T E L K O M N I K T elec o m m un ica t io n,  Co m pu t ing ,   E lect ro nics   a nd   Co ntr o l   Vo l.   1 9 ,   No .   2 A p r il   2 0 2 1 ,   p p .   49 1 ~ 498   I SS N:  1 6 9 3 - 6 9 3 0 ,   ac cr ed ited   First Gr ad b y   Kem en r is tek d i k ti,  Dec r ee   No : 2 1 /E/KPT /2 0 1 8   DOI : 1 0 . 1 2 9 2 8 /TE L KOM NI K A. v 1 9 i 2 . 1 5 9 4 8     491       J o ur na l ho m ep a g e h ttp : //jo u r n a l.u a d . a c. id /in d ex . p h p /TELK OM N I K A   The  impo rtance  of data  clas sifica tio n using  ma chine  l ea rning   metho ds in  micro a rray  data       Aws Na s er   J a ber 1 ,   K o hb a la n M o o rt hy 2 ,   L o g ent hira n M a cha p 3 ,   Sa f a a i D er is 4   1 ,2   Co ll e g e   o f   Co m p u ti n g   a n d   A p p li e d   S c ien c e s,  F a c u lt y   o Co m p u ti n g ,   U n iv e rsit M a lay sia   P a h a n g ,   M a lay sia   3 De p a rtme n o Co m p u ti n g   a n d   I n fo rm a ti o n   Tec h n o l o g y ,   T u n k u   Ab d u Ra h m a n   U n iv e rsit y   Co l leg e   M a lay sia ,   M a lay sia   4 F a c u lt y   o Bi o e n g in e e rin g   a n d   T e c h n o l o g y ,   U n iv e rsiti   M a lay sia   Ke lan tan ,   M a lay sia       Art icle  I nfo     AB S T RAC T   A r ticle  his to r y:   R ec eiv ed   Feb   2 9 ,   2 0 2 0   R ev is ed   A u g   1 3 ,   2 0 2 0   Acc ep ted   Au g   2 9 ,   2 0 2 0       Th e   d e tec ti o n   o g e n e ti c   m u tati o n h a a tt ra c ted   g lo b a a tt e n ti o n .   se v e ra m e th o d h a v e   p r o p o se d   to   d e tec d ise a se su c h   a s   c a n c e rs   a n d   tu m o u rs.  On e   o t h e m   is  m icro a rra y s,  wh ich   is  a   ty p e   o re p re se n tati o n   fo r   g e n e   e x p re ss io n   th a is  h e lp f u in   d iag n o sis.   T o   u n lea sh   th e   fu ll   p o ten ti a o m icro a rra y s,  m a c h in e - lea rn in g   a lg o rit h m a n d   g e n e   se lec ti o n   m e th o d s   c a n   b e   imp lem e n ted   to   fa c il it a te  p r o c e ss in g   o n   m icro a rra y a n d   t o   o v e rc o m e   o th e r   p o ten ti a c h a ll e n g e s.  On e   o t h e se   c h a ll e n g e in v o l v e h i g h   d ime n sio n a d a ta   th a a re   re d u n d a n t,   irrele v a n t,   a n d   n o isy .   To   a ll e v iate   th is  p r o b lem ,   th is  re p re se n tatio n   sh o u l d   b e   sim p li fied .   F o e x a m p le,  t h e   fe a tu re   se lec ti o n   p ro c e ss   c a n   b e   imp lem e n ted   b y   r e d u c in g   th e   n u m b e o fe a tu re a d o p ted   in   c lu ste rin g   a n d   c las sifica ti o n .   A   s u b se o g e n e s c a n   b e   se lec ted   fro m   a   p o o o g e n e   e x p re ss io n   d a ta  re c o rd e d   o n   DN m icro - a rra y s.  Th is   p a p e re v iew e x isti n g   c las sifica ti o n   tec h n iq u e a n d   g e n e   se lec ti o n   m e th o d s .   T h e   e ffe c ti v e n e ss   o e m e rg in g   tec h n iq u e s,  su c h   a th e   sw a rm   in telli g e n c e   te c h n iq u e   in   fe a tu re   se lec ti o n   a n d   c las sifica ti o n   in   m icro a rra y s,  a re   re p o rted   a we ll .   Th e se   e m e rg in g   tec h n i q u e c a n   b e   u se d   in   d e tec ti n g   c a n c e r.   Th e   sw a rm   in telli g e n c e   tec h n iq u e   c a n   b e   c o m b i n e d   wi th   o t h e sta ti stic a m e th o d fo a tt a in i n g   b e tt e re su lt s .   K ey w o r d s :   C an ce r s   DNA   Gen ex p r ess io n   Ma ch in lear n in g   Mic r o ar r ay s   R NA   T h is i a n   o p e n   a c c e ss   a rticle   u n d e th e   CC B Y - SA   li c e n se .     C o r r e s p o nd ing   A uth o r :   Ko h b alan   Mo o r th y   C o lleg o f   C o m p u tin g   an d   Ap p lied   Scien ce s Facu lty   o f   C o m p u ti n g ,     Un iv er s iti Ma lay s ia  Pah an g   Ku an tan ,   Pah an g   2 6 3 0 0 ,   Ma la y s ia   E m ail:  k o h b alan @ u m k . ed u . m y       1.   I NT RO D UCT I O N   B io in f o r m atics  in v o lv es  th e   u s o f   c o m p u ter s   in   m an a g in g   b io lo g ical  in f o r m atio n   [ 1 ] .   I n   g e n er al,   B io in f o r m atics  in v o lv es  m icr o ar r ay s   class if icatio n ,   o r g an iz atio n ,   an d   in ter p r etatio n .   T h is   tech n o lo g y   ca n   b e   em p lo y ed   t o   s o lv v a r io u s   p r o b lem s   r elate d   to   th b i o lo g ical   f ield .   Fo r   ex a m p le,   th p r ed ic tio n   p r o ce s s   ca n   b e   u s ed   to   co n tr o an d   p r e v en m an y   d is ea s es  s u ch   as  C an ce r .   T h p r o ce s s   ca n   also   b e   u s ed   to   d is co v e r   n ew   d is ea s m ar k er s .   Dete ctio n   o f   m u tatio n s   in   g e n ex p r e s s io n   p atter n s   wo u ld   ess en tially   lead   to   th d ev elo p m e n o f   a n   ef f icien t h er ap y   m eth o d   [ 2 ] .   T h e   g e n e   co n tr o ls   ce ll  d ev elo p m e n t,  a n d   m alf u n ctio n   o f   g en es  lead s   to   tu m o u r   f o r m ati o n   o r   ca n ce r .   Deo x y r ib o n u clei ac id   ( DNA)   m icr o ar r ay   a p p r o ac h   is   p o wer f u l   ap p r o ac h   th at  h elp s   ex p lo r th g en etic  d ef ec ts   in   th h u m an   b o d y   [ 3 ] .   Fo r   ex am p le,   m icr o ar r ay   tech n o lo g y   h as  led   to   s u cc ess f u ca n ce r   d iag n o s is   [ 4 ,   5 ] .   Ge n ex p r ess io n   s tu d ies  th at  in v o lv g en s elec tio n ,   class if icatio n   an d   clu s ter in g   h av b ee n   ca r r ied   o u t   [ 6 ] .   s u itab le  h y b r id   s y s tem   in   b io in f o r m atics  h as  b ee n   d ev elo p e d   to   d etec t c a n ce r   ( g e n m u tatio n )   an d   o th e r   d is ea s es in   m o r ac c u r ate  m an n er   [ 7 ] .   Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
                      I SS N :   1 6 9 3 - 6 9 3 0   T E L KOM NI KA   T elec o m m u n   C o m p u t E l Co n tr o l Vo l.  1 9 ,   No .   2 Ap r il   202 1 :    49 1   -   498   492   2.   L I T E R AT U RE   R E VI E W   C an ce r   in v o lv es  ab n o r m al  ce ll - g r o wth s ,   wh ich   is   f atal  if   it  i s   ig n o r ed   as  th d ev elo p ed   tu m o u r   m ay   s p r ea d   to   o th er   b o d y   p ar ts   v ia   b lo o d s tr ea m   [ 8 ] .   T h er e   ar e   s ev er al  co m m o n   ca n ce r s lu n g ,   p r o s tate,   b r ea s t ,   an d   o r al  ca n ce r s   an d   co lo n s   [ 9 ] .   A n   ex am p le  o f   th ca n ce r   lev el  s h o wn   in   Fig u r 1 ,   an d   f o r   th i s ,   we  n ee d   to   k n o wh at  th DNA  m icr o ar r a y   tec h n o lo g y   an d   wh at  k in d   th m a ch in is   lear n in g   t h at  ap p lied   t o   th m icr o a r r ay .             Fig u r 1 .   C an ce r   p r o g r ess io n   i n   th co lo n       2 . 1 .   M icro a rr a y   t ec hn o lo g y   I n   B io lo g y ,   DNA  is   th b lu ep r in o f   an   o r g a n is m   an d   th er e f o r it  h as  all  th in f o r m atio n   n ec ess ar y   f o r   th e   b io lo g ical  p r o ce s s .   