I n t e r n a t i o n a l   J o u r n a l   o f   A d v a n c e s   i n   A p p l i e d   S c i e n c e s   ( I J A A S )   V o l .   8 ,   N o .   1 ,   M a r c h   2 0 1 9 ,   p p .   1 ~ 7   I S S N :   2 2 5 2 - 8 8 1 4 ,   D O I :   1 0 . 1 1 5 9 1 / i j a a s . v 8 . i 1 . p p 1 - 7             1       J o u r n a l   h o m e p a g e :   h t t p : / / i a e s c o r e . c o m / o n l i n e / i n d e x . p h p / I J A A S   M o l e c u l a r   t e c h n i q u e s   a p p l i e d   t o   i n v e s t i g a t i o n s   o f   a b u n d a n c e   o f   t h e   a m m o n i a   o x i d i z i n g   b a c t e r i a   a n d   a m m o n i a   o x i d i z i n g   a r c h a e a   m i c r o o r g a n i s m s   i n   t h e   e n v i r o n m e n t       A m j e d   G i n a w i 1 ,   Y u n j u n   Y a n 2   1 , 2 K e y   L a b   o f   M o l e c u l a r   B i o p h y s i c s   o f   M i n i s t r y   o f   E d u c a t i o n ,   H u a z h o n g   U n i v e r s i t y   o f   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y ,   C h i n a   1 F a c u l t y   o f   M a r i n e   S c i e n c e   a n d   F i s h e r i e s ,   R e d   S e a   U n i v e r s i t y ,   S u d a n       A r t i c l e   I n f o     A B S T R A C T     A r t i c l e   h i s t o r y :   R e c e i v e d   D e c   2 0 ,   2 0 1 8   R e v i s e d   F e b   5 ,   2 0 1 9   A c c e p t e d   F e b   1 5 ,   2 0 1 9       T h i s   r e v i e w   s h o w s   r e g a r d s   o f   t h e   r e c e n t l y   e x p e r i e n c e d   c o n c e r n i n g   t h e   e n v i r o n m e n t s   o f   a m m o n i a   o x i d i z i n g   b a c t e r i a   ( A O B ) ,   a m m o n i a   o x i d i z i n g   a r c h a e a   ( A O A )   m i c r o o r g a n i s m s ,   a n d   d e n i t r i f y i n g   m i c r o b e s .   T h e   a d v a n c e m e n t s   o f   m o l e c u l a r   b i o l o g y   t e c h n i q u e s   h a v e   e n c o u r a g e d   s t a g g e r i n g l y   t o   t h e   f a s t   r e c e n t   d e v e l o p m e n t s   i n   t h e   s e c t o r .   V a r i o u s   m e t h o d s   f o r   i m p l e m e n t i n g   s o   a r e   d i s c u s s e d .   T h e   f u n c t i o n   o f   A O B ,   A O A ,   a n d   d e n i t r i f y i n g   m i c r o o r g a n i s m   c o m p o s i t i o n   w a s   i n v e s t i g a t e d   t h r o u g h   a   h i g h   t h r o u g h p u t   o f   t h e   1 6 S   r R N A   a m p l i c o n   s e q u e n c i n g   p r o t o c o l .   T h e r e   i s   p o t e n t i a l   t o   o b s e r v e   t h e   s p e c i f i c   s p e c i e s   a p p e a r a n c e   o f   t h e s e   m i c r o o r g a n i s m s   i n   e a c h   e n v i r o n m e n t   a n d   g e t   t o   t h e   e v a l u a t e d   r e l a t i v e   a b u n d a n c e   o f   s e v e r a l   k i n d s .   T h e r e   i s   i n f o r m a t i o n   i n d i c a t e d   w h i c h   t h e   s t r u c t u r e   o f   d e n i t r i f y i n g   a n d   n i t r i f y i n g   g r o u p   w a s   m o n i t o r e d   f i e l d   t o   s i g n i f i c a n t   f l u c t u a t i o n s   a n d   t h e   c o m p l e x e s ,   t o g e t h e r   i n   s p a c e   a n d   i n   t i m e .   M o r e   e f f o r t   i s   r e q u i r e d   t o   e n h a n c e   a n d   i s o l a t e   t h o s e   m i c r o o r g a n i s m s   t h a t   c o m m o n   o f   t h e   p r o g r e s s i o n s   a n d   t o   f u n c t i o n   t h e m   t h r o u g h   t h e   c o m p o u n d   o f   m o l e c u l a r   t e c h n i q u e s ,   b i o c h e m i c a l   a n d   p h y s i o l o g i c a l .   H o w e v e r ,   t h e   i n v e s t i g a t i o n   w i t h   d e o x y r i b o n u c l e i c   a c i d   ( D N A ) ,   a n t i b o d i e s ,   a n d   t h e   p o l y m e r a s e   c h a i n   r e a c t i o n   ( P C R )   w a s   p r e f e r r e d   m a i n l y   t o   r e p o r t   t h e   c o m p o s i t i o n   o f   c h e m o l i t h o a u t o t r o p h i c   b a c t e r i a ,   s u r v e y s   o f   t h e i r   c h a r a c t e r i s t i c s   i n   e n v i r o n m e n t a l   t h a t   n e e d e d   q u a n t i f i c a t i o n   a t   t h e   t r a n s c r i p t i o n a l   l e v e l   i s   p r e s e n t l y   n o t   a v a i l a b l e .   K e y w o r d s :   A m m o n i a   o x i d i z i n g   a r c h a e a   A m m o n i a   o x i d i z i n g   b a c t e r i a   C h e m o l i t h o a u t o t r o p h i c   b a c t e r i a   M o l e c u l a r   t e c h n i q u e s   C o p y r i g h t   ©   2 0 1 9   I n s t i t u t e   o f   A d v a n c e d   E n g i n e e r i n g   a n d   S c i e n c e .     A l l   r i g h t s   r e s e r v e d .   C o r r e s p o n d i n g   A u t h o r :   Y u n j u n   Y a n ,   C o l l e g e   o f   L i f e   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y ,   H u a z h o n g   U n i v e r s i t y   o f   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y ,   1 0 3 7   L u o y u   R d ,   H o n g s h a n   D i s t r i c t ,   W u h a n   C i t y ,   H u b e i   P r o v i n c e   4 3 0 0 7 4 ,   P .   R ,   C h i n a .   E m a i l :   y a n y u n j u n @ h u s t . e d u . c n       1 .   I N T R O D U C T I O N     A m m o n i a   o x i d a t i o n   i s   t h e   r a t e l i m i t i n g ,   a n d   f i r s t   s t e p s   o f   n i t r i f i c a t i o n   h a v e   b e e n   m e a s u r e d   e x t e n s i v e l y   b e c a u s e   o f   i t s   e n v i r o n m e n t a l   i m p o r t a n c e   i n   t h e   l a r g e - s c a l e   n i t r o g e n   c y c l e   a n d   e c o l o g i c a l   i m p l i c a t i o n s   [ 1 ] .   A m m o n i a   o x i d i z i n g   a n d   n i t r i t e   o x i d i z i n g   m i c r o b e s   a r e   a   t w o - s t e p   p r o c e s s   c a t a l y z e d .   I t   i s   j u s t   t h e   p r o c e s s   o f   o x i d a t i v e   b i o l o g i c a l   r e l a t e d   t o   r e d u c e d   a n d   o x i d i z e d   r i v e r s   o f   n i t r o g e n   i n     e n v i r o n m e n t a l   [ 2 ] .   