i n f o r   t h e   i de nt i f i c a t i o o f   c a n c e s ub t y pe s   (i N CIS ).   G e n e ra l l y   t hi s   m e t h o ut i l i z e s   ge n e   n e t w o r p ri o k n o w l e dge   t o   b e   i n t e g r a t e w i t ge n e   e xp r e s s i o d a t a   t o   o b t a i b i - c l us t e r s .       2.   R ES EA R C H   M ET H O D   2. 1 .       D at as e t   an d   To o l s     T w o   c a n c e m i c r o a rra y   da t a s e t s   w e r e   us e i n   t hi s   r e s e a r c h.   T h e y   a r e   B r e a s t   C a n c e r   (B R CA a n d   G l i o b l a s t o m a   M ul t i f o r m e   (G B M ).   I n   a ddi t i o n ,   b o t h   o f   t h e s e   da t a s e t s   a r e   pub l i c l y   a v a i l a b l e   a t   T h e   C a n c e r   G e n o m e   A t l a s   ( T CG A w h e r e   B R CA   o b t a i n e f r o m   t h e   N e t w o r [20]   m e a n w h i l e   G B M   i s   f r o m   V e rha a k,   H o a dl e y   [21] .   T h e   c a n c e r   d a t a s e t s   w e r e   i n   t e x t   f i l e   f o r m a t   a n ha b e e n   p r e - f o r m a t t e t o   b e   us e a s   a n   i n pu t   fo r   t h e   s o f t w a r e .   T h e s e   d a t a s e t s   m a i nl y   c o m pr i s e   o f   n u m e r i c a l   v a l ue s ;   r o w s   r e p r e s e n t i n g   t h e   ge n e s   a nd  c o l um n s   r e p r e s e n t i n g   t h e   s a m p l e s / pa t i e n t s   b ut   t h e   c l a s s e s   a r e   u nk n o w n.   B R CA   c o n t a i n s   17814   ge n e s   a n d   5 47   s a m pl e s   w h i l e   G B M   c o n t a i n s   1186 ge n e s   a n d   202  s a m p l e s .   Co - c l us t e r i ng  a n c l a s s i f i c a t i o n   a r e   pe r f o r m e us i n M A T L A B   2014a ,   w hi l e   F e a t u r e   s e l e c t i o n   l i b ra r y   (F S L i b [22]   i s   us e t o   c o m b i n e   f o r   c l a s s i f i c a t i o n.         2. 2 .       Co - c l u s te r i n an d   V al i d ati o n   In  t h i s   s t a ge ,   t h e   f i r s t   s t e p   i s   t o   a s s i g w e i ght s   t o   e a c ge ne s   us i n g   m o di f i e P a ge R a n k   a l go r i t h m .   T h e t h e   b e gi nn i ng   o f   c o - c l us t e r i n g   ( i N CIS )   a l go ri t hm   w h e re   t h e   o b j e c t i v e s   f un c t i o n   i s   i m p r o v e t o   m i ni m i z e   t h e   s um - s qu a r e r e s i due s   a n o pt i m i z e s   m a t ri X .   T h e   s e l e c t i o n s   of   pa ra m e t e r s   a r e   b a s e o n   c o ph e n e t i c   c o r r e l a t i o n   c o e ff i c i e n t   a n d   s o m e   o f   t h e m   a r e   de f a ul t   [23 ,   24] .   F o t h e   v a l i da t i o n ,   s i l h o ue t t e   a na l y s i s   w a s   do n e   [25] .   T h e   l a r ge r   t h e   s i l h o ue t t e   v a l ue   i s   b e t t e t h e   c l us t e ri ng.   B e s i de   t h i s ,   s ub n e t w o r ks   a r e   o b t a i n e f o r   a   pa r t i c ul a ge n e   f o r   b o t h   c a n c e r   a n d   v a l i da t e d .     2. 3 .       C l as s i fi c at i o n   an d   V al i d a ti o n   T h e   r e s ul t s   o f   n um b e r   o f   c l a s s e s   f o r   bo t h   d a t a s e t s   w e r e   us e f ur t h e f o r   f e a t ur e   s e l e c t i o n   a nd  c l a s s i f i c a t i o n.   S upe r v i s e i n f i n i t e   f e a t ur e   s e l e c t i o (S i n F S t e c hn i q ue   i s   c o m b i ni n t o   m u l t i c l a s s   s uppo rt   v e c t o r   m a c h i n e   (m S V M ) .   H e n c e   i t   i s   r e qui r e t h e   n u m b e r   o f   c l a s s e s   fo r   e a c h   ge n e s   b e l o n gs   t o   w h i c w e   ob t a i n e f r o m   t h e   c o - c l us t e r i n g   m e t h o d.   T h e   ge n e s   w i t h i g h e s t   ra n k i n g   a n d   l o w e s t   t hr e s h o l d   p - v a l ue   a r e   s e l e c t e f o r   c l a s s i f i c a t i o n   f u r t h e r.   A n t h e n ,   t h e   s e l e c t e t o t e n   ge n e s   a re   a na l y z e   fo r   f un c t i o n a l   a na l y s i s   w h e r e   t h e   ge n e   i s   b e l o n t o   a   s pe c i f i c   c a n c e r   s ub t y pe s ,   b i o m a r ke r s ,   o n c o ge n e s ,   t r a n s c r i p t i o n   f a c t o r s ,   t um o r   s upp r e s s o o r   a n t i ge i a ddi t i o n   t h e i r   pa t h w a y s   i n v o l v e d.           3.   R ES U LTS   A N D   A N A L Y S I S     T h i s   s e c t i o de e pl y   di s c us s i n g   a b o ut   t h e   o v e r a l l   r e s ul t s   o b t a i ne f r o m   i m pl e m e n t a t i o o f   c o - c l us t e r i n g   a n c l a s s i f i c a t i o n   o f   t w o   c a n c e r   ge n e   e xp r e s s i o n   da t a s e t s .     3. 1 .       C an c e r   S u b typ e s   an d   S u b n e tw o r k s   o B R C A   F r o m   t h e   i m p l e m e nt a t i o o f   BR CA   da t a s e t   t o   i N CIS ,   t h e r e   a re   f i v e   di f fe r e n t   c a n c e s ub t y p e s   ha s   b e e n   i de nt i f i e w h i c h   a r e   t a b ul a t e i T a b l e   1   a n v i s ua l i z e   i F i g ur e   1   ( a t o   (e ).     G e n e   A B CC8’s   s ub n e t w o r w a s   pr o duc e f o r   t h e s e   f i v e   s u b t y pe s   t h a t   o b t a i n e f r o m   i N C IS .   