W h en   it  co m es  to   c o m p u tat io n al  b io lo g y ,   th is   in f o r m atio n   is   r eq u ir ed   f o r   p r ed ictio n ,   an al y s is   an d   s o   m u ch   m o r e.   Hen ce ,   th is   in f o r m atio n   is   r eq u ir ed   to   b p r esen in   f o r m   wh er co m p u tatio n ally   r elev a n f o r   p r o ce s s in g   a n d   a n aly s is .   T h e r ef o r e,   g e n e x p r ess io n   p r o f iles   in   th e   f o r m   o f   n u m er ical  r ep r esen tatio n   ar u s ed   to   p er f o r m   f e atu r s elec tio n ,   an d   class if icatio n .   Mic r o ar r ay   tech n o l o g y   is   th s o lu tio n   to   s u c h   r e q u ir e m en t.  DNA  m icr o ar r ay   ( also   co m m o n l y   k n o wn   as  DNA  ch ip   o r   b io ch ip )   ca n   b e   ad ap ted   to   r ev ea th ex p r ess io n   lev els  o f   m an y   g en es  in   s in g le  r ea ctio n   co n cu r r en tl y   [ 1 0 ] .   Firstl y ,   th s tr u ctu r o f   th p r o tein   is   d if f er en f r o m   t h s tr u ctu r o f   th e   g en an d   its   an aly s is   is   s till   d if f icu lt.  T h er ef o r e,   th an aly s is   o f   th o u s an d s   o f   p r o tein s   will  tak a   g r ea t   d ea o f   tim e.   W also   s aw  th at  o n e   am in o   ac id   ca n   b e   en co d ed   b y   s ev er al  co d o n s ,   s eq u en ce   o f   am in o   ac id s   in   th p r o tein   W will  h av e   s ev er al   p r o b a b ilit ies  f o r   th e   g en f o r m u la  th at  p r o d u ce d   th is   p r o tein .   T h ea s iest   way   is   to   ex tr ac t h m R NA  in   th c ell  an d   m ea s u r its   p er ce n tag e.   Gen e r ally ,   th h y b r id izatio n   p r in cip le  is   u s ed   in   Mic r o ar r ay   tech n o lo g y   to   m ea s u r th g en e   ex p r ess io n   lev els in   th h u m a n   b o d y   [ 1 1 ] .   Fig u r 2   s h o ws  th b asic  p r o ce s s   in v o lv ed   in   m icr o ar r a y   t ec h n o lo g y .   T o   co n d u ct  g e n ex p r ess io n   p r o f ilin g ,   DNA  s am p le  an d   co n tr o s am p le  f r o m   p atien is   o b tain ed .   T h en ,   DNA  in   th s am p le  is   d en atu r ed   in to   s in g le - s tr an d ed   m o lecu le s .   Af ter   th at,   th s in g le - s tr an d ed   m o lecu les  ar c u in to   s m a ller   f r ag m en ts   an d   th en   lab el   it  with   f lu o r esce n d y e.   T h g r ee n   d y is   f o r   th co n tr o s am p le  an d   r ed   d y is   f o r   n o r m al   s am p le.   B o th   s am p les  ar in s er ted   in to   th c h ip   to   h y b r i d i ze   o r   b in d   with   th s y n th etic   DNA  o n   th ch ip .   Af ter   th h y b r id izatio n ,   th g en ex p r ess io n   ca n   b i d en tif ied   th r o u g h   th ch a n g es  o f   c o lo u r   o n   th ch ip .   T h er ef o r e,   th is   tech n o lo g y   c an   b u s ed   in   ca n ce r   d iag n o s is   an d   d r u g   r esp o n s e   [ 1 2 ] T h u s ,   v ia  m ac h in le ar n in g ,   s ig n if ican in f o r m ati o n   ab o u g en es  r ep r esen tin g   a   d is ea s s tate  an d   th o s h ig h ly   ass o ciate d   g en es  th at  s h ar ed   b io l o g ical  f ea tu r es  ca n   b ex tr ac te d   [ 1 3 ]   An   ac cu r ate  ca n ce r   d ia g n o s is   ca n   b attain ed   b y   e x ec u tin g   th m icr o ar r ay   d ata  class if icatio n   b y   s im p ly   b u ild i n g   class if ier s   to   co m p ar e   th g en e   ex p r ess io n   p r o f iles   o f   tis s u es  o f   k n o wn   a n d   u n k n o wn   ca n ce r   s tatu s   [ 1 4 ] .   As  r esu lt,  th class if icatio n   p r o ce s s   co u ld   b m is lead in g   d u to   th e x is ten ce   o f   n o is y   a n d   ir r elev an d ata.   T h er ef o r e,   f ea tu r s elec tio n   m eth o d   s h o u l d   b d ev is ed   to   r ed u ce   th s ize  o f   th f ea tu r s et,   o r   g en e   s et   [ 1 5 ] .   I n   g en e r al,   a   m icr o ar r ay   d ia g n o s is   p r o ce s s   in v o lv es  f ea t u r e   s elec tio n   an d   class if icatio n   [ 1 6 ] T o   u p d ate,   m an y   m ac h in le ar n in g   al g o r ith m s   h a v b ee n   d ev elo p e d   f o r   d etec tin g   m u t atio n s ,   e. g . ,   ANN,   SVM,   clu s ter in g ,   a n d   s war m   i n tellig en ce   alg o r ith m .   B y   u s in g   th ese  m et h o d s ,   an   o p tim al   s u b s et  o f   g e n es  ca n   th en   b c h o s en   to   b u ild   class if icatio n   m o d el.       2 . 2 .   F ea t ure  s elec t io n t ec hn iqu e s   T h er ar e   th r ee   f ea tu r s e lec tio n   tech n iq u es  in   class if icatio n ,   i.e . ,   f ilter ,   wr a p p er ,   an d   em b ed d e d   m eth o d s   as  s h o wn   in   Fig u r 3 .   Fil ter   b ased   ap p r o ac h es  ar well  k n o wn   f o r   d ata  f ilter in g   o r   p r e - p r o ce s s in g   t o   r an k   t h g e n es  an d   th en   th h ig h ly   r an k e d   g e n es  will  b u s e d   in   f u r th e r   a n al y s is .   T h en   f o r   th wr ap p er - b ased   m eth o d ,   g e n s elec tio n   is   d o n u s in g   th m ac h in lea r n in g   m eth o d   a n d   u s es  cr o s s - v alid atio n   to   ass ess   th e   f ea tu r s u b s et  s co r e W h er ea s   em b ed d ed   b ased .   Ho we v er ,   m icr o ar r ay   d ata   co n tain   m a n y   n o n - s ig n if ican t   f ea tu r es th at  w o u ld   d eg r a d th p er f o r m an ce   o f   m o s t o f   th l ea r n in g   alg o r ith m s   [ 1 7 ]   Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
T E L KOM NI KA   T elec o m m u n   C o m p u t E l Co n tr o l         Th imp o r ta n ce   o f d a ta   cla s s ifica tio n   u s in g   ma c h in lea r n in g   meth o d s   in   micro a r r a d a t a   ( A w s   N a s e r   Ja b er )   493       Fig u r 2 .   DNA  m icr o a r r ay s           Fig u r 3 .   T h f ea tu r s elec tio n   m eth o d s       2 . 3 .   Dif f er ent   m et ho ds   o f   f e a t ure   s elec t io n   No r m aliza tio n   in v o lv es  r ed u c in g   u n wa n ted   v a r iatio n   with i n   ar r ay s .   T y p ical  ass u m p tio n s   m ad in   s o m m ajo r   n o r m aliza tio n   m eth o d s   ar e:     O n l y   a   s m al l   n u m b e r   o f   g e n e s   a r e   d i f f e r e n t i a ll y   e x p r e s s e d   i n   te r m s   o f   c o n d i t i o n .     A n n o t a t i o n :   T h is   p r o c e s s   i n v o lv e s   g e n e   c h a r a c t e r i z a ti o n .     S u m m a r i z a ti o n :   P e r f o r m i n g   o n l y   a   s i n g l e   m e a s u r e m e n t   a f t e r   p e r f o r m i n g   a   c o m b i n a t i o n   i n   a   ce r t a i n   m a n n e r     S t a ti s t i c al   A n a l y s is :   F r o m   a   s t at i s t i c al   p o i n t   o f   v i e w ,   t h e   n u m b e r   o f   g e n e s   c o u l d   b e   l a r g e r   t h an   t h e   n u m b e r   o f   s a m p l es ,   t h u s   l ea d i n g   t o   f a u l t y   c l a s s i f i ca t i o n .   