T h i s   e s s e n t i a l   p r o c e s s   i n   t h e   n i t r o g e n   c y c l e   o f   g l o b a l   w a s   c o n s i d e r e d   r e s t r i c t e d   t o   a m m o n i a   o x i d i z i n g   b a c t e r i a   ( A O B )   [ 3 ] .   I n   d i v e r s e   e c o s y s t e m s ,   t h i s   p r o c e s s e s   c o u n t e r a c t   e n v i r o n m e n t a l l y ,   i t   w a s   a p p l i e d   t o   r e d u c e   n i t r o g e n   v a l u e s   i n   w a s t e w a t e r   t r e a t m e n t   p l a n t s .   V a r i o u s   r e s e a r c h e s   i n f l u e n c e s   t h e   e s s e n c e   o f   m e t h o d s :   a u t o t r o p h i c   n i t r i f i c a t i o n   i n   m i c r o o r g a n i s m s   [ 4 ] ;   e n v i r o n m e n t a l   o f   d e n i t r i f i c a t i o n   a n d   n i t r a t e / n i t r i t e   a m m o n i f i c a t i o n   [ 5 ] ;   f a c t o r s   c o n t r o l l i n g   d e n i t r i f i c a t i o n   [ 6 ] ;   a s p e c t s   o f   d e n i t r i f i c a t i o n   i n   s e d i m e n t   a n d   s o i l   [ 7 ] ;   i n v e s t i g a t i o n s   f o r   f u n c t i o n a l   g e n e s   a n d   p h y l o g e n e t i c   o f   d e n i t r i f i c a t i o n   a n d   n i t r i f i c a t i o n   [ 8 ] ;   m o l e c u l a r   b a s i s   a n d   c e l l   b i o l o g y   o f   d e n i t r i f i c a t i o n   [ 9 ] ;   e n z y m o l o g y   o f   a m m o n i a   o x i d a t i o n   [ 1 0 ] ;   e n z y m o l o g y   Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
                                I S S N :   2 2 5 2 - 8 8 1 4   I n t .   J .   o f   A d v .   i n   A p p l .   S c i .   V o l .   8 ,   N o .   1 ,   M a r c h   2 0 1 9 :     1     7   2 o f   t h e   n i t r o g e n   c y c l e   [ 1 1 ] ;   a q u a c u l t u r e   a n d   n i t r i f y i n g   b a c t e r i a   [ 1 2 ] ;   d i s s i m i l a t o r y   n i t r a t e   r e d u c t a s e s   i n   m i c r o b e   [ 1 3 ] ;   a n a e r o b i c   a m m o n i a   o x i d a t i o n   [ 1 4 ] ;   i n o r g a n i c   n i t r o g e n   m e t a b o l i s m   i n   b a c t e r i a   [ 1 5 ] ;   a n d   n i t r o g e n   c y c l i n g   i n   a q u a t i c   e c o s y s t e m s   [ 1 6 ] .   T h e   f u n c t i o n   o f   m i c r o b i a l   c o m m u n i t i e s   i n   f r e s h w a t e r   e n v i r o n m e n t s   w a s   s i g n i f i c a n t   i n   d e t e r m i n i n g   t h e   c o m p o s i t i o n   [ 1 7 ] ,   p r e s e n t e d   t h e   d i v e r s i t y   o f   m i c r o b i a l   c o m m u n i t i e s     a n d   d i s t r i b u t i o n   [ 1 8 ] .   T h e   f u n c t i o n s   a r e   a n   a c t i v a t e d   r e l a t e d   t o   m i c r o o r g a n i s m   g r o u p s ,   e . g . ,   n i t r o g e n   f i x a t i o n ;   m i c r o o r g a n i s m s   a r e   e s s e n t i a l   p r o c e s s e d   a n d   i n   s u b s t a n c e ,   t u r n o v e r   c y c l i n g   t h e   s t r e a m .   A s   g e n e   f u n c t i o n   t a r g e t ,   t h e   a m m o n i a   m o n o o x y g e n a s e   ( a m o A )   i s   m o r e   f u n c t i o n a l   t h a n   t h e   1 6 S   r R N A   s c h e m e ,   f o r   a n a l y s i s   A O A   a n d   A O B   p o p u l a t i o n   p a t t e r n   [ 1 9 ] .   T h e   h i g h   c o n c e n t r a t i o n s   o f   a m m o n i a   i n   t h e   s t r e a m s   a r e   t o x i c   t o   f i s h e s   a n d   o t h e r   a q u a t i c   l i v i n g   o r g a n i s m s .   T h e   r e d u c t i o n   o f   a m m o n i a   i n   t h e   e n v i r o n m e n t   i s   o n e   o f   t h e   p r i m a r y   f u n c t i o n s   o f   ( A O A   a n d   A O B )   a n d   a t t a i n e d   b y   n i t r i f i c a t i o n ,   A O A   s u p p o r t   n i t r i f i c a t i o n   i n   d i f f e r e n t   h a b i t a t s .   H o w e v e r ,   t h e   s e p a r a t e   s t u d y   o f   A O B   o r   A O A   f u n c t i o n s   i n   a m m o n i a   o x i d a t i o n   c a u s i n g   s i g n i f i c a n t   a t t e n t i o n   a n d   a t t r a c t e d   m a n y   r e s e a r c h e r s   [ 2 0 ] .   A m m o n i a   o x i d i z i n g   a r c h a e a   a n d   A O B   i n v o l v e s   t h e   k e y   e n z y m e   t h e   a m o A   t h a t   i s   c o n s t i t u t e d   o f   t h r e e   a m o A ,   a m o B ,   a n d   t h e   a m o C   g e n e s   e n c o d e   s u b u n i t s   [ 2 1 ] .   I n   s i t u   r a t i o   d e t e r m i n a t i o n s   i n   s t r e a m s   e n v i r o n m e n t s ,   e v e n   s o ,   t h e   i n d i c a t e d   t h a t   n i t r i f i c a t i o n   w a s   a p p e a r e d   a l m o s t   u n i v e r s a l l y ,   e v e n   i n   t h e   m a n y   o l i g o t r o p h i c   e n v i r o n m e n t s   w i t h   v e r y   l o w e s t   c o n c e n t r a t i o n s   o f   n i t r a t e s   u n d e r   t h e   g r o w t h   t h r e s h o l d   o f   A O B   [ 2 2 ,   2 3 ] .   T h e   e n v i r o n m e n t a l   e x p e r i e n c e s   w e r e   l a r g e   v a r i a t i o n s   i n   c h e m i c a l   c o n d i t i o n s   a n d   s e v e r a l   h y d r o l o g i c a l .   F u r t h e r m o r e ,   T h e   p h y s i o c h e m i c a l   c h a r a c t e r i s t i c   m a y   a f f e c t   t h e   p o p u l a t i o n   o f   m i c r o b e s   t o   p r o c e s s e s   s u c h   a s :   n i t r o g e n   c y c l i n g   [ 2 4 ] ,   N H 4 +   a v a i l a b i l i t y   [ 2 5 ] ,   d i s s o l v e d   o x y g e n   ( D O )   c o n c e n t r a t i o n s   [ 2 6 ] ,   t e m p e r a t u r e   [ 2 7 ] ,   t o t a l   n i t r o g e n   ( T N ) ,   t o t a l   p h o s p h o r u s   ( T P )   [ 2 8 ] ,   l i g h t   [ 2 9 ] ,   s a l i n i t y   [ 3 0 ] ,   o x i d a t i o n - r e d u c t i o n   p o t e n t i a l   ( O R P )   [ 3 1 ] ,   a n d   s u l f i d e   c o n c e n t r a t i o n s   [ 3 2 ] .   