S ub n e t w o r v i s ua l i z a t i o n   w hi c s h o w s   t h e   e xpr e s s i o n   l e v e l   a n d   t h e   w e i gh t   o f   t h e   ge n e   w i l l   b e   h e l pf ul   i o r de t o   de m o n s t r a t e   t h e   di f f e r e n c e   o f   t h e   f i v e   s ub t y p e s .   P ri m a r i l y ,   t h i s   s ub n e t w o r w a s   c h o s e n   b e c a us e   i t   ha s   c o nn e c t e w i t h   s m a l l   n um b e o f   ge n e s   a n d   i s   e a s y   t o   pr e s e n t   v i s i b l y .     F r o m   B R CA   da t a   s e t ,   a   s m a l l   s ub n e t w o r (F i gu r e   1)   A B CC8  t a ke n   a s   a e xa m pl e   t o   de m o n s t r a t e   t h e   di f fe r e n c e s   o f   f i ve   s u b t y pe s .   T h e r e   i s   t o t a l   1 ge n e s   p r e s e n c e   i n   t h i s   s ub n e t w o r k.   G e n e   A B CC8  h a s   b e e n   h i g hl y   Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
In do n e s i a J   E l e c   E ng  &   Co m S c i     IS S N :   2502 - 4752       F unc t i o nal   ana l y s i s   of   c anc e r   g e n e   s ub t y p e   f r om   c o - c l us t e r i n and   c l as s i f i c a t i on  ( L oge n t hi r an   Ma c hap )   345   e xpr e s s e i n   L u m i na l   A   a n B   s ub t y p e s ,   m o de r a t e l y   e xpr e s s e i n   n o r m a l - l i ke   s ub t y pe   a n d   t ri pl e - n e ga t i v e   a n d   H E R s ub t y p e   s h o w s   l ow   e xpr e s s i o n.   B e s i de s   t hi s ,   K L K 11,   K L K 13,   H D A C5  a n d   R R A D   ge n e s   a r e   e xp r e s s e m o de r a t e   t o   h i g h   l e v e l   i n   a l l   s ub t y p e s .         T a b l e   1 .   N u m b e r   o f   s a m p l e s   f o r   B R CA   s ub t y pe s   N o r m a l - l i k e   T ri p l e   n e g a t i v e /   b a s a l - l i k e   L u m i n a l   A   L u m i n a l   B   H E R2 - e n ri c h e d   T O T A L   24   99   160   146   118   547         (a )       (b )         (c )     (d)         (e )     F i gu r e   1 .   A B CC8  s ub n e t w o r i B R CA   s ub t y p e s   e xpr e s s i o n   pa t t e rn s .   D i r e c t   c o nn e c t e ge n e s   t o   A B CC8  a n ge n e s   t a r ge t i n g   A B CC8’s   do w n s t r e a m   a r e   s h o w n .     Ci r c l e   c o l o ur   s h o w s   t h e   ge n e   e xp r e s s i o l e v e l ;   c i r c l e   s i z e   i s   b a s e o n   ge n e   w e i ght .   ( a N o r m a l - l i ke ;   (b B a s a l - l i ke ;   (c L u m i na l   A ;   ( d)   L um i n a l   B ;   (e H E R 2 - e nr i c h e d   U B E 3 A T M S B 4 Y G N B 2 H D A C 5 A P L P 2 Z N F 3 0 2 A T X N 2 V P S 2 5 K I A A 1 5 4 3 R R A D C 1 G A L T 1 M A S P 1 K L K 1 1 K L K 1 3 ABAT A B C C 8 U B E 3 A T M S B 4 Y G N B 2 H D A C 5 A P L P 2 Z N F 3 0 2 A T X N 2 V P S 2 5 K I A A 1 5 4 3 R R A D C 1 G A L T 1 M A S P 1 K L K 1 1 K L K 1 3 ABAT A B C C 8 U B E 3 A T M S B 4 Y G N B 2 H D A C 5 A P L P 2 Z N F 3 0 2 A T X N 2 V P S 2 5 K I A A 1 5 4 3 R R A D C 1 G A L T 1 M A S P 1 K L K 1 1 K L K 1 3 ABAT A B C C 8 U B E 3 A T M S B 4 Y G N B 2 H D A C 5 A P L P 2 Z N F 3 0 2 A T X N 2 V P S 2 5 K I A A 1 5 4 3 R R A D C 1 G A L T 1 M A S P 1 K L K 1 1 K L K 1 3 ABAT A B C C 8 U B E 3 A T M S B 4 Y G N B 2 H D A C 5 A P L P 2 Z N F 3 0 2 A T X N 2 V P S 2 5 K I A A 1 5 4 3 R R A D C 1 G A L T 1 M A S P 1 K L K 1 1 K L K 1 3 ABAT A B C C 8 Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
                                IS S N :   2502 - 4752   In do n e s i a J   E l e c   E ng  &   Co m S c i ,   V o l .   18 ,   N o .   1 A p r i l   20 20  :     343   -   3 50   346   3. 2 .       C an c e r   S u b typ e s   an d   S u b n e tw o r k s   o G BM   In  t h i s   s t u dy ,   f o ur   s ub t y p e s   ha v e   b e e n   i de n t i f i e t hr o ug h   i m pl a nt a t i o o f   G B M   i t h e   c o - c l us t e ri n a l go ri t hm .   T a b l e   2   s h o w s   t h e   o b t a i n e d   s ub t y pe s   a n d   i t s   num b e r   o f   s a m p l e s .   S c i e n t i s t s   f r o m   T CG A   ha v e   pub l i s h e d   t h e   f i n d i n o f   f o ur   di s t i n c t   s ub t y pe s   of   G B M .   T h e y   a r e   P r o n e u r a l ,   N e u r a l ,   M e s e n c h y m a l   a n d   Cl a s s i c a l   s ub t y pe s   [21,   26]       T a b l e   2 .   N u m b e r   o f   S a m p l e s   f o r   G B M   S ub t y pe s   P ro n e u ra l   N e u ra l   M e s e n c h y m a l   Cl a s s i c a l   T O T A L   51   64   43   44   202       A c c o r di n g   t o   t hi s   i m pl e m e n t a t i o n ,   ge n e   N P T X 1   a c t   a s   t h e   t a r ge t   ge n e ,   a nd  t h e   s ub n e t w o r w a s   pr o duc e t o   i nt e rp r e t   t h e   r e l a t i o n s hi p   a m o n g   ge n e s .   F i g u r e   2   (a )   t o   (d)   s h o w s   a l l   t h e   f o ur   s ub t y p e s   ge n e ra t e d.   F i gu r e   2   (a )   c o n c l ude d   a s   P r o n e u r a l   s ub t y pe s .   T hi s   s ub t y pe   i s   v e r y   c o m m o n   a m o n t h e   y o un a d ul t s   w h i c a r e   n o rm a l l y   c h a ra c t e ri s e by   ID H / T P 53  po s i t i v i t y   [27,   28] .   F r o m   i N C IS ,   51  s a m p l e s   of   P r o n e u r a l   s ub t y pe   w e r e   ob t a i n e d.   