F ea t u r e   s el e c tio n   s h o u l d   b e   p e r f o r m e d   b y   s e l e c t i n g   t h e   m o s i n f o r m a t i v e   g e n e   t o   i m p r o v e   th e   a c c u r a c y   a n d   e f f i c i e n c y   o f   t h e   c l as s i f i c a ti o n   p r o c e s s   a n d   t o   a d d r e s s   t h p r o b l e m   o f   d i m e n s i o n a l i t y .     B i o l o g i ca l   I n t e r p r e t at i o n :   T o   i n t e r p r e t   m i c r o a r r a y   d a ta ,   o n e   m u s t   h a v e   a n   a d e q u a t e   n u m b e r   o f   r e p l i c a te  m e a s u r e m e n ts   t o   d e t e r m i n r es u l ts   t h at   h a v r e a p r e d i c ti v v a l u e .   D i m e n s i o n a l it y   r e d u c ti o n   i s   t h e r e f o r e s s e n t i a l .   I n   m icr o ar r ay   class if icatio n ,   s am p les  ar class if ied   in to   b o t h   ab n o r m al  ( ca n ce r )   an d   n o r m al  d atasets   b ased   o n   m icr o a r r ay   m ea s u r e m en ts   [ 1 8 ,   1 9 ] .   I is   ch allen g in g   to   tr ain   t h class if ier s   o n   s u ch   d atasets   o f   h ig h   d im en s io n ality   [ 2 0 ] .   Pre p r o ce s s in g   is   an   ess en tial  s tep   to   ad d r ess   th is   d im en s io n ality   p r o b lem ,   an d   th e n   ap p ly   th class if icatio n   alg o r ith m   f o r   m o n ito r in g   m o d el  c o m p lex it y   v ia  r e g u lar izatio n .   Ma ch in lear n in g   e n ab les  a   s y s tem   to   au to m atica lly   p er f o r m   th lear n in g   p r o ce s s .   I is   n o r ea lear n in g   p r o ce s s h o wev er ,   th s y s tem   ca n   r ec o g n ize  co m p lex   d ata   p atter n s   an d   m ak in tellig en d ec is io n s   b ased   o n   co m p u tatio n al  m eth o d s .   C las s if icatio n   is   p r o ce d u r u s ed   to   ca teg o r ize  s am p le  d ata  in to   f ew  class es.  So m p o p u lar   class if icatio n   m eth o d s   em p lo y ed   in   d ata  m i n in g   a n d   o th er   f ield s   ar a r tifi cial  n eu r al  n etwo r k   ( ANN) ,   d ec is io n   tr ee ,   s u p p o r t   v ec to r   m ac h i n ( SVM)   an d   s war m   in tellig en ce .   Ar tific ial  n eu r al  n etwo r k   ( ANN)   o r   n eu r al  n etwo r k   ( NN)   is   m eth o d   in   ar tific ial  in tellig en ce   th at  m im ics th co m p lex   p r o ce s s es a s   in   th h u m an   b r ain .   ANN  r eq u ir es a   h u g n u m b er   o f   u n its   co llectio n   th at  is   in ter co n n ec ted   t o   p er m it  co m m u n icatio n   b etwe en   th u n its .   T h u n it  also   d en o ted   as  n o d es  o r   n eu r o n s .   T h ey   ar s im p le  p r o ce s s er s   f u n ctio n   in   p ar allel.   Ne x is   th d ec is io n   tr ee   m eth o d th is   is   p r ed ict iv m o d ellin g   to o l   th at  f alls   u n d er   s u p er v is ed   lea r n in g .   T h er a r two   m ain   en t ities   in   d ec is io n   tr ee   ca lled   n o d es.  B esid es,  th er e   Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
                      I SS N :   1 6 9 3 - 6 9 3 0   T E L KOM NI KA   T elec o m m u n   C o m p u t E l Co n tr o l Vo l.  1 9 ,   No .   2 Ap r il   202 1 :    49 1   -   498   494   ar two   ty p es  o f   d ec is io n   tr ee s   s u ch   as  clas s if icatio n   an d   r eg r ess io n   tr ee s .   SVM  is   an o th er   p o p u lar   s u p e r v is ed   class if icatio n   m eth o d .   T h b asic  p r in cip le  o f   SVM  is ,   cr ea tes  h y p er p lan th at  s ep ar at es  th d ataset  in to   class es.  Fu r th er m o r e,   th s war m   in telli g en ce   m eth o d   is   to   u s n u m er o u s   s im p le  ag en ts   wit h   n o   r u le  to   in ter ac t   lo ca lly   an d   g lo b ally .   Po p u lar   s war m   in tellig en ce   alg o r ith m s   ar an c o lo n y   o p tim izatio n   ( AC O) ,   ar tific ial  b ee   co lo n y   o p tim izatio n   ( AB C ) ,   a n d   p ar ticle  s war m   o p tim izatio n   ( PS O) .         3.   RE L AT E WO RK   Sev er al  m icr o ar r ay   a p p licatio n s   h av b ee n   r ep o r ted   in   r elat ed   r ev iew   [ 2 1 ] .   Ho wev er ,   m ic r o ar r ay   ca n   b h y b r id ized   with   m ac h in e   lear n in g   al g o r ith m s   s u ch   as  n o n - s war m   in tellig en ce   a n d   s war m   in tellig en ce   alg o r ith m s .   Af ter   d etec tin g   a n d   f ilter in g   g en e x p r ess io n   d atasets ,   s am p les  s h o u ld   b a cc u r ately   class if ied   in to   k n o wn   g r o u p s   b y   th f ea tu r es  o f   g en ex p r ess io n .   He n ce ,   s u p p o r v ec to r   m ac h in es   ( SVM) ,   p r ed ictio n   an aly s is   o f   m icr o ar r ay s   ( PAM) ,   class if icatio n   an d   r e g r ess io n   tr ee s   ( C AR T ) ,   K   n ea r est - n eig h b o r   ( K - NN )   m eth o d s   ca n   b e   em p lo y ed .   T u r g u t,  et   a l.,   ap p lied   m ac h in e   lear n in g   class if ier   f o r   m icr o a r r ay   b r ea s ca n ce r .   First,  th ey   p er f o r m   t h r ig h ty p es  o f   m ac h in lear n in g   alg o r i th m s   with o u ap p ly in g   an y   f ea tu r s elec tio n ,   an d   th en   th ey   u s ed   two   d if f er e n f ea tu r s elec tio n s .   E x a m p le s   o f   m ac h in e   lear n in g   alg o r ith m s   KNN,   SVM,   d ec is io n   tr ee s ,   ML P,  r an d o m   f o r est,  lo g is tic  r eg r ess io n ad a b o o s an d   g r ad ien b o o s tin g   m ac h in e   [ 2 2 ] .   T h ey   claim ed   th at  ML P d id   n o t im p r o v ac cu r ac y .   B h ar ath i,  A.   M.   Nata r ajan   m in im ized   th e   g en e   s et  f o r   m o r ac cu r ate  class if icatio n   u s in g     ANOVA   [ 2 3 ] .   T h r an k in g   o f   g e n was  co m p u ted   u s in g   ANOV A.   SVM  was  u s ed   as  class if ier .   T h e   tech n iq u was  co m p a r ed   with   th T - test   class if ier .   I n ter esti n g ly ,   th h y b r id izatio n   tech n iq u o f   ANOV an d   SVM  was   ac cu r ate  ev en   u s in g   m in im u m   n u m b er   o f   g en es.  W h ile,   an o th er   r esear ch   p r o p o s ed   an   ar tific ial   im m u n r ec o g n itio n   s y s tem   to   class if y   m icr o ar r a y   d ata  ( ca n ce r ,   d is ea s o r   n o r m al  tis s u e s )   [ 2 4 ] .   T h r esu lt   was  th en   c o m p ar e d   with   th o s o f   o th e r   class if ie r s .   I n   AI R S,  m em o r y   ce ll  is   u s ed   f o r   tr ain in g   s am p les  to   b u ild   class if ier .   T h ex p er im en was  ap p lied   to   co lo n   ca n c er ,   b r ain   tu m o u r ,   an d   n i n tu m o u r   d atasets .   AI R p er f o r m ed   b etter   th an   o th er   m ac h in lear n in g   m eth o d s   s u ch   as KN N,   On eR,  an d   Naïv B ay es.   Kar ay ian n i,   et  a l .,   em p lo y e d   th f u zz y   clu s ter in g   m eth o d   with   v iewp o in ts   to   id en tif y   u n lab eled   s am p les   [ 2 4 ] .   T h clu s ter s   ar id en tifie d   b y   ca lcu latin g   th ex p r ess io n   m ea n   o f   ea ch   f e atu r with   lab elled   s am p les.  T h is   tech n iq u was  ap p lied   to   b r ea s ca n ce r ,   b r ai n   ca n ce r ,   AM L ,   an d   ML L   d ata s ets.  