I nd o ne s ia n J o urna l o f   E lect rica l En g ineering   a nd   Co m p u t er   Science   Vo l.   21 ,   No .   2 Feb r u ar y   2 0 2 1 ,   p p .   1 0 7 3 ~1 0 81   I SS N:  2 5 02 - 4 7 5 2 ,   DOI : 1 0 . 1 1 5 9 1 /i j ee cs.v 2 1 .i 2 . p p 1 0 7 3 - 10 81          1073       J o ur na l ho m ep a g e h ttp : //ij ee cs.ia esco r e. co m   Predic ting RN A - Seq data  using  ge netic  a lg o rith m  a nd ense m bl cla ss ificatio n alg o rith m s       M ichea l O l a o lu Ar o w o lo 1 M a rio n O .   Adebiy i 2 ,   Ay o dele  A.   Adebiy i 3   a nd   O la t un j i J .   O k e s o la 4   1, 2, 3 De p a rtm e n o f   Co m p u ter S c ien c e ,   L a n d m a r k   Un iv e rsit y ,   O m u - A ra n ,   K w a ra   S tate ,   Nig e ria   4 De p a rtme n o f   Co m p u ter S c ien c e ,   F irst  T e c h n ica Un iv e rsity ,   Ib a d a n ,   Nig e ria       Art icle  I nfo     AB ST RAC T   A r ticle  his to r y:   R ec eiv ed   Feb   12 ,   2 0 2 0   R ev i s ed   A p r   13 ,   2 0 2 0   A cc ep ted   Ma y   3 ,   2 0 2 0       M a laria   p a ra sites   a c c e p u n c e rtain ,   i n c o n siste n li f e   sp a n   b re e d i n g   th ro u g h   v e c to rs  o f   m o sq u it o e stra t o sp h e re s.  T h o u sa n d o f   d if fe re n tran sc rip to m e   p a ra sites   e x ist.   A   p re v a len Rib o n u c leic   a c id   se q u e n c in g   (RNA - se q tec h n iq u e   f o g e n e   e x p re s sio n   h a b ro u g h a b o u e n h a n c e d   id e n ti f ica ti o n o f   g e n e ti c a q u e ries .   Co m p u tati o n   o f   RN A - se q   g e n e   e x p re s sio n   d a ta  tran sc rip ts  re q u ires   e n h a n c e m e n ts  u sin g   a n a ly ti c a m a c h in e   lea rn in g   p ro c e d u re s.   Nu m e ro u lea rn in g   a p p r o a c h e h a v e   b e e n   a d o p ted   f o a n a l y z in g   a n d   e n h a n c in g   t h e   p e rf o r m a n c e   o f   b io lo g ica d a ta  a n d   m a c h in e s.  In   t h is  stu d y ,   a   G e n e ti c   a lg o rit h m   d i m e n sio n a li t y   re d u c ti o n   tec h n iq u e   is  p ro p o s e d   to   f e tch   re lev a n in f o r m a ti o n   f ro m   a   h u g e   d im e n sio n a RNA - s e q   d a tas e t,   a n d   c las si f ica ti o n   u se En se m b le  c las sif i c a ti o n   a lg o rit h m s.  T h e   e x p e rime n is  p e rf o r m e d   u sin g   a   m o sq u it o   A n o p h e les   g a m b iae   d a tas e w it h   a   c l a ss if ic a ti o n   a c c u ra c y   o f   8 1 . 7 %   a n d   8 8 . 3 % .   K ey w o r d s :   A d b o o s t e n s e m b le   B ag g i n g   e n s e m b le   Gen etic  al g o r ith m   Ma lar ia  v ec to r   R N A - Seq   T h is  is  a n   o p e n   a c c e ss   a rticle   u n d e r th e   CC B Y - SA   li c e n se .     C o r r e s p o nd ing   A uth o r :   A r o w o lo   Mic h ea l O lao l u   Dep ar t m en t o f   C o m p u ter   s cie n ce   L a n d m ar k   U n i v er s it y   O m u - A r a n ,   K w ar State ,   Ni g e r ia   E m ail: a r o w o lo . o lao lu @ l m u . e d u . n g       1.   I NT RO D UCT I O N     Nex t - g e n er atio n   s eq u e n ci n g   t ec h n o lo g y   h i g h - t h r o u g h p u h a s   p r o d u ce d   lar g e   w id e - r a n g i n g   d ataset s ,   th is   g i g a n tic  ex p a n s o f   d ata  au th o r izes  b io lo g is t s   in   e x a m in i n g   a n d   r ea lizin g   c h alle n g i n g   tr an s cr ip tio n s   o f   g en e s ,   f o r   ex a m p le,   r elati v es   in   d is ea s es   an d   R N f o r   e x a m p le  co n tag io n s   ( m alar ia) ,   ca n ce r ,   tr an s m is s ib le,   g en et ics,  b io lo g ical,   a n d   o th er s   [ 1 ] .   B lo o d - s u c k i n g   m o s q u it o es  s u c h   a s   m o s q u ito   a n o p h el es  w it h   k e y   v ec to r s   o f   m alar ia   P las m o d iu m   f alci p ar u m   o r ig i n ates   f r o m   Af r ica .   An o p h eles   m o s q u ito es   ar e   d ea d ly   m alar ia   p ar asit e,   r esp o n s ib le  f o r   d e m is e s   o f   t h o u s a n d s A n ti m alar ial  s u p p o s ito r ies  s p r ea d ,   s tate - of - t h e - ar t   an ti m alar ials   tr ea t m e n u p s u r g es,  f etc h in g   f o r   g r o u n d - b r ea k in g   m ed icatio n s   r eq u ir es  i m p r o v ed   co n s id er at io n   o f   th ese   li v i n g   o r g a n is m s .   M o s q u ito   p ar asit to ler ates  p r ec is p ar am eter   o f   ex p r es s i o n   o f   g en e s   ta k es  m as s i v q u er y m ak i n g   a n   en h a n c ed   s y s te m atic  p r ed icti v m o d el  f o r   m alar ia  v ec to r   tr an s cr ip ts   [ 2 - 3 ].   A p p r o ac h ab le  r ev ea li n g   g e n e tic  in q u ir ies  h a v b ee n   m ad in   R N A - Seq   s tu d y   b y   u n f o ld in g   ca u tio u s   p u r p o s ef u l   b io lo g ical  s tr ate g y   b y   e n h a n ce m en o f   s eq u e n ci n g   s t u d y .   R N A - Seq   d ata   n ec e s s itate s   t h r e m o v a l   o f   th h i g h - d i m e n s io n alit y   c u r s e ,   s u ch   as d is o r d er s ,   s o u n d s ,   r ec u r r en ce ,   u n co n n ec ted ,   s e v er an ce ,   u n s u itab le   d ata,   an d   o th er s   [ 4 ] .   C u r r en s k ill s   co n s is o f   e n h a n ce d   m et h o d s   in   d ev elo p i n g   g r o u n d - b r e ak in g   m ed ical  ca r m o d el s ,   f o r   ex a m p le ,   k ee n   h u m an   w ell - b ei n g   tr ea t m en t   s y s t e m s ,   en h a n ce d   tr ea t m e n t s ,   a m o n g   o t h er   d etec ts   o f   ail m e n ts   a n d   co m p lain ts   [ 5 ].   So m m ac h i n lear n i n g   ap p r o ac h es  h a v b ee n   co n v e n ti o n al  in   t h r ec en er w i th   p er s u asi v e   n o v eltie s   f o r   s t u d y i n g   th e n o r m o u s   s u m   o f   t h R N A   n e x t - g en er atio n   s eq u e n ci n g   g e n ex p r ess io n   d ata  o v er   Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