I a d di t i o n,   p r o n e u r a l   s ub t y pe   m o s t l y   de r i v i n f r o m   l o w - gr a de   g l i o m a s   w h i c h   a r e   a s s o c i a t e w i t h   b e t t e r   p r o g n o s i s   [27] .         (a )     (b )         (c )       (d)   F i gu r e   2 .   N P T X s ub n e t w o r k   i G B M   s ub t y pe s   e xpr e s s i o n   p a t t e rn s .   D i r e c t   c o nn e c t e ge n e s   t o   N P T X a n d   ge n e s   t a r ge t i ng  N P T X 1’s   do w n s t r e a m   a r e   s h o w n .     Ci r c l e   c o l o ur   s h o w s   t h e   ge n e   e xp r e s s i o l e v e l ;   c i r c l e   s i z e   i s   b a s e o n   ge n e   w e i g h t .   ( a )   P r o n e u r a l ;   (b N e ura l ;   (c )   M e s e nc h y m a l ;   (d)  Cl a s s i c a l       S I P A 1 L 1 P O F U T 1 H S P A 6 D N A JC 3 A I C D A H I S T 1 H 1 A P O U 6 F 2 T I M M 9 S C N 5 A P R P H 2 N E U R O D 2 S F T P C N P T X 1 N P T X 2 F B X O 5 M E D 2 7 S I P A 1 L 1 P O F U T 1 H S P A 6 D N A JC 3 A I C D A H I S T 1 H 1 A P O U 6 F 2 T I M M 9 S C N 5 A P R P H 2 N E U R O D 2 S F T P C N P T X 1 N P T X 2 F B X O 5 M E D 2 7 S I P A 1 L 1 P O F U T 1 H S P A 6 D N A JC 3 A I C D A H I S T 1 H 1 A P O U 6 F 2 T I M M 9 S C N 5 A P R P H 2 N E U R O D 2 S F T P C N P T X 1 N P T X 2 F B X O 5 M E D 2 7 S I P A 1 L 1 P O F U T 1 H S P A 6 D N A JC 3 A I C D A H I S T 1 H 1 A P O U 6 F 2 T I M M 9 S C N 5 A P R P H 2 N E U R O D 2 S F T P C N P T X 1 N P T X 2 F B X O 5 M E D 2 7 Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
In do n e s i a J   E l e c   E ng  &   Co m S c i     IS S N :   2502 - 4752       F unc t i o nal   ana l y s i s   of   c anc e r   g e n e   s ub t y p e   f r om   c o - c l us t e r i n and   c l as s i f i c a t i on  ( L oge n t hi r an   Ma c hap )   347   O a v e r a ge ,   F i gu r e   3   s h o w s   o pt i m a l   c l us t e r s .   H e n c e   t h e   i o de n t i f i c a t i o o f   f i ve   c a n c e s ub t y pe s   of  BR CA   a r e   c o n c l ude t o   b e   t r ue .   O a v e r a ge ,   F i gu r e   s h o w s   o pt i m a l   c l us t e r s .   H e n c e   t h e   i o de n t i f i c a t i o n   o f   f o ur   c a n c e s ub t y p e s   of   G B M   a r e   de t e r m i n e t o   b e   t r ue .             F i gu r e   3 .   S i l h o ut t e   p l o t   f o r   B R CA   s ub t y p e .   E a c s ub t y p e s   s h o w s   di ff e r e n t   v a l ue s   F i gu r e   4 .   S i l h o ut t e   p l o t   f o r   G B M   4   s ub t y pe .   E a c h   s ub t y p e s   s h o w s   di ff e r e n t       3. 3 .       G e n e   A n a l ys i s   fo r   B R C A   an d   G BM   A pa r t   f r o m   t ha t ,   f o t h e   ge n e   s e l e c t i o n   p r o c e s s ,   ge n e   r a nki n g   pl a y s   a i m po rt a nt   r o l e .   T h e   ra n k i n g   i s   gi v e n   t o   t h e s e   ge n e s   b a s e o p r o po s e S i n f F S - m S V M   m e t h o d.   A l t h o ugh  a   p r o duc e ge n e   ha s   o b t a i n e d   h i g h e s t   ra n k   a m o n g   t h e   ge n e   l i s t ,   i t   do e s   n o t   p r o m i s e   t ha t   t h i s   ge n e   w i l l   b e   s e l e c t e a s   o n e   o f   t h e   b e s t   ge n e .     T h e   t o t e (10 )   r a nke ge n e s   l i s t e d   i T a b l e   3   a nd   T a b l e   4   a r e   p r o duc e f r o m   ge n e   ra n k i n g   c a l c u l a t i o a s   r e po r t e i p r o po s e S i n f F S + m S V M   m e t h o d.   I a dd i t i o n,   ge n e s   r a nke f r o m   t h i s   l i s t   c o m pa r e t o   ge n e s ’  p - v a l ue   w h i c h   i s   ge n e r a t e f r o m   t - t e s t   a n d   A N O V A .   T h e   p - v a l ue   f r o m   A N O V A   i s   c a l c ul a t e f o r   t h e   w h o l e   d a t a   s e t   of   BR CA   a n d   G B M .   H e n c e   t h e   o b t a i n e ge n e s ’  p - v a l ue   i s   c o m pa r e a n s e l e c t s   t h e   l o w e s t   p - v a l ue   ge n e   a s   t h e   t hr e s h o l v a l ue   i s   0. 05   w i t t h e   hi g h e s t   ge n e   w e i g h t   s c o r e .       T a b l e   3 .   T o p   10  G e n e s   f o r   B R CA   s ub t y pe s   O v e ra l l   N o r m a l - l i k e   T ri p l e   n e g a t i v e   L u m i n a l   A   L u m i n a l   B   H E R2   N P Y 1 R   CO L 1 7 A 1   BCL 1 1 A   CCL 1 3   IG F 1 *   H O X B1 3 *   CE A C A M 6   K RT 5   A B CC8 *   E G F R   J A M 2   M Y BL 2   T F A P 2 B   S F R P 1   N A T 1   E S R1 *   L A M A 2   P K M Y T 1   U G T 2 B1 1   ID 4   G RP R   IL 1 8 RA P   NDN   CD K N 3   S CG B2 A 2   N F IB   M L P H *   L C K   S L IT 2 *   E 2 F 1   CBL N 2   K RT 1 7   CA 1 2   T BX 2 1 *   RU N X 1 T 1   P L K 1 *   RO P N 1 B   O S R1   S C U BE 2   P L A 2 G 4 A   J A M 3   A U R K A *   A R E G   T RIM 2 9   G F R A 1 *   S L A M F 1   BM X   K I F 4 B *   RO P N 1   E G F R   E S R1   P T X 3   CX CL 1 2   G T S E 1   P D Z K 1   BIRC5   E RBB4   BCL 1 1 A   CO L 1 4 A 1   CX 3 CR1   R e d s i g n i f i c a n t   g e n e s *   f o u n d   p a r t i c u l a r l y   i n   t h e   s u b t y p e s       T a b l e   4 .   T o 10  ge n e s   f o r   G B M   s ub t y p e s   O v e ra l l   P ro n e u ra l   N e u ra l   Cl a s s i c a l   M e s e n c h y m a l   RP S 4 Y 1   CH D 3   P T P RJ   A CT A 2   P O L B   L T F   P G M 1   A CY 1 *   L H X 1   CE P 7 6   IL 8   A D A R B1   CE P 2 7   A S G R1 *   N F A T C4   D K K 1   D M D   CP S 1   A M F R *   M A P 3 K 1 4 *   E G F R   O X T   PF4   RP S 1 5 A   A CT A 2 *   P T X 3   A N G P T L 4   CN T N A P 2   CY B A   D N A J B5   IL 1 3 RA 2   CY P 7 A 1   D N A J B5 *   CCT 6 A   P P A RD   F A BP 5   E IF 2 B5   T H A P 1 1   IN H A *   RA B1 7   CH I3 L 1   BCL 2 L 1 0   P H K B   RN G T T   M Y H 2   M O X D 1   P K L R   RP L 1 9   RG S 1 4 *   T CE RG 1   R e d s i g n i f i c a n t   g e n e s *   f o u n d   p a r t i c u l a r l y   i n   t h e   s u b t y p e s   Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