S o m e   s t u d i e s   w e r e   s h o w e d   t h a t   a b u n d a n c e   A O A     A O B   p h y l o t y p e s   a n d   d i s t i n c t   A O A     A O B   g r o u p s   h a d   b e e n   p r e s e n t e d   i n   v a r i o u s   a q u a t i c   e n v i r o n m e n t s   ( f r e s h w a t e r -   m a r i n e )   b o t h   i n   l o c a l   e s t u a r i n e   g r a d i e n t s   a n d   o n   a   w i d e   g e o g r a p h i c a l   s c a l e   [ 3 3 ,   3 4 ] .   M o r e o v e r ,   a   f e w   i s   k n o w n   a b o u t   w h e t h e r   A O A     A O B   m i c r o o r g a n i s m s   a r e   e s s e n t i a l   n i t r i f i e s   i n   e s t u a r i n e   a n d   m a r i n e   e n v i r o n m e n t s .   T h i s   r e v i e w   i s   e m p h a s i z e d   a n d   h i g h l i g h t e d   t h e   c u r r e n t   a c h i e v e m e n t s   i n   t h e   s c o p e   o f   c h e m o l i t h o a u t o t r o p h i c   b a c t e r i a   d e t e c t e d   t h r o u g h   a p p l i e d   a p p r o a c h e s   o f   m o l e c u l a r   b i o l o g y ,   w i t h   f o c u s   o n   t h e   n a t u r a l   h a b i t a t s .   T h e r e   w e r e   t e c h n i q u e s   o f   e n g i n e e r i n g   s u c h   a s   w a s t e w a t e r   t r e a t m e n t   p l a n t s ,   o x y g e n   d e m a n d ,   w a t e r   r e s o u r c e s   p o l l u t a n t s ,   a n d   t r a n s p o r t   o f   p o l l u t a n t s .       2 .   I N V E S T I G A T I O N S   O F   T H E   C O M M U N I T I E S   C O M P O S I T I O N   T h e   c a u s e d   b y   t h e i r   u n i q u e   r e q u e s t s   t h a t   a r e   u s u a l l y   u n i d e n t i f i e d   a n d   d e c r e a s e d   l e v e l s   o f   g r o w t h ,   i t   i s   o f t e n   n o t   s i m p l i f i e d   t o   i s o l a t e   a   p u r e   c u l t u r e   o f   A O B   a u t o t r o p h i c   m i c r o o r g a n i s m s .   T h e   i s o l a t e   c o m b i n e d   w i t h   t h e   t y p i c a l l y   s m a l l   a m o u n t   ( f e w   t h a n   0 . 1 % ) ,   c o m p l i c a t e d   o u r   u n d e r s t a n d a b l e   o n   t h e   r e l a t i v e   a b u n d a n c e   a n d   d i s t r i b u t i o n   o f   t h i s   m i c r o o r g a n i s m   i n   h a b i t a t s   e n v i r o n m e n t a l .   H o w e v e r ,   m o l e c u l a r   t e c h n i q u e s   w e r e   a p p e a r e d   t o   a c c e s s i b l e   F i g u r e   1 .           F i g u r e   1 .   M o l e c u l a r   t e c h n i q u e s   m o d e l   t o   f u n c t i o n a l   d i v e r s i t y   o f   m i c r o b e s   a n d   c h a r a c t e r i z e     t h e   s t r u c t u r a l   i n   t h e   e n v i r o n m e n t s   Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
I n t .   J .   o f   A d v .   i n   A p p l .   S c i .   I S S N :   2 2 5 2 - 8 8 1 4       M o l e c u l a r   t e c h n i q u e s   a p p l i e d   t o   i n v e s t i g a t i o n s   o f   a b u n d a n c e   o f   t h e   a m m o n i a   o x i d i z i n g     ( A m j e d   G i n a w i )   3 2 . 1 .     I m m u n o f l u o r e s c e n c e   t e c h n o l o g y   T h e   f u n c t i o n   o f   f l u o r e s c e n t   p o l y c l o n a l   a n t i b o d i e s   ( F P A )   t h a t   i d e n t i f y   a m m o n i a   m o n o o x y g e n a s e   ( A M O )   w e r e   f u n c t i o n a l   i m m u n o f l u o r e s c e n c e s   t o   i d e n t i f y   a m m o n i a   o x i d i z i n g   m i c r o b e s   [ 3 5 ] .   T h e   F P A   p r o d u c t i o n   d e p e n d s   o n   t h e   p u r e   c u l t u r e s   a c c e s s i b i l i t y .   T h e   d i v e r s i t y   o f   e s s e n t i a l   s e r o l o g i c a l   w a s   s h o w n   w i t h i n   t h e   i s o l a t e s   f r o m   t h e   v a r i o u s   s e d i m e n t   s a m p l e s   [ 3 6 ] .   F P A   w a s   c h a n g e d   f o r   s e l e c t i v e   c a l c u l a t i n g   o f   m a n y   N i t r o s o m o n a s   s p p   s u p p o r t e d   t h e   a f f i l i a t e d   a n d   s u s p e n d e d   m i c r o o r g a n i s m   f o r   s p e c i e s - s p e c i f i c   c o u n t i n g   [ 3 7 ] .   F o r   y e a r s   a g o ,   N i t r o s o m o n a s   s p p   w e r e   c o n s i d e r e d   t o   b e   n a t u r a l   c o m p o u n d s   o f   t h e   m i c r o b e s   [ 3 7 ] ,   a n d   a t   t h e   m i n i m u m   t h e   m o s t   o b v i o u s   [ 3 8 ] ,   t h e   A O B   i n   f r e s h w a t e r   h a b i t a t s ,   w h e r e a s   N i t r o s o s p i r a   s p p .   w e r e   f o u n d   t o   b e   d o m i n a t e d   i n   s e d i m e n t a r y   [ 3 9 ,   4 0 ] .   T h r o u g h   m i c r o s c o p y   o f   i m m u n o f l u o r e s c e n c e   w i t h   p a r t i a l   s e q u e n c e   1 6 S   r i b o s o m a l   R N A   s e q u e n c e s   a n a l y s i s   a n d   D N A   h y b r i d i z a t i o n   [ 4 1 ,   4 2 ] .   F u r t h e r m o r e ,   t h e   n o v e l   s t u d i e s   o f   o t h e r   p l a c e s   h a v e   c h a n g e d   t h i s   s h o w .     2 . 2 .     P h y l o g e n e t i c   t e c h n o l o g y   T h e   u n d e r s t a n d i n g   t h a t   m i c r o o r g a n i s m s   o f   n i t r i f y i n g   ( n i t r i t e   a n d   a m m o n i a   o x i d i z e r s )   a p p e a r e d   t o   t h e   s o l e   o f   p o s s e s s i n g   o p e r a t e d   f o r   1 6 S   r R N A   m o l e c u l a r   m e t h o d s   w e r e   s i g n i f i c a n t l y   f a c i l i t a t e d   a n a l y s e s   o f   c o m m u n i t i e s   [ 4 3 ,   4 4 ] .   T h e   u n d e r s t a n d i n g   o f   t h e s e   s e q u e n c e s   e n a b l e s   s e v e r a l   t e c h n i q u e s   f o r   a n a l y z i n g   t h e   g r o u p   s t r u c t u r e s   o f   n i t r i f y i n g   m i c r o o r g a n i s m s .   M a n y   o f   t h e   e x p e r i m e n t s   h a v e   b e e n   m a d e   f o r   t h e   c l a d e   o f   t h e   A O B   w i t h i n   t h e   g e n u s   β - P r o t e o b a c t e r i a .     2 . 