                      I SS N :   2 5 0 2 - 4752   I n d o n esia n   J   E lec  E n g   &   C o m p   Sci,   Vo l.  21 ,   No .   2 Feb r u ar y   2 0 2 1   :   1 0 73   -   10 81   1074   s tu d y in g   t h b io lo g icall y   ap p licab le  o u tlin e s   [ 6 ] .   R esear ch e r s   h av e x te n s i v el y   w o r k ed   o n   m ac h i n lear n i n g   m et h o d s   f o r   R N A - Seq   d ata  e x p r ess io n   h av i n g   r ates  o f   s u c ce s s   v ar iab le   [ 7 8 ].   C o m p u t atio n al  ap p r o ac h es   h av b ee n   u s e f u o n   an   en o r m o u s   g e n o m ic  d ata s et  o f   p u b lics   d is ea s e s ,   g en e s   in   c h ar g e   o f   th p r esen ce   o f   co n d itio n s   ca n   b d is tin g u i s h ed Sev er al   m ea s u r es   h a v b ee n   o b s er v ed   b y   Di f f er en tia ll y   E x p r ess ed   Gen e s   ( DE G) I n   id en tify i n g   th d i f f er en ce   b et w ee n   g en e s   co n tr ac t ed   f r o m   th h u m a n   g en o m e ,   th m ac h in lear n in g   p r o ce s s   is   v ital Qu i te  lo o f   m ac h i n lear n i n g   ap p r o ac h es  p r o p o s ed   in   a n al y zi n g   a n d   clas s i f y i n g   g en e   ex p r ess io n   p r o f il i n g   o f   m a n y   e m u lated   d is ea s e s .   P r o f i lin g   o f   g en e x p r ess io n   d ata   an d   its   ap p r o ac h es  u tili zi n g   s o m e   m ac h i n lear n i n g   ar o f   s i g n i f ican t.   lo t o f   i n v e s ti g atio n s   h a v b ee n   ca r r ied   o u t,  w it h   ex i s ti n g   in v e s ti g atio n al  p r ed ictab le  o p e n in g s   [ 5 ] .   B lo o d - b ased   g en ex p r ess io n   d i s ea s s i g n s   a n d   m ac h in e   lear n in g ,   to   d etec tr an s cr ip tio n s   f o r   class i f icatio n   [ 9 ] ,   w it h   R N A   d ata  f r o m   o m n ib u s   g en e x p r ess io n   d ata  w it h   m ac h i n e   lear n in g   to o ls   an d   al g o r ith m s   ar p r o j ec ted .   R NA - Seq   d ata  d im e n s io n alit y   r ed u cti o n ,   clu s ter i n g   an d   class i f icatio n   h av e   b ee n   p r o p o s ed ,   d ir ec tin g   m u t u al  e v al u atio n ,   th e   i m p o r ta n c e   o f   p r o ce d u r es,  o cc u r r in g   r ec en tl y   a s   p r ed o m i n an v ar ia tio n s ,   w it h   d ir ec t   an d   in d ir ec t   ap p r o ac h es  w ith   R N A - s eq   d ata   d i m en s io n ali t y   r ed u ctio n   m e th o d s b y   t h s tat e m en t o f   R N A - s eq   d ata  d i m en s io n alit y   r ed u ctio n   p r o ce d u r es [ 1 0 ] .   Ge n etic  alg o r it h m   d i m e n s io n alit y   r ed u ctio n   f ea tu r s elec ti o n   p r o ce d u r e   is   ca r r ie d   o u t ,   to   d r aw   a n d   an al y ze   h i g h   d i m en s io n al   g en ex p r ess io n   d ata,   E n s e m b le   class i f icatio n   alg o r it h m   ap p r o ac h es  ar ca r r ied   o u t   to   r eg u la te  d is cr ete  g e n etic  b ac k g r o u n d s   t h at  d i s tr ib u te s   class i f icatio n   ac c u r ac ies  w h i ch   s u g g e s t ab le  f o r   ef f ec tiv p r ed ictio n   a n d   d etec tio n   ap p r o ac h es o f   in n o v ati v g en e s   f o r   m a lar ia  co n tag io n s   i n   h u m an .       2.   M E T H O P RO P O SE D   T h p lan n ed   f r a m e w o r k   f o r   th is   s tu d y   i s   tab u lated   in   Fi g u r e   1 v ital  k n o w led g in   p r ed ict in g   m ac h in lear n in g   b u r d en   o n   h ig h - d i m e n s io n a g en e x p r ess i o n   R N A - Seq   d ata,   in to   s u b o r d in ate  d i m en s io n a d ataset   is   p r o p o s ed .   T h is   s tu d y   f etc h es   o u i m p er ati v d ata  in   s p ec if ied   d ataset  b y   e m p lo y i n g   Ge n eti c   A l g o r ith m   f ea t u r s ele ctio n   p r o ce s s   as   p h a s e ,   E n s e m b le   cl ass i f icatio n   al g o r ith m s   ar li n k ed   t o   est i m a te  t h e   p er f o r m a n ce   o f   t h R N A - s eq   m alar ia  v ec to r   d ataset.                 Fig u r 1 .   P r o p o s ed   f r am e w o r k       A   s u p er v is ed   lear n i n g   p r o ce d u r f o r   R N A - Seq   g e n r an k i n g   h u g e   en s e m b le s   g r o u p   o f   m ea s u r ed   R N A - Seq   g en e s ,   ca r r ied   o u m u tab le  r a n k   p r o ce d u r m a d f r o m   r a n d o m   f o r ests   clas s if icatio n   al g o r ith m u s i n g   A u to e n co d er   v ar iatio n s   an d   r eg r ess o r s   to   ab s tr ac lev els  o f   12  R N A - Seq   ca n ce r o u s   d ataset s   h o ld in g   ab o u t   th o u s a n d   s a m p les.  A   co n ce aled   s u p er v is ed   lear n i n g - b ased   f ea t u r s elec tio n   p r o ce d u r in   R N A - Seq   tr ain i n g   w as  d e m o n s tr ated   an d   co n f er r ed   u s in g   f ea t u r s ele ctio n   ap p r o ac h es  o n   th g en e   ex p r ess io n   d ataset   in v e s ti g atio n   [ 1 1 ] .   A   s u p er v is ed   class i f icatio n   R N A - Seq   d ata  m o d el  w a s   p r esen ted   u s i n g   s i m p li f ied   p r o ce d u r w it h   a n   in f i n ite  a cc u r ate  class i f ica tio n   o f   s in g le  ce lls ,   m er g in g   i n d ep en d en f ea tu r s e lectio n   d i m en s io n al   r ed u ce d   m o d el   an d   m ac h in lear n i n g   p r o ce d u r e.   S c - P r ed   R NA - s eq   d ataset  f r o m   p an cr ea tic   m u s cle,   m i x i n g   d en d r itic   ce ll s co lo r ec tal  tu m o u r   m ater ial  eli m i n atio n ,   a n d   m o n o n u clea r   ce lls   w er ap p lied   an d   p r esen ted   a   h i g h - p er f o r m an ce   ac c u r ac y   [ 1 2 ] .   R N A - D NA  m ac h i n lear n i n g   i n v e s ti g atio n   s h o w i n g   lo w   g en o m e   ex p r ess io n s   i n f lu e n c in g   P A ail m en t   w a s   p r o p o s ed ,   u s in g   an   ad v a n ce d   f e atu r s elec tio n   a n d   en h a n ce d   m ac h in e   lear n i n g   p r o ce d u r f o r   class i f y in g   ir r elev an b u t   v er y   b e n ef ic ial  g en e s ,   t h r es u lt s   d is p la y ed   clu s ter s   o f   u n r elate d   ex p r ess io n   g e n es   t h at  r e v ea p r ed ictin g   a n d   d is tin c tiv tr an s f o r m ed   P A H   [ 1 3 ] .   C las s i f icatio n   o f   g en e x p r ess io n   g astro i n test in al  t u m o r   d at a s et   u s in g   d ee p   lear n in g   ap p r o ac h   w a s   p r o p o s ed ,   u s i n g   ab o u t   60, 000  g en es  f r o m   3 3 4   g astro in te s ti n al  t u m o r   p atien t’ s   d ata,   P C A ,   h ea t m ap s ,   an d   th C N N   alg o r ith m   w er p r o p o s ed   u s in g   s cie n ti f ic ,   an d   R N A - s eq   g e n ex p r ess io n   d ata  in v es tig a tio n   an d   clas s if icatio n   ac cu r ac y   o f   9 5 . 9 6 an d   5 0 . 5 1 %   w er ac h iev ed   [ 1 4 ] An   R NA - Seq   d i s clo s u r o f   co n c ea l ed   tr an s cr ip tio n s   i n   m alar ia  p ar asit es   w as  p r o p o s ed   b y   u n f o ld i n g   t h d is s i m i la r it y   o f   an   R N A - s eq   p r o ce s s   to   f r ee   d if f er en ce   o f   tr an s cr ip t s   f o r   d if f er e n m o s q u ito s   an d   r ev ea led   h id d en   d is tin ct  tr an s cr ip tio n al  s ig n s   [ 1 5 ] .     C las s i f icatio n   w it h   e n s e m b le   m ac h i n lear n i n g   p r o ce d u r f o r   ca n ce r o u s   d ata   ex p r ess io n   w as   p r o p o s ed   u s in g   C 4 . 5 ,   b ag g in g   an d   b o o s t in g   en s e m b le   s u p er v is ed   m ac h i n lear n in g   m e asu r es  ca n ce r   d ata   class i f icatio n   o n   s e v en   o p en - s o u r ce d   m a licio u s   m icr o ar r a y   d ata ,   th b ag g i n g   an d   b o o s t in g   e n s e m b le  lear n in g   class i f icatio n   ap p r o ac h   s h o w e d   b etter   p er f o r m a n ce   ac c u r ac y   [ 1 6 ] .   A n   in v e s ti g ati v en s e m b le  clas s i f icatio n   An o p h eles  Ga m b iae  Data s e t     ( G e n e t i c   A l g o r i t h m)   F e a t u r e   S e l e c t i o n   E n s e m b le  C las s i f icatio n     R es u lts   Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