                                IS S N :   2502 - 4752   In do n e s i a J   E l e c   E ng  &   Co m S c i ,   V o l .   18 ,   N o .   1 A p r i l   20 20  :     343   -   3 50   348   T h e   f i r s t   c o l um o f   b o t h   T a b l e   3   a n d   T a b l e   4   w h i c i s   na m e d   a s   o v e r a l l   s e t   o f   ge n e   i s   p r o duc e t hr o ug c o m pa ri s o n   o f   l ow e s t   A N O V A   p - v a l ue   a n hi g h e s t   w e i ght   s c o r e .   W h e r e a s ,   t h e   ge n e   l i s t   f o r   e a c h   s ub t y p e   i s   a t t a i n e d   f r o m   c o m pa ri s o o f   l ow e s t   p - v a l ue   f r o m   t - t e s t   a nd  hi g h e s t   w e i ght   s c o r e .       3. 4 .       P ath w ay   A n al ys i s   fo r   B R C A   an d   G BM   T h e   pa t h w a y s   i n v o l ve i n   e a c h   s ub t y p e   of   BR CA   a nd  G B M   i n v e s t i ga t e d .   T h e   p a t h w a y   a n a l y s i s   c o n duc t e o ge n e   s e l e c t e f o r   e a c s ub t y pe   a s   s h o w n   T a b l e   a n d   6   f o r   B R CA   a n d   G B M   r e s pe c t i v e l y .   H e n c e ,   G e n e Ca r ds   ( ht t ps : / / w w w . ge n e c a rds . o r g a nd  K E G G :   K y o t o   E n c y c l o pa e di a   o f   G e n e s   a n G e n o m e s   ( ht t ps : / / w w w . ge n o m e . j p/ ke gg/ )   us e d   t o   i de nt i fy   t h e   t o s i g ni f i c a n t   p a t h w a y s   fo r   e a c s ub t y pe s .   T h e   pa t h w a y   a n a l y s i s   w a s   c o n duc t e f o r   t h e   s e l e c t e o v e r a l l   ge n e s   o n   b o t da t a   s e t s .   T a b l e   5   a n d   6 ,   s h o w s   t h e   t o p   e nr i c h e pa t h w a y s   of   t h e   c o m m o ge n e s   a n d   s ub t y p e - s pe c i f i c   ge n e s   o e a c h   s ub t y pe   f r o m   B R CA   a n d   G B M   c o r r e s po n d i n g l y .   T h e   pa t h w a y s   fo r   b o t h   da t a   s e t s   h a v e   b e e n   c l a s s i f i e d   i n t o   s e v e n   di f f e r e n t   t y p e s ,   w h i c i n v o l v e   (i c e l l ul a p r o c e s s ,   (2)   m e t a b o l i s m ,   (3)  e n v i r o nm e nt a l   i n f o r m a t i o pr o c e s s i n g,   (4)   n e r v o us   s y s t e m ,   (5)   c a n c e r s ,   ( 6)  i m m u n e   s y s t e m ,   a nd  (7 o t h e o rga ni s m a l   s y s t e m s .   T h e   f i r s t   c o l um i b o t h   t a b l e   s h o w s   t h e   p a t h w a y s   o b t a i n e b a s e o ov e r a l l   ge n e   f r o m   B R CA   a n d   G B M   da t a   s e t s .     It   c a n   b e   n o t i c e t ha t   t h e   B R CA   pa t h w a y s   a r e   r e l a t i v e l y   d i f fe r e n t   a m o n di f f e r e n t   s ub t y p e s .   T h e   pa t h w a y s   fo r   o v e r a l l   ge n e s   a nd  s a m pl e s   ( i n   t h e   f i r s t   c o l um n   o f   t h e   T a b l e   5)  a r e   r e l a t e t o   m e t a b o l i s m   a nd  c e l l ul a p r o c e s s .   P a t h w a y s   f o r   t ri pl e - n e ga t i v e   s ub t y pe   a r e   a s s oc i a t e t o   c a n c e r s   a n d   m e t a b o l i s m   w h i c h   i n f e r s   t h e   g r o w t h   o f   b r e a s t   c e l l   t u m o r s .   T h e   pa t h w a y s   i n   s ub t y pe   L um i na l   A   r e l a t e t o   c a n c e r s ,   m e t a b o l i s m   a nd  i m m u n e   s y s t e m s .   P a t h w a y s   i s ub t y pe   L um i na l   B   a r e   h i g h l y   r e l a t e d   t o   c a n c e r s   a nd   m e t a b o l i s m   t y p e .   W h i l e   pa t h w a y s   f r o m   H E R s ub t y pe   a r e   l i n ke d   w i t h   c e l l u l a p r o c e s s   a nd  m e t a b o l i s m .   M o s t   o f   t h e s e   pa t h w a y s   a r e   ha v i ng  l i n ke d   w i t h   b r e a s t   c a n c e r   i n   b r e a dt a n de pt h.         T a b l e   5 .   T o 10  P a t h w a y s   fo r   B R CA   S ub t y pe s   Ov e r a ll   T r ip le - n e g a ti v e   L u m i n a A   L u m i n a B   H E R 2   S i g n a li n g   b y   G P C R .   De v e lo p m e n t_ L e p ti n   s i g n a li n g   v i a   P I 3 K - d e p e n d e n p a th wa y   Ak S i g n a li n g   E R S i g n a li n g   R e g u l a ti o n   o f   An d r o g e n   r e c e p t o r   a c ti v it y   H e m a to p o ieti c   S tem   C e ll   Di f f e r e n ti a ti o n   P a t h wa y s   a n d   L i n e a g e - s p e c i f i c   M a r k e r s     I n te g r a ted   B r e a s C a n c e r   P a t h wa y   NF - k a p p a   B   s i g n a li n g   F o c a a d h e s io n   C las s   I   M HC   m e d i a te d   a n ti g e n   p r o c e s s i n g   a n d   p r e s e n t a ti o n   Ap o p to s is   a n d   Au to p h a g y   T y p e   I I   d i a b e tes   m e l li tu s .   