Su d ip   Ma n d al   an d   I n d r o jit  B an er jee  ap p lie d   ANN  to   d iag n o s an d   d et ec ca n ce r   [ 2 5 ] .   s p ec ial  k in d   o f   ANN  ca lled   m u ltil ay er   f ee d   f o r war d   n eu r al  n etwo r k   ( ML FF )   was  u s ed .   T h p e r f o r m an ce   o f   AN is   d ep en d en o n   p ar am eter s   s u ch   as  th n u m b e r   o f   h id d en   lay er s ,   n u m b er   o f   n o d es  an d   weig h ts .   Dif f er e n d atasets   co n s is t in g   o f   b r ea s an d   lu n g   ca n ce r o u s   ce lls   wer em p lo y ed .   T wo   an aly s es  wer p er f o r m e d cr o s s - v alid atio n   a n d   n ew   d ataset  test in g .   Data s ets   wer d iv id ed   in to   tr ain in g   ( 8 0 %)  an d   test in g   ( 2 0 %)  d atasets .   Du to   th n o is in   th d ataset,   th ac cu r ac y   was  9 6 af ter   cr o s s - v alid atio n   an d   9 4 f o r   n ew  d ataset  test in g .   ANN  was   d esig n ed   with   s in g le  h id d en   lay er ,   b u t   th s tr u ctu r o f   ANN  ca n   b t u n ed   f o r   b etter   ac cu r ac y .   In   [ 2 6 ] ,   th e y   u s ed   t h α   d e p en d ed   o n   t h d eg r ee - b ased   f ea tu r s elec tio n   m eth o d   to   s o lv th e   im b alan ce   p r o b lem   b etwe en   th f ea tu r n u m b er   an d   th in s tan ce   n u m b er   in   m ic r o ar r a y   d ata - b ased   g en e   ex p r ess io n .   T h class if icatio n   ac cu r ac y   o f   s m aller   g e n s ize  was  b etter   th an   th at  o f   lar g er   g en s ize.   Nin e   d atasets   h av b ee n   u s ed   in   th i s   s tu d y   s u ch   as  co lo n   tu m o u r ,   ce n tr al  n er v o u s   s y s tem   tu m o u r d if f u s lar g ce ll  ly m p h o m a,   le u k em ia  1 ,   AM L ,   lu n g   ca n ce r ,   p r o s tate  c an ce r ,   b r ea s ca n ce r ,   an d   leu k ae m ia.   T h r esu lts   wer co m p ar ed   with   o th e r   tech n iq u es  s u ch   as  NB   ( Naïv B ay es),   DT   ( d ec is io n   tr ee ) ,   SVM  ( s u p p o r v ec to r   m ac h in e )   an d   K - NN  ( K - n ea r e s n eig h b o u r ) .   As  r ep o r ted ,   th k - NN  class if ier   h ad   b etter   p er f o r m an ce   u n d er   s ev en   α   v alu es.  L an d   co lleag u es  ass es s ed   f iv f ea tu r s el ec tio n   m eth o d s   s u ch   as  KNN,   C 4 . 5 ,   Naïv B ay es  an d   SVM  with   leu k em ia   an d   o v ar ia n   ca n ce r   d atasets   [ 2 7 ,   2 8 ]   h as  p r esen ted   a   co m p ar at iv s tu d y   o n   th r ee   f ea tu r s elec tio n   m eth o d s   with   f o u r   d ata   s ets.  T h ey   u s ed   p r o s tate,   co lo n   tu m o u r ,   an d   L e u k em ia  an d   Hep at o   d atasets .   SVM  p er f o r m s   b etter   o n   all  th d atasets .   C h an h o   an d   Su n g - B ae   co n d u c ted   an   an aly s is   o f   co lo n   ca n ce r   an d   L y m p h o m d atasets   b y   s ev en   g en e   s elec tio n   m eth o d s   an d   s ix   cla s s if ier s .   B esid e s ,   J i - Gan g   an d   Ho n g - W en   d ev elo p e d   g en s elec tio n   m eth o d   b ased   o n   B ay es  e r r o r   f ilter   ( B B F)   [ 2 9 ] .   B B ca n   s elec s ig n if ican g en es  wh ile  r em o v in g   n o n - s ig n if ican t   g en es.  T h is   ev alu ated   u s in g   d atasets   in clu d co lo n ,   p r o s tate ,   ly m p h o m a,   le u k em ia ,   a n d   D SLBC L .   T h ey   h ad   u s ed   SVM  an d   KNN  f o r   m ea s u r in g   ac cu r ac ies.  T h e y   o b s er v ed   th at  SVM   p er f o r m ed   well   o n   all  th d atasets   u s ed .   Xin g ,   J o r d a n ,   an d   Kar p   s tu d ied   d if f er en t c lass if ier s   s u ch   as th Gau s s ian   clas s if ier ,   r eg r ess io n   class if ier ,   an d   KNN.   Featu r e   r ed u ctio n   b y   th ese  th r ee   m eth o d s   s h o ws   b etter   r esu lts .   T h ey   p r o p o s ed   h y b r id   ap p r o ac h   o f   f ilter   an d   w r ap p er   f o r   f ea tu r s elec tio n   in   h ig h   d im en s io n al  d ata.   Ma in ly   th ey   h av u s ed   Ma r k o v   B lan k et  f ilter in g   an d   th en   class if ied   w ith   th u s o f   t h r ee   d i f f er en c lass if ier s .   T h u s ,   th ese  class if i er s   ab le  to   p er f o r m   b etter   with   th r ed u ce d   s ig n if i ca n t   f ea tu r s p ac c o m p ar e d   t o   f u ll f ea tu r s p ac e   [ 3 0 ]   On   to p   o f   th at,   On s k o g   a n d   co lleag u es  h ad   p r esen te d   m icr o ar r ay s   class if icatio n   o n   s ev en     ca n ce r - r elate d   d ata.   Do u b le  c r o s s - v alid atio n   m eth o d s   ar ap p lied   to   o b tain   s tr o n g   er r o r   r ate.   T h r esu lts   Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
T E L KOM NI KA   T elec o m m u n   C o m p u t E l Co n tr o l         Th imp o r ta n ce   o f d a ta   cla s s ifica tio n   u s in g   ma c h in lea r n in g   meth o d s   in   micro a r r a d a t a   ( A w s   N a s e r   Ja b er )   495   s h o th at  SVM  with   r ad ial  b asis   k er n el  an d   lin ea r   k er n el  p er f o r m ed   s tead ily   with   th ese  d ata  s ets.  Mo r eo v er ,   b ased   o n   th t - test   th er is   a   s y n er g i s tic  as s o ciatio n   b etwe en   th m eth o d s   an d   g en s elec tio n   p r o ce s s   [ 3 1 ] .   B esid es  th is ,   [ 3 2 ]   p r o p o s ed   m ac h in lear n in g   s tu d y   o n   p r o s tate  ca n ce r   d at s et.   I n   p ar ticu lar ,   th t - test   an d   in ter q u ar tile  r an g ar e   co m b i n ed   f o r   f ea tu r e   s elec tio n .   T h e   r esu lts   p r o d u c e d   s h o th at   B ay es   Netwo r k   is   o u tp er f o r m ed ,   Na ïv B ay es.  I n   [ 3 3 ]   d if f e r en d is cr im in atio n   m eth o d s   ar u s ed   f o r   class if icatio n   o n   th r ee   ca n ce r   g en e   ex p r ess io n   d ata   s ets.  T h m eth o d s   ar e   n ea r est - n eig h b o u r   class if ier s ,   lin ea r   d is cr im in a n an aly s is ,   an d   class i f icat io n   tr ee s .   Fro m   th o u tp u t,  th n ea r est  n eig h b o u r   class if ies  b ette r   co m p ar ed   to   th e   d ec is io n   tr ee   class if ier .     Fu r th er m o r e ,   Su n g   B ae   a n d   c o lleag u es  u s ed   th r ee   m icr o a r r ay   d ata   s ets  n am ely ,   L eu k em ia,   co lo n ,   an d   L y m p h o m a   with   f ea t u r e   s elec tio n   an d   class i f ier s .   T h in v esti g atio n   r esu lts   s h o th at  th e n s em b le   class if ier s   p r o d u ce d   th b est   class if icatio n   r ate  co m p ar ed   to   o th er   m et h o d s   [ 3 4 ] .   Ab u s am r h as  d o n an   in v esti g atio n   o n   eig h d if f er en f ea tu r s elec tio n   m eth o d s   an d   th r ee   class if icatio n   m eth o d s .   T h f ea tu r e   s elec tio n   m eth o d s   in clu d m a x   m in o r ity ,   in f o r m atio n   g ain ,   Gin in d ex ,   t -   s tatis tics ,   th s u m   o f   v ar ian ce s   an d   one - d im e n s io n   s u p p o r v ec to r   m ac h in was  co m p ar ed .   