I n d o n esia n   J   E lec  E n g   &   C o m p   Sci     I SS N:  2502 - 4752       P r ed ictin g   R N A - S eq   d a ta   u s in g   g en etic  a l g o r ith a n d     ( M ich ea l O la o lu   A r o w o lo )   1075   m et h o d   f o r   g en e   ex p r ess io n   f o r   ca n ce r o u s   d ata   w as  p r o p o s ed   u s in g   a   R ec u r s i v F ea tu r E li m i n atio n   ass o ciatio n   f ea tu r s elec tio n   ap p r o ac h   to   f e tc h   i m p o r tan f ea t u r es ,   a n   A d ab o o s t   en s e m b le   cla s s i f icatio n   alg o r ith m   w a s   u s ed   f o r   class i f icatio n ,   an d   th o u tco m d i s p lay ed   a   r ele v an t   i m p r o v e m e n t.   C a n ce r o u s   g e n ex p r ess io n   d ata   c lass if icatio n   w a s   d o n e   u s i n g   an   e n s e m b le  class i f icat io n   m et h o d th e   p er f o r m an ce   a n d   o u t co m es   o f   th r es u lt  s h o w e d   r e d u ce d   am o u n o f   d ep en d en o n   o r ig in al ities   o f   s i n g le  tr ain i n g   d ata s et   [ 1 7 ] .   m eta h e u r is tic s   tech n i q u f o r   f etc h in g   g en e s   an d   R NA/DN A   d ata  class if icatio n   b y   b r ief in g   ex is ti n g   ad v an ce s   o f   m etah e u r is t ic - b a s ed   m e th o d s   in   th e   e m b ed d e d   tech n iq u e   o f   f ea t u r s elec t io n   ap p r o ac h   w as   p r o p o s ed ,   em p h asiz i n g   h e lp f u an d   i n te g r atin g   p r o b le m - s p ec i f ic  d ata  r elev a n ce   i n t o   th ex a m i n atio n   o p er ativ es  o f   d ev elo p m e n t s A   r a n k i n g   co ef f icie n o f   li n ea r   SVM  class i f ier   w a s   u s ed   in   th lo ca o p er ativ e   in v e s ti g atio n   f o r   f ea t u r s elec t io n   an d   class i f icat io n   [ 1 8 ] .   A   f au lt  in v est ig at io n   f o r   tr ain i n g   en g i n es  u s i n g   G A   an d   class i f icat io n   lear n er s ,   th e   ap p r o ac h   less en s   t h co m p u ta tio n al  co m p licatio n   an d   ad v a n ce s   th ac c u r ac y   to   ab o u 9 7 [ 1 9 ] .   T r ee   m o d el  en h a n ce m en f o r   clas s i f y in g   c er ta in   en s e m b led   f ea t u r es  w a s   p r o p o s ed   u s in g   an   en s e m b le - b a s ed   f ea t u r s elec t io n ,   r an d o m   tr ee s   a n d   w r ap p er - b ased   f ea t u r s elec tio n   s y s te m   i n   d e v elo p in g   a   class i f icatio n   m o d el,   an d   t h en s e m b le  d ata  cla s s i f icat io n   p r o ce d u r in itiates   s u b clas s   u s in g   t h b a g g in g ,   w r ap p er   d im e n s io n alit y   r ed u ctio n   m et h o d ,   an d   r an d o m   t r ee s .   T h is   p r o ce d u r r em o v e s   th u n co n n ec ted   f ea t u r es  an d   p ic k s   t h b est  f ea tu r es  f o r   class i f icat io n   w it h   p r o b ab ilit y   w eig h ti n g   v a lu e.   T h s tu d y   w a s   ev alu a ted   an d   co m p ar ed   w i th   class i f icatio n   ac cu r ac y   o f   9 2 [ 2 0 ].   A n   en s e m b l e - f ea tu r s elec t io n   i m p le m en ta tio n   p r o ce d u r u s in g   R - p ac k ag e   to o w a s   p r o p o s ed ,   s ev er al   f ea t u r s elec tio n   tec h n iq u e s   w er e   co m b i n ed   w it h   r eg u lar ized   o u tp u t s   to   q u a n ti f iab le  en s e m b le  r an k i n g ,   f ea t u r s elec ti o n   p r o ce d u r es  w er e   co m b i n ed ,   an d   u s ed   [ 2 1 ].       3.   RE S E ARCH   M E T H O D   Hig h   d i m en s io n al   d ata  in v e s t ig atio n s   h av e   b ee n   d i s cu s s ed   ex te n s i v el y ,   a   Ge n etic   A l g o r ith m   an d   E n s e m b le  clas s if icatio n   al g o r ith m   is   p r o p o s ed   u s i n g   a n   R NA - Seq   d ata   co n s is ti n g   o f   2 4 5 7   in s tan ce s   w it h   s ev e n   at tr ib u tes   o f   w ester n   K en y a,   m o s q u ito s   g e n d ata   [ 2 2 ]   w it h   i ts   p r o f i l tr a n s cr ip co n ten t s ,   R N A - Seq   g en e s ,   tr an s cr ip v ar iatio n s   o f   d elta m et h r in -   r esi s tan an d   v u ln er ab le  An o p h ele s   g a m b iae   Ken y an   m o s q u i to es   w h ic h   is   an   o p en l y   ac ce s s i b le   d ata   o n   f ig s h ar e. co m   [ 23 - 24 ] ,   it   is   tab u lated   in   T ab le  1 .   MA T L A B   ex p er i m e n tal  to o i s   u s ed   to   ca r r y   o u t t h e x p er i m e n t,  G A   i s   p r o p o s ed   an d   u s ed   to   f etc h   r el ev an t   f ea tu r es .   T h s elec ted   w er cl a s s i f i ed   u s in g   th E n s e m b le  al g o r ith m   [ 2 5 ].         T ab le  1 .   Data s et  s tr u ctu r e s   D a t a se t   A t t r i b u t e s   I n st a n c e s   M o sq u i t o   A n o p h e l e s G a mb i a e   7   2 4 5 7       3 . 1 .   G enet ic  a lg o rit h m   GA   i s   p r o f icien m e th o d   f o r   in v e s ti g ati ng   s u i tab le  f ea t u r es  f r o m   h i g h   d i m e n s io n al  d atasets ,   an d   p r ed o m in a n G A   ar w r ap p er - b ased   f ea tu r s elec tio n   m e th o d s .   Qu ite  lo o f   li m itat i o n   p r o ce d u r es  f o r   g en et ic  al g o r ith m   e x is ts ,   w h er alter atio n   a n d   cr o s s o v er   o p e r ativ es p er s i s a n d   co m m o n l y   co n n ec ted   to   b i n ar y   co n s tr ain v al u es.  A p p r o p r iate  f ea t u r es  ar r ec o g n ized   u s i n g   g e n etic  al g o r ith m   [ 2 6 ] .   T h R N A   h as   N   n u m b er   o f   f ea tu r es   r ep r esen tin g   f ea t u r e s   w i th   v alu es  0   a n d   1   as  s e lecte d   an d   u n s e lecte d ,   co r r esp o n d in g l y .   A d d r ess i n g   th i m p o r tan ce   o f   f ea tu r es,   G A   is   u s ed   i n   f i n d in g   t h id ea f ea t u r s u b s et  b y   m ea n s   o f   t h n o m i n ated   f i g u r o f   f ea t u r es  f o r   co m p le x   clas s i f ica tio n   p r ese n tatio n .   T h g en er al  co n s tr u ct io n   o f   th G A   i s   d ef i n ed   in   A l g o r i th m   1   b elo w   b y   ad o p tin g   [ 2 7 ]:     A l g o r ith m   1 .   Gen et ic  alg o r it h m   Require: Initialize the parameters nPop =  m, t max , t = 0;   Ensure: Optimal feature subset with the highest fitness value.     1: while ( t<=t max ) do     2:   Create pop  m, t max ;     3:   For  k =   1 to  m   do     4:     Parents [ m 1 , m 2 ] = system selection (m, nPop)     5:     Child = Xo r[ m 1 , m 2 ]     6:     M u  = mutation [Child}     7:   End for     8:   Replace  with Child 1 , Child 2 , …, Child m     9:   t = t+ 1;     10:   End while     11:   Store the Highest fitness value;   Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