E R S i g n a li n g   B lo o d - B r a i n   B a r r ier   a n d   I m m u n e   C e ll   T r a n s m i g r a ti o n :   VC A M - 1 /C D 1 0 6   S i g n a li n g   G e n e   E x p r e s s i o n   I n te g r a ted   B r e a s t   C a n c e r   P a t h wa y .   M e tab o li s m     H e m a to p o ieti c   S te m   C e ll   Di f f e r e n ti a ti o n   E n d o m e t r i a c a n c e r   E G F /E G F R   S i g n a li n g   S y n a p t o g e n e s is   in d u c ti o n .   P h a r m a c o k i n e ti c s .   I n te g r a ted   B r e a s C a n c e r   P a t h wa y .   P a t h wa y s   i n   c a n c e r   C y c li n   A /B 1   a s s o c i a te d   e v e n t s   d u r in g   G2 /M   tr a n s it i o n   P KA - d e p e n d e n s i g n a li n g   p r o c e s s e s   S i g n a li n g   b y   G P C R   I L 1 2   s i g n a l in g   m e d i a te d   b y   S T A T 4   Ad ip o g e n e s i s   a n d   C y t o k in e   S i g n a li n g   i n   I m m u n e   s y s te m   C e ll   C y c le,   M it o ti c .   S i g n a li n g   b y   R h o   G T P a s e s     Ak t   S i g n a li n g   E R s i g n a ll i n g     I m m u n e   r e s p o n s e   I L - 23  s i g n a li n g   De v e lo p m e n t a B i o lo g y   I n te g r a ted   B r e a s C a n c e r   P a t h wa y .   E R S i g n a li n g   De r e g u l a ti o n   o f   R a b   a n d   R a b   E f f e c t o r   G e n e s   i n   B l a d d e r   C a n c e r   T   c e ll   r e c e p to r   s i g n a l in g   S i g n a li n g   b y   R o b o   r e c e p t o r .   Go l g i - to - ER   r e tr o g r a d e   tr a n s p o r t   R e g u l a ti o n   o f   C F T R   a c ti v it y   ( n o r m   a n d   C F )   a n d   U r i c o s u r ics   P a t h wa y ,   P h a r m a c o d y n a m i c s .   T r a n s latio n a C o n t r o l   G l u c o c o r ti c o i d   r e c e p t o r   r e g u l a t o r y   n e t w o r k   G - B e t a   Ga m m a   S i g n a li n g   De v e lo p m e n t a B i o lo g y   Ac ti v a ti o n   o f   c A M P - De p e n d e n t   P KA .   C D K - m e d i a ted   p h o s p h o r y l a ti o n   a n d   r e m o v a l   o f   C d c 6   p 3 8   M A P S i g n a li n g   Ap o p to ti c   c le a v a g e   o f   c e ll u l a r   p r o tei n s   R e g u l a ti o n   o f   b e t a - c e ll   d e v e l o p m e n t       M e tab o li s m     C e ll u l a r   p r o c e s s     E n v i r o n m e n t a l   in f o r m a ti o n   p r o c e s s i n g     I m m u n e   s y s tem     C a n c e r     O t h e r   o r g a n i s m a l   s y s te m     Ne r v o u s   s y s te m           F r o m   T a b l e   6,   i t   c a n   b e   c o n c l ude t h a t   pa t h w a y s   fo r   ov e r a l l   t o ge n e s   f r o m   G B M   a r e   l i nke w i t m i xe t y pe s   s uc h   a s   i m m u n e   s y s t e m ,   m e t a b o l i s m ,   n e r v o us   s y s t e m   a n d   c e l l ul a r   p r o c e s s   o n   c e l l   g r o w t h.   P r o n e u ra l   s ub t y p e s   i n v o l v e h i g h l y   i c e l l ul a p r o c e s s ,   m e t a b o l i s m   a nd   s o m e   i m m u n e   s y s t e m   t y pe s .   B e s i d e   t h i s ,   n e u r a l ,   c l a s s i c a l   a n m e s e n c h y m a l   s ub t y p e s   h a v e   g r e a t l y   i n v o l ve i c e l l ul a r   p r o c e s s i n g   pa t h w a y s   a n d   s i g n i f i c a n t   m e t a b o l i s m   p a t h w a y s .   M o r e ov e r ,   m e s e n c h y m a l   s ub t y p e   ha v i ng  m a n y   i m m u n e   s y s t e m   pa t h w a y s   i m p l i c a t e s .   O t o o f   t h a t ,   m o s t   o f   t h e s e   pa t h w a y s   a r e   a s s o c i a t e w i t g l i o b l a s t o m a   m u l t i f o r m e   c a n c e w h i c i s   i n c o r po r a t e   di r e c t l y   o r   i ndi r e c t l y .   Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
In do n e s i a J   E l e c   E ng  &   Co m S c i     IS S N :   2502 - 4752       F unc t i o nal   ana l y s i s   of   c anc e r   g e n e   s ub t y p e   f r om   c o - c l us t e r i n and   c l as s i f i c a t i on  ( L oge n t hi r an   Ma c hap )   349   T a b l e   6 .   T o 10  P a t h w a y s   fo r   G B M   S ub t y pe s   Ov e r a ll   P r o n e u r a l   Ne u r a l   C las s i c a l   M e s e n c h y m a l   D e f e n s in s     Ac ti v a ti o n   o f   t h e   m R N u p o n   b in d i n g   o f   t h e   c a p - b i n d i n g   c o m p lex   a n d   e I F s   Ac ti v a ted   P KN 1   s t im u l a tes   tr a n s c r i p ti o n   o f   A R   ( a n d r o g e n   r e c e p t o r )   r e g u l a te d   g e n e s   KL K2   a n d   KL K3   E R S i g n a li n g       T e lo m e r e   C - s tr a n d   ( L a g g in g   S t r a n d )   S y n t h e s i s       I n n a te  I m m u n e   S y s te m     De f e n s in s     G e n e   E x p r e s s i o n       Ap e li n   s i g n a li n g   p a th wa y   C e ll   C y c le,   M it o ti c     Ak S i g n a li n g   R h e u m a t o i d   a r th r it i s   Ga l a c t o s e   m e t a b o li s m     E c to d e r m   Di f f e r e n ti a ti o n     Or g a n e ll e   b i o g e n e s i s   a n d   m a i n ten a n c e .   