T h class if icatio n   m eth o d s   ar SVM,   KNN,   an d   r an d o m   f o r est.  T wo   ty p es  o f   g lio m ex p r ess io n   d ata  s ets  a r u s ed   in   th is   ex p er im en t.  T h r esu lts   s h o th at  th s elec tio n   o f   s ig n if ican t g en es h ad   b o o s ted   class if icatio n   ac cu r ac y .   I n   b o th   d atasets ,   SV p er f o r m e d   b etter   th an   o th er   class if icatio n   m eth o d s   [ 3 5 ]   T h m ax im u m   r ele v an ce   m in i m u m   r ed u n d an c y   ( m R MR)  alg o r ith m   is   s p ec ial  g r o u p   o f   f ilter - b ased   ap p r o ac h es  wh ich   ab le  to   s el ec co n cu r r e n tly   h ig h ly   p r ed i ctiv b u u n c o r r elate d   f ea tu r es.  T h is   alg o r ith m   m ain ly   s elec ts   f ea tu r es  s u b s et  h av in g   th m ax im u m   ass o ci atio n   with   class   ( r elev an ce )   an d   th m i n im u m   ass o ciatio n   b etwe en   th em s elv es  ( r ed u n d an c y ) .   T h f ea t u r e’ s   r an k in g   is   g iv en   b ased   o n   m in im al - r ed u n d an c y - m ax im al - r elev an ce   m ea s u r es.   Hen ce   F - s tatis tic s   is   u s ed   to   ca lcu late  th r elev an ce   a n d   Pear s o n   co r r elatio n   co ef f icien is   u s ed   to   ca lcu late  th r ed u n d a n cy   [ 3 6 ] .   B esid es  th is ,   [ 3 7 ]   d ev elo p ed   th Mo n te  C ar lo   f ea tu r s elec tio n   ( MCF S)  alg o r ith m   to   id en tify   in f o r m ativ f e atu r es.  T h MCF S   alg o r ith m   is   in teg r atin g   in ter d ep en d en cies  am o n g   f ea tu r es.  I h as  s o m s im ilar ity   as  in   r an d o m   f o r est  m eth o d o lo g y   b u d i f f er s   i n   ter m s   o f   f ea tu r e   r an k in g   ca lcu l atio n   [ 3 7 ]   B esid es  th i s ,   Als h am lan   an d   co lleag u es  p r o p o s ed   n ew  f e atu r s elec tio n   m eth o d   ca lled   m in im u m   r ed u n d an cy   m ax im u m   r elev a n ce   ( m R MR)  h y b r id   with   an   ar tific ial  b ee   co lo n y   ( AB C ) .   T h is   alg o r ith m   is   s p ec if ical ly   to   s elec s ig n if ica n g en es   f r o m   t h m icr o ar r a y .   T h ex p er im en t   is   co n d u cted   with   s ix   b in a r y   an d   m u lticlas s   d ata  s ets.  T h p r o d u ce d   r esu lt  s h o ws  th at   th e   p r o p o s ed   alg o r ith m   h as  ac h iev ed   b etter   class if icatio n   ac cu r ac y   co m p ar ed   to   m R MR - GA  an d   m R MR - PS alg o r it h m s   [ 3 8 ] .   J ay g er ,   Sen g u p ta,   a n d   R u zz o   [ 3 9 ]   s tu d y   v ar io u s   g en e   s elec tio n   m eth o d s   f o r   m icr o a r r ay   d ata   class if icatio n .   T h ey   u s ed   v ar io u s   s tatis tics   test   with   g en s elec tio n   m eth o d s .   T h s tatis tics   test s   in clu d Fis h er ,   Go lu b ,   W ilco x o n ,   T No M,   a n d   t - test .       Hu awe n ,   L ei  an d   Hu ijie  co m p ar ed   v ar io u s   g en s elec tio n   m eth o d s   [ 4 0 ] .   T h ey   co m p ar e d   en s em b le  g en s elec tio n   by  g r o u p in g   with   th o th er   th r ee   g en s elec tio n   m eth o d s   FC B F,   m R M R ,   an d   E C R P.  T h ey   u s ed   f iv e   d atasets   with   th ese  t ec h n iq u es.  T h ey   u s ed   two   cla s s if ic atio n   m eth o d s   Naïv e   B ay es  an d   KNN.   T h ey   co m p ar ed   a n d   an al y ze d   wh ic h   class if icatio n   m eth o d   is   ef f ec tiv e.   W h ile,   in   [ 2 5 ] ,   th ey   e m p lo y ed   t h f u zz y   clu s ter in g   m eth o d   with   v iewp o in ts   to   id en tify   u n lab eled   s am p les.  T h v iewp o in ts   we r co n s tr u cted   b y   co m p u tin g   th av er ag ex p r ess io n   f o r   ea ch   f ea tu r ( p r o b e/g en e)   in   th s am p les with   a   lab el.   I n   th eir   wo r k ,   th e   p r ev io u s ly   av ailab le  m icr o ar r ay   ex p r ess io n   d ata   was  in tr o d u ce d   as  v iewp o in ts   in   th clu s ter in g   p r o ce s s .   T h e   tech n iq u was  a p p lied   t o   b r ea s ca n ce r ,   b r ain   ca n ce r ,   AM L ,   an d   ML L   d atasets .   T h e   m eth o d   was  f o u n d   to   b e   b etter   th an   o t h er   clu s ter in g   alg o r ith m s   s u ch   as  K   m ea n s ,   f u zz y   c - m ea n s ,   af f i n ity   p r o p ag atio n ,   an d   t h e   clu s ter in g   m eth o d   b ased   o n   p r io r   b io lo g ical  k n o wled g e.   Ho wev er ,   T ab le  1   s h o ws  th m o s r elate d   wo r k s   in   m icr o ar r ay   DNA.         T ab le  1 .   Mo s t r elate d   w o r k   f o r   th Mic r o ar r a y   DNA   D a t a s e t   R e f e r e n c e s   A c u t e   l y m p h o b l a st i c   l e u k e m i a   ( A LL),   A M L ,   M LL,   D LB C L ,   L y m p h o m a ,   S R B C T   [ 2 6 ]   [ 2 7 ,   2 9 ,   4 4 ]   B r e a s t   C a n c e r   [ 3 2 ]   C o l o n   C a n c e r   [ 2 9 ,   4 4 ]   P r o st a t e   [ 1 6 ,   2 9 ,   4 4 ]   O v a r i a n   c a n c e r   [ 2 7 ]   Lu n g   C a n c e r   [ 1 6 ,   2 6 ]   G l i o ma,   B r a i n   t u m o u r ,   C N S   ( C e n t r a l   N e u r a l   S y st e m)   [ 1 6 ,   3 5 ]   H e p a t i c   [ 4 4 ]   D i a b e t e s   [ 3 2 ]       Fu r th er m o r e ,   [ 4 1 ]   h y b r id   ce llu lar   au to m ata  a n d   a n co l o n y   o p tim izatio n   m eth o d   to   s elec th s ig n if ican g en es  th en   u s ed   f o r   class if icatio n .   T h u s ,   it  h as   p r o d u ce d   h i g h   ac cu r ac y   co m p ar ed   to   o th er   s elec ted   m eth o d s   as  s h o w n   in   th e   p ap e r .   Mo r e o v er   in   [ 4 2 ] ,   a n   a r tific ial  n eu r al   n etwo r k   ( ANN)   is   a p p lied   to   AL L   a n d   Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
                      I SS N :   1 6 9 3 - 6 9 3 0   T E L KOM NI KA   T elec o m m u n   C o m p u t E l Co n tr o l Vo l.  1 9 ,   No .   2 Ap r il   202 1 :    49 1   -   498   496   AM L   d atasets .   T h is   r esear ch   h ad   g en er ated   9 8 %   ac cu r ac y ,   wh er th er e   is   n o   er r o r   in   AL L   d atasets   an d   o n e   er r o r   in   AM L   d ataset.   T h ca n ce r   g en o m atlas  ( T C GA)   i s   p ilo p r o ject  lau n ch ed   b y   th Natio n al  I n s titu te  o f   Hea lth   ( NI H) .   T h is   is   b asically   to   cr ea te  co m p r eh en s iv e   atlas  o f   ca n ce r   g en o m ic  p r o f iles .   Hen ce ,   m o s o f   th g en e x p r ess io n   d ata  a r p u b licly   av ailab le  at  T C GA  th a t a r u s ed   in   p r o g n o s is   an d   d ia g n o s is   [ 4 3 ]       4.   CO NCLU SI O N   T h is   p ap er   r e v iews  th ex is tin g   class if icatio n   tech n iq u es  a p p lied   in   m icr o ar r a y s   th at  co n tain   h ig h   d im en s io n al  d ata.   T h h ig h   d i m en s io n al  d ata  p r o b lem   ca n   b s o lv ed   u s in g   f ea tu r e   s elec tio n   m eth o d s .   Ma n y   g en s elec tio n   m eth o d s   h av b ee n   u s ed   to   class if y   ca n ce r o u s ly   o r   an y   o th e r   d is ea s d atasets   wi th   m u lti  o r   b in ar y   class es.  