I n d on e s i an   Jo u r n al   o El e c t r i c al   En gi n e e r i n g   an d   C o m p u te r   S c i e n c e   V o l .   20 ,   N o .   2 N o v e m b e r   20 20 ,   pp.   712 ~ 719   IS S N :   25 0 2 - 4752 ,   D O I :   10. 1 1591 / i j e e c s . v 20 .i 2 . pp 712 - 719             712       Jou r n al   h o m e pa ge ht t p: / / i j e e c s . i a e s c or e . c om   C o m p a r i so n   o f   m i c r o a r r a y   b r e a st   c a n c e r   c l a ssi f i c a t i o n   u si n g   su p p o r t   v e c t o r   m a c h i n e   a n d   l o g i st i c   r e g r e ssi o n   w i t h   L A S S a n d   b o r u t a   f e a t u r e   sel e c t i o n       N u r s ab i l l i l ah   M o h d   A l i 1 N o r   A z l i n A b   A z i z 2 ,   R o s l i   Be s a r 3     1 , 2 , 3 C e nt r e   f o r   E ng i ne e r i ng   C o m put a t i o na l   I nt e l l i g e nc e ,   F a c ul t y   o f   E ng i ne e r i ng   a nd   T e c hno l o gy ,     M ul t i m e d i a   U ni v e r s i t y ,   M a l a y s i a   1 R e ha bi l i t a t i o E ng i n e e r i ng   &   A s s i s t i v e   T e c hno l o gy   R e s e a r c G r o up,   F a c ul t y   o f   E l e c t r i c a l   E ng i ne e r i ng ,     U ni v e r s i t i   T e k ni k a l   M a l a y s i a   M e l a k a ,   M a l a y s i a       A r ti c l e   I n fo     A B S TR A C T     Ar t i c l e   h i s t or y :   R e c e i v e d   F e b   17 ,   2 020   R e v i s e A pr   24 ,   2020   A c c e pt e A p r   1 4 ,   2020       B r e a s t   c a nc e r   i s   t he   m o s t   f r e q ue n t   c a nc e r   d i a g no s i s   a m o ng s t   w o m e w o r l dw i d e .   D e s p i t e   t h e   a dv a nc e m e n t   o f   m e di c a l   di a g no s t i c   a nd  pr o g no s t i c   t o o l s   f o r   e a r l y   de t e c t i o a nd  t r e a t m e nt   o f   br e a s t   c a nc e r   p a t i e n t s ,   r e s e a r c o n   de v e l o pm e nt   o f   be t t e r   a nd  m o r e   r e l i a bl e   t o o l s   i s   s t i l l   a c t i v e l y   c o nduc t e g l o ba l l y .   T he   br e a s t   c a nc e r   c l a s s i f i c a t i o i s   s i g ni f i c a nt l y   i m po r t a n t   i n   e ns u r i ng   r e l i a b l e   d i a g no s t i c   s y s t e m .   P r e l i m i na r y   r e s e a r c o t he   us a g e   o f   m a c hi ne   l e a r ni ng   c l a s s i f i e r   a nd  f e a t u r e   s e l e c t i o m e t ho f o r   br e a s t   c a nc e r   c l a s s i f i c a t i o i s   c o nduc t e he r e .   T w o   f e a t ur e   s e l e c t i o m e t ho d s   na m e l y   B o r ut a   a nd  L A S S O   a nd  S V M   a nd   L R   c l a s s i f i e r   a r e   s t ud i e d .   A   br e a s t   c a nc e r   da t a s e t   f r o m   G E O   w e i s   a do pt e i t h i s   s t u dy .   T he   f i nd i ng s   s ho w   t ha t   L A S S O   w i t h   L R   g i v e s   t he   be s t   a c c ur a c y   us i ng   t hi s   da t a s e t .   Ke y w or d s :   Bo r ut a     B r e a s t   c a n c e r   L A S S O   LR   M i c ra rr a y   da t a   SVM   C opy r i gh t   ©   2020   I n s t i t ut e   o f   A dv anc e E ng i ne e r i ng   and   S c i e nc e .     A l l   r i gh t s   r e s e r v e d .   Cor r e s pon di n g   Au t h or :   N ur s a b i l l i l a M o hd  A l i ,   R e h a b i l i t a t i o E n g i n e e ri n g   a n d   A s s i s t i v e   T e c hn o l o g y   Re s e a rc h   G r o up,   F a c ul t y   of   E l e c t r i c a l   E n g i n e e ri n g,   U n i v e r s i t i   T e kni ka l   M a l a y s i a   M e l a ka ,   J a l a H a n T u a h   J a y a ,   76100   D u ri a T u n gg a l ,   M e l a ka ,   M a l a y s i a .   E m a i l :   n u r s a b i l l i l a h@ ut e m . e du . m y       1.   I N TR O D U C TI O N     A c c o r di n t o   t h e   G l ob a l   Ca n c e r   S t a t i s t i c s   Re po r t   [1 - 2] ,   i t   i s   e s t i m a t e t h a t   m o r e   t ha n   m i l l i o n   pa t i e nt s   w e r e   n e w l y   di a g n o s e w i t h   c a n c e a n d   a l m o s t   6 27, 000   b r e a s t   c a n c e r   m o r t a l i t i e s   w e r e   r e po r t e d.     T h e   i n c r e a s i n g   n u m b e r   o f   pa t i e n t s   b e i n di a g n o s e   w i t h   c a nc e r   s h o w s   a   t r e m e n do us   a l a rm i ng  ra t e   w i t h   hi g m o r t a l i t y   a n m o r b i di t y   i n   de v e l o p e a n de v e l o pi n c o unt r i e s .   It   i s   a l s o   s t a t e t ha t   b r e a s t   c a n c e r   i s   t h e   s e c o n l e a di n c a us e   o f   c a n c e r   de a t h,   i t   i s   a l s o   t h e   m o s t   c o m m o n   c a n c e r   d i a g n o s e d   a m o ngs t   w o m e n   w o r l dw i de   [3] .   I n   f a c t ,   a c c o r di n t o   t h e   M a l a y s i a n   C a n c e r   R e gi s t r y   Re po r t   2007  t o   2011  i t   i s   t h e   m o s t   pr e v a l e n t   c a n c e a m o n g   M a l a y s i a f e m a l e   a s   s h o w n   i F i gu r e   1 .   B r e a s t   c a n c e r   s u r v i v a l   r a t e   i s   gr e a t l y   i n f l ue n c e by   m a l i g na nc y ‟s   s t a ge   duri n d i a g n o s i s   [4] . L a c of  e a rl y   de t e c t i o n   di s g n o s t i c   s y s t e m   a n de l a y e d   t r e a t m e n t s   c o n t ri b ut e t o   h i g h   de a t h   a m o n b r e a s t   c a n c e r   pa t i e nt s H e n c e ,   e a rl y   c a n c e r   di a g n o s i s   a nd  t r e a t m e nt   i s   n e e de t o   r e duc e   t h e   r i s k   o f   c a n c e r o us   a n d   a b n o r m a l   t i s s ue   f r o m   s p r e a di n g   t o   o t h e o rga n s   [5]   T r a d i t i o n a l l y ,   hum a n   i n t e r v e n t i o n   by   m e di c a l   do c t o r s   a nd  p h y s i c i a n s   a r e   n e e de t o   de t e c t ,   i de nt i fy   a n v a l i d a t e   t h e   e xi s t a n c e   o f   b r e a s t   c a n c e r.   H ow e v e r ,   t h i s   m e t h o i s   s ubj e c t   t o   h um a n   e rr o r ,   i na c c ura c y ,     time - c o n s um i n a n c o s t .   Co m pu t e a i de t e c hn o l o g y   c a n   h e l t o   o ve r c o m e   t h e   di s a dv a n t a ge s   o f   t h e   t r a d i t i o n a l   m e t h o d.   T h e   di a g n o s i s   a r e   n o rm a l l y   de l i v e r e us i n r e s ul t   o f   m a m m o g r a p h y ,   ul t r a - s o u n d,   Co n t ra s t e d - E nha n c e (CE ),   x - r a y ,   CT   s c a n   a n m a g n e t i c   r e s o n a n c e   i m a gi ng  (M R I)  [6 - 8] .   A m o n a l l   o f   t h e s e   Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
