I nte rna t io na l J o urna l o f   Adv a nces in Applie d Science s   ( I J AAS)   Vo l.   3 ,   No .   3 Sep tem b er   201 4 ,   p p .   15 1 ~ 15 7   I SS N:  2252 - 8814          151       J o ur na l ho m ep a g e h ttp : //ia e s jo u r n a l.c o m/o n lin e/in d ex . p h p /I J AAS   Ins ilico  Identi ficatio n of P o tent  Inh ibitor fro m   Andr o g ra phis  Panicula ta f o E S BL s       Ay s ha   O .   S * ,   M u m t a j   P ee M o ha m m e d **,   Dha m o t ha ra R* * *   *   P G   &   Re s e a rc h   De p a rt m e n o f   M icro b i o l o g y M o h a m e d   S a th a k   Co ll e g e   o f   A rts  &   S c ien c e ,     In d ia   **   De p a rt m e n o f   Bio in f o rm a ti c s M o h a m e d   S a th a k   Co ll e g e   o f   A rt s &   S c ien c e ,   In d ia   * * *   P G   &   Re s e a rc h   De p a rt m e n o f   P lan Bio lo g y   &   Bio tec h n o l o g y ,   P re sid e n c y   Co ll e g e ,   In d ia         Art icle  I nfo     AB ST RAC T   A r ticle  his to r y:   R ec eiv ed   J u n   11 ,   2 0 1 4   R ev i s ed   A u g   14 ,   2 0 1 4   A cc ep ted   A u g   2 4 ,   2 0 1 4       T h e   stu d y   a i m e d   a d o c k in g   o f   T EM   -   5 2   &   m o d e led   CT X     - 1 3   b y   e th a n o e x trac ted   c o m p o u n d f ro m   An d ro g ra p h is  p a n icu la ta   a n d   to   p re d ict  th e ir  b i n d i n g   e ff icie n c y .   BLAS T - P   w a p e r f o r m e d   to   re tri e v e   su it a b le   tem p late s   f o h o m o lo g y - m o d e li n g   u sin g   th e   b la  CT X - M   se q u e n c e o b tain e d   f ro m   G e n b a n k .     P ro tei n   Da ta  Ba n k   (P DB)  IDs   o f   th e se   tem p late we re   re tri e v e d .   M o d e ls  w e re   p re p a re d   u sin g   S w iss - M o d e l - S e rv e a n d   v e ri f ied   b y   P r o c h e c k   a n d   3 p r o g ra m m e RA M P AG w a u se d   to   p re p a re   Ra m a c h a n d ra n   p lo ts.       T h e   1 3   -   He x y l   -   o x a   -   c y c lo tri d e c   -   10  -   En -   -   o n e   w a se lec t e d   a li g a n d   f o th is  d o c k in g   stu d y   f ro m   th e   d a ta  g e n e ra ted   b y   M a ss   sp e c tro m e tr y   a n a l y sis  o f   m e th a n o e x trac ted   c o m p o u n d f ro m   An d ro g ra p h is  p a n icu l a ta .   T h e   stru c tu re   w a d ra w n   m a n u a ll y   with   a id   o f   JME   a n d   it d ru g   li k e li n e ss   &   m o lec u lar  p r o p e rti e w a c a lcu late d   u si n g   P re   A d m e se rv e r.     Do c k in g   wa p e r f o r m e d   b y   u sin g   d o c k in g   se rv e r.   S in c e   th e   d o c k in g   re su lt p ro v e d   t h a th e   a m in o   a c id   re sid u e S e r7 0 , S e r   1 3 0 , S e r2 3 7 , A rg   2 7 6   a n d   T h r2 3 5   o f   CT X - M - 1 3   (e n z y m e m a k e   im p o rtan c o n tac ts  w it h   th e   li g a n d ,   re se a rc h e rs  a re   e x p e c ted   to   d u ly   u ti li z e   th is   in f o rm a ti o n   f o d e sig n in g   m o re   p o ten a n d   CT X   -   M   i n h ib it o rs.   K ey w o r d :   An d r o g r ap h is   p an icu la ta   C T X - M - 13   13 - Hex y l - o x a - c y clo tr id ec - 10 - En - 2 - o n e   L i g an d   T E M - 52   Co p y rig h ©   201 4   In s t it u te o A d v a n c e d   E n g i n e e rin g   a n d   S c ien c e   Al rig h ts  re se rv e d .   C o r r e s p o nd ing   A uth o r :   Ay s h O.   S   P &   R esear ch   Dep ar t m en t o f   Mic r o b io lo g y   Mo h a m ed   Sat h a k   C o lle g o f   A r t s   &   Sc ien ce   Sh o li n g a n all u r ,   C h en n ai - 6 0 0   1 1 9 ,   I n d ia .   E m ail:   a y s h a m o h a m ed 7 8 6 @ g m ail. co m       1.   I NT RO D UCT I O N   E m er g i n g   r esis ta n b ac ter ial  s tr ain s   ar t h m o s s er io u s   g lo b al  th r ea ts   to   tr ea t m e n to   t h in f ec tio u s   d is ea s es.    W h ile  in   1 9 7 5   j u s 3 o f   r esis tan ce   is o late s   w er r eg is ter ed   b y   2 0 0 3   it  h ad   g r o w n   to   5 9 . 5 %.    Mo r e   p eo p le  h av d ied   o f   th b ac ter ial  in f ec tio n   ca u s ed   b y   v a r io u s   m icr o b es  r ath er   th a n   HI V.   T h r esis tan o r g an is m s   ar n o w   w o r ld w id p r o b le m .   T h w id s p r ea d   u s o f   a n tib io tic s   i n   h o s p itals   h a s   led   to   e m er g e n ce   o f   m u ltid r u g   r es is tan o r g a n is m s   o f   lo w   v ir u le n ce   li k K leb s iella   ca u s i n g   s er io u s   o p p o r tu n is t ic  in f ec tio n s .   T h r esis tan t   s tr ai n s   ca n   b f o u n d   in   a   v ar ie t y   o f   E n ter o b ater iace ae   s p ec ies;   h o w e v er   t h m aj o r ity   o f   m u l ti - d r u g   r esis ta n t   s tr ai n s   ar K . p n eu mo n ia e,   K . o xy to c a   an d   E s ch erich ia   co li .   Am o n g   th e   s e v er al  d r u g   r esis ta n b ac ter ia  β - lac ta m a s e   p r o d u ctio n   is   th m o s i m p o r tan m ec h a n is m   o f   r es is ta n c to   p en icillin   a n d   ce p h alo s p o r in s .   T h m ec h a n i s m   o f   r esi s ta n ce   w as  th p r o d u ctio n   o f   E x te n d ed   Sp ec tr u m   o f   β - L ac ta m ase s   ( E SB L s ) .     T h an tib io tic  r esi s t an ce   is   co n f er r ed   b y   s e v er al  m ec h an i s m s   i n   b ac ter ia.    T h m o s co m m o n   m o d e   o f   r esi s tan ce   is   en z y m atic   in a ctiv atio n   o f   t h a n tib io tic.     W h en   t h e n z y m e   is   m o d i f ied   it   w ill  n o a f f ec th e   m icr o o r g an i s m .   ( T o d ar ,   2 0 0 8 ) .     T h o th er   m ec h a n i s m   is   b y   a lter atio n   o f   an tib io tic  tar g et  s it e.         Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