                      I SS N :   2 5 0 2 - 4752   I n d o n esia n   J   E lec  E n g   &   C o m p   Sci,   Vo l.  21 ,   No .   2 Feb r u ar y   2 0 2 1   :   1 0 73   -   10 81   1076   m   is   t h p o p u latio n   s ize,   r   is   r an d o m   n u m b er   l y i n g   f la n k ed   b y   0   to   1 ,   s i g n i f ies   th e   n o m i n ated   ch r o m o r   u n s elec ted   f ea tu r w it h   a   th r es h o ld   δ   s et  v a lu to   b 0 . 5 ,   an d   α   is   th th r esh o ld   n u m b er   o f   f ea t u r es   n o m i n ated .   T h s ig n if ican p r o b lem s   o f   th p r ec is m e th o d   ar s elec tin g   t h m a x i m u m   f i ttin g   f ea t u r es  f r o m   th p r ed ictab le  d atasets .     3 . 2 .   E ns e m ble  cla s s if ier   E n s e m b le  c lass if ier s   ar e   tr ain ed   u s in g   d is ti n ct  s ec to r s   o f   t h tr ain in g   d ata,   d iv er s co n s tr ain ts   o f   th e   class i f ier s ,   o r   v ar ied   s ec to r s   o f   f ea t u r es  as  i n   m o d el  o f   r an d o m   s u b s p ac e   [2 8 ].   E n s em b le   class i f ier   in cl u d e s   in te g r ati ng   o u tco m e s   o f   n u m e r o u s   clas s i f ier s   to   y ie ld   f i n a r esu lt it   is   r eg u lar l y   u s ed   f o r   th ac q u is it io n   o f   ex tr e m e l y   ac c u r ate  r es u lts .   E n s e m b le  clas s i f ier s   ar q u ite  m u tu al  in   m ac h i n lear n i n g   p r o b lem s   an d   ca n   b e   ac tiv in   th e   b io in f o r m at ics  f ield .   T h cl a s s i f icatio n   r es u lt  is   attai n ed   b y   t h i n cl u s i o n   o f   c h o ice  o f   in d iv id u al  cla s s i f ier   [2 9 ].   E n s e m b le   ap p r o ac h es  ar e   m ac h in lear n in g   tec h n iq u es   co m b in es   d ec is io n s   to   ad v an c t h p er f o r m a n ce   o f   th g en er al  c lass if ic a tio n .   Se v er al  ter m s   h a v b ee n   d i s co v er ed   in   t h liter at u r to   s ig n i f y   co m p ar ab le   co n n o ta tio n s   s u c h   as;   m u l ti - s tr ate g y   lear n i n g ,   ag g r e g atio n ,   m u ltip le  i n teg r atio n   class i f ier s ,   clas s i f ier   s y n t h e s is ,   g r o u p in g ,   co m m ittee,   an d   s o   o n .   E n s e m b le  clas s if ier   tak es   co m p lete  i m p r o v ed   p r esen tatio n   t h a n   d is cr ete  b ase d   class if ier s .   T h e   ef f icie n c y   o f   en s e m b le  ap p r o ac h es is   ex tr em el y   d ep en d en t o n   th u n co n v en t io n alit y   o f   f a u lt   d ev o ted   b y   th e   d is cr ete  lear n er .   E n s e m b le  ap p r o ac h es  p er f o r m a n ce   h i n g o n   th ac c u r ac y   an d   v ar iet y   o f   t h b ase   lear n er s ,   an d   e n s e m b le   class if ica tio n   h as   co m m o n   te ch n iq u es;   b ag g i n g   an d   b o o s tin g   B ag g i n g   ( b oo t s tr ap   ag g r e g ati n g )   e m p lo y s   t h tr ain in g   d ata   b y   ar b itra r il y   ch a n g i n g   t h e   u n iq u tr ain i n g   d ata  b y   N   ite m s .   T h ad d itio n al  tr ain i n g   s et s   ar c alled   b o o ts tr ap   d u p licates  w it h   s o m o cc u r r en ce s   un ap p ea l i n g   e v e n   th o u g h   a p p ea r in g   co n s ec u ti v el y .   T h cla s s i f ier   C *( x )   is   b u il b y   co m b in in g   Ci ( x )   w h er e   ea ch   Ci ( x )   h a s   an   eq u i v ale n v o te.     A d aB o o s ( A d ap tiv B o o s ti n g )   tech n iq u a f f ec ts   t h tr ai n in g   d ata.   Or ig i n all y ,   t h p r o ce d u r allo w all  in s tan ce   xi  w it h   eq u al  w ei g h t.  I n   s ep ar ate  iter atio n   i ,   th e   k n o w led g p r o ce d u r r ed u ce s   th w ei g h ted   er r o r   o n   th tr ai n i n g   s et  a n d   y ield s   class i f ier   Ci ( x ) .   T h w eig h t ed   er r o r   o f   Ci ( x )   is   ca lc u lated   w it h   u s to   i n f o r m   th w ei g h ts   o n   th tr ai n i n g   in s tan ce s   xi .   T h w ei g h t o f   xi  r is e s g i v i n g   to   it s   e f f ec t s   o n   t h c lass i f ier s   o u tco m e   th at  a llo w s   a   h ig h   w eig h t   f o r   m is cla s s i f ied   xi   an d   s m all   w ei g h t   f o r   a n   ac ce p tab ly   cla s s i f ied   xi .   T h e   co n clu d i n g   cla s s i f ier   C *( x )   is   b u ilt  b y   w e ig h ted   v o te  o f   t h d is cr ete  Ci ( x )   r en d er in g   to   its   ac cu r ac y   b u i lt  o n   th w ei g h ted   tr ai n i n g   s e t   [ 3 0 - 33] .   I m p le m e n ti n g   Ka m r a n   et   al.   [ 2 4 ] ,   th ey   s h o w ed   h o w   b o o s tin g   alg o r it h m   w o r k s   f o r   d atasets ,   t h e n   tr ain ed   b y   m u lt i - m o d el  d esi g n s   ( en s e m b le  lear n i n g ) .   T h ese  ad v an ce s   r e s u lted   i n   t h Ad aB o o s ( A d ap tiv B o o s tin g ) .   P r esu m to   co n s tr u ct   D t   s u c h   th a t D 1 ( i)         g iv e n   D t   an d   h t :             {   }                       {                                                                   ( 3 )     =                                                ( 4 )     W h er       s tates to   th n o r m aliza tio n   f ac to r   an d         is   as f o llo w s ;                                    ( 5 )     B asic  e n s e m b le  clas s if icatio n   t ec h n iq u es :     W eig h ted   Av er ag i n g   ( W A ) Av er ag i n g   an d   Ma x   Vo ti n g   ( MV ) .     Ma x   Vo tin g   ( MV )   ex i s ts   [ 31 ]   E n s e m b le  lear n i n g   h a s   th r ee   co m b in a tio n   ad v a n ce d   tech n iq u es Stack i n g   ( ST K) ;   B len d in g   ( B L D) ;   B ag g in g   ( B A G) ,   an d   B o o s tin g   ( B OT )   [ 32 - 37 ] .     3 . 3 .   P er f o r m a nce  ev a lua t io n   P er f o r m a n ce   e v al u atio n   o f   m a ch in e   lear n in g   tec h n iq u e   en ta i ls   v alid atio n   m e tr ics   s u c h   a s   a   c o n f u s io n   m atr i x ,   u s ed   f o r   an a l y zi n g   cl ass i f icatio n   m o d els   f ea tu r es,  d is co v er in g   t h cla s s i f ied   ill u s tr atio n s   f r o m   t h e   g iv e n   m o d el  o f   test ed   d ataset  m o d el  s a m p le s   [ 5 ]   u s in g   t h p er f o r m an ce   m etr ic s   f o r m u la s   [2 2,   2 7 ]     3 . 4   Appl ica t io ns   Gen a n al y s i s   e x p r ess io n   p r o jects  a n   i m p r o v ed   ap p r o ac h   in   id en ti f y in g   R N A - Seq   d ata ,   f e tch i n g   f o r   r elev an t   ess e n tia g en e s   f o r   d ev elo p in g   ap p licatio n s   li k tr ea t m e n t s ,   g e n es  a n d   d r u g s   d i s co v er ies ,   d iag n o s i s ,   class i f icatio n   o f   ca n ce r o u s   d is ea s es,  m alar ia,   f e v er ,   an d   s o   o n .   F in d in g   t h m ac h i n lea r n in g   d ata  d esig n s   Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