In do n e s i a J   E l e c   E ng  &   Co m S c i     IS S N :   2502 - 4752       Com par i s on   of   m i c r oar r ay   br e as t   c anc e r   c l as s i f i c at i on   us i ng   s uppor t   v e c t or   ( Nur s abi l l i l ah   Moh A l i )   713   i m a gi n g   t o o l s ,   m a m m o g r a m   i s   t h e   m o s t   f r e que nt   a n d   w i de l y   us e i n   b r e a s t   c a n c e r   s c r e e n i ng.   H ow e v e r ,   i t   i s   n o t   e f f i c i e n t   f o r   pa t i e n t s   w i t h   a ge   o f   un de r   40  y e a r s   o l due   t o   h e a vy   a n de n s e   b r e a s t   t i s s ue s   [9] .   CE   di g i t a l   m a m m o g r a p h y   c o ul d   pr o v i de   m o r e   a c c ur a t e   r e s ul t   t h a n   m a m m o gra m   a nd  ul t r a s o und  i n   h e a vy   a n de n s e   b r e a s t   pa t i e nt s .   H ow e v e r ,   i t   i s   n o t   e xt e n s i v e l y   us e d   be c a us e   of   e xpe n s i v e   a n c o ul c a us e   e n o r m o us   l e ve l   of  ra di a t i o n   [ 10 ] .   S i m i l a r   t o   CE ,   M R a l s o   a b l e   t o   d e t e c t   s m a l l   i n j ur y   t h a t   c a nn o t   b e   d e t e c t e v i a   m a m m o g r a m .   It   a l s o   v e r y   c o s t l y   a n d   c o ul r e s ul t   i t h e   o ve r - di a g n o s e s   [ 11 ] .     M i c r o a rr a y   t e c hn o l o g y   i s   h i g h - t hr o ug ht put   t e c hn o l o gy   us e t o   p r o duc e   t h e   h u ge   a m o unt   o f   ge n e   e xpr e s s i o n   p r o f i l e s   i n   c a n c e r o us   a n n o n - c a n c e r o us   c e l l s .   I t   p r o v i de s   a l t e rn a t i v e   w a y s   t o   t h e   i m a gi n g   t e c hn o l o gi e s .   M i c r o a rra y   ge n e s   pr o f i l e s   c a rr i e s   i m po r t a nt   i n f o r m a t i o n   w h i c h   c a b e   us e i n   e n s u r i ng  e f f i c i e n t   dr u gs   i n   t a r ge t e t h e ra p h y ,   di s e a s e   m o n i t o r i ng  a nd  a l s o   i n   i de n t i fy i n n e w   po t e n t i a l   c a n c e r o us   c e l l s   m a rke r T y pi c a l l y ,   m i c r o a rra y   g e n e s   e xpr e s s i o n   da t a   c o m e s   w i t h   hu ge   (up  t o   t h o us a n ds n u m b e r   o f   g e n e s   w i t h   s m a l l   n u m b e r   o s a m pl e / c l a s s ;   e . g.   n u m b e r   o ge n e s   (p)  >   n um b e of  s a m pl e   (n [ 12 ] .   T hi s   c o n di t i o n   i s   k n o w n   a s   „c ur s e   o f   di m e n s i o n a l i t y ‟  i n   w h i c h   t h e r e   a r e   i m b a l a n c e   n u m b e r   of   n u m b e r   o f   ge n e s / f e a t ur e s   (p)  w i t h   r e s pe c t   t o   n um b e r   o f   s a m pl e   (n )   [ 12 ] T h e   l a r ge   a m o unt   o i n f o r m a t i o n   c a rr i e by   m i c r o a rra y   da t a   ha s   o pe n e up  r e s e a r c h   o n   a pp l i c a t i o n   o f   i n t e l l i ge n t   s y s t e m   a n m a c h i n e   l e a rn i ng  i n   c l a s s i f y i n t h i s   d a t a   t o   h e l t h e   m e di c a l   do c t o r   a n hi s t o pa t h o l o gi s t   i a na l y s i n g   t h e   r e s ul t .   F i g u r e   s h o w s   t h e   t ra n s f o r m a t i o n   o f   t h e   m i c r o a rra y   f r o m   i m a ge   t o   ge n e   e xp r e s s i o n   p r o f i l e s .     T h i s   w o r f oc us   o n   o ur   p r e l i m i n a r y   f i n di n gs   o n   a p pl i c a t i o n   of   S uppo r t   V e c t o r   M a c hi n e   a n L o gi s t i c   R e gr e s s i o n   i n   c l a s s i f i c a t i o n   o f   b r e a s t   c a n c e r   m i c r o a rr a y   da t a .   T o   t a c kl e   t h e   di m e n s i o na l i t y   i s s ue ,   t w f e a t ur e   s e l e c t i o n   m e t h o ds   a r e   c o n s i de r e d ,   L A S S O   a n B o r ut a .   E v e t h o ug h,   s e v e r a l   w o r ks   h a b e e n   r e po r t e o n   t h e   a ppl i c a t i o n   o f   m a c h i n e   l e a r n i ng  f o r   m i c r o a rra y   da t a ,   n o t   m a n y   fo c us   s o l e l y   o n   i t s   a pp l i c a t i o t o w a r ds   b r e a s t   c a n c e r.   M i c r o a rra y   da t a   i de nt i f i e s   b r e a s t   c a n c e r   us i n di s t i n c t   s ub t y pe s   of   ge n e s   t um o r s   p r o f i l e s .   T h e   f i n d i n g   s h o w s   t ha t   L R   w i t h   L A S S O   ha s   t h e   b e s t   pe r f o r m a n c e .           F i g u r e   1.   T e m o s t   f r e que nt   c a n c e r s   i M a l a y s i a n   f e m a l e s   2 0 07 - 2011   [3]             F i g u r e   2 .   P h y s i c a l   s a m pl e   f r o m   D N A   h u m a n   b o d y (a G e n e   e xpr e s s i o (i i m a ge   e xp r e s s i o n )   us i n g   h i g h   de n s i t y   D N A   t e c hn o l o g y (b t o   m i c r o a rra y   ge n e   e xpr e s s i o p r o f i l e s   i n   da t a s e t   f o r m   (c )       (a )   (b )   (c )   Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
                                IS S N :   2502 - 4752   In do n e s i a J   E l e c   E ng  &   Co m S c i ,   V o l .   20 ,   N o .   2 N o v e m be r   20 20  :     71 2   -   719   714   2.   R ELA TED   WO R K   G e n e   s e l e c t i o n   m e t h o c a n   b e   c a t e go r i z e t o   t hr e e   m e t h o ds   na m e l y   f i l t e r,   w r a ppe r,   e m b e dde a n d   h y b r i r e pr e s e nt a t i o n.   T a b l e   s h o w s   t h e   s um m a r i z e o f   g e n e   s e l e c t i o n   t e c hni que   f o r   m i c r o a rr a y   pr o f i l e s   w i t t h e i a dv a nt a ge s   a n d   di s a dv a n t a ge s .         T a b l e   1 .   