T h u n d er l y in g   ch allen g is   t h ef f icien d e tectio n   o f   d i f f er en t   in f ec ted   g en es  with   d if f er en t   ch ar ac ter is tics   s u ch   as  m u tate d   g en es  ca u s ed   b y   v i r u s es,  r a d iatio n ,   m u tag en ic  c h em icals.  Ma c h in lear n in g   tech n iq u es  h av b ee n   p r o p o s e d   to   an aly ze   m icr o a r r ay   d ata.   Hy b r id ized   m eth o d s   ca n   elim i n ate  n o is e,   r ed u ce   th n u m b e r   o f   f ea tu r es a n d   ea s class if icatio n .   Swar m   in telli g en ce   alg o r ith m s   s u ch   as  an t c o lo n y   o p tim izatio n   ( AC O) ,   ar tific ial  b ee   co lo n y   o p tim izatio n   ( AB C ) ,   p ar ticle  s war m   o p tim izatio n   ( PS O)   ar p o wer f u in   f ea tu r e   s elec tio n .   Hy b r id izatio n   b et wee n   th class ical  m ac h in e   lear n in g   tec h n iq u es   an d   th e   em er g in g   m ac h in e   lear n in g   tech n iq u es  s u ch   as  s war m   in tellig en ce   alg o r ith m s   ca n   y ield   b etter   r esu lts   in   d iag n o s is   an d   class if icatio n .   C u r r en tly ,   r es ea r ch er s   h av e   d e v elo p ed   h y b r id ized   co m p u tatio n al  m e th o d s   with   s war m   in tellig en ce   ( SI)   m eth o d s   an d   p r o v e n   th at  th ese  h y b r id ized   s y s tem s   ar m o r ac cu r ate.   Nev er th eless ,   m o d el  th at  s o lely   r elies o n   s war m   in t ellig en ce   alg o r ith m s   s h o u ld   b e   b u ilt an d   a n aly ze d .       5.   ACK NO WL E DG E M E NT S   W wo u ld   lik to   t h an k   Un iv e r s iti  Ma lay s ia  Pah an g   f o r   s u p p o r tin g   th is   wo r k   u n d er   th e   R DU  Gr an t,  Gr an n u m b er :   R DU1 9 0 3 7 3 .   W also   ap p r ec iate  th e   Min is tr y   o f   E d u ca tio n   f o r   s u p p o r tin g   th is   wo r k   u n d er   th e   Gr an t N u m b er : RAC E R /1 /2 0 1 9 /I C T 0 2 /UMP//4 .       RE F E R E NC E S   [1 ]   K.  Lan ,   D.   T .   Wan g ,   S .   F o n g ,   L .   S .   Li u ,   K.  K.   Wo n g ,   a n d   N.  De y ,   " su r v e y   o d a ta  m in i n g   a n d   d e e p   lea rn in g   in   b io i n fo rm a ti c s,"   J o u rn a o me d ic a sy ste ms ,   v o l .   4 2 ,   n o .   8 ,   p p .   1 - 28 ,   2 0 1 8 .   [2 ]   Y.  Do a n d   H.  Ce d a r,   " P r in c ip l e o DN m e th y lati o n   a n d   t h e ir  imp li c a ti o n fo r   b i o l o g y   a n d   m e d icin e , "   T h e   L a n c e t,   v o l.   3 9 2 ,   p p .   7 7 7 - 7 8 6 ,   2 0 1 8 .   [3 ]   H.  Q.  Tru o n g ,   L.   T .   Ng o ,   a n d   W.   P e d ry c z ,   " G ra n u lar  fu z z y   p o ss ib il isti c   C - m e a n c lu ste rin g   a p p ro a c h   to   DN m icro a rra y   p ro b lem , "   K n o wled g e - Ba se d   S y ste ms ,   v o l.   1 3 3 ,   p p .   5 3 - 6 5 ,   2 0 1 7 .   [4 ]   S .   M it tal,   H.   Ka u r,   N.  G a u tam ,   a n d   A.   K.   M a n th a ,   " Bi o se n s o rs  f o b re a st  c a n c e d iag n o sis:   re v iew   o f   b io re c e p to rs ,   b io tra n sd u c e rs  a n d   sig n a a m p li f ica ti o n   stra teg i e s,"   Bi o se n s o rs   a n d   Bi o e lec tro n ics ,   v o l.   8 8 ,     p p .   2 1 7 - 2 3 1 ,   2 0 1 7 .   [5 ]   C.   Xu   a n d   S .   A.  Ja c k so n ,   " M a c h i n e   lea rn in g   a n d   c o m p le x   b io l o g ic a d a ta,"   Ge n o me   Bi o l o g y ,   v o l.   2 0 ,   n o . 1 ,   p p .   1 - 4 ,   2 0 1 9 .   [6 ]   F .   P .   Ba rth e l,   W.   Wei,   M .   Ta n g ,   E.   M a rt in e z - Led e sm a ,   X.   Hu ,   S .   B.   Am in ,   e t   a l . ,   " S y ste m a ti c   a n a l y sis  o tel o m e re   len g t h   a n d   so m a ti c   a lt e ra ti o n s   in   3 1   c a n c e t y p e s,"   N a t u re   g e n e ti c s v o l.   4 9 ,   n o .   3 ,   p p .   3 4 9 - 3 5 7   2 0 1 7 .   [7 ]   P .   M a m o sh i n a ,   A.   Vie ira,  E.   P u ti n ,   a n d   A.  Zh a v o ro n k o v ,   " Ap p li c a ti o n o f   d e e p   lea rn in g   i n   b i o m e d icin e , "   M o lec u l a r p h a rm a c e u ti c s,  v o l.   1 3 ,   p p .   1 4 4 5 - 1 4 5 4 ,   2 0 1 6 .   [8 ]   Y.  Li n ,   J.  C .   M a u r o ,   a n d   G .   Ka u r,   " Bio a c ti v e   G las se s f o Ca n c e Th e ra p y , "   in   Bi o me d ic a l,   T h e ra p e u ti c   a n d   Cli n ica l   Ap p li c a ti o n o Bi o a c ti v e   Gl a ss e s ,   e d El se v ier,  2 0 1 9 ,   p p .   2 7 3 - 3 1 2 .   [9 ]   V.  G u p ta,  M .   S e n g u p ta,   J.  P ra k a sh ,   a n d   B.   C .   Tri p a th y ,   B a sic   a n d   a p p li e d   a sp e c ts o f   b i o tec h n o lo g y :   S p ri n g e r,   2 0 1 7 .   [1 0 ]   D.  O fe n g e im,  N.   G iag tzo g l o u ,   D .   Hu h ,   C.   Z o u ,   a n d   J.  Y u a n ,   " S i n g le - c e ll   RNA   se q u e n c in g u n ra v e li n g   t h e   b ra i n   o n e   c e ll   a a   ti m e , "   T re n d in   m o l e c u la r me d icin e ,   v o l.   2 3 ,   n o .   6 ,   p p .   5 6 3 - 5 7 6 ,   2 0 1 7 .   [1 1 ]   M .   Afz a l,   I.   M a n z o o r,   a n d   O.  P .   Ku ip e rs,   " fa st  a n d   re l iab le   p i p e li n e   f o b a c teria tran sc rip t o m e   a n a ly sis  c a se   stu d y se rin e - d e p e n d e n g e n e   re g u latio n   i n   S trep to c o c c u p n e u m o n iae , "   J o V (J o u rn a o Vi s u a l ize d   Exp e rime n ts ) ,   2 0 1 5 .   [1 2 ]   S. - B.   L ian g   a n d   L. - W .   F u ,   " Ap p li c a ti o n   o si n g le - c e ll   tec h n o lo g y   in   c a n c e re se a r c h , "   Bi o tec h n o l o g y   A d v a n c e s,    v o l.   3 5 ,   p p .   4 4 3 - 4 4 9 ,   2 0 1 7 .   [1 3 ]   R.   C.   T h o m p s o n ,   A.   F .   S e a sh o lt z ,   J.   O.  D o u g las s,  a n d   E.   He rb e rt,   " Clo n i n g   a n d   d istri b u t io n   o f   e x p re ss io n   o f   th e   ra t   c o rti c o tro p i n - re lea sin g   fa c to r   (CRF g e n e , "   i n   Co rtic o tro p in - Rele a s in g   Fa c to r ,   e d CRC   P re ss ,   2 0 1 8 ,   p p .   1 - 12.   [1 4 ]   L.   Ch e n ,   X .   P a n ,   X.   Hu ,   Y.   H.  Zh a n g ,   S .   Wa n g ,   T.   Hu a n g ,   e a l . ,   " G e n e   e x p re ss io n   d iffere n c e a m o n g   d iffere n t   M S sta tu se s in   c o l o re c tal  c a n c e r, "   In ter n a ti o n a j o u r n a o c a n c e r,  v o l.   1 4 3 ,   p p .   1 7 3 1 - 1 7 4 0 ,   2 0 1 8 .   [1 5 ]   G .   T a şk ın ,   H.  Ka y a ,   a n d   L.   Br u z z o n e ,   " F e a tu re   se lec ti o n   b a se d   o n   h i g h   d ime n sio n a m o d e l   re p re se n tatio n   f o h y p e rs p e c tral  ima g e s,"   IEE T ra n sa c ti o n s o n   Ima g e   Pro c e ss in g ,   v o l.   2 6 ,   n o .   6 ,   p p .   2 9 1 8 - 2 9 2 8 ,   2 0 1 7 .   [1 6 ]   R.   Li u ,   X.  Wan g ,   K.  Aih a ra ,   a n d   L.   Ch e n ,   " Early   d iag n o sis  o c o m p lex   d ise a se b y   m o lec u lar  b io m a rk e rs,  n e two r k   b io m a rk e rs,  a n d   d y n a m ica n e two rk   b i o m a rk e rs,"   M e d icin a re se a r c h   re v iews ,   v o l.   3 4 ,   n o .   3 ,   p p .   4 5 5 - 4 7 8 ,   2 0 1 4 .   Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