I n d o n esia n   J   E lec  E n g   &   C o m p   Sci     I SS N:  2502 - 4752       P r ed ictin g   R N A - S eq   d a ta   u s in g   g en etic  a l g o r ith a n d     ( M ich ea l O la o lu   A r o w o lo )   1077   r eq u ir es  a   g r ea al g o r ith m   a n d   to o ls   u s ed   b y   s ev er al   e x p er i m e n ts M A T L A B   to o is   u s e d   to   ca r r y   o u th e   ex p er i m e n t   [ 3 8 - 39] .   P r ed ictin g   R N A - Seq   tec h n o lo g y   u s in g   M A T L A B   to o l ,   m alar ia   v ec to r   d ata ,   a n d   co m p u ter   r eso lu tio n   co n f o r m a tio n   u s es i C o r e2   p r o ce s s o r ,   8 GB   R A s ize,   6 4 - b it  S y s te m   an d   M A T L A B   2 0 1 5   to o l.       4.   RE SU L T A ND  D IS CU SS I O   R N A - Seq   in n o v a tio n   w i th   Mo s q u ito es  An o p h eles  Ga m b iae  d ata   h av i n g   2 4 5 7   s u s c ep tib le  an d   r esis ta n g e n es   a s   s h o w n   i n   F i g u r e   2   b elo w   i s   i m p le m e n ted   b y   u s in g   Ge n etic  al g o r ith m   o n   th d ata  to   r ed u ce   th cu r s o f   d i m en s io n al it y   a n d   f etc h   t h o p ti m al  s u b s e o f   d ata r em o v u n co r r elate d   a ttrib u tes,  an d   c h o o s e   d eter m in ed   v ar ia n ce   w it h   r ed u ce d   n u m b er   o f   s u b s et  f ea t u r es  in   th v ar iab le.   T h GA   g i v es  i m p o r ta n g e n e   d ata   f o r   s u itab le  s tu d y .   T h en s e m b le  clas s i f icatio n   alg o r ith m   is   u s ed .   Usi n g   G A   as   f ea tu r s elec tio n   m et h o d ,   w it h   th r es h o ld   o f   0 . 5 ,   7 0 8   o p tim al  s u b s et  f ea tu r e s   o f   g e n es  w er s i g n if ican t.   T h class i f ier   u s es  a n   e n s e m b l class i f icatio n   lear n in g   e v al u atio n   p r o ce d u r e,   th tr ain in g   a n d   test i n g   s eg m e n ts   u s e   10 - f o ld   cr o s s - v alid atio n   f o r   el i m in at i n g   s e lectio n   p ar tialit ies   u s in g   M A T L A B .   E v a lu at io n   o u tco m is   co n s tr u cted   u s i n g   t h co m p u tatio n al  ti m e   an d   p er f o r m an ce   m etr ics   [2 7 ] c lass if icat io n   p er f o r m a n ce   w it h   A d a - B o o s an d   B ag g i n g   E n s e m b le   cla s s i f i ca tio n   m o d els ,   w ith   9 3 . 3 %   an d   95 ac cu r ac y   r esp ec tiv el y .   T h r es u lt  p r o ce d u r es   ar s h o w n   in   F ig u r e           Fig u r 2 L o ad ed   d ata  o n   MA T L A B   en v ir o n m en t       GA  is   e m p lo y ed   to   f etch   r el ated   co m p o n en t s   f r o m   th e   d ata s et,   as   s h o w n   i n   f ig u r t w o ,   s elec ted   f ea t u r es  ar c las s i f i ed   u s i n g   a n   en s e m b le  alg o r it h m .   T h r es u lt   o f   t h co n f u s io n   m atr i x   i s   s h o w n   i n   t h f i g u r e s   b en ea th .   T h c o n f u s io n   m atr ix   s h o w s   r eso l u tio n   to   th p er f o r m a n ce   m etr ics   A d a - B o o s an d   b ag g ed   en s e m b le  cla s s i f icatio n   al g o r ith m s   ar u s ed   a n d   ac h iev e s   an   ac c u r ac y   o f   8 1 . 7 an d   8 8 . 3 r esp ec tiv el y .   Fig u r 3   a n d   Fi g u r 4   s h o w s   t h co n f u s io n   m atr ice s   u s ed   i n   ev al u ati n g   t h p er f o r m an ce   o f   t h e x p er i m en t i t   co m p r is e s   o f   t h T r u an d   Fals P o s itiv es a n d   Neg ati v e s .   T esti n g   t h p er f o r m an ce   o f   R N A - Seq   d ata  [ 3 9 ] ,   w it h   2 4 5 7   g en f ea t u r e s ,   G A   w a s   e m p lo y ed   to   eli m i n ate  ir r elev a n f ea t u r es  i n   th d ata,   7 0 8   f ea tu r e s   w er ca r ef u ll y   c h o s en   a s   s u b s et  in   t h d ata .   T h e   se lecte d   f ea t u r es  ar p ass ed   in to   th en s e m b le  clas s i f icatio n   m o d el  e n v is a g th eir   p er f o r m an ce .   T h o u tco m e   p r o v e s   th e   e f f ic ien c y   o f   m ac h in e   lear n in g   ab ili t y   o n   g e n e s v al id at in g   t h e   m e th o d ,   t h e   r esu l ts   r e v ea led   in   T ab le  2   w it h   B ag g ed   E n s e m b le  o u tp er f o r m i n g   t h A d ab o o s t   en s e m b le   al g o r it h m   i n   ter m s   o f   ac c u r ac y   w i th   8 8 . 3 % to   8 1 . 7 % .   Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
                      I SS N :   2 5 0 2 - 4752   I n d o n esia n   J   E lec  E n g   &   C o m p   Sci,   Vo l.  21 ,   No .   2 Feb r u ar y   2 0 2 1   :   1 0 73   -   10 81   1078       Fig u r 3 .   C o n f u s io n   m atr ix   f o r   class if y i n g   m o s q u ito   R N A - S eq   d ata  w i th   ad a - b o o s t e n s e m b le  class i f ier   T P =3 5 T N= 1 4 ; FP = 7 ; FN= 4           Fig u r 4 .   C o n f u s io n   m atr ix   f o r   th class i f icat io n   o f   m o s q u i t o   R NA - Seq   d ata  u s i n g   b ag g ed   en s e m b le  class if ier   T P =3 5 T N= 1 8 ; FP = 3 ; FN= 4       T ab le  2 .   P er f o r m a n ce   m etr ic s   tab le  f o r   th co n f u s io n   m atr i x   P e r f o r man c e   M e t r i c s   A d a - B o o st   En se m b l e   C l a ssi f i c a t i o n   B a g g e d   E n se mb l e   C l a ssi f i c a t i o n   A c c u r a c y   ( %)   8 1 . 7   8 8 . 3   S e n si t i v i t y   ( %)   8 9 . 7   8 9 . 7   S p e c i f i c i t y   ( %)   9 0 . 6   8 5 . 7   P r e c i si o n   ( %)   8 3 . 3   9 2 . 1   R e c a l l   ( %)   8 9 . 7   9 2 . 1   F - S c o r e   ( %)   8 6 . 4   9 2 . 1   Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
I n d o n esia n   J   E lec  E n g   &   C o m p   Sci     I SS N:  2502 - 4752       P r ed ictin g   R N A - S eq   d a ta   u s in g   g en etic  a l g o r ith a n d     ( M ich ea l O la o lu   A r o w o lo )   1079   5.   CO NCLU SI O N   I n   t h is   s t u d y ,   an   i m p r o v ed   a n d   e f f ic ien t   p r ed ictio n   a n d   a n al y s i s   o f   m alar ia  ail m e n in   h u m an   i s   ca r r ied   o u u s i n g   m ac h i n e   le ar n in g   p r o ce d u r es  s u ch   as   g e n etic  a lg o r it h m   a n d   E n s e m b l alg o r it h m s .   T h i s   s tu d y   an a l y ze d   a n d   ev al u at ed   th p er f o r m a n ce ,   a n d   th e   s h o w ed   t h o b tain ed   r es u lt s   o f   t h e m p lo y e d   C las s i f icatio n   alg o r it h m s ,   t h b ag g ed   e n s e m b le  cla s s i f i er   o u tp er f o r m s   th e   A d a - b o o s t .   T h i m p r o v ed   class i f icatio n   o f   m alar ia  v ec to r   d ata   is   ca r r ied   o u w it h   o th er   n u m er o u s   w o r k s ,   a n d   th r esu l ts   s h o d i m en s io n al it y   r ed u ctio n   m o d el  w i th   Gen e tic  A l g o r ith m   f ea t u r s elec tio n   ap p r o ac h ,   is   h elp f u a n d   ca n   ad v an ce   t h class i f icat io n   r es u lts   s u c h   as  en s e m b le .   