Co m p a r i s o o F e a t u r e   S e l e c t i o n   t y p e   a n t h e   e l e m e n t   r e p r e s e n t a t i o n   [ 13 - 16]   M e t h o d   R e p r e s e n t a t i o n     E l e m e n t   B e n e f i t s   L i m i t a t i o n   In s t a n c e s   F i l t e r     H i g h   ra n k     L o w   s c o r e     F a s t e r             - V e r y   f a s t   a n d   s i m p l e   c o m p u t a t i o n   - L o w   t i m e   c o m p l e x i t y   - O n l y   t h e   h i g h e s t   ra n k i n g   fe a t u re s   s e l e c t e d   w h i l e   r e m o v e   o t h e r s   - I n d e p e n d e n t   fe a t u r e s   - I g n o r e   i n t e ra c t i o n   w i t h   t h e   c l a s s i f i e r   - F e a t u r e   n o t   d e p e n d e n t   o n   a n y   c l a s s i fi e r   - G e n e ra t e   r e d u n d a n c y   - O n l y   d e t e r m i n e d   g e n e s   b a s e d   o n   s c o r e d   a n d   ra n k   fe a t u re s   a n d   i g n o re   o t h e r s   - D i ffi c u l t   t o   d e t e r m i n e   s t a rt i n g   v a l u e   t o   ra n k   t h e   fe a t u re s   - I n fo r m a t i o n   g a i n   - C h i - s q u a re   m e t h o d   - V a ri a n c e   t h r e s h o l d   - F i s h e r   c ri t e ri o n   - C o rr e l a t i o n   c o e ffi c i e n t   - t - T e s t   W ra p p e r       - U s u a l l y   o p t i m i z e   t h e   c l a s s i fi e r   p e r f o r m a n c e     - S t a rt   c a l c u l a t e   b y   u s i n g   ra n d o m n e s s   v a l u e     - F e a t u r e   d e p e n d e n t   - O p t i m u m   s o l u t i o n s   - I n t e ra c t i o n   b e t w e e n   fe a t u r e   s e l e c t i o n   a n d   s u b s e t   - H a v e   i n t e ra c t i o n   w i t h   c l a s s i fi e r   - F e a t u r e   s e l e c t i o n   p r o c e s s   n o t   s e n s i t i v e   t o   d a t a s e t       - C o m p u t a t i o n a l l y   m o r e   e x p e n s i v e   t h a n   fi l t e m e t h o d   d u e   t o   i t e ra t i o n s   s t e p   a n d   c r o s s   v a l i d a t i o n   - Ra n d o m n e s s   a n d   i t e ra t i o n s   s e a rc h   w i l l   t a k e s   e n o u g h   t i m e s   t o   e l i m i n a t e   re d u n d a n c y       - G e n e t i c   a l g o ri t h m   - A n t   Co l o n y   - P a rt i c l e   s w a r m   o p t i m i z a t i o n   - S e q u e n t i a l   fe a t u r e   s e l e c t i o n   - R e c u r s i v e   fe a t u re   e l i m i n a t i o n     E m b e d d e d     - T a k i n g   b e n e f i t s   f r o m   f i l t e a n d   w ra p p e r   m o d e l s   - Q u i t e   s i m i l a t o   w ra p p e r   - O p t i m i z e   o b j e c t i v e   f u n c t i o n / l e a r n i n g   a l g o r i t h m   - F e a t u r e   d e p e n d e n c i e s   - C o m p u t a t i o n a l   t i m e   b e t t e t h a n   w ra p p e r   - I n t e ra c t   w i t h   c l a s s i f i e r       - A l w a y s   t e n d   t o   o v e r   f i t t i n g   - D e p e n d e n t   c l a s s i f i e r     - D e c i s i o n   t r e e   - L A S S O   r e g re s s i o n   - S V M - RF E   H y b r i d   Co m b i n a t i o n   b e t w e e n   f i l t e r/ / w ra p p e r   o o t h e r   F S   - T a k i n g   a d v a n t a g e s   f r o m   n u m e r o u s   m e t h o d s   ( fi l t e a n d   w ra p p e a n d   o t h e r s )   - Ca n   c o m b i n e   b e t w e e n   o t h e a p p r o a c h e s   t o   t a k i n g   i t s   a d v a n t a g e s     - C o m p l e x     - c o m p u t a t i o n a l   t i m e   - M u t u a l   i n f o r m a t i o n   - M u l t i - o b j e c t i v e   o p t i m i z a t i o n   - k N N   - S V M   - Ra n d o m   fo r e s t         I t he   p a s t   re s e a rc h ,   c l a s s i f i c a t i o o f   c a nc e ha d   b e e i nv o l v e d   w i t m a c hi ne   l e a r n i ng   m e t ho d   a nd   m a n y   a d v a nc e d   m e t ho d s   ha v e   b e e e m e rg e d   w i t f a s t   a nd   a c c u ra t e   r e s u l t   [ 1 7 ] .   M a c hi ne   l e a r ni ng   ( M L )   a l g o rt i h m s   ha v e   b e e i nt e ns i v e l y   u s e d   i m o d e l   p re d i c t i o n,   t a rg e t i ng   a nd   c l a s s i f i c a t i o i v a r i o u s   a p p l i c a t i o ns   s uc a s   i m e d i c a l   d a t a   p re d i c t i o ns .   M L   i s   d e f i ne d   a s   a   m o d e l   t ha t   s t u d y ,   a c qu i re   a nd   m e m o ri z e   t he   p ri o r   o p re v i o us   d a t a   t o   f o re c a s t   t he   c o m i ng   a nd   f u t u re   d a t a .   T he re   a re   a   l o t   o f   s t u d y   f o c us e s   o v a ri o u s   k i nd   o f   t e c hni q u e s   s u c a s   s t a t i s t i c a l ,   p ro b a b i l i s t i c   a nd   o p t i m i z a t i o t ha t   c a b e   a p p l i e d   a s   t he   s t u dy ‟o l e a rn i ng   m o d e l s .   T he s e   l e a r ni ng   m o d e l s   s uc a s   a r t i f i c i a l   ne u ra l   ne t w o rk ,   K - ne a re s t   ne i g hb o r,   s u p p o rt   v e c t o m a c hi ne   ( S V M ) ,   l o g i s t i c   re g re s s i o n   ( L R )   a nd   r a nd o m   f o re s t   (R F )   a re   a m o ng s t   t he   c l a s s i f i e t ha t   ha v e   b e e w i d e l y   u s e d   i m a ny   re s e a rc h.     M L   l e a rni n m o de l s   c o m e   up  w i t h   t w o   t y p e s   n a m e l y   s upe r v i s e a n u n s upe r v i s e l e a rni n [ 18 ] T h e   s upe r v i s e l e a rn i ng  c o n s t r uc t s   f r o m   k n o w n   c l a s s   (l a b e l e t ra i ni n d a t a w h e r e a s   u n s upe r v i s e l e a rn i n g   fo r m   t h e   f e a t u r e s   f r o m   u n k n o w n   s o ur c e / c l a s s   d a t a   (u nl a b e l e t r a i n i ng  d a t a ).   I n   t h i s   w o r k,   w e   foc us e o n   s upe r v i s e l e a rni n g   m o de l s   t o   c o n s t r uc t   a nd  c l a s s i fy   t h e   b r e a s t   c a n c e m i c r o a rra y   da t a .     Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