                      I SS N :   2 2 5 2 - 8814   IJ AA S    Vo l.   3 ,   No .   3 Sep tem b er   2 0 1 4   :   15 1     15 7   152   1 . 1 .   β - L a ct a m a s es   β  -   lacta m a s es  ar en z y m es  p r o d u ce d   b y   s o m b ac ter ia  an d   ar r esp o n s ib le  f o r   th eir   r esis ta n ce   to   b eta - lacta m   an tib io tics   li k e   p en icilli n s ,   ce p h a lo s p o r in s   ( ar r elativ el y   r e s is ta n t o   b eta  lacta m ase) ,   ce p h a m y ci n s   an d   ca r b ap en em s   ( er tap en e m ) . T h ese  an t ib io tics   h av co m m o n   ele m e n in   th e ir   m o lecu la r   s tr u ct u r e:  f o u r   ato m   r in g   k n o w n   as   b eta - lac ta m .   T h lacta m a s en z y m b r ea k s   th r i n g   o p en   an d   d ea ctiv ates  t h m o lecu le s   an tib ac ter ial  p r o p er ties .     T h m ec h a n is m   o f   ac tio n   o f   β - l ac ta m ase s   i n cl u d es   attac k s   o n   a m id b o n d   i n   t h β - lacta m   r i n g   o f   p en c illi n   an d   ce p h alo s p o r in   to   p r o d u ce   p en cilli n o ic  ac id   an d   ce p h alo s p o r ic  ac id   r esp ec tiv ely ,   u lti m ate l y   r e n d er in g   t h co m p o u n d   in ac ti v ( P h ilip p o n   et   a l . ,   1 9 8 9 ) .         1 . 2 .   E x t en ded S pect ru m   o β - L a ct a m a s es   ( E SB L s )       E x ten d ed   Sp ec tr u m   B eta  L ac t a m ase s   ( E SB L s )   h av b ec o m e   ch al len g b o th   f r o m   t h d ia g n o s tic  as   w ell   as   o n   th e   m a n a g e m en t   p o in o f   v ie w .   ( Mir za   et  a l., 2 0 0 6 ) .   T h f ir s E x te n d ed - s p ec tr u m   β - lacta m ase   is o lates  w er d is co v er ed   in   W ester n   E u r o p in   th m id   1 9 8 0 s   an d   s u b s eq u en tl y   i n   US  in   th late  1 9 8 0 s   ( Nath is u w a n   et  a l . ,   2 0 0 1 ) .     T h e y   ca n   b f o u n d   i n   w id v ar iet y   o f   E n ter o b ac ter iace ae   s p ec ies  h o w e v er ,   th e   m aj o r ity   o f   E SB L   p r o d u cin g   s tr ain s   ar   K leb s iel la   p n eu mo n ia e K leb s iella   o xy to ca   an d   l ater   in   E s ch erich ia   co li P s eu d o mo n a s   a eru g i n o s a   an d   S err a tia   ma r ce s ce n s   an d   o th er   g r a m - n eg at iv b ac il li  ( Kir atis in   et  a l .,  2 0 0 8 C h en g   et  a l . ,   2 0 0 8   an d   Mo r r is   et  a l . ,   2 0 0 3 ) .     E SB L s   ar also   ab le  to   h y d r o l y ze   3 rd   an d   4   th   g en er atio n   ce p h alo s p o r in s   an d   m o n o b a cta m s .   E SB L   p r o d u c in g   s tr ain s   ar i n h ib ited   b y   β - lac ta m ase  i n h ib ito r s   ( C lav u la n ic  ac id ,   S u lb ac ta m   an d   tazo b ac ta m )   ( B r ad f o r d ,   2 0 0 1 P ito u et  a l.,   2 0 0 7   an d   B ali  et  a l ,   2 0 1 0 ) .     T r ea tm en o f   i n f ec tio n s   ca u s e d   b y   t h ese  r e s is ta n b ac ter ia  h as  b ec o m v er y   d if f ic u lt  s i n ce   th e y   ar e   r esis ta n to   m an y   a n tib io tics .     T h i s   li m it s   th er ap eu tic  o p tio n s .     E x ten d ed   s p ec tr u m   β - lacta m ases   ar e   p las m id   m ed iated ,   T E an d   SHV  d er iv ed   en z y m es,  m o s co m m o n l y   f o u n d   i n   K leb s iella   s p p . ,   f o llo w ed   b y   E s ch erich ia   co li  ( P o o le,   2 0 0 4 ) .   Sin g le  a m i n o   ac id   s u b s t itu t io n s   at  p o s itio n s   1 0 4 ,   1 6 4 ,   2 3 8 ,   an d   2 4 0   p r o d u ce   th E SB L   p h en o t y p e,   b u E SB L s   w i th   t h b r o ad est  s p ec tr u m   u s u all y   h av e   m o r t h an   s i n g le  a m i n o   ac id   s u b s ti tu tio n .   B ased   u p o n   d if f er e n t c o m b i n a tio n s   o f   c h an g e s ,   cu r r en tl y   1 4 0   T E M - t y p en z y m es  h av b e en   d e s cr ib ed .             Fig u r 1 P r o ch ec k   an al y s is   r e s u lt s   s h o w s   m o r f av o u r in g   r eg io n s   ar p r esen t i n   m o d eled   p r o tein   th r o u g h   t h eir   R a m ac h an d r an   P lo t a n al y s is   Fig u r 2 I n ter ac tio n   o f   1 3   Hex y l o x c y clo   tr id ec   1 0     en     2 -   On &   T E M 52       Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