I n v e s t ig ati n g   f u r th er   o n   f ea tu r s el e ctio n   m o d els  an d   alg o r ith m s   w i ll b o f   g r ea v al u to   g et  s u itab le  m o d el  f o r   en h a n ci n g   R N A - Seq   tec h n o lo g y .       RE F E R E NC E S   [1 ]   S   S h a n w e n ,   W   Ch u n y u ,   Hu i,   Qu a n .   M a c h i n e   lea rn i n g   a n d   it a p p li c a ti o n s   in   p lan t   m o lec u lar  stu d ies ,‖   Briefin g s i n   F u n c ti o n a Ge n o mic s Ox fo rd   Aca d e mic v o l.   1 9 ,   n o .   1 ,   p p .   40 - 48 ,   2 0 1 9 .   d o i:   1 0 . 1 0 9 3 / b f g p /elz 0 3 6 .   [2 ]   F Da v id ,   Ka te,  L   Ya n k ,   G   Ka rin e ,   a n d   L   Ro c h .   P re d ictin g   G e n e   Ex p re s sio n   in   th e   Hu m a n   M a laria   P a ra site   P las m o d iu m   F a lcip a ru m   Us in g   Histo n e   M o d if ica ti o n ,   Nu c leo so m e   P o sit io n in g ,   a n d   3 L o c a li z a ti o n   F e a t u re s ,‖   PL OS   C o mp u ta ti o n a B io l o g y v o l.   1 5 ,   n o .   9 ,   2 0 1 9 ,   doi 1 0 . 1 3 7 1 /j o u rn a l. p c b i. 1 0 0 7 3 2 9 .   [3 ]   A n o p h e les   g a m b iae   1 0 0 0   G e n o m e Co n so rt iu m Da ta  a n a ly sis  g ro u p ;   P a rtn e w o rk in g   g ro u p G e n e ti c   d iv e rsity   o th e   Af rica n   m a laria   v e c to A n o p h e les   g a m b iae ,‖   Na tu re ,   2 0 1 7 .   d o i:   1 0 . 1 0 3 8 /n a t u re 2 4 9 9 5   [4 ]   M   A ro w o lo ,   M   A d e b i y i,   A   A .   A d e b i y i.   d i m e n sio n a re d u c e d   m o d e f o th e   c la ss i f ica ti o n   o f   RN A - S e q   a n o p h e les   g a m b iae   d a ta ,   J o u rn a l   o T h e o re ti c a a n d   Ap p li e d   I n fo r ma ti o n   T e c h n o l o g y ,   v o l.   97 ,   n o .   2 3 ,   p p .   3 4 8 7 - 96 2 0 1 9 .   [5 ]   S   Ka rth ik ,   a n d   M   S u d h a .   A   su rv e y   o n   m a c h in e   lea rn in g   a p p r o a c h e in   g e n e   e x p re ss io n   c las si f ica ti o n   i n   m o d e ll in g   c o m p u tatio n a d iag n o stic  sy ste m   f o c o m p lex   d ise a s e s,‖   In ter n a ti o n a J o u rn a o En g in e e rin g   a n d   A d v a n c e d   T e c h n o l o g y ,   v o l.   8 ,   n o .   2 ,   p p .   1 82 - 1 9 1 ,   2 0 1 8 .   [6 ]   NT   Jo h n so n ,   A   Dh ro so ,   KJ   Hu g h e s,  Ko rk in ,   Bio lo g ica c las s if ica ti o n   w it h   RN A - s e q   d a ta:  Ca n   a lt e rn a ti v e l y   sp li c e d   tran sc rip e x p re ss io n   e n h a n c e   m a c h in e   l e a rn in g   c las si f iers ? ‖  RNA ,   v o l.   24 ,   n o .   9 ,   p p .   1 1 1 9 1 1 3 2 ,   2 0 1 8 .   d o i:   1 0 . 1 2 6 1 /r n a . 0 6 2 8 0 2 . 1 1 7 .   [7 ]   M W   L ib b re c h t,   a n d   W S   No b le.  M a c h in e   lea rn in g   a p p li c a ti o n i n   g e n e ti c a n d   g e n o m ic s ,‖   Na Rev   Ge n e t ics ,   v o l.   16 ,   n o .   6 p p .   3 2 1 3 3 2 ,   2 0 1 5 .   [8 ]   Ja g g a ,   a n d   G u p ta ,   Cla ss i f ica ti o n   m o d e ls  f o c lea r   c e ll   r e n a c a rc in o m a   sta g e   p ro g re ss io n ,   b a se d   o n   tu m o RNA se q   e x p re ss io n   train e d   s u p e rv ise d   m a c h in e   lea rn in g   a lg o rit h m s ,‖   BM Pro c e e d in g s ,   v o l .   8 ,   n o .   2 ,   p p .   1 - 9 2 0 1 4 .   [9 ]   Re n ,   M .   A n ju n ,   M .   Qin ,   Z.   Qu a n .   Clu ste rin g   a n d   c las sif i c a ti o n   m e th o d f o S in g le - c e ll   R NA - S e q   d a ta, ‖  Briefin g s i n   Bi o i n fo rm a ti c s p p . 1 - 13 ,   2 0 1 9 .   [1 0 ]   W .   S tep h e n ,   S .   Ru h o ll a h .   Us in g   su p e rv ise d   lea rn i n g   m e th o d f o g e n e   se lec ti o n   in   RNA - S e q   c a se - c o n tro stu d ies .   f ro n ti e rs  in   g e n e ti c , ‖  Bi o i n fo r ma ti c a n d   Co m p u t a ti o n a Bi o lo g y ,   v o .   9 ,   p p .   1 - 6 ,   p p .   1 - 6 ,   2 0 1 8 doi 1 0 . 3 3 8 9 /f g e n e . 2 0 1 8 . 0 0 2 9 7   [1 1 ]   J.  A lq u icira - He rn a n d e z ,   A .   S a th e ,   H.   O.  Ji,  Q.  Nq u y e n ,   J.   E.   P o w e ll ,   s c P re d A c c u ra te  S u p e rv ise d   M e th o d   f o r   Ce ll - ty p e   Clas si f ic a ti o n   f ro m   S in g le - c e ll   RNA - se q   Da ta ,   Ge n o me   Bi o lo g y ,   v o l.   20 ,   n o .   1 ,   p p .   1 - 1 7 ,   2 0 1 9 ,   d o i:   1 0 . 1 1 8 6 /s 1 3 0 5 9 - 0 1 9 - 1 8 6 2 - 5   [1 2 ]   S .   Cu i,   Q.  W u ,   J.  W e st,   a n d   J.  Ba i.   M a c h in e   lea rn in g - b a se d   m i c ro a rra y   a n a l y se s   in d ica te  lo w - e x p re ss io n   g e n e s   m i g h c o ll e c ti v e l y   in f lu e n c e   P A d ise a s e , ‖  PL OS   Co m p u t a t io n a Bi o l o g y ,   v o l.   1 5 ,   n o .   8 ,   2 0 1 9 .   d o i 1 0 . 1 3 7 1 / jo u rn a l. p c b i. 1 0 0 7 2 6 4   [1 3 ]   H.S .   S h o n ,   Y.G .   Yi,   K.O.  Kim ,   E. J.  Ch a ,   K.A .   Kim .   Clas si f ica t io n   o f   S to m a c h   Ca n a c e G e n e   Ex p re ss io n   Da ta  Us in g   CNN   A l g o rit h m   o De e p   L e a rn in g , ‖  J o u rn a o Bi o me d ica T ra n sla ti o n   Res e a rc h v o l.   20 n o .   1 ,   p p . 1 5 - 20 2 0 1 9 d o i 1 0 . 1 2 7 2 9 /j b tr. 2 0 1 9 . 2 0 . 1 . 0 1 5   [1 4 ]   J.   R.   A d a m ,   M . T .   A rth u r,   M . B.   Ha y le y ,   R. G .   A n a ,   J.S .   M a n d y ,   J.R. I.   Ch rist o p h e r,   Oliv e B,   M a tt h e w   B,   M a ra   KN L . ,   S in g le - c e ll   R N A - se q   re v e a ls  h id d e n   tran sc rip ti o n a v a riatio n   in   m a laria   p a ra sites ,‖   Elife ,   v o l.   7 ,   2 0 1 8 .   d o i :   1 0 . 7 5 5 4 /eL if e . 3 3 1 0 5   [1 5 ]   A . C.   Tan ,   G il b e rt  D. ,   En se m b le   m a c h in e   lea rn in g   o n   g e n e   e x p re ss io n   d a ta  f o c a n c e c las sif ic a ti o n ,   E n se mb le   M a c h in e   L e a r n in g   o n   Ge n e   Ex p re ss io n   Da t a   f o r Ca n c e r Cla ss if ica ti o n ,   v o l.   2 ,   n o .   3 ,   p p .   75 - 83 ,   2 0 0 3 .   [1 6 ]   N.  S o n g ,   W a n g   k ,   X u   M ,   X ie  X ,   Ch e n   G ,   W a n g   Y. ,   De sig n   a n d   a n a ly sis o f   e n se m b le  c las si f ier  f o g e n e   e x p re s sio n   d a ta o f   c a n c e r,   Ad v a n c e me n i n   Ge n e ti c   En g i n e e rin g v o l.   5 ,   n o .   1 ,   p p 1 - 7 ,   2 0 1 6 d o i: 1 0 . 4 1 7 2 /2 1 6 9 - 0 1 1 1 . 1 0 0 0 1 5 2   [1 7 ]   S .   T a re k ,   El w a h a b   R A ,   S h o m a n   M .   Ge n e   e x p re ss io n   b a se d   c a n c e c las sif i c a ti o n ,   Eg y p ti a n   In f o r ma ti c J o u rn a l v o l.   18 ,   p p .   3 ,   p p .   1 5 1 - 1 5 9 ,   2 0 1 7 ,   d o i:   1 0 . 1 0 1 6 /j . e ij . 2 0 1 6 . 1 2 . 0 0 1 .   [1 8 ]   RN  T o m a ,   A E   P ro sv iri n ,   a n d   JM   Ki m ,   B e a rin g   f a u lt   d iag n o sis  o f   in d u c ti o n   m o to rs  u sin g   a   g e n e ti c   a lg o rit h m   a n d   m a c h in e   lea rn in g   c las sif iers ,‖   S e n so rs   Ba se l v o l.   20 ,   n o .   7 ,   2 0 2 0 .   [1 9 ]   A . C.   T a n ,   G il b e rt  D. ,   En se m b le  m a c h in e   lea rn in g   o n   g e n e   e x p re ss io n   d a ta  f o c a n c e c las si f ic a ti o n ,   A p p li e d   Bi o in fo rm a t ics ,   v o l.   3 ,   p p .   1 - 10 ,   2 0 0 3 .   [2 0 ]   Ne u m a n n ,   G e n z e   a n d   He i d e r.   EF S :   A n   e n se m b le  f e a tu re   s e lec ti o n   to o im p lem e n ted   a r - p a c k a g e   a n d   we b   a p p li c a ti o n ,‖   Bi o Da t a   M in v o l.   10 ,   n o .   1 ,   p p .   1 - 9 ,   2 0 1 7 .   [2 1 ]   M.   O.  A ro w o lo ,   A b d u lsa lam   S O ,   Isia k a   RM ,   G b o lag a sd e   K A .   c o m p a r a ti v e   a n a l y sis  o f e a tu r e   se lec ti o n   a n d   f e a tu re   e x tra c ti o n   m o d e ls  f o c la ss ify in g   m icro a rra y   d a tas e t,   Co mp u ti n g   a n d   I n fo rm a t io n   S y ste m ,   v o l.   22 ,   n o .   2 p p .   29 - 38 ,   2 0 1 8 .   Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
                      I SS N :   2 5 0 2 - 4752   I n d o n esia n   J   E lec  E n g   &   C o m p   Sci,   Vo l.  21 ,   No .   2 Feb r u ar y   2 0 2 1   :   1 0 73   -   10 81   1080   [2 2 ]   M A ro w o lo ,   M A d e b iy i,   AA   A d e b i y a n d   O k e so la.  P CA   m o d e f o RN A - S e q   m a lar ia  v e c to d a ta   c las si f ica ti o n   u si n g   KN a n d   d e c isio n   tree   a lg o rit h m ,”   2 0 2 0   I n te rn a ti o n a C o n fer e n c e   in   M a th e m a ti c s,  Co m p u ter   En g i n e e rin g   a n d   C o mp u ter   S c ien c e ,   p p .   1 - 8 ,   2 0 2 0 d o i :   1 0 . 1 1 0 9 /IC M CECS 4 7 6 9 0 . 2 0 2 0 . 2 4 0 8 8 1 .   [2 3 ]   B.   M a rian g e la,  Eri c   O,   W il li a m   A D,  M o n ica   B,   Ya w   A ,   G u o f a   Z,   Jo sh u a   H,  M i n g   L ,   Jia b a o   X ,   A n d re w   G ,   Jo se p h   F ,   G u i y u n   Y.  RN A - se q   a n a l y se s   o f   c h a n g e in   th e   A n o p h e les   g a m b iae   tr a n sc rip to m e   a ss o c iate d   with   re sista n c e   to   p y re th ro id in   Ke n y a id e n ti f ica ti o n   o f   c a n d id a te - re sista n c e   g e n e s   a n d   c a n d id a te - re sista n c e   S NP s ,‖   Pa ra sites   a n d   Vec to r ,   v o l.   8 ,   n o .   1 ,   p p .   1 - 1 3 . ,   2 0 1 5 .   d o i:   1 0 . 1 1 8 6 /s 1 3 0 7 1 - 0 1 5 - 1 0 8 3 - z .   [2 4 ]   M a rian g e la  Bo n izz o n i ,   Er ic  Oc h o m o ,   W il li a m   Du n n ,   M o n ica   Bri tt o n ,   Ya w   Af r a n e ,   e a l. ,   A d d it i o n a f il e   4 :   o f   RNA - se q   a n a l y se o f   c h a n g e in   th e   A n o p h e les   g a m b iae   tran sc rip to m e   a ss o c iate d   w it h   re sista n c e   to   p y re th ro id in   Ke n y a id e n ti f ica ti o n   o f   c a n d id a te - re sista n c e   g e n e a n d   c a n d id a t e - re sista n c e   S NP s , ‖  2 0 1 5 .   [ O n li n e ] .   A v a il a b le:   h tt p s:/ /f ig sh a re . c o m /article s/ A d d it io n a l _ f il e _ 4 _ o f _ RNA s e q _ a n a ly s e s_ o f _ c h a n g e s_ in _ t h e _ A n o p h e les _ g a m b iae _ tra n sc rip to m e _ a ss o c iate d _ w it h _ re sista n c e _ to _ p y re th ro id s_ i n _ Ke n y a _ id e n ti f ica ti o n _ o f _ c a n d id a tere sista n c e _ g e n e s_ a n d _ c a n d id a tere sista n c e _ S N P s/4 3 4 6 2 7 9 / 1   [2 5 ]   G .   Ja m e s,  W it t e n   D,  Ha stie   T ,   Ti b sh iran R. ,   A n   in tro d u c ti o n   to   sta ti stica le a rn in g   w it h   a p p li c a ti o n   in   R ,‖   Ne Yo rk   NY S p ri n g e r ,   2 0 1 3 .   [2 6 ]   Du v a a n d   J - Ha o ,   A d v a n c e in   m e tah e u risti c f o g e n e   se lec ti o   a n d   c las sif ica ti o n   o f   m i c ro a rra y   d a ta,‖  Briefin g s i n   Bi o i n fo rm a t ics ,   v o l.   11 ,   n o .   1 ,   p p .   1 2 7 - 1 4 1 ,   2 0 1 0 .   [2 7 ]   M . O.  A ro w o lo ,   S . O . ,   A b d u lsa lam ,   R. M .   Isia k a   a n d   K.A .   G b o lag a d e .   h y b rid   d im e n sio n a li ty   re d u c ti o n   m o d e f o r   c las si f ica ti o n   o f   m icro a rra y   d a ta s e t ,‖   In ter n a ti o n a J o u r n a o In f o rm a ti o n   T e c h n o lo g y   a n d   Co mp u t e S c ien c e ,   v o l.   9 ,   n o .   1 1   p p .   5 7 - 63 2 0 1 3 .   [2 8 ]   Na g S ,   Bh a tt a c h a ry y a   DK .   Cl a s sif ica ti o n   o f   m icro a rra y   c a n c e d a ta u sin g   e n se m b le ap p ro a c h ,   Ne two rk   M o d e li n g   An a lys is  i n   He a lt h   I n fo rm a ti c s a n d   Bi o in f o rm a ti c s ,   v o l.   2 ,   p p .   1 5 9 - 173 ,   2 0 1 3 .   [2 9 ]   S a ra h   M ,   A h m e d   IS ,   L a b ib   M L. ,   Cl a ss i f ica ti o n   tec h n iq u e in   g e n e   e x p re ss io n   m i c ro a rra y   d a ta,‖   In ter n a ti o n a l   jo u rn a o C o mp u ter   S c ien c e   M o b il e   Co mp u ti n g ,   v o l.   7 ,   n o .   11 ,   p p .   52 - 56 ,   2 0 1 8 .   [3 0 ]   T a n   A C,   G il b e rt  D.  En se m b le   m a c h in e   lea rn in g   o n   g e n e   e x p re ss io n   d a ta  f o c a n c e c las si f ic a ti o n ,   A p p li e d   Bi o in fo rm a t ics ,   v o l.   3 ,   p p .   1 - 10 ,   2 0 0 3 .   [3 1 ]   G u z m a n   E,   El - h a lab y   M ,   Bru e g g e   B.   En se m b le  m e th o d f o a p p   re v ie w   c las si f ic a ti o n A n   a p p ro a c h   f o so f tw a re   e v o lu ti o n ,   in   3 0 th   IEE E/ ACM   In t.   Co n fer e n c e   o Au t o ma t ive   S o ft wa re   En g in e e rin g ,   pp 7 7 1 7 7 6 ,   2 0 1 5 d o i: 1 0 . 1 1 0 9 /A S E. 2 0 1 5 . 8 8 .     [3 2 ]   Re n   Y,  S u g a n th a n   P N,  S rik a n th   N.  En se m b le  m e th o d f o w in d   a n d   so lar  p o w e f o re c a stin g sta te - o f th e - a rt   re v ie w ,   R e n e we a b le  S u sta i n a b le  En e rg y   Rev o lu t io n v o l.   50 ,   n o .   4 ,   p p .   82 - 91 ,   2 0 1 5 .   d o i :   1 0 . 1 0 1 6 / j. rse r. 2 0 1 5 . 0 4 . 0 8 1 .   [3 3 ]   F len n e rh a g   S .   M a c h in e   L e a rn in g   En se m b le,  2 0 1 7 .   d o i :1 0 . 5 2 8 1 /ze n o d o . 1 0 4 2 1 4 4 .   [3 4 ]   Ka m ra n   K,  Kia n a   JM,   M o jt a b a   H,  S a n jan a   M ,   L a u ra   B,   Do n a ld   B.   T e x Clas si f ica ti o n   A l g o rit h m s:  A   S u rv e y ,‖   In fo rm a t io n   M DPI v o l.   10 ,   n o .   4 ,   p p .   6 2 - 68 ,   2 0 1 9 .   [3 5 ]   T sa CF ,   Hs u   YF,   Ye n   DC.   c o m p a ra ti v e   stu d y   o f   c las si f ier  e n se m b les   f o b a n k ru p tcy   p re d ictio n ,   Ap p li c a ti o n   S o ft   Co mp u ti n g   J o u rn a l v o l.   24 ,   p p .   9 7 7 9 8 4 ,   2 0 1 4 ,   d o i:   1 0 . 1 0 1 6 /j . a so c . 