In do n e s i a J   E l e c   E ng  &   Co m S c i     IS S N :   2502 - 4752       Com par i s on   of   m i c r oar r ay   br e as t   c anc e r   c l as s i f i c at i on   us i ng   s uppor t   v e c t or   ( Nur s abi l l i l ah   Moh A l i )   715   S V M   i s   o n e   of   t h e   m o s t   po pul a r   M L   a pp r o a c h .   S V M   i s   p re v a i l i n i r e c o gn i z i n l i n e a r   a n n o n - l i n e a r   m o de l s   i n   l a r ge   a n c o m pl e da t a .   T h e   o b j e c t i ve   i s   t o   c r e a t e   t h e   h y pe r pl a n e / b o un d a r y   b a s e o n   i t s   o r i e nt a t i o n   a nd  po s i t i o n s   s o   t ha t   t h e   da t a   po i nt s   w i l l   b e   f a r   f r o m   n e a r b y   d a t a   po i n t s   f r o m   e v e r y   c l a s s .     T h i s   n e a r by   p o i n t s   a r e   k n o w n   a s   s uppo r t   v e c t o r .   In   a   w o r do n e   by   [18]   us i n b i na r y   c a n c e r o us   m i c r o a rra y   da t a   s uc h   a s   c o l o n ,   o v a r i a n ,   c e n t ra l   n e r v o us   a n l u n g ,   i t   i s   s h o w n   t ha t   R F   o ut pe r f o r m   S V M .   H ow e ve r ,   i t   i s   s t a t e t h a t   t h e   r e s ul t   of   c l a s s i f i c a t i o n   a c c ura c y   e i t h e r   hi g h   o l ow   c a n   b e   i n f l ue n c e by   di m e n s i o n a l   r e duc t i o n   m e t h o us e i t h e   f e a t u r e   s e l e c t i o n   t a s k   [18] .   T h us ,   i t   i s   i m po r t a n t   t o   c h o o s e   t h e   b e s t   f e a t ur e   s e l e c t i o m e t h o p r i o r   t o   t h e   c l a s s i f i c a t i o n.     L R   i s   g e n e ra t e f r o m   t h e   b a s i c   c o n c e pt   o l i n e a r   m o de l   t ha t   ha s   i n t e r c e pt   a n c o e ff i c i e n t   v a l ue .     It   i s   c o m i n f o r m   s t a t i s t i c s   a pp ra c o h   t h a t   i s   us e f o r   da t a   p r e di c t i o n   by   f i n di n t h e   a r e a   u n de r   t h e   r e c e i v e r   o pe r a t i ng  c h a ra c e r i s t c   (R O C).   It   i s   n o t e t ha t   R O g r a p c a b e   de t e r m i n e b y   a   s i m pl e   a nd  i nt u i t i v e   m e t h o [19] .   I n   a   r e c e n t   r e s e a r c h,   A l m ug r e n   a n A l s ha m l a n   [ 20]   p r e s e n t e c a n c e r   c l a s s i f i c a t i o n   t e c hn i que   t o   c l a s s i f y   di f fe r e nt   t y pe   of   c a n c e r .   T h e   a p p r o a c h   us e s   di f fe r e n t   t y pe   of   c a n c e r   b a s e o n   w ra ppe r   m e t h o us i n g   m e t a h e u r i s t i c   a ppl i c a t i o n .   O n   t h e   b a s i s   o f   t h e   c o m p r e h e n s i v e   l i t e r a t u r e   r e v i e w ,   t h e   us e o f   w r a ppe r   b a s e us i n B o r ut a   f e a t u r e   s e l e c t i o n   h a b e e n   r a r e l y   s t udi e d.   It   i s   i n t e r e s t i n t o   l o o a t   t h e   a f o r e m e nt i o n e a pp r o a c h e s   f o r   c a n c e r   c l a s s i f i c a t i o n   us i n s t a n da rd  da t a s e t   a v a i l a b l e   fo r   c a n c e r   t o   h a v e   f a i r   c o m pa r i s o n.     T h i s   p a p e p ro p o s e d   a   no v e l   a p p ro a c t o   c l a s s i f i y   a   d i a g no s e   b re a s t   c a nc e u s i ng   hu m a R N A   m i c ro a r r a y   d a t a s e t   b a s e d   o t he   u s e d   o f   f e a t u re   s e l e c t i o a nd   w i t ho u t   a p p l i e d   f e a t u r e   s e l e c t i o u s i ng   L R   a nd   S V M   c l a s s i f i e r.         3.   M ET H O D O L O G Y   T h e   s y s t e m   s t udi e h e r e   s t a r t s   w i t f e a t ur e   s e l e c t i o w h e re   i t s   i nput   i s   t h e   r a w   m i c r o a rra y   da t a   c o n s i s t i n g   o f   a l l   f e a t u r e s   a nd  t h e   o ut put   i s   a   r e duc e d a t a   w i t o n l y   t h e   s e l e c t e f e a t ur e s .   T h e   r e duc e da t a   i s   t h e f e t o   c l a s s i f i e t o   b e   c l a s s i f i e d.   T h e   f l ow c h a r t   i F i gu r e   p r e s e n t e t h i s   s y s t e m .           F i gu r e   3 .   F l o w c h a r t   o f   t h e   c l a s s i f i c a t i o n   s y s t e m       3. 1 .     D atas e t   A   hum a n   r e c u rr e n c e   b r e a s t   c a n c e m i c r o a rra y   da t a s e t   i s   r e t ri e v e f r o m   G e n e   E xp r e s s i o O m ni b us   (G E O da t a b a s e   fo r   t h i s   s t u dy .   T h e   da t a   i s   l a b e l l e a s   e s t ro ge n   r e c e pt o r   a c t i v e   (E R + o r   e s t r o ge n   r e c e pt o r   i n a c t i v e   (E R - o i o t h e r   w o r ds   e i t h e r   t h e   ge n e   f e a t ur e s   a r e   b e l o n gi n t o   n o r m a l   o r   a b n o rm a l   c e l l s .     T h e   di s t r i b ut i o n   o f   t h e   s a m pl e s   i s   i l l us t ra t e i n   T a b l e   2.   T h e   c l a s s i f i c a t i o n   o f   s uc h   da t a   i s   i m po r t a n t   f o r   po t e n t i a l   t r e a t m e nt   t h e ra py .     S t a r t   F e a t u r e   s e l e c t i o n   L A S S O / Bo r ut a   E n d   Cl a s s i f i e r   S V M / L R   D a t a s e t   w i t h   a l l   f e a t u r e s   D a t a   w i t h   s e l e c t e f e a t u r e s   Cl a s s i f i e d a t a   Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
                                IS S N :   2502 - 4752   In do n e s i a J   E l e c   E ng  &   Co m S c i ,   V o l .   20 ,   N o .   2 N o v e m be r   20 20  :     71 2   -   719   716   T a b l e   2 .   R e pr e s e nt a t i o o f   b r e a s t   c a n c e m i c r o a rra y   da t a s e t   G S E 2034   ( r e c urr e n c e   da t a s e t )     E R+     ER -   S a m p l e   G e n e   Cl a s s   G S E 2 0 3 4   180     106   286   2 2 2 8 3   Bi n a r y       In   t h i s   w o r t h e   r a w   da t a   r e t r i e v e f r o m   t h e   G E O   w e b   i s   s pl i t t e d   i nt o   t w o   s e pa r a t e   f i l e   na m e l y   f e a t ur e s   a nd  t a r ge t .   N o   pr e pr o c e s s i n i s   do n e   pri o r   t o   t h i s .   N e xt ,   t h e   da t a   i s   di v i de i nt o   t ra i ni n a n t e s t   s e t   w i t t h e   ra t i o   o f   20%  t e s t   a n d   80%   t ra i ni n g .       3. 2 .     F e atu r e   s e l e c t i o n   F e a t u r e   s e l e c t i o n   i s   us e d   t o   r e duc e   h i g h   d i m e n s i o na l i t y   of   m i c r o a rr a y   f e a t ur e s   s o   t h a t   o n l y   t h e   i n f o r m a t i v e   f e a t ur e s   a r e   us e fo r   c l a s s i f i c a t i o n.   S i n c e ,   m i c ro a rr a y   m e di c a l   da t a   c o n s i s t s   of   h uge   n um b e r   of  i n put   f e a t u r e s ,   f e a t u r e   s e l e c t i o n   o ge n e   s e l e c t i o i s   r e qu i r e i n   t h i s   s t udy   be f o r e   i t   i s   f e e i n t o   c l a s s i f i c a t i o t a s k.   