2 . 1 .     P C R b a s e d   t e c h n o l o g y   U p   t o   1 9 9 7 ,   3 0   o l i g o n u c l e o t i d e s   o f   t h e   1 6 S   r R N A   g e n e   s e q u e n c e s   a r e   k n o w n   [ 4 5 ] ,   w i t h   u n d e r s t a n d i n g   s p e c i f i c i t y   f o r   A O B   o f   t h e   g e n u s   β P r o t e o b a c t e r i a   w e r e   p r o p o s e d   f o r   P C R   o r   h y b r i d i z a t i o n s   w i t h   w h o l e   c e l l s   o r   D N A   a n d   R N A   e x t r a c t i o n .   A l m o s t   a l l   t h e   u n d e r s t a n d i n g   a b o u t   t h e   A O B   d i v e r s i t y   g r o u p s   i n   n a t u r a l   h a b i t a t s   h a s   b e e n   c o l l e c t e d   t o   a p p l y   o l i g o n u c l e o t i d e s .   T h e   p r i m e r   o f   t h e   o l i g o n u c l e o t i d e   f o r   N i t r o s o c o c c u s   o c e a n i   w a s   d e s c r i b e d   [ 4 6 ,   4 7 ] ,   h o w e v e r ,   h a v e   n o t   b e e n   e x t e n s i v e l y   u s e d   [ 4 8 ] .   T h e   P C R   w i t h   p r i m e r   s e q u e n c e s   o f   k n o w n   c h a r a c t e r i s t i c s   w a s   a p p l i e d   t o   a m p l i f i c a t i o n   1 6 S   r R N A ,   A O B ,   a n d   A O A   g r o u p s   f r o m   n a t u r a l   h a b i t a t .   T h e   u s e   o f   d i r e c t   n e s t e d   P C R   f a c i l i t a t e s   t h e   d e t e c t i o n   o f   t h e   f a m i l y   E u b a c t e r i a c e a e   [ 4 9 ]   w a s   a c h i e v e d .   I n   a   f e w   s i t u a t i o n s ,   m o d i f i e d   P C R   s h o w e d   p o s i t i v e   s i g n i f i c a n c e   f r o m   s a m p l e s   w h e r e   d i r e c t   P C R   u n s u c c e s s f u l ,   t h a t   w a s   p r i m a r i l y   a s c r i b e d   t o   d e c r e a s e d   A O B   a b u n d a n c e   [ 5 0 ] .   W h e n   s u r v e y s   o f   v a r i o u s   e n v i r o n m e n t a l   s a m p l e s   ( S o i l   a n d   w a t e r ,   n u t r i e n t - e n r i c h e d   o r   p o o r )   i t   s h o w e d   a p p a r e n t l y   t h a t   N i t r o s o s p i r a - l i k e   A O B   i s   n e a r l y   o m n i p r e s e n t   [ 5 1 ] .   N i t r o s o s p i r a - l i k e   A O B   s h o w e d   t o   b e   t h e   d o m i n a n t   A O B   a n d   t h e   u n i v e r s a l l y   p r e s e n t   w o r l d w i d e .   H o w e v e r ,   N i t r o s o m o n a s - l i k e   A O B   m i g h t   b e   i d e n t i f i e d   f r o m   s e v e r a l   e n v i r o n m e n t a l   s a m p l e s .     N .   e u t r o p h a / e u r o p a e a   h a s   l o n g   b e e n   r e c o g n i z e d   t h a t   a t   l o w e s t   [ 5 2 ,   5 3 ] ,   o w i n g   t o   t h e i r   p o s s i b i l i t y   t o   c o n s t r u c t   m i c r o b i a l   e x t r a c e l l u l a r   p o l y m e r s   s u b s t a n c e s   [ 4 1 ] .   A s   a   s t r a t e g y   o f   s u r v i v a b i l i t y ,   t h e   e x o p o l y m e r s   m i g h t   b e   s u p p o r t e d   r e c o v e r y   a f t e r   e x t r e m e   d r y n e s s   s t r e s s   i n   s e d i m e n t s   [ 5 4 ] ,   s u r v i v a b i l i t y   i n   f a m i n e   s i t u a t i o n s   [ 5 5 ] .     T h e   p o s s i b i l i t y   o f   i d e n t i f i c a t i o n   o f   m e m b e r s   o f   t h e   N .   e u t r o p h a   /   e u r o p a e a   p a r e n t a g e   i n c r e a s e d   w i t h   r a i s i n g   n u t r i e n t   c o n c e n t r a t i o n s   [ 5 6 ,   5 7 ] .   O c c a s i o n a l l y ,   a l t h o u g h   s e q u e n c e s   o f   N i t r o s o m o n a s - l i k e   m i g h t   n o t   b e   d e t e r m i n e d   i n   e c o l o g i c a l   D N A   i n v e s t i g a t i o n s ,   e n r i c h m e n t   c u l t u r e s   o b t a i n e d   f r o m   s a m e   h a b i t a t s   d e t e c t e d   N i t r o s o m o n a s   s p p   [ 5 8 ,   5 9 ] .   T h e   c o n s i d e r e d   o f   o b v i o u s   t h a t   e v e n   w i t h i n   v a r i o u s   t y p e s   o f   s e d i m e n t   ( p r o f u n d a l   a n d   l i t t o r a l   s e d i m e n t s )   d i s t i n c t   c o m m u n i t i e s   c o r r e l a t e d   t o   e i t h e r   N .   e u t r o p h a   o r   N .   e u r o p a e a   o c c u r r e d   [ 6 0 ] .   I n t e r e s t i n g l y ,   d u r i n g   a   c o n t i n u o u s l y   h i g h   n u m b e r   o f   e c o l o g i c a l   i n v e s t i g a t i o n s   s e q u e n c e s   r e l a t e d   t o   t h e   s a m e   A O B   c l u s t e r s   w e r e   o b t a i n e d   f r o m   m a n y   v a r i o u s   s i t e s   ( s a m p l e s   o f   a q u a t i c   h a b i t a t s )   w i t h   t h e   d i v e r s i t y   s t r u c t u r e   o f   t h e i r   t o t a l   b a c t e r i a l   g r o u p s .   T h e   s t a t i s t i c s   w e r e   s h o w e d   t h e   r e p r e s e n t a t i o n   o f   h i g h e r   a b u n d a n c e   w i t h i n   t h e   m i c r o b i a l   c o m m u n i t i e s ,   w h i c h   j u s t   s o m e   s t r a i n s   a r e   i n   c u l t u r e   a s   d e s c r i b e d .   I n   t h e   i n v e s t i g a t i o n   a p p l y i n g   1 6 S   r D N A   a m p l i c o n s   t o   t h e   d e s c r i p t i o n s   A O B   g r o u p   i n   t h e   r o o t   z o n e   a n d   t h e   s e d i m e n t   o f   l a k e s   i n   t h e   N e t h e r l a n d s ,   n o t   c o n f i r m a t i o n s   w e r e   o b s e r v e d   w h i c h   a n y   s p e c i f i c   c l a s s i f i c a t i o n / p h y l o g e n e t i c   c l u s t e r s   w e r e   p a r t i c u l a r   f o r   t h e s e   p e r i o d i c a l l y   l o w   a m o u n t s   o f   o x y g e n     c o n d i t i o n s   [ 6 1 ] .   T h e   f e r t i l i z e d   o f   s o i l   h u g e   e l e v a t e d   i n   n i t r i f i c a t i o n   c o n c e n t r a t i o n ,   h o w e v e r   n o t   i n   p o p u l a t i o n   s i z e ,   w a s   a s s e s s e d   b y   u s i n g   P C R   o f   c o m p e t i t i v e   d e p e n d e d   o n   1 6 S   r R N A   a n d   a m o A   g e n e s .   