R e e li n   P a th wa y   Ak s i g n a ll in g   P y r im i d i n e   m e t a b o li s ( K E GG ) .   Ne u r a C r e s t   Dif f e r e n ti a ti o n   G P C R   P a th wa y     G e n e   E x p r e s s i o n   R e e li n   P a th wa y   C 6   d e a m in a ti o n   o f   a d e n o s i n e     M e tab o li s m   o f   p r o tei n s     T   c e ll   r e c e p t o r   s i g n a li n g   p a th wa y     L ip o p r o tei n   m e t a b o li s m   M e tab o li s m .   E R S i g n a li n g     F o r m a ti o n   o f   t h e   E d it o s o m e     A l d o s ter o n e   s y n t h e s i s   a n d   s e c r e ti o n   B a c te r i a i n f e c t io n s   i n   C F   a i r wa y s   E R S i g n a li n g   G e n e   e x p r e s s i o n   Dila te d   c a r d i o m y o p a t h y   ( DC M )   C a l n e x in / c a l r e ti c u li n   c y c le    E R S i g n a li n g     P o s t   NM D r e c e p t o r   a c ti v a ti o n   e v e n t s   I n n a te  I m m u n e   S y s te m     Ar r h y th m o g e n i c   r i g h t   v e n t r i c u l a r   c a r d i o m y o p a t h y   ( A R V C )     P r o tein   p r o c e s s i n g   i n   e n d o p l a s m i c   r e t icu l u m .   Ap e li n   s i g n a li n g   p a th wa y   S i g n a li n g   b y   P T K 6   L u n g   f ib r o s is   P e p ti d e   li g a n d - b in d i n g   r e c e p t o r s   T NFR 1   P a th wa y   G e n e   E x p r e s s i o n     NA m e t a b o l is m   L ip o p r o tei n   m e t a b o li s m   L ip o p r o tei n   m e t a b o l is m       C las s   I   M H C   m e d i a te d   a n ti g e n   p r o c e s s i n g   a n d   p r e s e n t a ti o n   Ad ip o g e n e s i s         C e ll u l a r   p r o c e s s     C a n c e r s     M e tab o li s m     I m m u n e   s y s tem s     E n v i r o n m e n t a l   in f o r m a ti o n   p r o c e s s i n g     O t h e r   o r g a n i s m a l   s y s te m     Ne r v o u s   s y s te m           4.   C O N C LU S I O N     F r o m   t h e   r e s ul t s ,   i t   c a b e   c o n c l ude t h a t ,   t h e r e   a r e   f i v e   s ub t ype s   f r o m   B R CA   a nd  f o ur   s ub t y pe s   f r o m   G B M   w e r e   s uc c e s s f ul l y   i de n t i f i e d.   T h e   i N C IS   a l go r i t h m   i s   a b l e   t o   p r o duc e   s i m p l e   s ub n e t w o r k   t o   s h o w   ge n e   e xpr e s s i o i e a c s ub t y pe .   By   t h e   f e a t u r e   s e l e c t i o a nd  c l a s s i f i c a t i o n,   i t   ha s   b e e n   a b l e   t o   p r i o r i t i z e   s i g ni f i c a n t   ge n e s   f o r   e a c s ub t y p e   of   bo t h   da t a   s e t s   w h i c h   a r e   a n a l y z e fo r   di s e a s e   p r o g n o s i s   a nd  d i a g n o s i s .         A C K N O WL ED G E M EN TS   w o ul l i ke   t o   e xp r e s s   m y   de e pe s t   a ppr e c i a t i o t o   a l l   t h o s e   w h o   pr o v i de m e   t h e   po s s i b i l i t y   t c o m pl e t e   t h i s   p a pe r.   A   s pe c i a l   g ra t i t ude   I   gi v e   t o   s u pe rv i s o r ,   D A f ni z a n f a i z a l ,   w h o s e   c o n t r i b ut i o i s t i m u l a t i ng   s ugge s t i o n s   a n d   e n c o ur a ge m e n t ,   h e l pe d   m e   t o   c oo r di na t e   m y   r e s e a r c e s pe c i a l l y   i w r i t i n g   t h i s   pa pe r.   I   a l s o   w o ul l i ke   t o   e xp r e s s   t h a nks   t o   t h e   a n o n y m ous   r e v i e w e r s   f o r   t h e   c o n s t r uc t i v e   c o m m e n t s   a nd  s ugge s t i o n s .         R EF ER EN C ES     [ 1] .   B a r r i e r   A ,   B o e l l e   P - Y ,   R o s e r   F ,   G r e g g   J ,   T s e   C ,   B r a u l t   D ,   e t   a l .   S t a g e   I I   c o l o c a nc e r   p r o g no s i s   p r e d i c t i o n   by   t um o r   g e ne   e x pr e s s i o p r o f i l i ng .   J our na l   o f   C l i n i c a l   O nc o l og y .   20 06 ;   2 4 ( 2 9) : 4685 - 91.   [ 2] .   Z ha ng   S .   C o m put a t i o na l   M e t ho ds   f o r   S ub t y pi ng   o f   T um o r s   a nd   T he i r   A pp l i c a t i o ns   f o r   D e c i phe r i ng   T um o r   H e t e r o g e ne i t y .     C anc e r   B i oi nf o r m a t i c s :   S pr i nge r ;   2 019 .   p.   19 3 - 207.   [ 3] .   A bdul l a h   A ,   D e r i s   S ,   H a s hi m   S Z M ,   M o ha m a d   M S ,   A r j una n   S N V ,   e d i t o r s .   A i m p r ov e l oc al   be s t   s e ar c h i ng   i P ar t i c l e   Sw ar m   O p t i m i z at i on   us i ng   D i f f e r e nt i al   E v ol ut i on .   2 011   1 1 t h   I nt e r n a t i o na l   C o nf e r e nc e   o H y br i d   I nt e l l i g e n t   S y s t e m s   ( H I S ) ;   2011   5 - 8   D e c .   201 1.   [ 4] .   A bdul l a h   A ,   D e r i s   S ,   M o ha m a M S ,   A nw a r   S .   A i m p r o v e s w a r m   o pt i m i z a t i o f o r   pa r a m e t e r   e s t i m a t i o a nd   bi o l o g i c a l   m o de l   s e l e c t i o n.   P L oS  O ne .   20 13 ;   8 ( 4 ) : e 61258.   [ 5] .   A l gf oo r   Z A ,   S una r   M S ,   A bdul l a h   A .   A   n e w   w e i g ht e d   pa t hf i n di ng   a l g o r i t hm s   t o   r e duc e   t h e   s e a r c t i m e   o n   g r i d   m a ps .   E x pe r t   Sy s t e m s   w i t h   A pp l i c a t i o ns .   2017 ;   71: 319 - 31.   [ 6] .   