I n   t h i s   w o r k,   t h e   e f fe c t i ve n e s s   of   B o r ut a   f e a t u r e   s e l e c t i o n   m e t h o w h i c i nt r o duc e i 2010   by   K ur s a   a n R ud ni c ki   [ 21]   a n d   L A S S O   [22]   i s   s t udi e d .   It   i s   a   w r a ppe b a s e m e t h o t h a t   m a ke   us e o f   r a n do m   f o r e s t   c l a s s i f i c a t i o n   a l go r i t hm   i m p l e m e nt a t i o n .   B o r ut a   i s   a l s o   kn o w n   a s   e n s e m b l e   m e t h o w h e r e   t h e   s e l e c t o r   t a s c a n   b e   i m pl e m e n t e by   s e l e c t i n m u l t i pl e   u n b i a s e w e a c l a s s i f i e r s   a nd  s e pa ra t e l y   c l a s s i fy   i n fo r m a t i v e   a n n o n i n f o rm a t i v e   f e a t ur e s / a t t ri b ut e s .   It   m a ke s   us e   o f   c a l c ul a t i n g   a v e ra ge   a n d   s t a n d a r de v i a t i o n   o f   t h e   l o s s   a c c ur a c y .   T h e   R F   c l a s s i f i e r   t ha t   b ui l t   i t h e   B o r ut a   a l go ri t hm   w i l l   de c i de   t h e   i m po rt a nt   pa ra m e t e r s / e l e m e n t   by   r a n do m l y   r e duc i n g   t h e   m i s l e a di ng  f l uc t ua t i o n s   a n c o rr e l a t i o n s .   R e s e a r c h   ha s h o w n   t ha t   B o r ut a   is   c o m put a t i o n a l l y   i n t e n s i v e   m e t h o d.   H ow e v e r ,   w h e n   i t   i s   us e t o ge t h e r   w i t h   ra n do m   f o r e s t   c l a s s i f i e r ,   i t   i s   a b l e   t e ff i c i e n t l y   o pt i m i z e   da t a s e t   a nd  c o n t ri b ut e   t o   go o c l a s s i f i c a t i o n   a c c ur a c y   [23] .   L A S S O   h ow e ve r   i s   di f fe r e n t   f r o m   B o r ut a ,   a s   i t   c o n s t r uc t s   a   l i n e a r   m o de l   a n ge n e r a t e   r e g r e s s i o n   c oe ff i c i e n t   us i n L as s or   L 1   di s t a n c e .   In   l i n e a r   m o de l   m e t h o d,   i t   ha s   a dde pe na l t y   t o   t h e   ge n e   f e a t ur e s   t a v o i ov e r f i t t i n g .   F r o m   t h e   pe n a l t y   t ha t   i s   a pp l i e t o   t h e   c o e ff i c i e n t s ,   t h e   L ha s   t h e   a t t ri b ut e   t o   r e duc e   a n s hri n l e s s   o r   m o r e   c o e ff i c i e n t s   t o   z e r o .   H e n c e ,   b a s e o n   t h e s e   c o n c e pt ,   t h e   f e a t u r e   c a n   b e   r e m o v e f r o m   t h e   m o de l .   It   i s   a c t u a l l y   ge n e ra t e f r o m   t h e   b a s i c   c o n c e pt   of   l i n e a r   m o de l   t ha t   ha s   i nt e r c e pt   a n c o e f f i c i e n t   v a l ue .   In  s h o rt ,   L A S S O   w i l l   s e l e c t   t h e   f e a t ur e s   w i t t h e   c o e ff i c i e n t   a r e   n o n - z e r o .         3. 3 .     C l as s i f i c a ti o n   S uppo r t   V e c t o r   M a c h i n e   (S V M i s   a   s upe r v i s e l e a rni n c l a s s i f i c a t i o n   m e t h o t ha t   i s   i nt r o duc e b y   V a p n i k   i n   1995  [ 24] .   It   i s   a   di s c r i m i na t e   c l a s s i f i e r   t ha t   c o ul b e   us e i n   f i n di n g   o pt i m a l   h y pe r pl a n e   b a s e o n   m a r g i n   m a xi m i z a t i o n .   It   s e a r c h e s   t h e   b e s t   h y p e r pl a n e   t o   s e pa ra t e   t h e   b i n a r y   c l a s s e s   by   m a xi m i z i n t h e   m a r g i n   o r   d i s t a n c e   b e t w e e n   d a t a   po i n t s   a nd  t h e   s e pa r a b l e   d a t a .   N o r m a l l y ,   i t   i s   us e f o r   l i n e a a n n o n - l i n e a r l y   s e pa ra b l e   da t a .   F i gu r e   s h o w s   c o n v e n t i o na l   s e pa r a b l e   m a rgi n   f o r   da t a   s pl i t t i n g .   It   i s   f r e que nt l y   c h o s e n   fo r   m i c r o a rra y   da t a   c l a s s i f i c a t i o a s   s e e n   i n   [25]           F i gu r e   4 .   Co n v e n t i o n a l   S V M   h y pe r pl a n e   m a r g i f o r   s e pa r a b l e   da t a         L o gi s t i c   r e gr e s s i o n   a l s o   kn o w n   a s   L o n gi t   i s   a   s t a t i s t i c   m o d e l   i nt r o duc e by   B e r ks o n   i n   1944  [26] L i s   w i de l y   us e fo r   b i n a r y   c l a s s i f i c a t i o n .   T h e   a i m   o f   t h e   L R   i s   t f i n t h e   p r o b a b i l i t y   of   o ut c o m e   t h a t   o c c ur s   t o   o n e   o r   t w o   t a r ge t i ng  da t a .   I n   t h e   c o n t e xt s   o f   L R ,   i t   m a ke s   us e of  l i n e a r   f un c t i o n   t o   f i n di ng  t h e   m a x i m u m   l i ke l i h o o o t h e   pr e di c t o r   v a l ue .   M a xi m um   l i k e l i h o o m e a n s   t h e   e s t i m a t i o n   o L R   m o de l   i n   Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
In do n e s i a J   E l e c   E ng  &   Co m S c i     IS S N :   2502 - 4752       Com par i s on   of   m i c r oar r ay   br e as t   c anc e r   c l as s i f i c at i on   us i ng   s uppor t   v e c t or   ( Nur s abi l l i l ah   Moh A l i )   717   ge n e ra t i n e xpo n e n t i a l   d a t a   c u r v e .   F i gur e   s h o w s   t h e   l i n e a r   m o de l   be t w e e n   l i n e a r   r e g r e s s i o n   a n l o gi s t i c   r e g r e s s i o n   i n   t e r m s   o t h e   l i n e   a n c ur v e   m o de l .   It   i s   b a s e o n   e xpo n e n t i a l   di s t r i b ut i o n   f un c t i o n   i n   w h i c h   i s   fo r m u l a t e w i t h   v e c t o r i z a t i o n   o f   pa ra m e t e r s   us i n k n o w n   f u n c t i o n   o f   da t a .   It   i s   p r e f e r a b l e   t o   be   us e s i n c e   i t   i s   s i m pl e   a n d   e a s y   t o   be   i m pl e m e nt e d .             F i gu r e   5 .   L i n e a m o de l   v e r s us   L R       4.   R ES U LTS   A N D   A N A L Y S I S     T h e   e ff e c t i v e n e s s   of   t h e   f e a t ur e   s e l e c t i o a n d   c l a s s i f i e a l go r i t h m s   a r e   s t u di e h e r e ,   ( 1)  t h e   pe r f o r m a n c e   o f   S V M   a nd  L R   w i t h o ut   a n y   f e a t ur e   s e l e c t i o a l go r i t hm   a r e   c o m pa r e d   f o l l ow e by   (2)  t h e   pe r f o r m a n c e   w i t h   t h e   i m pl e m e nt a t i o o f   Bo r ut a   a n d   L A S S O   f e a t ur e   s e l e c t i o a l go r i t hm   w i t h   S V M   a n d   L c l a s s i f i e r .   