T h i s   w a s   p r o p o s e d   p h e n o t y p i c   m o d i f i c a t i o n   w i t h i n   t h e   A O B   g r o u p   [ 6 2 ] .   I t   c o u l d   b e   e x c i t i n g   t o   f i n d   i f   s u c h   c h a n g e s   m i g h t   b e   m o n i t o r e d   w h e n   t h e   a i m   o f   t h e   p r i m a r y   p r o t e i n s   m R N A s   o f   a m m o n i a   o x i d a t i o n   ( A M O ,   H A O ) .     O v e r   t h e   p a s t   d e c a d e s   a f t e r   t h e   i m p l e m e n t a t i o n   o f   t e r m i n a l   r e s t r i c t i o n   f r a g m e n t   l e n g t h   p o l y m o r p h i s m   ( T - R F L P )   [ 6 3 ,   6 4 ] ,   t e m p e r a t u r e   g r a d i e n t   g e l   e l e c t r o p h o r e s i s   ( T G G E ) ,   a n d   d e n a t u r i n g   g r a d i e n t   g e l   e l e c t r o p h o r e s i s   ( D G G E )   [ 6 5 ]   i n   e n v i r o n m e n t a l   m i c r o b i o l o g y .   T h e s e   a p p r o a c h e s   a r e   r e c e n t   g e n e r a l l y   u s e d   i n   m o s t   m i c r o b i o l o g i c a l   l a b o r a t o r i e s   g l o b a l l y   a s   m o l e c u l a r   t o o l s   t o   c o r r e l a t e   b e t w e e n   t h e   d i v e r s i t y   o f   m i c r o o r g a n i s m   c o m m u n i t i e s   a n d   t o   o b s e r v e r   p o p u l a t i o n   d y n a m i c s .   R e c e n t   p r o g r e s s   i n   t h e s e   a p p r o a c h e s   h a s   d e m o n s t r a t e d   t h e i r   s i g n i f i c a n c e   i n   e n v i r o n m e n t a l   m i c r o b i o l o g y .     Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
                                I S S N :   2 2 5 2 - 8 8 1 4   I n t .   J .   o f   A d v .   i n   A p p l .   S c i .   V o l .   8 ,   N o .   1 ,   M a r c h   2 0 1 9 :     1     7   4 2 . 2 . 2 .     F l u o r e s c e n t   i n   s i t u   h y b r i d i z a t i o n   ( F I S H )   V a r i o u s   o l i g o n u c l e o t i d e s   i n v e s t i g a t i o n s   t o   d e t e r m i n e d   a m m o n i a   o x i d i z i n g   g r o u p   o f   t h e   s u b c l a s s   β - P r o t e o b a c t e r i a   h a v e   b e e n   r e p o r t e d   [ 6 6 ,   6 7 ] ,   b u t   t h e r e   i s   b a r e l y   a   l i t t l e   F I S H   a p p l i c a t i o n s   f o r   e v a l u a t i n g   o f   t h e   a b u n d a n c e   o f   n i t r i f y i n g   m i c r o o r g a n i s m   i n   e c o s y s t e m s .   A c c o r d i n g   t o   t h e   a p p e a r a n c e   s e a r c h   o f   t h e   b a s i c   l o c a l   a l i g n m e n t   s e a r c h   t o o l   ( B L A S T ) ,   t o g e t h e r   p r o b e s   a l i g n e d   s e q u e n c e s   o f   1 6 S   r R N A   i n   a m m o n i a   o x i d i z i n g   g r o u p   a n d   s o m e   u n c l a s s i f i e d   c l o n e s .   T h e y   m i g h t   b e   u s e d   t o g e t h e r   b e c a u s e   t h e i r   c h a r a c t e r i s t i c s   a r e   s l i g h t l y   v a r i o u s .   T h e   a p p l i c a t i o n   o f   d e t e r m i n e d   p r o b e s   t h a t   i d e n t i f y   d i v e r s e   c o m m u n i t i e s   o f   a m m o n i a   o x i d i z i n g   g r o u p   c o u l d   b e   p o s s i b l e   o n l y   i n   e n v i r o n m e n t s   w i t h   h i g h   a m m o n i a   o x i d i z i n g   g r o u p   a b u n d a n c e s ,     f o r   e x a m p l e ,   w a s t e w a t e r   t r e a t m e n t   p l a n t s .   U n t i l   a   l i t t l e   i n v e s t i g a t i o n   f o r   a m m o n i a   o x i d i z i n g   g r o u p   o f   t h e   P r o t e o b a c t e r i a   h a s   b e e n   r e p o r t e d ,   t h a t   c o u l d   b e   p a r t i c u l a r l y   f u n c t i o n a l   f o r   t h e   c o u n t i n g   A O A   a n d   A O B   g r o u p s   i n   a q u a t i c   s a m p l e s .     M i c r o a r r a y   t e c h n o l o g y   h a s   c o n s i d e r e d   a   h i g h - t h r o u g h p u t   p l a t f o r m   a n d   v a l u a b l e   t o o l   t o     e s t i m a t e   p o s s i b l e   c a n d i d a t e   p r o t e i n s   a n d   g e n e s   [ 6 8 ,   6 9 ] .   D N A   m i c r o a r r a y s   a r e   e x t e n s i v e l y   a p p l i e d   f o r   g e n e   e x p r e s s i o n   [ 7 0 ,   7 1 ] .       3 .   C O N C L U S I O N     M o l e c u l a r   b i o l o g y   a p p r o a c h e s   h a v e   a c h i e v e d   t h e   i n v e s t i g a t i o n   o f   u n i d e n t i f i e d   m i c r o o r g a n i s m s   a n d   t h e i r   f u n c t i o n   i n   v a r i o u s   n a t u r a l   h a b i t a t s   m o r e   o b t a i n a b l e .   M o r e o v e r ,   w e   a r e   d i s t a n c e d   t o   k n o w i n g   t h e   d i f f i c u l t y   o f   m i c r o b i a l   i n   e v e r y   e n v i r o n m e n t a l .   N e a r l y   m o r e   t h a n   o n e   h u n d r e d   o f   t h e   d i v e r s e   g e n o m e s   p e r   g r a m   o c c u r   i n   s o i l s ,   a n d   t h e   n u m b e r s   m i g h t   b e   h i g h e r   i n   h a b i t a t s   o f   a q u a t i c   l i k e w i s e .   T a r g e t   D N A   ( f u n c t i o n a l   g e n e s   o r   1 6 S   r R N A   s e q u e n c e s   e n c o d i n g )   m i g h t   b e   a m p l i f i e d   b y   c l o n e d ,   s e q u e n c e d   a n d   P C R .   T h e   t e c h n o l o g y   s u c h   a s   T - R F L P ,   T G G E ,   a n d   D G G E   m i g h t   b e   f a c i l i t a t e d   t o   s h o w n   s a m p l e   s e t s   f o r   t h e   e v a l u a t i o n   o f   r e g i o n a l   a n d   s e a s o n a l   v a r i a t i o n s .   W h e r e f o r e   m o s t   o b t a i n e d   o f   s e q u e n c e s   f o r   f u n c t i o n a l   g e n e s   w i l l   b e   n o v e l .   T h e   s t a t u s   d i d   n o t   b e c o m e   d r a m a t i c   i n   t h e   1 6 S   r R N A   s e q u e n c e s   s i t u a t i o n .   