E i s e M B ,   S pe l l m a P T ,   B r o w P O ,   B o t s t e i n   D .   C l us t e r   ana l y s i s   and  di s p l ay   o f   ge nom e - w i de   e x pr e s s i on   pa t t e r n s P r o c e e di ng s   o f   t he   N a t i o na l   A c a de m y   o f   S c i e nc e s .   199 8 ;   95 ( 25 ) : 14863 - 8.   [ 7] .   S i ng A ,   B ha no t   G ,   K h i a b a ni a n   H .   T uB A :   T una b l e   B i c l us t e r i ng   A l g o r i t hm   R e v e a l s   C l i n i c a l l y   R e l e v a n t   T um o r   T r a n s c r i p t i o na l   P r o f i l e s   i n   B r e a s t   C a nc e r .   B i oR x i v .   201 8: 245712.   [ 8] .   C he ng   Y ,   C hu r c G M .   B i c l us t e r i n of   E x pr e s s i on   D a t a .     P r o c e e di ng s   o f   t he   E i g ht I nt e r na t i o na l   C o nf e r e nc e   o I nt e l l i g e n t   S y s t e m s   f o r   M o l e c ul a r   B i o l o gy .   66083 3:   A A A I   P r e s s ;   2 000.   p .   93 - 103 .   [ 9] .   L i Y ,   G u   Q ,   H o J ,   H a n   J ,   M a   J .   A   ne t w o r k - a s s i s t e d   c o - c l us t e r i n g   a l g o r i t hm   t o   di s c o v e r   c a nc e r   s ubt y pe s   ba s e d   o n   g e ne   e x pr e s s i o n.   B M C   B i o i n f or m a t i c s .   201 4 ;   15 ( 1 ) : 37.   [ 10] .   Y G ,   Y X ,   W a ng   J .   N e t w o r k - a i d e d   B i - C l us t e r i n g   f o r   di s c o v e r i ng   c a nc e r   s ub t y pe s .   Sc i e nt i f i c   R e por t s .   20 17 7 ( 1 ) : 1046.   Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
                                IS S N :   2502 - 4752   In do n e s i a J   E l e c   E ng  &   Co m S c i ,   V o l .   18 ,   N o .   1 A p r i l   20 20  :     343   -   3 50   350   [ 11] .   X T ,   L e   T D ,   L i u   L ,   W a ng   R ,   S un   B ,   L i   J .   I de nt i f y i ng   C a nc e r   S ub t y p e s   f r o m   m i R N A - TF - m R N A   R e g ul a t o r y   N e t w o r ks   a nd  E xp r e s s i o D a t a .   P L O O N E .   2016 ;   11 ( 4) : e 01527 92 .   [ 12] .   S ha n   H ,   B a n e r j e e   A ,   e di t o r s .   B ay e s i a C o - c l u s t e r i ng .   2008   E i g h t h   I E E E   I nt e r n a t i o na l   C o nf e r e nc e   o D a t a   M i n i ng ;   2008   15 - 19   D e c .   200 8.   [ 13] .   D hi l l o I S ,   M a l l e l a   S ,   M o dha   D S .   I n f o r m at i on - t he or e t i c   c o - c l u s t e r i ng .     P r o c e e di ng s   o f   t he   n i nt A C M   S I G K D D   i nt e r na t i o na l   c o nf e r e nc e   o K no w l e dg e   d i s c o v e r y   a nd  da t a   m i ni ng ;   W a s hi ng t o n,   D . C .   9 5676 4:   A C M ;   2003.   p .   89 - 98 .   [ 14] .   C a r m o na - S a e z   P ,   P a s c ua l - M a r qu i   R D ,   T i r a do   F ,   C a r a z o   J M ,   P a s c ua l - M o nt a no   A .   B i c l us t e r i ng   o f   g e ne   e xpr e s s i o da t a   by   no n - s m oo t no n - ne g a t i v e   m a t r i f a c t o r i z a t i o n .   B M C   B i oi nf or m at i c s .   2 00 6 ;   7 ( 1 ) : 78.   [ 15] .   D e ni t t o   M ,   F a r i n e l l i   A ,   B i c e g o   M ,   e d i t o r s .   B i c l u s t e r i ng   G e n e   E x p r e s s i o ns   U s i ng   F a c t o r   G r a ph s   a nd  t he   M a x - S um   A l go r i t hm .   I J C A I ;   201 5.   [ 16] .   C ho   H ,   D h i l l o I S .   C o c l us t e r i ng   o f   H um a C a nc e r   M i c r o a r r a y s   U s i ng   M i n i m um   S um - S qua r e d   R e s i d ue   C o c l us t e r i ng .   I E E E / A C M   T r ans ac t i o ns   on   C om pu t a t i ona l   B i o l og y   and   B i oi nf o r m at i c s .   2008 ;   5 ( 3) : 385 - 400.   [ 17] .   A r a dhy a   V N M ,   M a s u l l i   F ,   R o v e t t a   S ,   e d i t o r s .   A   N o v e l   A ppr o a c f o r   B i c l us t e r i ng   G e n e   E xp r e s s i o D a t a   U s i ng   M o dul a r   S i ng u l a r   V a l u e   D e c o m po s i t i o n2010;   B e r l i n,   H e i de l be r g :   S pr i n ge r   B e r l i n   H e i de l be r g .   [ 18] .   H ua ng   S - Y ,   S un   H - J ,   H u a ng   C - D ,   C hu ng   I - F ,   S C - H ,   e d i t o r s .   A   m odi f i e f uz z y   c o - c l us t e r i ng   ( M F C C )   appr oa c f o r   m i c r oar r ay   da t a   an al y s i s .   F uz z y   Sy s t e m s   ( F U Z Z - I E E E ) ,   2 014   I E E E   I nt e r na t i o na l   C o nf e r e nc e   o n;   2014:   I E E E .   [ 19] .   H us s a i n   S F ,   R a m a z a n   M .   B i c l u s t e r i ng   o f   hum a n   c a nc e r   m i c r o a r r a y   da t a   u s i ng   c o - s i m i l a r i t y   ba s e d   c o - c l us t e r i ng .   E x pe r t   Sy s t e m s   w i t h   A pp l i c a t i o ns .   2016 ;   55 ( S up pl e m e nt   C ) : 520 - 31.   [ 20] .   N e t w o r C G A .   C o m pr e he ns i v e   m o l e c ul a r   po r t r a i t s   o f   hum a b r e a s t   t um o ur s .   N a t ur e .   2 012 ;   490 ( 741 8) : 61.   [ 21] .   V e r ha a k   R G W ,   H o a dl e y   K A ,   P ur do m   E ,   W a ng   V ,   Q i   Y ,   W i l k e r s o n   M D ,   e t   a l .   I nt e g r a t e d   G e no m i c   A na l y s i s   I de nt i f i e s   C l i n i c a l l y   R e l e v a nt   S ub t y pe s   o f   G l i o bl a s t o m a   C ha r a c t e r i z e by   A b no r m a l i t i e s   i n   P D G F R A ,   I D H 1,   E G F R ,   a nd  N F 1 .   