2 0 1 4 . 0 8 . 0 4 7   [3 6 ]   M a y A ,   Bin d e A ,   G e f e ll e O,   S c h m id   M .   T h e   e v o lu ti o n   o f   b o o st in g   a lg o rit h m f ro m   m a c h in e   lea rn in g   to   sta ti stica m o d e ll in g ,   M e th o d s In fo rm a ti c s a n d   M e d icin e v o l.   53 ,   n o .   6 ,   p p .   4 1 9 - 4 2 7 ,   2 0 1 4 .   [3 7 ]   Nisio ti   A ,   M y lo n a A ,   Yo o   P D,  M e m b e S ,   Ka to V .   F ro m   in tru sio n   d e tec ti o n   t o   a tt a c k e a tt rib u t io n a   c o m p re h e n siv e   su rv e y   o f   u n su p e rv ise d   m e th o d s ,‖   I EE C o mm u n   S u rv   T u to ri a ls v o l.   2 0 ,   n o .   4 ,   p p .   3 3 6 9 - 3 3 8 8 2 0 1 8 .   [3 8 ]   Ha f i z a h   S ,   A ri ff in   S ,   M u a z z a h   N,  L a ti ff   A ,   Kh a iri   M HH ,   A ri ff i n   S HS ,   e a l. ,   re v ie w   o f   a n o m a l y   d e tec ti o n   tec h n iq u e a n d   d istri b u ted   d e n ial  o f   se r v ice   (D Do S o n   so f tw a re   d e f in e d   n e tw o rk   (S DN ) ,‖   T e c h n o Ap p S c Res .,   v o l.   8 ,   n o .   2 ,   p p .   2 7 2 4 - 30 ,   2 0 1 8   [3 9 ]   DH   Oh ,   IB  Kim ,   S Kim ,   a n d   DH   A h n ,   P re d icti n g   A u ti sm   S p e c tru m   Diso rd e Us in g   Blo o d - b a se d   G e n e   Ex p re ss io n   S ig n a tu re a n d   M a c h i n e   L e a rn in g ,   Cli n   Psy c h o p h a rm a c o lo g y   Ne u ro sc ien c e ,   v o l.   15 ,   n o .   1 ,   p p .   47 - 52 2 0 1 7 .   d o i: 1 0 . 9 7 5 8 /cp n . 2 0 1 7 . 1 5 . 1 . 4 7       B I O G RAP H I E S O F   AUTH O RS       Ar o w o lo   Mi c h e a O l a o l u ,   is  a   lec tu re a th e   De p a rtm e n o f   Co m p u ter  S c ien c e ,   L a n d m a r k   Un iv e rsit y ,   O m u - A ra n   Nig e ria.  He   h o ld h is  Ba c h e lo De g re e   f ro m   A l - Hik m a h   Un iv e rsit y ,   Ilo rin ,   Nig e ria  a n d   a   M a ste rs  De g re e   f ro m   K w a ra   S tate   Un iv e rsit y ,   M a lete   Nig e ria.  He   is   p re se n tl y   a   P h S tu d e n t.   Hi a re a   o f   re se a rc h   in tere st  i n c lu d e M a c h in e   L e a rn in g ,   Bio in f o rm a ti c s,  Da ta m in in g ,   Cy b e S e c u rit y   a n d   Co m p u ter  A rit h m e ti c .   He   h a p u b li sh e d   w id e l y   in   lo c a a n d   in tern a ti o n a re p u ta b l e   jo u rn a ls.   He   is  a   m e m b e o f   I AENG ,   A P IS E,   S DIW C,   a n d   a n   Ora c le Ce rti f ied   Ex p e rt.       Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
I n d o n esia n   J   E lec  E n g   &   C o m p   Sci     I SS N:  2502 - 4752       P r ed ictin g   R N A - S eq   d a ta   u s in g   g en etic  a l g o r ith a n d     ( M ich ea l O la o lu   A r o w o lo )   1 081     Dr   M a r io n   O l u b u n m A d e b iy i ,   is  a   f a c u lt y   o f   th e   De p a rt m e n o f   Co m p u ter  S c ien c e   a L a n d m a rk   Un iv e r sit y ,   O m u - A ra n ,   Nig e ria.  S h e   h o l d a   B. S c   De g re e   f ro m   Un iv e rsit y   o f   Ilo rin ,   Ilo rin   Nig e ria.  S h e   h a d   h e M . S c   a n d   P h De g re e   in   Co m p u ter  S c ien c e   f ro m   Co v e n a n t   Un iv e rsit y ,   Nig e ria   re sp e c ti v e l y .   He re se a rc h   in tere sts  in c lu d e   Bio in f o rm a ti c o f   In f e c ti o u s   (Af ric a n Dise a s e s/  P o p u latio n ,   Org a n is m ’s   In ter - p a th w a y   a n a ly sis,  Hig h   th ro u g h p u d a ta  a n a ly ti c s,  Ho m o lo g y   m o d e ll in g   a n d   A rti f icia In telli g e n c e .   S h e   h a s   p u b li s h e d   w id e ly   in   lo c a l   a n d   in ter n a ti o n a re p u tab le  jo u rn a ls.   S h e   is  a   m e m b e o th e   Nig e rian   Co m p u ter  S o c iety   (NCS),   th e   Co m p u ter Reg istratio n   Co u n c il   o f   Nig e ria (CP N) an d   IEE E   m e m b e r.         Pro fe ss o r   A d e b iy i ,   Ay o d e le  A ri y o ,   is  a   f a c u lt y   a n d   f o r m e He a d   o f   De p a rtm e n o f   Co m p u ter  a n d   In f o rm a ti o n   S c ien c e s,  Co v e n a n Un iv e rsity ,   Ota   Nig e ri a .   He   is  c u rre n tl y   th e   He a d   o De p a rtme n o f   Co m p u ter  S c ie n c e   a L a n d m a rk   Un iv e rsit y ,   O m u - A ra n ,   Ni g e ria,  a   siste r   Un iv e rsit y   to   Co v e n a n Un iv e rsit y .   He   h o ld a   B. S c   d e g r e e   in   Co m p u ter  S c ien c e   a n d   a n   M BA  d e g re e   f ro m   Un iv e rsit y   o f   Ilo rin ,   Il o rin   Nig e ria.  He   h a d   h is   M . S c   a n d   P h d e g re e   in   M a n a g e m e n In f o r m a ti o n   S y ste m   (M IS f ro m   Co v e n a n Un iv e rsity ,   Ni g e ria,  re sp e c ti v e l y .   His   re se a rc h   in tere sts  in c lu d e   th e   a p p li c a ti o n   o f   so f c o m p u ti n g   tec h n iq u e in   so lv in g   re a l - li f e   p ro b lem s,  so f t w a r e   e n g in e e rin g   a n d   in f o rm a ti o n   s y ste m   re s e a rc h .   He   h a su c c e ss f u ll y   m e n to re d   a n d   su p e rv ise d   se v e ra p o stg ra d u a te  stu d e n ts  a M a ste rs  a n d   P h l e v e l.   He   h a p u b l ish e d   w id e ly   in   l o c a a n d   in tern a ti o n a re p u ta b le  jo u rn a ls.   He   is  a   m e m b e o f   Nig e rian   Co m p u ter  S o c iety   (NCS),   th e   C o m p u ter Reg istratio n   Co u n c il   o f   Nig e ria (CP N) an d   I EE m e m b e r.         O la tu n ji  J u li u O k e so l a   is  a   P r o f e ss o o f   C y b e rse c u rit y   a t h e   F irst  T e c h n ica Un iv e rsit y ,   Ib a d a n   Nig e ria.  He   is  a   Ce rti fied   In f o rm a ti o n   S e c u rit y   M a n a g e (CIS M a n d   a   Ce rti f ied   In f o rm a ti o n   S y ste m A u d it o (CI S A w it h   a   P h in   Co m p u ter  S c i e n c e s.  He   is  a   m e m b e o th e   In f o rm a ti o n   S y ste m   A u d it   a n d   C o n tr o A ss o c iatio n   (IS A CA ),   Co m p u ter  P r o f e ss io n a ls  o f   Nig e ria   (CP N),   a n d   a   f e ll o w   o f   Nig e rian   Co m p u ter  S o c iety   (NCS).   Ok e so la  is  a   sc h o lar,  a n   In f o rm a ti o n   S e c u rit y   e x p e rt  a n d   a   se a so n e d   b a n k e r.   Un ti N o v e m b e 2 0 1 6 ,   h e   w a th e   G ro u p   He a d ,   f o r   In f o rm a ti o n   S y ste m Co n tro l   a n d   Re v e n u e   A ss u ra n c e   a K e y sto n e   Ba n k   (Nig . L td ,   L a g o s.  A n   a lu m n u o f   th e   Un iv e rsit y   o f   S o u t h   A f ric a .   His  re se a rc h   in tere sts  in c lu d e   Cy b e rse c u rit y ,   b io m e tri c s,  a n d   S o f tw a re   e n g in e e rin g .   He   h a se v e r a p u b li c a ti o n in   sc h o larly   jo u rn a ls  a n d   c o n f e re n c e   p ro c e e d in g s b o t h   l o c a a n d   in tern a ti o n a l .     Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.