H o w e v e r ,   t h e   f u n c t i o n s   o f   e a c h   e n v i r o n m e n t   w i l l   i n c r e a s e   u n i q u e   s e q u e n c e   d a t a   o f   t h e   1 6 S   r R N A   d a t a b a n k s   a b u n d a n c e s .   R e c e n t l y   m o l e c u l a r   t e c h n o l o g y ,   l i k e   m i c r o a r r a y s   w i t h   v a r i o u s   c o p i e s   o f   a l l   d e n i t r i f i c a t i o n   a n d   n i t r i f i c a t i o n   g e n e s ,   w i l l   p o t e n t i a l l y   h e l p   t o   s h o w   o f   m i c r o o r g a n i s m s   f o r   t h e i r   s p e c i f i c   m e t a b o l i c   f a c i l i t a t e   i n   t h e   n i t r o g e n   c y c l e .   T h e   k n o w l e d g e   i s   n e e d e d   n o t   c o n c e r n i n g   t h e   b a c t e r i a l   s t r u c t u r e ,   h o w e v e r ,   t h e   c o n c e r n i n g   t h e i r   a c t i v i t i e s .   T h e   e x c i t e m e n t   a b o u t   t h e   m o l e c u l a r   b i o l o g y   a p p r o a c h e s   w h i c h   a l l o w   u s   t o   i n v e s t i g a t e   m i c r o o r g a n i s m s   d i r e c t l y   i n   t h e i r   e n v i r o n m e n t a l ,   w e   r e q u i r e   e x t r a   a t t e m p t s   t o   d e v e l o p   a n d   c h a r a c t e r i z e   m o l e c u l a r   m e t h o d s ,   t h o s e   o r g a n i s m s   t h a t   a r e     s t i l l   u n i d e n t i f i e d .       A C K N O W L E D G E M E N T S   T h i s   w o r k   i s   f i n a n c i a l l y   s u p p o r t e d   b y   t h e   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   C h i n a   ( g r a n t   N o .   3 1 0 7 0 0 8 9 ,   3 1 1 7 0 0 7 8 ,   a n d   J 1 1 0 3 5 1 4 ) ,   t h e   N a t i o n a l   H i g h   T e c h n o l o g y   R e s e a r c h   a n d   D e v e l o p m e n t   P r o g r a m   o f   C h i n a   ( g r a n t   N o s .   2 0 1 3 A A 0 6 5 8 0 5   a n d   2 0 1 4 A A 0 9 3 5 1 0 ) ,   t h e   N a t i o n a l   N a t u r a l   S c i e n c e   F o u n d a t i o n   o f   H u b e i   P r o v i n c e   ( g r a n t   N o .   2 0 1 5 C F A 0 8 5 ) ,   a n d   t h e   F u n d a m e n t a l   R e s e a r c h   F u n d s   f o r   H U S T   ( g r a n t   N o s .   2 0 1 4 N Y 0 0 7 ,   2 0 1 7 K F Y X J J 2 1 2 ,   2 0 1 7 K F X K J C 0 1 0 ,   2 0 1 7 K F T S Z Z 0 0 1 ) .   M a n y   t h a n k s   a r e   i n d e b t e d   t o   t h e   A n a l y t i c a l   a n d   T e s t i n g   C e n t e r   o f   H u a z h o n g   U n i v e r s i t y   o f   S c i e n c e   a n d   T e c h n o l o g y   f o r   t h e   m e a s u r e m e n t s   o f   w a t e r   q u a l i t y .       R E F E R E N C E S     [ 1 ]   K o w a l c h u k ,   G . A .   a n d   J . R .   S t e p h e n ,   " A m m o n i a - o x i d i z i n g   b a c t e r i a :   a   m o d e l   f o r   m o l e c u l a r   m i c r o b i a l   e c o l o g y , "   A n n u   R e v   M i c r o b i o l ,   v o l .   5 5 ,   p p .   4 8 5 - 5 2 9 ,   2 0 0 1 .   [ 2 ]   M a r t e n s - H a b b e n a ,   W . ,   e t   a l . ,   " A m m o n i a   o x i d a t i o n   k i n e t i c s   d e t e r m i n e   n i c h e   s e p a r a t i o n   o f   n i t r i f y i n g   A r c h a e a   a n d   B a c t e r i a , "   N a t u r e ,   v o l .   4 6 1 ( 7 2 6 6 ) ,   p p .   9 7 6 - 9 ,   2 0 0 9 .   [ 3 ]   P r o s s e r ,   J . I .   a n d   G . W .   N i c o l ,   " R e l a t i v e   c o n t r i b u t i o n s   o f   a r c h a e a   a n d   b a c t e r i a   t o   a e r o b i c   a m m o n i a   o x i d a t i o n   i n   t h e   e n v i r o n m e n t , "   E n v i r o n   M i c r o b i o l ,   v o l .   1 0 ( 1 1 ) ,   p p .   2 9 3 1 - 4 1 ,   2 0 0 8 .   [ 4 ]   B r a k e r ,   G .   a n d   R .   C o n r a d ,   " D i v e r s i t y ,   s t r u c t u r e ,   a n d   s i z e   o f   N ( 2 ) O - p r o d u c i n g   m i c r o b i a l   c o m m u n i t i e s   i n   s o i l s - - w h a t   m a t t e r s   f o r   t h e i r   f u n c t i o n i n g ? , "   A d v   A p p l   M i c r o b i o l ,   v o l .   7 5 ,   p p .   3 3 - 7 0 ,   2 0 1 1 .   [ 5 ]   D o n g ,   L . F . ,   e t   a l . ,   " C h a n g e s   i n   b e n t h i c   d e n i t r i f i c a t i o n ,   n i t r a t e   a m m o n i f i c a t i o n ,   a n d   a n a m m o x   p r o c e s s   r a t e s   a n d   n i t r a t e   a n d   n i t r i t e   r e d u c t a s e   g e n e   a b u n d a n c e s   a l o n g   a n   e s t u a r i n e   n u t r i e n t   g r a d i e n t   ( t h e   C o l n e   e s t u a r y ,   U n i t e d   K i n g d o m ) , "   A p p l   E n v i r o n   M i c r o b i o l ,   v o l .   7 5 ( 1 0 ) ,   p p .   3 1 7 1 - 9 ,   2 0 0 9 .   [ 6 ]   W u ,   S . ,   e t   a l . ,   " D e n i t r i f i c a t i o n   a n d   t h e   c o n t r o l l i n g   f a c t o r s   i n   Y u n n a n   P l a t e a u   L a k e s   ( C h i n a ) :   E x p l o r i n g   t h e   r o l e   o f   e n h a n c e d   i n t e r n a l   n i t r o g e n   c y c l i n g   b y   a l g a l   b l o o m s , "   J o u r n a l   o f   E n v i r o n m e n t a l   S c i e n c e s ,   2 0 1 8 .   [ 7 ]   P e t e r - C o n t e s s e ,   H . ,   " M e a s u r i n g   D e n i t r i f i c a t i o n   R a t e s   i n   S o i l , "   R e f e r e n c e   M o d u l e   i n   E a r t h   S y s t e m s   a n d   E n v i r o n m e n t a l   S c i e n c e s ,   p p .   8 6 6 - 8 7 1 ,   2 0 1 7 .   Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