T h i s   i s   t o   ob s e r ve   t h e   e ff e c t i v e n e s s   of   c l a s s i f i c a t i o n   o f   t h e   pr o po s e r e s ul t   w i t h o ut   a n d   w i t h   t h e   f e a t ur e   s e l e c t i o n   a l go r i t h m .   T h e   e xpe r i m e nt s   w e r e   c a r ri e o ut   us i n a   de s kt o c o m put e e qui ppe w i t h   I n t e l ®   c o r e   TM   i5 - 7200U   CP U   @   2. 50G H z   2 . 71  G H z   a n 8G B   R A M .   T h e   a l go ri t hm   w a s   w r i t t e a nd  a n a l y s e us i n g   P y t h o n   pr o g r a m m e   i n   S py de r   w e b   e n v i r o nm e nt .   F o r   c ri t e r i a   (1 ),   us i n L R   c l a s s i f i e r ,   72. 22%  a c c ura c y   i s   a c hi e v e d   w h e r e a s   t h e   S V M   c l a s s i f i e r   ob t a i n e 59. 72 a c c ura c y .   T h i s   s h o w s   t h a t   w i t h o ut   t h e   fe a t u r e   s e l e c t i o n ,     L R   pe r fo r m s   b e t t e r   t h a S V M   f o r   t h e   s e l e c t e da t a s e t .   F o r   c r i t e r i a   (2) ,   w h e n   f e a t u r e   s e l e c t i o n   i s   i m pl e m e n t e t o ge t h e r   w i t h   t h e   c l a s s i f i c a t i o n   a l go ri t hm s ,   L R   m a i n t a i n s   t o   pe r f o r m   b e t t e r   t ha S V M   w h e c o m b i n e w i t b o t h   B o r ut a   a nd  L A S S O   f e a t ur e   s e l e c t i o a l go ri t hm .   B o r ut a   f e a t u r e   s e l e c t i o n   s h o w s   i m pr o v e m e n t   o f   c l a s s i f i c a t i o n   r e s ul t   t o   69. 44%  a n 73 . 61 f o r   Bo r ut a + S V M   a n B o r ut a + L R   r e s pe c t i ve l y .   B e t w e e n   S V M   a n L R ,   Bo r ut a   gi v e s   s i gn i f i c a nt   i m p r o v e m e n t   t o   S V M .   Co m b i na t i o o f   L A S S O + L R   s h o w s   a   v e r y   s i g ni f i c a n t   i m p r o v e m e nt   o f   a l m o s t   3 7%  i c o m p a ri s o n   t o   us i ng  L R   a l go ri t hm   o n   i t w   o w n.   U n f o rt u na t e l y ,   t h e re   i s   n o   c h a nge s   o b s e r v e w h e L A S S O   i s   us e w i t S V M .   T h e   re s u l t   i s   s i m i l a r   w i t us i ng  S V M   c l a s s i f i e r   o nl y .   T a b l e   3   s h o w s   t he   p r e l i m i na r y   r e s u l t   us i ng  t h e   p r o po s e m e t h o d   na m e l y   B o ru t a   a nd   L A S S O   f e a t u r e   s e l e c t i o w i t a nd   w i t h o u t   c l a s s i f i e re s pe c t i v e l y   S V M   a nd   L R .         T a b l e   3 .   Co m p a r i s o r e s ul t   o f   M i c r o a rr a y   da t a   b a s e o t w o   c r i t e t e r i a   m e n t i o n e i n   (1)  a n d   (2)   Cri t e ri a   S V M   LR   W i t h o u t   F e a t u re   S e l e c t i o n   ( F S )   5 9 . 7 2 %   7 2 . 2 2 %   Bo ru t a   6 9 . 4 4 %   7 3 . 6 1 %   L A S S O   5 9 . 7 2 %   9 8 . 6 1 %       5.   C O N C LU S I O N     A ppl i c a t i o n   o f   S V M   a n L R   t o ge t h e r   w i t h   B o r ut a   a n L A S S O   fe a t u r e   s e l e c t i o n   t e c hn i que s   o n   t h e   m i c r o a rra y   b r e a s t   c a n c e r   c l a s s i f i c a t i o p r o c e s s   i s   e xpl a i n e i n   t hi s   w o r k.   T h e r e   i s   n o   i m p r o v e m e n t   o b s e r ve d   w h e n   us i n L A S S O   i S V M .   H ow e v e r ,   us i n B o r ut a   f e a t u r e   s e l e c t i o n ,   t h e   c l a s s i f i c a t i o n   a c c ura c y   i n c r e a s e   by   a l m o s t   10%  w h e B o r ut a   i s   us e p r i o r   t o   c l a s s i f i c a t i o us i n g   S V M .   W h e r e a s ,   c o m b i n a t i o n   o f   L A S S O + L s h o w   s ubs t a n t i a l   i m p r o v e m e n t   w h e n   t h e   a c c u r a c y   a c h i e v e s h o o t   t o   a l m o s t   9 9%  w hi c h   i s   b e t t e r   t h a t h e   c l a s s i f i c a t i o n   w i t h   L R   w i t h o ut   a n y   f e a t ur e   s e l e c t i o n .   H ow e v e r ,   B o r ut a + L R   o n l y   i n c r e a s e   by   l e s s e r   t h a n   2 f r o m   c l a s s i f i c a t i o n   r e s ul t   o L R .   F ut ur e   w o r w i l l   i n c l ude   m o r e   da t a s e t ,   o t h e r   f e a t u r e   s e l e c t i o n   a n c l a s s i f i e r   a l go ri t hm s ,   t u n i ng  o f   pa r a m e t e r s   i t h e   c l a s s i f i e r s   a nd  f e a t u r e   s e l e c t i o n   a l go r i t hm s .     Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
                                IS S N :   2502 - 4752   In do n e s i a J   E l e c   E ng  &   Co m S c i ,   V o l .   20 ,   N o .   2 N o v e m be r   20 20  :     71 2   -   719   718   A C K N O WL ED G E M EN TS     T h i s   w o r i s   s uppo r t e by   U n i v e r s i t i   T e k ni ka l   M a l a y s i a   M e l a k a ,   t h e   M i ni s t r y   o f   E duc a t i o n   M a l a y s i a ,   u n de r   F undi n N u m b e r :   K P T (B S )85032004 55 68  t hr o ugh   S L A B   S p o n s o r s h i A w a r ds   a nd  M ul t i m e di a   U n i v e ri t y ,   M a l a y s i a .   A l s o ,   t h a nks   t o   t h e   r e f e r r e r e v i e w e r s   f o r   t h e i r   v a l u a b l e   c o m m e n t s   a n d   s ugge s t i o n s   t h a t   m a de   c o n s i de r a b l e   i m p r o v e m e n t   t o   o ur   w o rk.       R EF ER EN C ES     [ 1]   G L O B O C A N ,   E s t i m a t e d   C a nc e r   I nc i de nc e ,   M o r t a l i t y   a nd  P r e v a l e nc e   W o r l dw i d e   i 2 012 ,   Se c t i on   of   C an c e r   Sur v e i l l anc e .   pp .   1 7 ,   201 2,   do i :   10. 1111 / j . 1 440 - 175 4. 2007 . 01 232 . x.   [ 2]   F .   B r a y ,   J .   F e r l a y ,   I .   S o e r j o m a t a r a m ,   R .   L .   S i e g e l ,   L .   A .   T o r r e ,   a n d   A .   J e m a l ,   G l o b a l   c a n c e r   s t a t i s t i c s   2 0 1 8 :   G L O B O C A N   e s t i m a t e s   o f   i n c i d e n c e   a n d   m o r t a l i t y   w o r l d w i d e   f o r   3 6   c a n c e r s   i n   1 8 5   c o u n t r i e s ,   C A .   C a n c e r   J .   C l i n . ,   2 0 1 8 .   [ 3]   M i n i s t r y   of   H e a l t M a l a y s i a ,   E a r l y   D e t e c t i o o f   C o m m o C a nc e r s   A nd  R e f e r r a l   P a t hw a y s :   M o dul e   f o r   H e a l t h   C a r e   P r o v i de r s ,   M O H ,   M odu l e   201 7 ,   2017 .   [ O n l i n e ] .   A v a i l a bl e :   ht t p: / / w w w . m o h. g o v . m y / r e s o ur c e s / i nde x/ P e ne r b i t a n/ R uj u ka n / N C D / E a r l y _D e t e c t i o n_O f _C o m m o n_C a nc e r s _A nd_ R e f e r a l _P a t hw a y s _M o dul e _F o r _H e a l t h _C a r e _P r o v i de r s . pdf .   [ A c c e s s e d:   16 - N o v - 2018] .   [ 4]   D .   R .   Y o ul d e n ,   S .   M .   C r a m b ,   N .   A .   M .   D u nn ,   J .   M .   M ul l e r ,   C .   M .   P y ke ,   a n P .   D .   B a a de ,   T h e   de s c r i p t i v e   e pi d e m i o l o gy   o f   f e m a l e   b r e a s t   c a nc e r :   a i nt e r n a t i o na l   c o m p a r i s o o f   s c r e e ni ng ,   i nc i de nc e ,   s ur v i v a l   a nd  m o r t a l i t y ,   C anc e r   E pi de m i ol . ,   v o l .   36,   no .   3 ,   pp .   2 37 2 48 ,   2 012 .   [ 5]   F .   A h m a d ,   N .   A .   M .   I s a ,   M .   H .   M .   N o o r ,   a n d   Z .   H u s s a i n ,   I n t e l l i g e n t   b r e a s t   c a n c e r   d i a g n o s i s   u s i n g   h y b r i d   G A - A N N ,   i n   2 0 1 3   F i f t h   I n t e r n a t i o n a l   C o n f e r e n c e   o n   C o m p u t a t i o n a l   I n t e l l i g e n c e ,   C o m m u n i c a t i o n   S y s t e m s   a n d   N e t w o r k s ,   2 0 1 3 ,   p p .   9 1 2 .   [ 6]   S .   B a ue r ,   R .   W i e s t ,   L . - P .   N o l t e ,   a nd  M .   R e y e s ,   A   s ur v e y   of   M R I - ba s e m e d i c a l   i m a g e   a n a l y s i s   f o r   br a i t um o r   s t ud i e s ,   P hy s .   M e d.   B i o l . ,   v o l .   5 8,   no .   13 ,   p.   R 97 ,   201 3.   [ 7]   S .   H .   H e y w a ng - K öbr unne r ,   A .   H a c ke r ,   a nd  S .   S e d l a c e k ,   A d v a nt a g e s   a nd  di s a dv a n t a g e s   o f   m a m m o g r a ph y   s c r e e n i ng ,   B r e as t   c a r e ,   v o l .   6 ,   no .   3 ,   pp .   1 99 2 07 ,   2 011 .   [ 8]   J .   N a h a r ,   K .   S .   T i c kl e ,   A .   B .   M .   S .   A l i ,   a n Y . - P .   P .   C h e n ,   E a r l y   B r e a s t   C a nc e r   I de nt i f i c a t i o n:   W hi c W a y   t o   G o?   M i c r o a r r a y   o r   I m a g e   B a s e C o m put e r   A i de D i a g no s i s ! ,   i N e t w or k   and  Sy s t e m   Se c ur i t y ,   200 9.   N SS 09 .   T h i r d   I nt e r n at i on al   C on f e r e nc e   on ,   2009 ,   pp .   456 461 .   [ 9]   T .   O n e g a   e t   a l . ,   F a c i l i t y   m a m m og r a phy   v o l um e   i r e l a t i o t o   br e a s t   c a nc e r   s c r e e n i ng   o ut c o m e s ,   J .   M e d.   S c r e e n. v o l .   23,   no .   1 ,   pp.   3 1 37 ,   201 6.   [ 10 ]   F .   H a n ,   W .   S u n,   a nd  Q . - H .   L i ng ,   A   nov e l   s t r a t e gy   f o r   g e ne   s e l e c t i o o f   m i c r o a r r a y   da t a   ba s e o g e ne - to - c l a s s   s e ns i t i v i t y   i nf o r m a t i o n,   P L oS  O ne ,   v o l .   9,   no .   5 ,   p.   e 9 7530 ,   201 4.   [ 11 ]   O .   A .   A l o m a r i ,   A .   T .   K ha de r ,   M .   A .   A l - B e t a r ,   a nd  Z .   A .   A .   A l y a s s e r i ,   A   H y br i F i l t e r - W r a p pe r   G e ne   S e l e c t i o M e t ho f o r   C a nc e r   C l a s s i f i c a t i o n,   i 20 18  2n I nt e r na t i ona l   C o n f e r e nc e   on  B i o Si g na l   A na l y s i s ,   P r oc e s s i ng  an Sy s t e m s   ( I C B A P S) 2018 ,   pp .   113 118 .   [ 12 ]   S .   T u r g u t ,   M .   D a ğ t e k i n ,   a n d   T .   E n s a r i ,   M i c r o a r r a y   b r e a s t   c a n c e r   d a t a   c l a s s i f i c a t i o n   u s i n g   m a c h i n e   l e a r n i n g   m e t h o d s ,     i n   2 0 1 8   E l e c t r i c   E l e c t r o n i c s ,   C o m p u t e r   S c i e n c e ,   B i o m e d i c a l   E n g i n e e r i n g s   M e e t i n g   ( E B B T ) ,   2 0 1 8 ,   p p .   1 3.   [ 1 3 ]   M .   D a s ht b a a nd  M .   B a l a f a r ,   G e n e   s e l e c t i o f o r   m i c r o a r r a y   c a nc e r   c l a s s i f i c a t i o us i ng   a   ne w   e v o l ut i o na r y   m e t ho e m pl o y i ng   a r t i f i c i a l   i nt e l l i g e nc e   c o nc e pt s ,   G e nom i c s ,   v o l .   109 ,   no .   2 ,   p p.   91 107 ,   201 7.   [ 14 ]   S .   K a r ,   K .   D a s   S h a r m a ,   a n d   M .   M a i t r a ,   G e n e   s e l e c t i o n   f r o m   m i c r o a r r a y   g e n e   e x p r e s s i o n   d a t a   f o r   c l a s s i f i c a t i o n   o f   c a n c e r   s u b g r o u p s   e m p l o y i n g   P S O   a n d   a d a p t i v e   K - n e a r e s t   n e i g h b o r h o o d   t e c h n i q u e ,   E x p e r t   S y s t .   A p p l . ,   v o l .   4 2 ,   p p .   6 1 2 6 2 7 ,   2 0 1 5 .   [ 15 ]   M .   S .   M o ha m a d,   S .   O m a t u,   S .   D e r i s ,   a nd  M .   Y o s hi o ka ,   A   m o di f i e bi na r y   pa r t i c l e   s w a r m   o pt i m i z a t i o f o r   s e l e c t i ng   t h e   s m a l l   s ub s e t   o f   i nf o r m a t i v e   g e ne s   f r o m   g e ne   e xpr e s s i o da t a ,   I E E E   T r a ns .   I n f .   T e c hno l .   B i om e d.   v o l .   15,   no .   6 ,   pp.   8 13 8 22 ,   2 011 .   [ 16 ]   S .   S ha h be i g ,   M .   S .   H e l f r o us h ,   a nd  A .   R a h i de h ,   A   f uz z y   m ul t i - o bj e c t i v e   hy br i d   T L B O P S O   a pp r o a c t o   s e l e c t   t he   a s s o c i a t e d   g e ne s   w i t h   b r e a s t   c a nc e r ,   S i gna l   P r o c e s s i ng ,   v o l .   131 ,   p p.   58 65,   2 017 .   [ 17]   T .   P .   V i t a l ,   M .   M .   K r i s hna ,   G .   V .   L .   N a r a y a na ,   P .   S u ne e l ,   a nd  P .   R a m a r a o ,   E m p i r i c a l   A na l y s i s   o C a nc e r   D a t a s e t   w i t h   M a c hi n e   L e a r n i ng   A l g o r i t hm s ,   i n   So f t   C om pu t i n i n   D at A n al y t i c s ,   S pr i ng e r ,   201 9,   pp .   789 801 .   [ 18]   H .   