T E L KOM NI KA   T elec o m m u n   C o m p u t E l Co n tr o l         Th imp o r ta n ce   o f d a ta   cla s s ifica tio n   u s in g   ma c h in lea r n in g   meth o d s   in   micro a r r a d a t a   ( A w s   N a s e r   Ja b er )   497   [1 7 ]   F .   Li ,   D.  M ia o ,   a n d   W.   P e d r y c z ,   " G ra n u lar  m u lt i - la b e fe a tu re   se lec ti o n   b a se d   o n   m u tu a in f o rm a ti o n , "   P a tt e r n   Rec o g n it io n ,   v o l.   6 7 ,   p p .   4 1 0 - 4 2 3 ,   2 0 1 7 .   [1 8 ]   J.  Li ,   J.  Wan g ,   Y.  Z h e n g ,   a n d   H.   Xia o ,   " M icro a rra y   c las sifica ti o n   with   n o ise   v ia  we ig h te d   a d a p t iv e   e las ti c   n e t, "   i n   2 0 1 7   6 th   Da t a   Dr ive n   Co n tro l   a n d   L e a r n in g   S y ste ms   (DD CL S ) ,   2 0 1 7 ,   p p .   4 1 6 - 4 2 0 .   [1 9 ]   C.   Ka n g ,   Y.   Hu o ,   L.   Xi n ,   B.   Ti a n ,   a n d   B.   Yu ,   " F e a tu re   se lec ti o n   a n d   t u m o c las sifica ti o n   fo m icro a rra y   d a ta  u sin g   re lax e d   Las so   a n d   g e n e ra li z e d   m u lt i - c las su p p o rt  v e c to m a c h in e , "   J o u rn a o T h e o re ti c a Bi o lo g y ,   v o l .   4 6 3 ,     p p .   7 7 - 9 1 ,   p p .   7 7 - 9 1 ,   2 0 1 9 .   [2 0 ]   D.  Yo g a tam a ,   C.   Dy e r,   W.   L in g ,   a n d   P .   Bl u n s o m ,   " G e n e ra ti v e   a n d   d isc rimin a ti v e   tex c las sifica ti o n   with   re c u rre n t   n e u ra n e tw o rk s, "   a rXiv  p re p rin a rXiv:1 7 0 3 . 0 1 8 9 8 ,   2 0 1 7 .   [2 1 ]   C.   Hu a n g ,   R.   M e z e n c e v ,   J.   F .   M c Do n a ld ,   a n d   F .   Va n n b e r g ,   " Op e n   so u rc e   m a c h in e - lea rn i n g   a lg o rit h m f o t h e   p re d ictio n   o o p ti m a c a n c e d r u g   th e ra p ies , "   P L o S   On e ,   v o l.   1 2 ,   2 0 1 7 .   [2 2 ]   S .   T u rg u t,   M .   Da ğ te k in ,   a n d   T.   En sa ri,   " M icro a rra y   b re a st  c a n c e d a ta  c las sifica ti o n   u si n g   m a c h in e   lea rn i n g   m e th o d s,"   i n   2 0 1 8   El e c tric  El e c tro n ics ,   C o mp u ter   S c ien c e ,   Bi o me d ic a E n g in e e rin g s'   M e e ti n g   (E BB T )   p p .   1 - 3 2 0 1 8 .   [2 3 ]   A.  Bh a ra th a n d   A.   Na tara jan ,   " C a n c e c las sifica ti o n   o b io in f o rm a ti c d a ta  u sin g   a n o v a , "   In ter n a ti o n a j o u rn a o c o mp u ter   t h e o ry   a n d   e n g i n e e rin g ,   v o l .   2 ,   n o .   3 ,   p p .   3 6 9 - 3 7 3 ,   2 0 1 0 .   [2 4 ]   K.  N.  Ka ra y ian n i,   G .   M .   S p y ro u ,   a n d   K.  S .   Nik it a ,   " Cl u ste rin g   m icro a rra y   d a ta  u sin g   fu z z y   c lu ste rin g   wi t h   v iew p o i n ts,"   in   2 0 1 2   I EE 1 2 t h   In ter n a t io n a C o n fer e n c e   o n   Bi o in f o rm a ti c &   Bi o e n g i n e e rin g   (BI BE ) ,   2 0 1 2 ,     p p .   3 6 2 - 3 6 7 .   [2 5 ]   S .   M a n d a a n d   I.   Ba n e rjee ,   " C a n c e c las sifica ti o n   u sin g   n e u ra l   n e two rk , "   I n ter n a ti o n a J o u rn a o Eme rg in g   En g i n e e rin g   Res e a rc h   a n d   T e c h n o lo g y v o l.   3 ,   n o .   7 ,   p p .   1 7 2 - 1 7 8 2 0 1 5 .   [2 6 ]   H.  Li u ,   J.   Li ,   a n d   L.   Wo n g ,   " A   c o m p a ra ti v e   stu d y   o n   fe a tu re   s e lec ti o n   a n d   c las sifica ti o n   m e t h o d u sin g   g e n e   e x p re ss io n   p ro f il e s a n d   p r o teo m ic p a tt e rn s,"   Ge n o me   i n fo rm a ti c s,  v o l.   1 3 ,   p p .   5 1 - 6 0 ,   2 0 0 2 .   [2 7 ]   T.   Li ,   C.   Z h a n g ,   a n d   M .   O g ih a ra ,   " c o m p a ra ti v e   stu d y   o fe a tu r e   se lec ti o n   a n d   m u lt icla ss   c las sifi c a ti o n   m e th o d s   fo ti ss u e   c las sifica ti o n   b a se d   o n   g e n e   e x p re ss io n , "   Bi o in f o rm a ti c s,   v o l .   2 0 ,   n o .   1 5 ,   p p .   2 4 2 9 - 2 4 3 7 ,   2 0 0 4 .   [2 8 ]   P .   A.  M u n d ra   a n d   J.  C.   Ra jap a k se ,   " S VM - R F wit h   M R M fi lt e fo g e n e   se lec ti o n , "   IEE t ra n sa c ti o n o n   n a n o b io sc ien c e ,   v o l.   9 ,   n o .   1 ,   p p .   3 1 - 3 7 ,   2 0 0 9 .   [2 9 ]   J. - G .   Zh a n g   a n d   H. - W .   De n g ,   " G e n e   se lec ti o n   fo c las sifica ti o n   o m icro a rra y   d a ta  b a se d   o n   t h e   Ba y e e rro r, "   BM C   b io i n fo rm a ti c s,  v o l.   8 ,   n o .   1 ,   p p 1 - 9 ,   2 0 0 7 .   [3 0 ]   E.   P .   Xi n g ,   M .   I.   Jo rd a n ,   a n d   R.   M .   Ka rp ,   " F e a tu re   se lec ti o n   f o r   h ig h - d ime n si o n a g e n o m ic  m icr o a rra y   d a ta,"   in   Ic ml ,   2 0 0 1 ,   p p .   6 0 1 - 6 0 8 .   [3 1 ]   J.  Ön sk o g ,   E .   F re y h u lt ,   M .   Lan d fo rs,   P .   Ry d é n ,   a n d   T .   R.   Hv i d ste n ,   " C las sifica ti o n   o f   m icro a rra y s;  sy n e rg isti c   e ffe c ts b e twe e n   n o rm a l iza ti o n ,   g e n e   se lec ti o n   a n d   m a c h in e   lea rn in g , "   B M b i o i n fo rm a ti c s,  v o l.   1 2 ,   2 0 1 1 .   [3 2 ]   K.  Ra z a   a n d   A.  N.  Ha sa n ,   " c o m p re h e n siv e   e v a lu a ti o n   o m a c h i n e   lea rn in g   tec h n i q u e f o c a n c e c las p re d ictio n   b a se d   o n   m icro a rra y   d a ta, "   a rX iv  p re p rin a rXiv:1 3 0 7 . 7 0 5 0 2 0 1 3 .   [3 3 ]   S .   Du d o i t,   J.   F ri d ly a n d ,   a n d   T.   P .   S p e e d ,   " C o m p a riso n   o d isc rimin a ti o n   m e th o d f o t h e   c las sifica ti o n   o f   tu m o rs   u sin g   g e n e   e x p re ss io n   d a ta, "   J o u r n a o t h e   Ame ric a n   sta ti stic a a ss o c ia ti o n ,   v o l.   9 7 ,   n o .   4 5 7 ,   p p .   7 7 - 8 7 ,   2 0 0 2 .   [3 4 ]   S. - B.   Ch o   a n d   H. - H.  Wo n ,   " M a c h in e   lea rn in g   in   DN m i c ro a rra y   a n a ly sis  fo c a n c e c las sifica ti o n , "   i n   Pro c e e d in g s   o f   t h e   Fi rs Asia - Pa c if ic  b io i n f o rm a ti c c o n fer e n c e   o n   Bi o in f o rm a ti c 2 0 0 3 - V o l u me   1 9 ,   2 0 0 3 ,     p p .   1 8 9 - 1 9 8 .   [3 5 ]   H.  Ab u sa m ra ,   " c o m p a ra ti v e   st u d y   o fe a tu re   se lec ti o n   a n d   c las sifica ti o n   m e th o d fo g e n e   e x p r e ss io n   d a ta  o f   g li o m a , "   Pro c e d i a   Co m p u ter   S c ien c e ,   v o l.   2 3 ,   p p .   5 - 1 4 ,   2 0 1 3 .   [3 6 ]   C.   DIN a n d   H.  P ENG ,   " M in i m u m   Re d u n d a n c y   F e a tu re   S e lec ti o n   fr o m   M icro a rra y   G e n e   Ex p re ss io n   Da ta , "   J o u rn a o Bi o in f o rm a ti c a n d   Co mp u ta ti o n a l   Bi o lo g y ,   v o l.   0 3 ,   p p .   1 8 5 - 2 0 5 ,   2 0 0 5 .   [3 7 ]   M .   Dra m sk i,   A.   Ra d a - Ig les ias ,   S .   En r o t h ,   C.   Wa d e li u s,  J.  