I n t .   J .   o f   A d v .   i n   A p p l .   S c i .   I S S N :   2 2 5 2 - 8 8 1 4       M o l e c u l a r   t e c h n i q u e s   a p p l i e d   t o   i n v e s t i g a t i o n s   o f   a b u n d a n c e   o f   t h e   a m m o n i a   o x i d i z i n g     ( A m j e d   G i n a w i )   5 [ 8 ]   L e v y - B o o t h ,   D . J . ,   C . E .   P r e s c o t t ,   a n d   S . J .   G r a y s t o n ,   " M i c r o b i a l   f u n c t i o n a l   g e n e s   i n v o l v e d   i n   n i t r o g e n   f i x a t i o n ,   n i t r i f i c a t i o n   a n d   d e n i t r i f i c a t i o n   i n   f o r e s t   e c o s y s t e m s , "   S o i l   B i o l o g y   a n d   B i o c h e m i s t r y ,   v o l .   7 5 ,   p p .   1 1 - 2 5 ,   2 0 1 4 .   [ 9 ]   A l c a m a n - A r i a s ,   M . E . ,   e t   a l . ,   " D i u r n a l   C h a n g e s   i n   A c t i v e   C a r b o n   a n d   N i t r o g e n   P a t h w a y s   A l o n g   t h e   T e m p e r a t u r e   G r a d i e n t   i n   P o r c e l a n a   H o t   S p r i n g   M i c r o b i a l   M a t , "   F r o n t   M i c r o b i o l ,   v o l .   9 ,   p p .   2 3 5 3 ,   2 0 1 8 .   [ 1 0 ]   H o o p e r ,   A . B . ,   e t   a l . ,   " E n z y m o l o g y   o f   t h e   o x i d a t i o n   o f   a m m o n i a   t o   n i t r i t e   b y   b a c t e r i a , "   A n t o n i e   V a n   L e e u w e n h o e k ,   v o l .   7 1 ( 1 - 2 ) ,   p p .   5 9 - 6 7 ,   1 9 9 7 .   [ 1 1 ]   F e r g u s o n ,   S . J . ,   " N i t r o g e n   c y c l e   e n z y m o l o g y , "   C u r r   O p i n   C h e m   B i o l ,   v o l .   2 ( 2 ) ,   p p .   1 8 2 - 9 3 ,   1 9 9 8 .   [ 1 2 ]   K u h n ,   D . D . ,   e t   a l . ,   " E v a l u a t i o n   o f   n i t r i f y i n g   b a c t e r i a   p r o d u c t   t o   i m p r o v e   n i t r i f i c a t i o n   e f f i c a c y   i n   r e c i r c u l a t i n g   a q u a c u l t u r e   s y s t e m s , "   A q u a c u l t u r a l   E n g i n e e r i n g ,   v o l .   4 3 ( 2 ) ,   p p .   7 8 - 8 2 ,   2 0 1 0 .   [ 1 3 ]   P h i l i p p o t ,   L .   a n d   O .   H o j b e r g ,   " D i s s i m i l a t o r y   n i t r a t e   r e d u c t a s e s   i n   b a c t e r i a , "   B i o c h i m   B i o p h y s   A c t a ,   v o l .   1 4 4 6 ( 1 - 2 ) ,   p p .   1 - 2 3 .   1 9 9 9 .   [ 1 4 ]   G a o ,   D . ,   e t   a l . ,   " A n a e r o b i c   a m m o n i a   o x i d i z i n g   b a c t e r i a :   e c o l o g i c a l   d i s t r i b u t i o n ,   m e t a b o l i s m ,   a n d   m i c r o b i a l   i n t e r a c t i o n s , "   F r o n t i e r s   o f   E n v i r o n m e n t a l   S c i e n c e   &   E n g i n e e r i n g ,   v o l .   1 2 ( 3 ) ,   2 0 1 8 .   [ 1 5 ]   N o r m a n ,   J . S . ,   L .   L i n ,   a n d   J . E .   B a r r e t t ,   " P a i r e d   c a r b o n   a n d   n i t r o g e n   m e t a b o l i s m   b y   a m m o n i a - o x i d i z i n g   b a c t e r i a   a n d   a r c h a e a   i n   t e m p e r a t e   f o r e s t   s o i l s , "   E c o s p h e r e ,   v o l .   6 ( 1 0 ) ,   p p .   1 7 6 ,   2 0 1 5 .   [ 1 6 ]   D a m a s h e k ,   J .   a n d   C . A .   F r a n c i s ,   " M i c r o b i a l   N i t r o g e n   C y c l i n g   i n   E s t u a r i e s :   F r o m   G e n e s   t o   E c o s y s t e m   P r o c e s s e s , "   E s t u a r i e s   a n d   C o a s t s ,   v o l .   4 1 ( 3 ) ,   p p .   6 2 6 - 6 6 0 ,   2 0 1 7 .   [ 1 7 ]   L e m k e ,   M . J . ,   e t   a l . ,   " D e s c r i p t i o n   o f   f r e s h w a t e r   b a c t e r i a l   a s s e m b l a g e s   f r o m   t h e   u p p e r   p a r a n a   r i v e r   f l o o d p u l s e   s y s t e m ,   B r a z i l , "   M i c r o b   E c o l ,   v o l .   5 7 ( 1 ) ,   p p .   9 4 - 1 0 3 ,   2 0 0 9 .   [ 1 8 ]   H e r f o r t ,   L . ,   e t   a l . ,   " V a r i a t i o n s   i n   s p a t i a l   a n d   t e m p o r a l   d i s t r i b u t i o n   o f   A r c h a e a   i n   t h e   N o r t h   S e a   i n   r e l a t i o n   t o   e n v i r o n m e n t a l   v a r i a b l e s , "   F E M S   M i c r o b i o l   E c o l ,   v o l .   6 2 ( 3 ) ,   p p .   2 4 2 - 5 7 ,   2 0 0 7 .   [ 1 9 ]   R o t t h a u w e ,   J . H . ,   K . P .   W i t z e l ,   a n d   W .   L i e s a c k ,   " T h e   a m m o n i a   m o n o o x y g e n a s e   s t r u c t u r a l   g e n e   a m o A   a s   a   f u n c t i o n a l   m a r k e r :   M o l e c u l a r   f i n e - s c a l e   a n a l y s i s   o f   n a t u r a l   a m m o n i a - o x i d i z i n g   p o p u l a t i o n s , "   A p p l i e d   a n d   E n v i r o n m e n t a l   M i c r o b i o l o g y ,   v o l .   6 3 ( 1 2 ) ,   p p .   4 7 0 4 - 4 7 1 2 ,   1 9 9 7 .   [ 2 0 ]   C y d z i k - K w i a t k o w s k a ,   A .   a n d   M .   Z i e l i n s k a ,   " B a c t e r i a l   c o m m u n i t i e s   i n   f u l l - s c a l e   w a s t e w a t e r   t r e a t m e n t   s y s t e m s , "   W o r l d   J   M i c r o b i o l   B i o t e c h n o l ,   v o l .   3 2 ( 4 ) ,   p p .   6 6 ,   2 0 1 6 .   [ 2 1 ]   P u r k h o l d ,   U . ,   e t   a l . ,   " P h y l o g e n y   o f   A l l   R e c o g n i z e d   S p e c i e s   o f   A m m o n i a   O x i d i z e r s   B a s e d   o n   C o m p a r a t i v e   1 6 S   r R N A   a n d   a m o A   S e q u e n c e   A n a l y s i s :   I m p l i c a t i o n s   f o r   M o l e c u l a r   D i v e r s i t y   S u r v e y s , "   A p p l i e d   a n d   E n v i r o n m e n t a l   M i c r o b i o l o g y ,   v o l .   6 6 ( 1 2 ) ,   p p .   5 3 6 8 - 5 3 8 2 ,   2 0 0 0 .   [ 2 2 ]   G r u b e r ,   N .   a n d   J . N .   G a l l o w a y ,   " A n   E a r t h - s y s t e m   p e r s p e c t i v e   o f   t h e   g l o b a l   n i t r o g e n   c y c l e , "   N a t u r e ,   v o l .   4 5 1 ( 7 1 7 6 ) ,   p p .   2 9 3 - 6 ,   2 0 0 8 .   [ 2 3 ]   H o r i k o s h i ,   K . ,   " E x t r e m o p h i l e s   W h e r e   i t   a l l   B e g a n , "   1 s t   e d ,   T o k y o :   S p r i n g e r   J a p a n ,   2 0 1 6 .   [ 2 4 ]   Z e n g ,   J . ,   e t   a l . ,   " P r i m a r y   S u c c e s s i o n   o f   N i t r o g e n   C y c l i n g   M i c r o b i a l   C o m m u n i t i e s   A l o n g   t h e   D e g l a c i a t e d   F o r e l a n d s   o f   T i a n s h a n   M o u n t a i n ,   C h i n a , "   F r o n t   M i c r o b i o l ,   v o l .   7 ,   p p .   1 3 5 3 ,   2 0 1 6 .   [ 2 5 ]   T o n g ,   D .   a n d   R .   