IJ AA S   I SS N:  2252 - 8814       I n s ilico   I d en tifi ca tio n   o f P o ten t I n h ib ito r   fr o A n d r o g r a p h is   P a n icu la ta   f o r   E S B Ls   ( A ysh a   O.   S )   153   Ma n y   β - lacta m a s g en e s   h a v b ee n   f o u n d   in   K leb s iella   p n eu mo n ia e   p lasm id s   i n cl u d in g   th o s e   en co d in g   e x ten d ed   s p ec tr u m   β   - lacta m ases      ( E SB L s ) T h e y   ar e n co d ed   in   lar g p la s m i d s   w it h   s izes  o f   8 0 - 1 0 0 k b .   Me m b er s   o f   th f a m i l y   E n tero b a cteria ce a co m m o n l y   ex p r es s   p las m id   en co d e d   β - lacta m a s ( eg )   T E M - 1 ,   T E M - 2   an d   SHV - 1 )   w h ic h   co n f er   r esis tan ce   to   p en icillin s   b u n o to   ex p an d ed   s p ec tr u m   o f   ce p h alo s p o r in s .   I n   th m id   1 9 8 0 s   n e w   g r o u p   o f   en z y m e s ,   th ex ten d ed     s p ec tr u m   β - lacta m ase s   ( E SB L s ) ,   w er e   d etec ted .     T h r es is tan ce   i s   d er iv ed   f r o m   g e n es   f o r   T E M - 1 ,   T E M - 2   o r   SHV - 1   b y   m u t atio n s   t h at  a lter   th e   a m i n o   ac id   co n f i g u r atio n   ar o u n d   th e   ac ti v s ite  o f   β - lact a m ase s .   T h is   ex te n d s   t h s p ec tr u m   o f   β - lacta m   an tib io tics   s u s ce p tib le  to   h y d r o ly s i s   b y   th e s en z y m es.    C ar b ap en e m s   ar t h tr ea t m e n o f   ch o ice  f o r   s er io u s   in f ec tio n s   d u e   to   E SB L   p r o d u cin g   o r g a n is m s ,   y et   ca r b ap en em   r es is ta n i s o lates   h a v r ec e n tl y   b ee n   r ep o r ted .     Ho w e v er ,   tr ea t m e n w it h   s u c h   an tib io tics   h a s   b ee n   a s s o ciate d   w it h   h i g h   f a ilu r r ate s   i n   r e ce n y ea r s   C T X - e x ten d ed - s p ec tr u m   β - lact m as es  ( E SB L s )   h av v er y   r ap id ly   d is s e m i n ated   an d   ar n o w   f r eq u en tl y   r ep o r ted   f r o m   co u n tr ies  a ll  o v er   E u r o p an d   m u c h   o f   Asi a.     ( Kap il,  2 0 0 5 ) .     I n   I n d ia,   t h v er y   f ir s r ep o r o f   th e   p r esen ce   o f   C T X - M -   p r o d u ci n g   E n ter o b ac ter iace ae   ca m f r o m   Ne w   Delh i.    Six   s tr ai n s   i s o lated   in   t h y ea r   2 0 0 0   w er in v esti g ated ,   all  th s tr ain s   w er f o u n d   to   b u n r elate d   an d   all  p r o d u ce d   C T X - M - 1 5 .     Sin ce   th e n   s ev er al  I n d ian   s u r v e y s   h av r ep o r ted   th p r esen ce   o f   E SB L s   in   c lin ical  is o late s   b ased   o n   p h en o t y p i te s ts .     R ec en t l y   r ep o r ted   r ates  v ar y   w id el y   ( 1 2 . 6 - 7 1 %),   w it h   m o s t   s tu d ie s   r ep o r tin g   p r ev alen ce   r ate  o f   ar o u n d   5 0 %   an d   u p w ar d s .     C o n s id er i n g   a   p o p u latio n   o f   ap p r o x i m atel y   1 . 1   b illi o n   in   I n d ia,   it  r ep r esen t s   v er y   lar g r eser v o ir   f o r   r esis ta n ce   g e n e.                 T h p r o b lem   o f   e m er g i n g   b ac ter ial  r esis ta n ce   tr ad itio n all y   h as  b ee n   s o lv ed   b y   t h d is co v er y   o f   n e w   an ti m icr o b ial  d r u g s .     U n f o r tu n atel y ,   t h er is   n o   as s u r a n ce   t h at  t h d ev e lo p m en o f   n e w   a n tib io tics   ca n   k ee p   p ac w it h   th ab ilit y   o f   b ac ter i al  p ath o g en s   to   d ev elo p   r esis t an ce .   T h in cr ea s ed   u s o f   an t ib io tics   en co u r a g es   th e m er g e n ce   o f   r e s is ta n t   s tr ain s   o f   b ac ter ia.   T h er ar e   g eo g r ap h ic  v ar iatio n s   i n   a n tib io tic  r esis ta n ce   d ep en d in g   o n   lo ca l p r escr ib in g   tr en d s .     R esi s ta n ce   o f   b ac ter ia  is   co n ti n u i n g   to   i n cr ea s e,   b o th   i n   n u m b er   an d   in   v ar iet y ,   b u n o s i g n i f ican tl y   d if f er en n e w er   a n tib io tics   ar y et  a v ailab le.     T h u s   to d a y   t h er is   a n   u r g e n n ee d   f o r   n e w   a n tib ac ter ial  d r u g s   d u to   f a s m u l tip licatio n   o f   d r u g   r esi s ta n ce   b ac ter ial  s tr ain s   a n d   also   n e w ,   e m er g i n g   p at h o g e n s .     T h u lti m ate  g o al  to   o f f er   ap p r o p r iate  an d   e f f icie n a n ti m icr o b ial  d r u g s   to   th e   p atien i s   th r o u g h   co n ti n u o u s   s t u d ies  to   d ev elo p   n e w   d r u g s ,   ei th er   s y n th etic  o r   n atu r al.     Natu r al  p r o d u cts,  ei th er   a s   p u r e   co m p o u n d s   o r   as  s tan d ar d ized   p lan t e x tr a ct  p r o v id u n li m ite d   o p p o r tu n itie s   f o r   n e w   d r u g   l ea d s   b ec au s o f   t h e   u n m atc h ed   a v ailab ilit y   o f   ch e m ical  d i v er s it y .   T r ad itio n al  m ed icin e s   ar u s ed   b y   ab o u t   6 0   p er ce n o f   t h e   w o r ld s   p o p u latio n .   T h ese  ar u s ed   f o r   p r i m ar y   h ea lt h   ca r n o j u s i n   r u r al  ar ea s   o f   d e v elo p in g   co u n tr ies,  b u t   also   in   d ev elo p ed   co u n tr ie s   wh er m o d er n   m ed ici n e s   ar p r ed o m i n a n tl y   u s ed   ( R o u et  a l ,   2 0 1 2 ) .       T h is   s tu d y   e x p lo r es  th p o s s i b ilit y   o f   u ti lizi n g   t h p la n A .   p a n icu la t a   ac tiv p r in cip les  i n   m ed icin e   to   r ed u ce   th e   d r u g   r esis tan c e   p r o b lem   b y   E SB L   p at h o g e n s .   