C anc e r   C e l l .   2 010 ;   1 7 ( 1) : 98 - 110.   [ 22] .   R o f f o   G ,   M e l z i   S ,   C r i s t a n i   M ,   e di t o r s .   I nf i n i t e   f e at ur e   s e l e c t i o n .   P r o c e e di ng s   o f   t he   I E E E   I nt e r na t i o na l   C o nf e r e nc e   o C o m put e r   V i s i o n;   20 15 .   [ 23] .   I s m a i l   M A ,   D e r i s   S ,   M o ha m a d   M S ,   A bdu l l a h   A .   A   N e w t o n   C o ope r a t i v e   G e ne t i c   A l g o r i t hm   M e t ho d   f o r   I S i l i c O pt i m i z a t i o o f   M e t a bo l i c   P a t hw a y   P r o duc t i o n.   P L O O N E .   2015 ;   10 ( 5 ) : e 0126199 .   [ 24] .   I s m a i l   M A ,   D e r i s   S ,   M o ha m a d   M S ,   I s a   M A ,   A bdu l l a h   A ,   R e m l i   M A ,   e t   a l .   A   hy br i o f   o pt i m i z a t i o m e t ho d   f o r   m ul t i o bj e c t i v e   c o ns t r a i nt   o pt i m i z a t i o o f   bi o c he m i c a l   s y s t e m   pr o duc t i o n.   J o ur n al   o f   T he o r e t i c al   &   A ppl i e I nf or m a t i on  T e c hno l og y .   20 15 ;   8 1 ( 3 ) .   [ 25] .   R o us s e e uw   P J .   S i l ho ue t t e s :   A   g r a phi c a l   a i t o   t h e   i nt e r pr e t a t i o a nd   v a l i da t i o o f   c l us t e r   a na l y s i s .   J o ur na l   of   C om put at i ona l   and   A p pl i e M a t he m at i c s .   198 7 ;   20: 53 - 65.   [ 26] .   N e t w o r C G A R .   C o m pr e he ns i v e ,   i n t e g r a t i v e   g e no m i c   a na l y s i s   o f   di f f us e   l o w e r - g r a d e   g l i o m a s .   N e w   E ngl and   J our nal   of   M e di c i ne .   2 015 ;   372 ( 26 ) : 2481 - 98.   [ 27] .   L i   M ,   X i a o   A ,   F l o y D ,   O l m e z   I ,   L e e   J ,   G o dl e w s k i   J ,   e t   a l .   C D K 4 / i nh i b i t i o i s   m o r e   a c t i v e   a g a i n s t   t h e   g l i o bl a s t o m a   pr o ne ur a l   s ubt y pe .   O nc o t a r ge t .   2 017 ;   8 ( 3 3) : 55319 .   [ 28] .   O l a r   A ,   A l da p e   K D .   U s i ng   t he   m o l e c ul a r   c l a s s i f i c a t i o o f   g l i o bl a s t o m a   t o   i nf o r m   pe r s o na l i z e t r e a t m e n t .   T he   J our nal   of   pa t ho l og y .   20 14 ;   23 2 ( 2) : 165 - 77.       B I O G R A P H I ES   O F   A U T H O R S         L o g e nt hi r a M a c ha p   f i ni s he B . S c .   B i o i nf o r m a t i c s   f r o m   N a t i o na l   U ni v e r s i t y   o f   M a l a y s i a   ( U K M ) ,   M a s t e r   o f   C o m put e r   S c i e nc e   f r o m   U n i v e r s i t y   o f   T e c hni c a l   M a l a y s i a   M e l a k a   ( U T e M ) .   H e   i s   a   P hD   c a ndi da t e   o f   c o m put e r   s c i e nc e   f r o m   U n i v e r s i t y   o f   T e c hno l o gy   M a l a y s i a   ( U T M ) .   H e   i s   c ur r e nt l y   w o r ki ng   o c o - c l us t e r i ng   a l g o r i t h m   a nd   i t s   a p pl i c a t i o o c a nc e r   m i c r o a r r a y   g e ne   e xpr e s s i o n   da t a .   H i s   r e s e a r c i n t e r e s t s   i nc l ude   da t a   m i ni ng ,   m a c hi ne   l e a r n i ng ,   a r t i f i c i a l   i nt e l l i g e nc e   a nd   bi o i nf o r m a t i c s .         A f ni z a nf a i z a l   A bdul l a h   ho l ds   B . S c . ,   M . S c . ,   a nd   P hD   i n   c o m put e r   s c i e nc e   f r o m   U n i v e r s i t y   o f   T e c hno l o gy   M a l a y s i a   ( U T M ) .   H e s   a   S e n i o r   L e c t ur e r   a t   S c ho o l   o f   C o m put i ng   i F a c ul t y   o f   E ng i ne e r i ng   a t   U T M .   B e s i de s   t hi s ,   he   i s   a   D e p ut y   D i r e c t o r   o f   U T M   C e nt r e   f o r   S t ud e n t   I nnov a t i o n   &   T e c hno l o g i c a l   E nt r e pr e ne u r s h i p   a n s e r v e a s   C h a i r   f o r   I E E E   Y o ung   P r o f e s s i o na l s   ( M a l a y s i a   S e c t i o n) .   W i t ba c kg r o und  o f   c om put i ng   a nd  c o m put e r   s c i e nc e ,   hi s   pr o f i c i e nc y   i nvo l v e a r o und   D a t a   S c i e nc e   c o m pr i s e   M a c hi ne   l e a r n i ng   a pp r o a c he s   f o r   v a s t   da t a   a na l y s i s ;   C o m put a t i o na l   S y s t e m s   a nd   S y nt he t i c   B i o l o gy   i de s i g ni ng   a nd   i m p r o v i ng   bi o l o g i c a l   d a t a   m o de l s .         Z ur a i n i   A l i   S h a h   i s   a   S e n i o r   L e c t u r e r   i n   D e pa r t m e nt   o f   S o f t w a r e   E ng i ne e r i ng ,   S c ho o l   o f   C o m put i ng ,   F a c ul t y   o f   E ng i ne e r i ng   a t   U T M ,   w h e r e   s he   h a s   be e n   s i nc e   200 0.   S h e   r e c e i v e a   B . S c   a nd  M . S c   f r o m   U T M .   S h e   r e c e i v e he r   P h . D .   i C o m put e r   S c i e nc e   i 201 2.   H e r   r e s e a r c h   i n t e r e s t s   i nc l ud e   C o m pu t a t i o na l   I nt e l l i g e nc e   i n   P a t t e r r e c o g ni t i o n,   M a c hi n e   l e a r n i ng   i n   B i o i nf o r m a t i c s   a n d   o t he r s .     Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.