A y da de nt a ,   O t h e   c l a s s i f i c a t i o t e c hni que s   i d a t a   m i ni ng   f o r   m i c r o a r r a y   da t a   c l a s s i f i c a t i o n,   i J ou r na l   of   P hy s i c s :   C on f e r e nc e   Se r i e s ,   2 018 ,   v o l .   971 ,   no .   1,   p .   1200 4.   [ 19]   D .   W .   M o unt   e t   a l . ,   U s i ng   l o g i s t i c   r e g r e s s i o t o   i m p r o v e   t he   pr o g no s t i c   v a l ue   o f   m i c r o a r r a y   g e ne   e xpr e s s i o da t a   s e t s :   a ppl i c a t i o t o   e a r l y - s t a g e   s qua m o us   c e l l   c a r c i no m a   o f   t he   l u ng   a nd  t r i pl e   ne g a t i v e   br e a s t   c a r c i no m a ,   B M C   M e d.   G e nom i c s ,   v o l .   7,   no .   1,   p .   33 ,   2014 .     [ 20]   N .   A l m ug r e a n H .   A l s ha m l a n ,   F F - S V M :   N e w   F i r e F l y - ba s e g e ne   s e l e c t i o a l g o r i t hm   f o r   m i c r o a r r a y   c a nc e r   c l a s s i f i c a t i o n,   i 20 19  I E E E   C on f e r e nc e   on  C om pu t a t i o nal   I n t e l l i ge nc e   i B i o i nf or m a t i c s   and  C om p ut at i ona l   B i o l ogy   ( C I B C B ) ,   20 19 ,   p p.   1 6.   [ 21]   M .   B .   K u r s a   a n d   W .   R .   R u d n i c k i ,   F e a t u r e   s e l e c t i o n   w i t h   t h e   B o r u t a   p a c k a g e ,   J   S t a t   S o f t w ,   v o l .   3 6 ,   n o .   1 1 ,   p p .   1 1 3 ,   2 0 1 0 .   [ 22]   R .   T i b s h i r a n i ,   R e gr e s s i on   s h r i n k a ge   a n d   s e l e c t i on   vi a   t h e   l a s s o,   J .   R .   S t a t .   S o c .   S e r .   B ,   vol .   5 8 ,   n o.   1 ,     p p .   2 6 7 2 8 8 ,   1 9 9 6 .   [ 23]   M .   B .   K u r s a ,   R o b u s t n e s s   o f   R a n d o m   F o r e s t - b a s e d   g e n e   s e l e c t i o n   m e t h o d s ,   B M C   B i o i n f o r m a t i c s ,   v o l .   1 5 ,   n o .   1 ,   p .   8 ,   2 0 1 4 .   [ 24]   C .   C o r t e s   a nd  V .   V a pn i k ,   S u ppo r t - v e c t o r   ne t w o r ks ,   M ac h .   L e ar n . ,   v o l .   20 ,   no .   3 ,   pp .   273 297 ,   1995 .   [ 25]   A .   S t a t n i ko v ,   L .   W a ng ,   a nd  C .   F .   A l i f e r i s ,   A   c o m pr e he ns i v e   c om pa r i s o o f   r a ndo m   f o r e s t s   a nd  s u ppo r t   v e c t o r   m a c hi ne s   f o r   m i c r o a r r a y - ba s e c a nc e r   c l a s s i f i c a t i o n,   B M C   B i o i n f o r m at i c s ,   v o l .   9 ,   no .   1,   p .   319 ,   2008 .   [ 26]   J .   B e r k s o n ,   A pp l i c a t i o n   o f   t he   l o g i s t i c   f u nc t i o n   t o   b i o - a s s a y ,   J .   A m .   S t a t .   A s s o c . ,   v o l .   3 9 ,   no .   2 27 ,   p p .   35 7 3 6 5 ,   1 9 44 .   Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
In do n e s i a J   E l e c   E ng  &   Co m S c i     IS S N :   2502 - 4752       Com par i s on   of   m i c r oar r ay   br e as t   c anc e r   c l as s i f i c at i on   us i ng   s uppor t   v e c t or   ( Nur s abi l l i l ah   Moh A l i )   719   B I O G R A P H I ES   O F   A U T H O R S       N u r s ab i l l i l a h   M o h d   A l i   w a s   bo r i M e l a ka ,   M a l a y s i a ,   i 19 85.   S h e   r e c e i v e t he   B . E ng .   ( H o ns . )   a nd  M . S c .   de g r e e s   f r o m   U ni v e r s i t i   T e kn i k a l   M a l a y s i a   M e l a ka   a nd  I nt e r n a t i o na l   I s l a m i c   U ni v e r s i t y ,   M a l a y s i a   i 2009   a nd   201 4,   r e s pe c t i v e l y ,   a l l   i m e c h a t r o n i c   e ng i ne e r i ng .   S h e   h a s   be e a a c a de m i c   s t a f f   s i nc e   20 09,   w he r e   no w   s he   i s   a   S e ni o r   L e c t ur e r   o f   U ni v e r s i t i   T e kni ka l   M a l a y s i a   M e l a ka .   S he   i s   a   C h a r t e r e d   E ng i ne e r   o f   t h e   E ng i n e e r i ng   C o unc i l   U K   a n a   G r a dua t e   E ng i ne e r   o f   t he   B o a r o f   E ng i ne e r s   M a l a y s i a .   C u r r e n t l y ,   s he   i s   w o r ki ng   t o w a r t he   P h . D .   d e g r e e   a t   t he   M ul t i m e d i a   U n i v e r s i t y .   H e r   r e s e a r c i nt e r e s t s   i nc l ude   bi o i n f o r m a t i c s   s y s t e m ,   D N A   g e ne   e xpr e s s i o n,   o pt i m i z a t i o a l g o r i t hm   a n m a c hi ne   l e a r n i ng .         N o r   A z l i n A b   A z i z   r e c e i v e he r   P h. D .   de g r e e   f r o m   U ni v e r s i t y   o f   M a l a y a ,   M a l a y s i a .   S h e   i s   c ur r e n t l y   a   s e ni o r   l e c t ur e r   w i t t he   F a c ul t y   o f   E ng i ne e r i ng   a nd  T e c hno l o gy ,   M ul t i m e di a   U ni v e r s i t y ,   M e l a ka ,   M a l a y s i a .   S he   i s   a l s o   t h e   c ha i r p e r s o of   t he   C e n t e r   f o r   E ng i ne e r i ng   C o m put a t i o na l   I nt e l l i g e nc e ,   M u l t i m e d i a   U n i v e r s i t y .   S he   ha s   p ub l i s he a nd  p r e s e n t e n um e r o us   s c i e n t i f i c   pa pe r s   i i nt e r na t i o na l   j o ur na l s   a n c o nf e r e nc e s ,   a nd  l e a m ul t i pl e   r e s e a r c pr o j e c t s .   H e r   r e s e a r c h   i n t e r e s t s   i n c l u d e   t h e   f u n d a m e n t a l   a s p e c t s   a n d   a p p l i c a t i o n s   o f   c o m p u t a t i o n a l   i n t e l l i g e n c e   i n   w i r e l e s s   c o m m u n i c a t i o n ,   b i o i n f o r m a t i c s ,   o p e r a t i o n a l   r e s e a r c h   a n d   a f f e c t i v e   c o m p u t i n g .           R o s l i   B e s ar   i s   c ur r e n t l y   A s s o c i a t e   P r o f e s s o r   o f   M ul t i m e di a   U ni v e r s i t y .   H e   r e c e i v e t he   B . E ng .   ( H o ns )   a n M . S c .   d e g r e e s   f r o m   t he   U n i v e r s i t y   of   S c i e nc e   M a l a y s i a   ( U S M ) ,   M a l a y s i a ,   i 199 0   a nd  199 3,   r e s p e c t i v e l y   a nd  t he   P h. D .   de g r e e   f r o m   t he   M ul t i m e d i a   U ni v e r s i t y ,   M a l a y s i a ,   i 200 4.   H i s   c ur r e nt   i nt e r e s t s   i nc l ude   S i g na l   a n I m a g e   P r o c e s s i ng   a nd   M e d i c a l   I m a g i ng .           Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.