T h p lan t is   r ep o r ted   to   p o s s ess   p r o tectiv ac tiv it y   ag ain s v ar io u s   li v er   d is o r d er s .     I is   u s ed   to   tr ea g a s tr o in te s tin a tr ac a n d   u p p er   r esp ir ato r y   tr ac t   in f ec tio n s ,   f ev er ,   h er p es,  s o r th r o at,   h e p atitis   an d   v ar iet y   o f   o t h er   ch r o n ic  an d   u p p er   r esp ir ato r y   tr ac i n f ec tio n s   ( C h o p r et  a l.,   1 9 5 6 ) .     I ex h i b its   an tib ac ter ial,   f ilar icid al,   a n tid iar r h o ea l,  i m p r o v e s   ca r d io v asc u lar   ac ti v itie s ,   f er tili t y   an d   g iv e s   p r o tectio n   to   liv er   an d   g all  b lad d er .   T h h er b   an d   its   is o lates  lik an d r o g r ap h o lid e,   n eo g r ap h o lid e,   etc.   ar r ep o r ted   to   p o s s ess   an ti - in f la m m ato r y ,   h ep ato - p r o tectiv e,   a s tr i n g e n t,  an o d y n e,   to n ic,   alex ip h o r m ic  an d   an ti  p y r eti p r o p er ties   an d   h elp s   in   ar r esti n g   d y s e n ter y ,   c h o ler a,   d iab etes,  in f lu e n za ,   b r o n ch itis ,   s w elli n g s   an d   itc h es,  p iles   a n d   g o n o r r h o ea   ( P r a j ap ati    et  a l . , 2 0 0 3 ) .   Flav o n o id s   p r esen i n   p la n t   s h o w ed   p o ten in h ib itio n   o f   co llag en ,   ar ac h id o n ic  ac id ,   th r o m b i n   an d   p latelet  ag g r eg at io n   ( W u   et  a l.,   2 0 0 8 ) .     T h p r im ar y   m ed icin al  co n s ti tu en ts   o f   A .   p a n icu la ta   ar an d r o g r ap h o lid an d   r elate d   co m p o u n d s   w h ic h   ar e   d iter p en io d s   s h o w i n g   a n tip y r etic,   an ti - i n f la m m ato r y ,   i m m u n o   s ti m u lato r y   a n d   a n ti  ca n ce r o u s   ac tiv ities   ( Mish r et  a l . ,   2 0 0 9 ; Sax en a,   2 0 0 0 ; K u m ar   et  a l . ,   2 0 0 4 ) .     T h p r esen s tu d y   u n d er tak e n   to   in v esti g ate  th p la n t   ac tiv co m p o u n d   o f   f r ac tio n s   w h o s b in d in g   p r o p er ties   w a s     s t u d ied     I n s ili co     p r o v id es  an   in it ial  s tep   to w ar d s   t h d ev elo p m e n o f   n o v el  d r u g   m o lec u le   th at  ca n   co m p eti v el y   b i n d   t o   th ac ti v s ite  o f   E SB L     g e n es  T E 52 ,   C T X -   13   an d   SHV   1 .   T h e   an ti m icr o b ial  ac tiv i t y   p o te n tia o f   A .   p a n icu la ta   h as  b ee n   d eter m in ed   a n d   th ac t iv p r i n cip les  r esp o n s ib le  f o r   th ac ti v it y   h a v b ee n   is o lated   an d   ch ar ac ter ized   b y   FT   I R   an d   GC   MS  s p ec tr u m   a n al y s i s .       2.   M AT E RIAL S AN M E T H O DS    I n   o r d er   to   d et er m i n t h b i n d in g   en er g y   o f   ac ti v co m p o u n d s   c h ar ac ter ized   b y   FT   I R   a n d   G C   M S   s p ec tr u m   a n al y s i s   r esp o n s ib le   f o r   th an tib ac ter ial  ac ti v it y   ag ain s E SB L   s   T E 52 ,   C T X     13   &   SHV 12   m o lecu lar   d o ck i n g   ca lc u latio n   w as  d o n i n   DOCKIN W E B   SERVER  ( www . d o ck i n g s er v er . co m ) .   T h s tep s   ca r r ied   o u as  t h p r o tein   s tr u ctu r T E 52  r eq u ir ed   f o r   d o ck in g   p r o ce d u r w er d o w n lo ad ed   f r o m   P r o tein   Data   B an k   C T   13 s tr u ctu r w a s   h o m o lo g y   b u i lt  b y   u s i n g   SW I SS   p r o tei n     m o d el  s er v er ,     Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
                      I SS N :   2 2 5 2 - 8814   IJ AA S    Vo l.   3 ,   No .   3 Sep tem b er   2 0 1 4   :   15 1     15 7   154   SHV1 2   s tr u ct u r e   w as   o b tain ed   f r o m   P r o tei n   Mo d el  P o r tal  ( P r o tein   Mo d el   P o r tal:www . p r o tein m o d elp o r tal. o r g /q u e y / u n ip r o t/A 6 T I K7 ) .   T h ac tiv co m p o u n d s   s h o wn   i n   h ig h est   p ea k   c h ar ac ter ized   b y   FT I R   an d   GC   An al y s is   is   1 3     Hex y lo x ac y clo tr id ec   1 0     E n     On e,   t h e   s tr u ctu r e   o f   th is   co m p o u n d   w as   d r a w n   w it h   c h e m ical   d r a w i n g   to o ls   s u c h   as  s a v ed   in   m o l   f i le  f o r m at  an d   t h b io lo g ical  ac tiv i t y   o f   th co m p o u n d   w as  p r ed icted   an d   A b s o r p tio n   Dis tr ib u tio n   Me tab o lis m   E x cr etio n   an d   T o x icity   ( A DM E T )   p r o p er ties   w er an al y ze d   th r o u g h   co m p u tatio n a l   m et h o d s   ADM E T   s er v er   ( h ttp ://p r ea d m e t.b m d r c. o r g / ) .   Dr u g   lik en e s s   o f   t h i s   co m p o u n d   w as  test ed   w it h   W DI   r u le  an d   L ip in s k i s   r u le  5   an d   r ev ea led   th at  13 - h e x y l o x y   c y cl o   tr id ec - 10 - en - 2 - o n e,   w o u ld   s er v as a n   e f f ec tiv e   co m p o u n d   ag ai n s t E SB L s .   T h MM FF 9 4   ( Halg r en ,   1 9 9 8 )   w a s   u s ed   f o r   e n er g y   m in i m izatio n   o f   lig a n d   m o lecu le.   Gasteig er   p ar tial  ch ar g e s   w er ad d ed   to   th li g a n d   ato m s .   No n   p o lar   h y d r o g e n   ato m s   w er m er g ed   a n d   r o tatab le  b o n d s   w er d ef i n ed .   