K o ro n a c k i,   a n d   J.  K o m o ro ws k i,   " M o n t e   Ca rlo   fe a tu re   se lec ti o n   fo s u p e rv ise d   c las sifica ti o n , "   B io i n fo rm a ti c s,  v o l.   2 4 ,   n o .   1 ,   p p .   1 1 0 - 1 1 7 ,   2 0 0 7 .   [3 8 ]   H.  Alsh a m lan ,   G .   Ba d r,   a n d   Y.  Alo h a li ,   " m RM R - ABC:  a   h y b r id   g e n e   se lec ti o n   a l g o rit h m   fo r   c a n c e c las sifica ti o n   u sin g   m icro a rra y   g e n e   e x p re ss io n   p ro fi li n g , "   Bi o me d   re se a rc h   in ter n a ti o n a l,   v o l.   2 0 1 5 ,   n o .   9 ,   p p .   1 - 1 5 ,   2 0 1 5 .   [3 9 ]   J.  g e r,   R.   S e n g u p ta,  a n d   W.   L .   Ru z z o ,   " Im p r o v e d   g e n e   se lec ti o n   fo c las sifica ti o n   o m icro a rr a y s,"   in   P a c if ic   S y mp o si u m o n   Bi o c o mp u ti n g .   Pa c if ic S y mp o si u m o n   Bi o c o mp u ti n g ,   v o l.   8 ,   2 0 0 3 ,   p p .   53 - 64 .   [4 0 ]   H.  Li u ,   L .   Li u ,   a n d   H.  Zh a n g ,   " En se m b le  g e n e   se lec ti o n   f o c a n c e c las s ifi c a ti o n , "   Pa tt e rn   Rec o g n it i o n ,   v o l.   4 3 ,     n o .   8 ,   p p .   2 7 6 3 - 2 7 7 2 ,   2 0 1 0 .   [4 1 ]   F .   Va fa e e   S h a rb a f,   S .   M o sa fe r,   a n d   M .   H.   M o a t tar,  " h y b ri d   g e n e   se lec ti o n   a p p r o a c h   fo r   m icro a rra y   d a ta   c las sifica ti o n   u si n g   c e ll u lar  lea rn in g   a u t o m a ta  a n d   a n c o l o n y   o p ti m iza ti o n , "   Ge n o mic s,  v o l.   1 0 7 ,   n o .   6 ,     p p .   2 3 1 - 2 3 8 ,   2 0 1 6 .   [4 2 ]   A.  K.  Dw iv e d i,   " Artifi c ial  n e u ra n e two rk   m o d e f o e ffe c ti v e   c a n c e c las sifica ti o n   u sin g   m icro a rra y   g e n e   e x p re ss io n   d a ta,"   Ne u ra C o mp u ti n g   a n d   A p p li c a ti o n s,  v o l .   2 9 ,   n o .   1 2 ,   p p .   1 5 4 5 - 1 5 5 4 ,   2 0 1 8 .   [4 3 ]   K.  To m c z a k ,   P .   Cz e rwiń sk a ,   a n d   M .   Wi z n e r o wic z ,   " T h e   Ca n c e G e n o m e   Atlas   (TC G A):  a n   imm e a su ra b le  so u rc e   o k n o wle d g e , "   Co n tem p o r a ry   o n c o lo g y   ( Po zn a n ,   P o la n d ),   v o l.   1 9 ,   n o .   1 A,   p p .   A6 8 - A7 7 ,   2 0 1 5 .   [4 4 ]   K. - B.   Du a n ,   J.  C.   Ra jap a k se ,   H.  Wan g ,   a n d   F .   Az u a je,  " M u lt ip le  S VM - RF fo g e n e   se lec ti o n   i n   c a n c e c las sifica ti o n   with   e x p re ss io n   d a t a , "   IEE tra n s a c ti o n s o n   n a n o b io sc ien c e ,   v o l.   4 ,   n o .   3 ,   p p .   2 2 8 - 2 3 4 ,   2 0 0 5 .             Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
                      I SS N :   1 6 9 3 - 6 9 3 0   T E L KOM NI KA   T elec o m m u n   C o m p u t E l Co n tr o l Vo l.  1 9 ,   No .   2 Ap r il   202 1 :    49 1   -   498   498   B I O G RAP H I E S   O F   AUTH O RS       Aw Na se r   J a b e r   is  c u rre n tl y   a n   In f o rm a ti o n   S e c u rit y   Ex p e rt  a Earth Li n k   Tele c o m m u n ica ti o n s.   He   re c e iv e d   h is  BS c   fro m   Al - M u sta n siri y a   Un iv e rsity ,   h is  M S c   fro m   Un iv e rsiti   S a i n M a lay sia ,   a n d   h is  P h fr o m   Un i v e rsiti   M a lay sia   P a h a n g .   His  e x p e rti se   in c lu d e s c ry p t o g ra p h y ,   c y b e rse c u rit y ,   a rti f icia in tell ig e n c e ,   a n d   b i o in f o rm a ti c s.         K o h b a l a n   M o o r th y   is  c u rre n tl y   a   S e n io Lec tu re a th e   F a c u lt y   o Co m p u ti n g   a Un i v e rsit i   M a lay sia   P a h a n g .   He   re c e iv e d   h i BS c   a n d   P h fro m   Un iv e rsiti   Tek n o lo g i   M a lay sia   in   th e   a re a   o Co m p u ter  S c ie n c e .   His  a re a   o e x p e rti se   in c l u d e s   Bio in f o rm a ti c s,  M e d ica l   In fo rm a ti c s,  Co m p u tati o n a B io l o g y ,   Artifi c ial   In telli g e n c e ,   I o a n d   o th e re late d   field i n   Co m p u ter  S c ien c e .   He   h a wo n   m a n y   re se a rc h   a wa rd o n   b o t h   t h e   lo c a a n d   i n tern a ti o n a l   lev e ls.  He   is  a lso   a   M icro so ft   C e rti fied   P ro fe ss io n a (M CP )   a n d   P ro fe ss io n a Tec h n o lo g ist   (P . Tec h ).   He   is  c u rre n tl y   a c ti v e   in   Re se a rc h ,   M a n a g e m e n t,   Tea c h in g   &   Lea rn in g   i n   th e   Un iv e rsity   M a lay sia   P a h a n g .         Lo g e n th ir a n   M a c h a p   is  c u rr e n t ly   wo r k in g   a a   Lec tu re a t h e   De p a rtme n o Co m p u ti n g   a n d   In f o rm a ti o n   Tec h n o lo g y   in   Tu n k u   A b d u Ra h m a n   Un i v e rsit y   Co ll e g e .   He   c o m p lete d   B. S c .   Bio i n fo rm a ti c fro m   Na ti o n a Un iv e rsit y   o f   M a lay sia   (UK M a n d   M a ste o Co m p u te r   S c ien c e   fro m   U n iv e rsit y   o f   T e c h n ica M a lay sia   M e lak a   (UTe M ).   He   is  a   P h D   c a n d i d a te  fo r   c o m p u ter  sc ien c e   fro m   th e   Un iv e rsity   o Tec h n o l o g y   M a lay sia   (UTM ).   He   is  wo rk i n g   o n   th e   co - c lu ste rin g   a l g o rit h m   a n d   it a p p li c a ti o n   o n   c a n c e m icro a rra y   g e n e   e x p re ss io n   d a ta.  His  re se a rc h   in tere sts   in c lu d e   d a ta  m in in g ,   m a c h in e   lea rn in g ,   a rti ficia in telli g e n c e ,   a n d   b io i n fo rm a ti c s.           S a fa a De r is   is  a   P r o fe ss o a t h e   F a c u lt y   o B io e n g in e e ri n g   a n d   Tec h n o lo g y ,   Un i v e rsity   M a lay sia   Ke lan tan .   He   wa s a   P ro fe ss o o Artifi c ial  In telli g e n c e   a n d   S o ftwa re   En g i n e e rin g   a t   th e   F a c u lt y   o Co m p u ti n g ,   Un i v e rsiti   Tek n o lo g M a lay sia .   He   is  th e   CIO  a n d   Dire c to o th e   Ce n ter  fo r   In fo rm a ti o n   a n d   Co m m u n ica ti o n   Tec h n o l o g y .   His  p re v io u p o sit io n i n c lu d e   De p u ty   De a n   o t h e   S c h o o o G ra d u a te  S tu d ies   a n d   He a d   o S o f twa re   En g i n e e rin g   De p a rtme n t.   He   is  a lso   He a d   o Artifi c ial  In tell ig e n c e   a n d   B io i n f o rm a ti c Re se a rc h   G ro u p ,   He   re c e iv e d   th e   M .   E n g .   d e g re e   in   In d u strial  E n g in e e rin g ,   a n d   th e   D.  E n g .   d e g re e   i n   Co m p u ter  a n d   S y ste m   S c ien c e s,  b o th   fr o m   th e   Os a k a   P re fe c tu re   Un iv e rsity ,   Ja p a n .   His   re se a rc h   in tere sts  in c l u d e   so ftw a re   e n g i n e e rin g ,   a p p li c a ti o n o f   in telli g e n tec h n i q u e s   i n   p lan n in g ,   sc h e d u li n g ,   b i o in f o rm a ti c s,  a n d   s y ste m   b io l o g y .   He   h a p u b li sh e d   m o re   th a n   2 0 0   jo u r n a ls an d   c o n fe re n c e   re fe re e d   p a p e rs.       Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.