Do ck in g   ca lc u latio n s   w er ca r r ied   o u o n   T E M 52 , C T X - M 13    an d   SHV  12  p r o tein   m o d els.  E s s en tial  h y d r o g en   ato m s ,   Ko ll m a n   u n ited   ato m   t y p c h ar g es  an d   s o lv atio n   p ar a m eter s   w er ad d ed   w ith   t h e   aid   o f   Au to Do ck   to o ls   i m p le m en ted   in   d o ck in g   s er v er .   Af f in it y   ( g r id )   m ap s   o f   2 0 x 2 0 x 2 0   A o       g r id   p o in ts   a n d   0 . 3 7 5   A o   s p ac in g   w er g e n e r ated   u s in g   th Au to g r id   p r o g r a m .   Au to Do ck   p ar a m eter   s et  an d   d is tan ce -   d ep en d en d ielec tr ic  f u n ctio n s   w er u s in   t h ca lcu latio n   o f   th Van d er   W aa ls   an d   th e   elec tr o s tatic  ter m s   r esp ec tiv el y .     E ac h   d o ck i n g   e x p er i m e n w as  d er i v ed   f r o m   1 0   d if f er en r u n s   t h at  w er s et  to   ter m in ate  a f ter   a   m ax i m u m   o f   2 5 0 0 0 0   en er g y   ev alu a tio n s   a n d   t h b in d i n g   e n er g ie s   i n   d i f f er en t   p o s es  o f   i n ter ac tio n   o f   1 3     Hex y lo x ac y clo tr id ec   -   10    E n     On to   E SB L s   w er ca lcu la ted .       3.   RE SU L T S AN D I SCU SS I O NS    T h th r ee   d im en s io n a s tr u ctu r o f   b eta  lacta m a s e   T E M 52 w as  d eter m i n ed   u s in g   X - r a y   cr y s tallo g r ap h y   m et h o d .   Ho m o lo g y   m o d eli n g   o f   C T X -   M - 13  B last - P   w a s   p er f o r m ed   ag ain s P r o tein   Data   B an k   to   r etr iev e   s u itab le  te m p lates  f o r   h o m o lo g y   m o d elin g   t h C T X -   M - 13  s eq u e n ce   o b tain ed   f r o m   Gen b a n k   ac ce s s io n   n u m b er s   AF2 5 2 6 2 3 B ased   o n   t h E - s co r P D B - I YS A   w a s   c h o s e n   a s   te m p late  f o r   m o d elin g .   Mo d els  w er p r ep ar ed   u s in g   S w is s   Mo d el  Ser v er   ( A r n o ld   et  a l . ,   2 0 0 6 )   an d   v er if ied   b y   P r o ch ec k .     R a m P ag w a s   u s ed   to   p r ep ar R am ac h a n d r an   p lo ts   ( Fig . 1 ) . Ov er   9 0 o f   th a m in o   ac id   r esid u es  i n   t h p r o tein   s tr u ct u r e   m o d eled   f r o m   C T X -   M - 13  g en w er f o u n d   to   b p r esen i n   th m o s f a v o u r ab le  r eg io n s   a s   r ev ea led   b y   th e ir   r esp ec tiv R a m ac h a n d r an   p l o ts .   Mo d eled   Stru ct u r o f   S HV 12  w as   o b tain ed   f r o m   P r o tein   Mo d el  P o r tal  ( P r o tein   Mo d el  P o r tal w ww . p r o te in m o d elp o r tal. o r g /q u e y / u n ip r o t/A 6 T I K7 ).   T h lig a n d   m o lec u le   13 - h e x y o x c y clo   tr id ec - 10 - en - 2 - o n    in c lu d ed   i n   t h i s   s tu d y   w a s   o b tain e d   f r o m   et h an o e x tr ac o f   A n d r o g r a p h is   p a n icu la ta   w h ic h   s h o w ed   th h i g h e s p ea k   v alu in   t h Ma s s   Sp ec tr o m e tr y   an a l y s is .   T h s tr u ctu r o f   t h i s   co m p o u n d   w a s   d r a w n   w i th   c h e m ical  d r a w i n g   to o ls   s u c h   as  s a v ed   in   m o l   f ile  f o r m at.   T h b io lo g ical  ac tiv i t y   o f   t h co m p o u n d   w as  p r ed icted   an d   A b s o r p tio n   Dis tr ib u tio n   Me tab o lis m   E x cr etio n   an d   T o x icit y   ( A DM E T )   p r o p er ties   w er an al y ze d   th r o u g h   co m p u tatio n al  m eth o d s   A DM E T   s er v er   ( h ttp ://p r ea d m et. b m d r c. o r g / )   Dr u g   li k e n es s   o f   t h is   co m p o u n d   w a s   tes te d   w it h   W DI   r u le  a n d   L ip i n s k i s   r u le  5   an d   r ev ea le d   th at  13 - h e x y o x c y clo   tr i d ec - 10 - en - 2 - o n     w o u ld   s er v as  d r u g   li k e   co m p o u n d .   T h p r ed icte d   p r o p er ties   o f   1 3 - h e x y l o x c y clo   t r id ec - 10 - en - 2 - o n ar s h o w n   i n   T ab le   1.     T ab le   1 P r ed icted   P r o p er ties   o f   1 3     Hex y lo x ac y clo tr id ec   - 10    E n   o n e   C a l c u l a t e d   P r o p e r t i e s   1 3     Hex y l o x a c y c l o t r i d e c   -   1 0     E n   o n e   M o l e c u l a r   F o r mu l a       C 18 H 32 O 2   M o l e c u l a r   W e i g h t   2 8 9   M o l a r   V o l u me       3 2 5 . 3 9   L o g   P   4 . 2 9   H y d r o g e n   b o n d   a c c e p t o r   s i t e   3   H y d r o g e n   b o n d   d o n o r   si t e   1   P a r t i a l   p o si t i v e   a r e a   3 2 4 . 5 9   P a r t i a l   n e g a t i v e   a r e a   1 6 0 . 3 5   H y d r o p h o b i c   su r f a c e   4 4 6 . 5 2 1   S u r f a c e   a r e a   o n   d o n o r   H y d r o g e n   a t o m s   1 0 . 3 2 4   C h a r g e   o n     d o n a t a b l e   H y d r o g e n s   0 . 3 4 0 7 0 6   P o l a r   su r f a c e   a r e a   3 4 . 1 6 2     H y d r o p h o b i c   su r f a c e   a r e a   2 4 9   W i e n e r   I n d e x               1 0 3 1   L i p i n sk i s R u l e   o f   F i v e       S u i t a b l e           Do ck in g   s ti m u latio n s   w er p er f o r m ed   u s i n g   th L a m ar ck ia n   Gen etic  A l g o r ith m   ( L G A )   a n d   th So lis   an d   W ets  lo ca m et h o d .   I n iti al  p o s itio n ,   o r ien ta tio n   a n d   t o r s io n s   o f   th e   li g an d   ( Sri v as tav et  a l . ,   2 0 1 0 )   m o lecu le s   s et  r an d o m l y .   E ac h   d o ck in g   ex p er i m en w as  d er iv ed   f r o m   1 0   d if f er e n r u n s   th at  w er s et  to   Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
IJ AA S   I SS N:  2252 - 8814       I n s ilico   I d en tifi ca tio n   o f P o ten t I n h ib ito r   fr o A n d r o g r a p h is   P a n icu la ta   f o r   E S B Ls   ( A ysh a   O.   S )   155   ter m i n ate  a f ter   a   m a x i m u m   o f   2 5 0 0 0 0   en er g y   ev a lu at io n s .   T h p o p u latio n   s ize  w a s   s et  to   1 5 0 .   Du r in g   t h e   s ea r ch ,   tr an s la tio n al  s tep   o f   0 . 2   an d   q u ater n io n   an d   to r s io n   s t ep s   o f   5   w er ap p lied   ( T a b l 2) .     T ab le  2 B est R an k   P o s R es u lts   Pr o t e i n   L i g a n d   E st i m a t i o n   o f   f r e e   e n e r g y   o f   b i n d i n g   E st i m a t i o n   o f   i n h i b i t i o n   c o n st a n t   Ki   V a n d e r W a l s+   Hy d r o g e n   b o n d   +D i sso l v i n g   e n e r g y   E l e c t r o st a t i c   e n e r g y   T o t a l   In t e r n a l   e n e r g y   In t e r a c t i n g   S u r f a c e   T EM   52   t o 1 3   H e x y l   o x a   c y c l o t r i d e c   1 0 - e n   2 - o n e   - 3 . 2 7   k c a l / mo l   3 . 9 9 u M     -   4 . 1 7 k c a l / mo l   - 0 . 3 3 k c a l /   mo l   - 4 . 5 0 k c a l /   mo l   6 0 0 . 3 7 3   C T X     M 13   t o   1 3   H e x y l   c y c l o t r i d e c 1 0 - e n   2 - o n e   - 4 . 9 5   k c a l / mo l   2 3 6 . 4 3 u M   - 5 . 7 5   k c a l / mo l   - 0 . 4 4 k c a l /   mo l   - 6 . 1 9 k c a l /   mo l   6 3 8 . 3 2 3   S H V 12  t o   1 3   H e x y l   c y c l o t r i d e c 1 0 - e n   2 - o n e   - 4 . 6 7   k c a l / mo l     3 7 9 . 6 5   u M     - 5 . 1 1   k c a l / mo l     - 0 . 9 5   k c a l /   mo l     - 6 . 0 6   k c a l /   mo l   -       T h m o lec u lar   b asis   o f   i n ter a ctio n   an d   af f i n it y   o f   b in d i n g   o f   T E M 52  , C T   M 13    an d   SHV  12  to   th p o ten lig a n d   1 3   - Hex y c y clo tr id ec - 10    -   en -   o n f r o m   A n d r o g r a p h is   p a n icu l a ta .   T h ese  w er d o ck ed   in to   th ac ti v s i te  o f   o f   T E 52 ,   C T - M 13  an d   SHV 12 .     Fi g .   2 , 3   &   4   r ep r esen ts   i n ter ac tio n   o f   1 3   Hex y o x c y clo   tr id ec   1 0 -   en -   2 -   O n &   T E M 52 .         Fig u r 3 I n ter ac tio n   o f   1 3   Hex y l o x c y clo tr id ec   1 0     en     2 -   On &   C T X - M 13   Fig u r 4 .    I n ter ac tio n   o f   1 3   He x y l   o x a   c y c lo   tr id ec   1 0     en     2 -   o n &   SHV   12       T h d o ck in g   r es u lt s   p r o v ed   th at  t h a m in o ac id   r esid u e s   Se r   7 0 ,   Ser   1 3 0 ,   Ser   1 2 6 , A r g   2 7 6   an d   T h r   2 3 1 ,   T h r   2 3 5     o f   T E 52    ,   C T X - 15  an d   SHV 12   m a k i m p o r tan co n tact  w i th   t h li g a n d .   I n   d o ck in g   s tu d y   co n d u cted   b y   S h ak i et  a l . , ( 2 0 1 0 ) ,   th a m i n o   ac id   r esid u e s   As n 1 3 2 ,   Glu 1 6 6 ,   P r o 1 6 7 , V al1 7 2 , L y s 2 3 4   an d   T h r 2 3 5   m ak e   i m p o r tan co n ta ct  w it h   ce f o tax i m e   th er eb y   r es is t h t h ir d   g en er atio n     ce p h al o s p o r in   d r u g s .   T h e   p r esen i n v esti g atio n   al s o   g a v v er y   g o o d   id ea   ab o u t h p r ese n ce   o f   a m in o   ac id s   in   m o s t   f a v o u r ab le   r eg io n s   r ev ea led   b y   t h r esp e ctiv R a m ac h a n d r an   p lo (   a n d   th e   a m in o   ac id   r esid u e s   S er   7 0 ,   Ser   1 3 0   Ser   1 2 6 , A r g   2 7 6 ,   T h r   2 3 1   an d   T h r   2 3 5   o f   T E M 52 ,   C T X - M 15    a n d   SHV 12   m ak i m p o r tan co n t ac w it h   1 3   Hex y l   o x c y c lo   tr id ec   1 0     e n     2 -   o n e.   Si n ce   1 3   He x y o x c y cl o   tr id ec   1 0     en     2 -   o n is   a b le  to   co n tact s   w i t h   th ese  a m i n o   ac id s   an d   th i s   co u ld   b p o ten t d r u g   ag a in s t E S B L   s tr ain s .       4.   CO NCLU SI O N     I n   an   i n v e s ti g atio n   b y   Dais y   et  a l . ,   ( 2 0 0 8 ) ,   th p r o tein   a u t o ly s i n   f r o m   E SB L   s tr ai n   S ta p h ylo co o c u s   a u r eu s   w a s   d o ck ed   w it h   t h ter p en o id   f r o m   E lep h a n to p u s   s ca b er  an d   f o u n d   t h at  ter p en o id   ca n   i n h ib it  t h e   ac tiv it y   o f   a u to l y s i n   b y   f o r m i n g   s tr o n g   ato m ic  i n ter ac tio n   w it h   t h ac ti v s ite  r esid u es.  I n   th p r esen s t u d y   also   E SB L   E . co li   a n d   K . p n eu mo n ia e   w er tak e n   f o r   d o ck in g   s t u d y   w h ic h   p o s s es  th E SB L   e n z y m es.  T h e   L o g   P   v alu e   o f   1 3   - Hex y c y clo tr id ec - 10 - en - 2 o n e   w as  f o u n d   to   b 4 . 2 9   w h ic h   r ese m b les  ter p en o id   f r o m   E lep h a n to p u s   s ca b er   an d   s o   b ec au s o f   t h is   p ar titi o n   co e f f i cien t h is   li g an d   ca n   b r ea k   u p   th ce ll  w all  o f   t h o r g an is m s   a n d   p en etr ate  t h e m .   I n   p r esen s ce n ar io ,   th o n g o i n g   f i g h ag ai n s m u ltid r u g   r es is tan m icr o o r g a n is m s   h as  r ec eiv ed   s et   b ac k   to   g e n er ate  a   p o ten d r u g .   T h er ef o r e,   s t u d ies  ar b ei n g   ca r r ied   o u in   v ar io u s   p ar ts   o f   w o r ld   to   f in d   a n   alter n ati v v iab le  d r u g   w h ic h   ca n   co m in to   r esc u e.   T h is   lig a n d   m a y   b s u ch   p o ten t   o n e.   E x p er i m en ta l   in v e s ti g atio n s   ar s til ca r r ied   o u to   v alid ate  t h f i n d i n g s   f r o m   i n s ilico   ap p r o ac h es.  Hen ce   th co m p o u n d   1 3   -   Hex y c y clo tr id ec - 10 - en -   2 -   o n f r o m   A n d r o g r a p h is   p a n icu l a ta   in   th p r esen s t u d y   ca n   ac as  d r u g   f o r   E SB L   p ath o g en s   an d   co u ld   b p o ten t ial  d r u g   ag a in s m u lt id r u g   r es i s tan t a n d   E SB L     o r g a n is m s .     Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
                      I SS N :   2 2 5 2 - 8814   IJ AA S    Vo l.   3 ,   No .   3 Sep tem b er   2 0 1 4   :   15 1     15 7   156   Fu r t h er   in v esti g atio n s   ca n   b ca r r ied   o u t to   p r ed ict  th ac tiv it y   o n   o th er   E SB L   p ath o g en s .   T h is   ac ti v e   m o lecu le  w h o s b in d i n g   p r o p er t y   w a s   s t u d ied   in   s ilico   p r o v id es  an   in itia s tep   to w ar d s   th d ev elo p m e n o f   a   n o v el  d r u g   m o lecu le  th a ca n   co m p etiti v el y   b i n d   to   th e   ac t iv s ite  o f   t h E SB L   e n z y m e s   th er eb y   in h ib iti n g   b eta  lacta m a s r esi s tan ce .   T h r o u g h   o u r   w o r k   w h av e   tr ied   to   p r o v id an   i n s ilico   b ased   i n v e s ti g atio n   o n   t h s a m b y   u s in g   m o s r eliab le  a n d   s o p h is t icate d   Do ck i n g   al g o r ith m   to   p r o v id an   i n s i lico   t esti m o n y   an d   b asis   to   th ex p er i m en tal  in v est ig a tio n s .   He n ce   th p r ese n i n v esti g a tio n     g iv e s   clea r   in s i lico   in d icatio n   a n d   ev id en ce   th at   1 3   - He x y c y clo tr id ec - 10  - en -   2 -   o n f r o m   A n d r o g r a p h is   p a n icu l a ta   co u ld   b p o ten tial  d r u g   f o r   g en er at io n   d r u g   d ev elo p m en ag a in s m u ltid r u g   r esis ta n t   an d   E SB L   o r g a n is m s .   Fu r t h e r   in v e s ti g atio n s   ca n   b ca r r ied   o u to   p r ed ict  th ac tiv it y   o f   1 3   -   Hex y c y clo tr id e - 10  - en -   2 -   o n w ith   t h e   o th er   tar g et  E SB L   en z y m e s .       ACK NO WL E D G E M E NT   W th an k   Mo h a m ed   Sath a k   T r u s &   Hea d   o f   th Dep ar t m en o f   B io in f o r m at ics  f o r   p r o v id in g   lab   f ac ilit ies.       RE F E R E NC E S   [1 ]   Bra d f o rd   P.   A . ,   Ex ten d e d   sp e c tru m   β lac ta m a se s   in   th e   2 1 s t   c e n tu ry :   Ch a r a c teriz a ti o n ,   e p id e m io lo g y   a n d   d e tec ti o n   o f   t h is  im p o rtan re sista n c e   th re a t,   Cli n   M icr o b i a Rev ,   2 0 0 1 ,   V o l .   14 ,   N o .   ( 4 ) ,   p p .   9 3 3 - 9 5 1 .   [2 ]   Ch e n g   J.,   e a l . ,   P h e n o ty p ic  a n d   m o lec u lar  c h a ra c teri z a ti o n   o f   t wo   n o v e CT X - M   e n z y m e s   c a rri e d   b y   Kleb sie ll a   p n e u m o n i a ,”    J   M o l   Bi o Rep 2 0 1 0 ,   Vo l.   37 ,   No .   3 ,   p p .   1 2 6 1 - 1 2 6 7 .   [3 ]   Ch o p ra   R.   N.,   e t   a l . ,   G lo s sa r y   o In d ia n   M e d icin a P la n ts,   NIS CO M ,   CS IR ,   Ne w   De lh i,   In d ia 1 9 5 6 ,   p p .   1 8 .   [4 ]   M irza   S.   H.,   e a l . CX - M   ES B L   e n z y m e   in   Esc h e ric h ia   c o li   f r o m   u ro lo g y   p a ti e n ts  in   Ra w a lp in d i,   P a k istan ,   Pa k   M e d   Asso c 2 0 0 6 ,   p p .   5 7 6 - 5 7 8 .   [5 ]   T o d a r   K. ,   P a th o g e n ic  E.  C o li ,”   On li n e   T e x tb o o k   o Ba c ter io l o g y .   Un iv e rsit y   o f   W isc o n sin M a d is o n ,   De p a rtm e n t   o f   Ba c terio lo g y 2 0 0 8 ,   p p .   3 - 6 .   [6 ]   P h il i p p o n   A . ,   e a l . ,   Ep i d e m io lo g y   o f   th e   e x ten d e d   sp e c tru m   β - lac tam a se s ,”   In fec t 1 9 8 9 ,   V o l.   17 ,   p p .   3 4 7 - 3 5 4 .   [7 ]   Kira ti sin   P . ,   e a l . ,   M o lec u lar  C h a ra c teriz a ti o n   a n d   E p id e m io lo g y   o f   Ex ten d e d   s p e c tru m   b e ta - lac ta m a se - p ro d u c in g   Esc h e ric h ia   c o li   a n d   Kle b sie ll a   p n e u mo n ia e   iso late c a u sin g   h e a lt h   c a re - a ss o c iate d   in f e c ti o n   i n   T h a il a n d ,   w h e re   th e   CT X - M   f a m il y   is  En d e m ic,”   An ti mic ro b   Ag e n ts   Ch e mo th e r 2 0 0 8 ,   V o l .   52 ,   p p .   2 8 1 8 - 2 8 2 4 .   [8 ]   M o rris   A.   K ,   e a l . ,   A n ti b io t ic  re sista n c e   su rv e il lan c e a c ti o n   f o in tern a ti o n a st u d ies ,”   J   An ti mic ro b   T h e r ,   2 0 0 2 V o l .   49 ,   p p .   7 - 1 0 .   [9 ]   P o o le   K. ,   Re sista n c e   to   β - lac tam   a n ti b i o ti c s ,”   Ce ll   M o l   L if e   S c . ,   2 0 0 4 ,   p p .   2 2 0 0 - 2 2 2 3 .   [1 0 ]   Ka p il   A. ,   T h e   c h a ll e n g e   o f   a n ti b io ti c   re sista n c e N e e d   to   c o n tem p late ,   In d ia n   J   M e d   Res . ,   2 0 0 5 ,   Vo l.   121 ,   p p .   83 - 91.   [1 1 ]   Ka m b o j   V.   P. ,   He rb a M e d icin e ,   Cu r S c ,   2 0 0 0 ,   V o l.   78 ,   No .   1 ,   p p .   35 - 39.   [1 2 ]   P ra jap a ti   N.   D.,   e a l . ,   A   h a n d b o o k   o f   m e d icin a p lan ts,   c o mp l e te  so u rc e   b o o k ,   Ag r o b i o s ,   Jo d h p u r,   In d ia,   2 0 0 3 ,   p p . 4 5 - 4 6 .   [1 3 ]   M ish ra   Da sh   A.   P . ,   e a l . ,   A n ti - m a laria a c ti v it ies   o An d ro g r a p h is   p a n ic u la t a   a n d   He d y o t is   Co ry mb o sa   e x trac ts  a n d   t h e ir  c o m b in a ti o n   w it h   c u rc u m in ,”   M a la ria l   J ,   2 0 0 9 ,   V o l .   8 ,   p p .   2 6 .   [1 4 ]   A b ish e k   Nir a n jan ,   e a l. Bio l lo g ica a c ti v it ies   o f   K a l m e g h   (A n d ro g ra p h is  p a n icu lata   Ne e s)  a n d   it a c ti v e   p rin c i p les - A   re v i e w ,   In d ia n   j o u r n a o n a t u ra l   p ro d u c ts  a n d   re so u rc e s ,   2 0 1 0 ,   V o l.   1 ,   No .   2 ,   p p .   1 2 5 - 1 3 5 .   [1 5 ]   S a x e n a   S.,  e a l . ,   Hig h - P e rf o r m a n c e   T h in - L a y e r   Ch ro m a to g ra p h ic  A n a l y sis  o f   He p a to p ro tec ti v e   Diterp e n o id f ro m   An d ro g r a p h is   p a n icu la ta ,”   Ph y to c h e m   A n a l   Ph y t o c h e m   An a l . 2 0 0 0 ,   p p .   34 - 3 6 .   [1 6 ]   Ku m a r   R.   A . ,   e a l . ,   A n ti c a n c e a n d   im m u n o stim u lato r y   c o m p o u n d f ro m   An d ro g ra p h is   p a n icu la ta ,”   J   Et h n o p h 2 0 0 4   [1 7 ]   Ha lg re n   T.   A. ,   M e rc k   m o lec u lar  f o rc e   f ield .   I.   Ba sis,  f o r m ,   sc o p e ,   p a ra m e tri z a ti o n ,   a n d   p e rf o rm a n c e   o f   M M F F 9 4 ,”   J   Co mp   Ch e m 1 9 9 8 ,   V o l .   17 ,   N o .   5 - 6 ,   p p .   4 9 0 - 5 1 9 .   [1 8 ]   S riv a sta v a   V . ,   e a l . ,   M o lec u la d o c k in g   st u d ies   o n   q u i n a z o li n e   a n ti f o late   d e riv a ti v e a h u m a n   th y m id y lat e   s y n th a se   in h i b it o rs.   Bi o in f o rm a ti o n ,   2 0 1 0 ,   V o l .   4 ,   p p . 3 5 1 - 3 6 5 .   [1 9 ]   S h a k il   S .,   e a l . ,   In f e c ted   f o o u lce rs  in   m a le  a n d   fe m a le  d iab e ti c   p a ti e n ts:  a   c li n ico - b io i n f o rm a ti v e   stu d y ,”   An n   Cli n   M icr o b i o A n ti mic ro b 2 0 1 0 ,   Vo l.   9 ,   N o .   2.   [2 0 ]   Na th isu w a n   S . e a l . ,   ES BL s: E p id e m io lo g y ,   d e tec ti o n   a n d   trea tme n t ,”   Ph a rm a c o t h e ra p y 2 0 0 1 ,   V o l .   21 ,   p p .   9 2 0 92 8.   [2 1 ]   Ba li   E.   B. ,   e a l . P h e n o ty p ic  a n d   m o lec u lar  Ch a ra c teriz a ti o n   o f   S HV ,   T EM ,   CT X - M   a n d   Ex ten d e d   sp e c tru m   b e ta - lac ta m a s e - p ro d u c e d   b y   Esc h e ric h ia   c o li   , Acin o b a c ter   Ba u ma n n ii   a n d   Kleb sie ll a   p n e u m o n i a e   is o lat e in   a   T u rk ish   h o sp i tal ,”   Af ric a n   j o u rn a o mic r o b i o lo g y   re se a rc h ,   2 0 1 0 ,   Vo l.   4 ,   No .   8 ,   p p .   6 5 0 - 6 5 4 .   [2 2 ]   Ro u J. ,   e a l. ,   M e d icin a p lan ts  o f   No rth   Ca c h a Hill d istri c o f   A s sa m   u se d   b y   th e   Di m a s a   tri b e ,   In d i a n   j o u r n a l   o tra d it i o n a k n o wled g e 2 0 1 2 ,   V ol .   11 ,   No .   3 ,   p p .   5 2 0 - 5 2 7 .   [2 3 ]   Wu   T.   S.,  e a l . ,    F lav o n o i d a n d   e n t - lab d a n e   d it e r p e n o id f ro m   An d ro g ra p h is  Pa n icu l a ta   a n d   th e ir  a n ti p late let  a g g r e g a to r y   a n d   v a so re lax in g   e ffe c ts ,”    J .   Asi a n   N a Pr o d   Res .,   2 0 0 8 ,   V o l .   10 ,   p p .   17 - 2 4 .   Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
IJ AA S   I SS N:  2252 - 8814       I n s ilico   I d en tifi ca tio n   o f P o ten t I n h ib ito r   fr o A n d r o g r a p h is   P a n icu la ta   f o r   E S B Ls   ( A ysh a   O.   S )   157   [2 4 ]   Da is y   P . ,   e t   a l . ,   Ra y a n     A   No v e l   T e rp e n o id   f ro m   El e p h a n t o p u S c a b e r     A n t ib a c teria A c ti v it y   o n   S ta p h y l o c o c c u s   a u re u s   A   S u b s tan ti a te C o m p u tatio n a A p p r o a c h ,    I n t.   J .   Bi o me d   S c .,  2 0 0 8 ,   Vo l.   4 ,   N o .   3 ,   p p .   1 9 6 - 2 0 1 2 .   [2 5 ]   A rn o ld   K . e a l. ,   T h e   S W IS S - M OD EL   W o rk sp a c e A   w e b - b a s e d   e n v iro n m e n f o p ro tein   str u c tu re   h o m o lo g y   m o d e li n g ,   Bi o in fo rm a t ics ,   2 0 0 6 ,   Vo l.   22 ,   p p .   1 9 5 - 2 0 1 .     Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.