X u ,   " E f f e c t s   o f   u r e a   a n d   ( N H 4 ) 2 S O 4   o n   n i t r i f i c a t i o n   a n d   a c i d i f i c a t i o n   o f   U l t i s o l s   f r o m   S o u t h e r n   C h i n a ,   "   J o u r n a l   o f   E n v i r o n m e n t a l   S c i e n c e s ,   v o l .   2 4 ( 4 ) ,   p p .   6 8 2 - 6 8 9 ,   2 0 1 2 .   [ 2 6 ]   H e n r i k s e n ,   K .   a n d   W . M .   K e m p ,   " N i t r i f i c a t i o n   i n   e s t u a r i n e   a n d   c o a s t a l   m a r i n e   s e d i m e n t s :   m e t h o d s ,   p a t t e r n s   a n d   r e g u l a t i n g   f a c t o r s , "   N i t r o g e n   C y c l i n g   i n   C o a s t a l   M a r i n e   E n v i r o n m e n t s ,   e d .   T . H .   B l a c k b u r n   a n d   J .   S o r e n s e n ,   N e w   Y o r k :   J o h n   W i l e y   a n d   S o n s ,   1 9 8 6 .   [ 2 7 ]   Z e n g ,   J . ,   e t   a l . ,   " T e m p e r a t u r e   r e s p o n s e s   o f   a m m o n i a - o x i d i z i n g   p r o k a r y o t e s   i n   f r e s h w a t e r   s e d i m e n t   m i c r o c o s m s , "   P L o S   O n e ,   v o l .   9 ( 6 ) ,   p p .   e 1 0 0 6 5 3 ,   2 0 1 4 .   [ 2 8 ]   C a o ,   X . ,   e t   a l . ,   " B a c t e r i o p l a n k t o n   c o m m u n i t y   r e s p o n s e s   t o   k e y   e n v i r o n m e n t a l   v a r i a b l e s   i n   p l a t e a u   f r e s h w a t e r   l a k e   e c o s y s t e m s :   A   s t r u c t u r a l   e q u a t i o n   m o d e l i n g   a n d   c h a n g e   p o i n t   a n a l y s i s , "   S c i   T o t a l   E n v i r o n ,   v o l .   5 8 0 ,     p p .   4 5 7 - 4 6 7 .   2 0 1 7 .   [ 2 9 ]   W a r d ,   B . B . ,   " N i t r i f i c a t i o n   a n d   t h e   m a r i n e   n i t r o g e n   c y c l e , "   M i c r o b i a l   E c o l o g y ,   e d .   D .   K i r c h m a n ,   N e w   Y o r k :   W i l e y - L i s s .   2 0 0 0 .   [ 3 0 ]   R y s g a a r d ,   S . ,   e t   a l . ,   " E f f e c t s   o f   S a l i n i t y   o n   N H   4   +   A d s o r p t i o n   C a p a c i t y ,   N i t r i f i c a t i o n ,   a n d   D e n i t r i f i c a t i o n   i n   D a n i s h   E s t u a r i n e   S e d i m e n t s , "   E s t u a r i e s ,   v o l .   2 2 ( 1 ) ,   p p .   2 1 ,   1 9 9 9 .   [ 3 1 ]   L i ,   Z . ,   e t   a l . ,   " P h o s p h o r u s   r e l e a s e   f r o m   c o a s t a l   s e d i m e n t s :   I m p a c t s   o f   t h e   o x i d a t i o n - r e d u c t i o n   p o t e n t i a l   a n d   s u l f i d e , "   M a r   P o l l u t   B u l l ,   v o l .   1 1 3 ( 1 - 2 ) ,   p p .   1 7 6 - 1 8 1 ,   2 0 1 6 .   [ 3 2 ]   J o y e ,   S . B .   a n d   J . T .   H o l l i b a u g h ,   " I n f l u e n c e   o f   S u l f i d e   I n h i b i t i o n   o f   N i t r i f i c a t i o n   o n   N i t r o g e n   R e g e n e r a t i o n   i n   S e d i m e n t s , "   S c i e n c e ,   v o l .   2 7 0 ( 5 2 3 6 ) ,   p p .   6 2 3 - 6 2 5 ,   1 9 9 5 .   [ 3 3 ]   F r a n c i s ,   C . A . ,   e t   a l . ,   " U b i q u i t y   a n d   d i v e r s i t y   o f   a m m o n i a - o x i d i z i n g   a r c h a e a   i n   w a t e r   c o l u m n s   a n d   s e d i m e n t s   o f   t h e   o c e a n , "   P r o c   N a t l   A c a d   S c i   U   S   A ,   v o l .   1 0 2 ( 4 1 ) ,   p p .   1 4 6 8 3 - 8 ,   2 0 0 5 .   [ 3 4 ]   B e m a n ,   J . M .   a n d   C . A .   F r a n c i s ,   " D i v e r s i t y   o f   a m m o n i a - o x i d i z i n g   a r c h a e a   a n d   b a c t e r i a   i n   t h e   s e d i m e n t s   o f   a   h y p e r n u t r i f i e d   s u b t r o p i c a l   e s t u a r y :   B a h i a   d e l   T o b a r i ,   M e x i c o , "   A p p l   E n v i r o n   M i c r o b i o l ,   v o l .   7 2 ( 1 2 ) ,   p p .   7 7 6 7 - 7 7 ,   2 0 0 6 .   [ 3 5 ]   F i e n c k e ,   C .   a n d   E .   B o c k ,   " G e n e r a - s p e c i f i c   i m m u n o f l u o r e s c e n c e   l a b e l i n g   o f   a m m o n i a   o x i d i z e r s   w i t h   p o l y c l o n a l   a n t i b o d i e s   r e c o g n i z i n g   b o t h   s u b u n i t s   o f   t h e   a m m o n i a   m o n o o x y g e n a s e , "   M i c r o b   E c o l ,   v o l .   4 7 ( 4 ) ,   p p .   3 7 4 - 8 4 ,   2 0 0 4 .   [ 3 6 ]   B e l s e r ,   L . W .   a n d   E . L .   S c h m i d t ,   " S e r o l o g i c a l   d i v e r s i t y   w i t h i n   a   t e r r e s t r i a l   a m m o n i a - o x i d i z i n g   p o p u l a t i o n , "   A p p l .   E n v i r o n .   M i c r o b i o l ,   v o l .   3 6 ( 4 ) ,   p p .   5 8 9 - 5 9 3 ,   1 9 7 8 .   [ 3 7 ]   B o t h e ,   H . ,   e t   a l . ,   " M o l e c u l a r   a n a l y s i s   o f   a m m o n i a   o x i d a t i o n   a n d   d e n i t r i f i c a t i o n   i n   n a t u r a l   e n v i r o n m e n t s , "   F E M S   M i c r o b i o l   R e v ,   v o l .   2 4 ( 5 ) ,   p p .   6 7 3 - 9 0 ,   2 0 0 0 .   [ 3 8 ]   P o m m e r e n i n g - R ö s e r ,   A . ,   G .   R a t h ,   a n d   H . - P .   K o o p s ,   " P h y l o g e n e t i c   D i v e r s i t y   w i t h i n   t h e   G e n u s   N i t r o s o m o n a s , "   S y s t e m a t i c   a n d   A p p l i e d   M i c r o b i o l o g y ,   v o l .   1 9 ( 3 ) ,   p p .   3 4 4 - 3 5 1 ,   1 9 9 6 .   Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
                                I S S N :   2 2 5 2 - 8 8 1 4   I n t .   J .   o f   A d v .   i n   A p p l .   S c i .   V o l .   8 ,   N o .   1 ,   M a r c h   2 0 1 9 :     1     7   6 [ 3 9 ]   M o s i e r ,   A . C .   a n d   C . A .   F r a n c i s ,   " R e l a t i v e   a b u n d a n c e   a n d   d i v e r s i t y   o f   a m m o n i a - o x i d i z i n g   a r c h a e a   a n d   b a c t e r i a   i n   t h e   S a n   F r a n c i s c o   B a y   e s t u a r y , "   E n v i r o n   M i c r o b i o l ,   v o l .   1 0 ( 1 1 ) ,   p p .   3 0 0 2 - 1 6 ,   2 0 0 8 .   [ 4 0 ]   P e s t e r ,   M . ,   e t   a l . ,   " a m o A - b a s e d   c o n s e n s u s   p h y l o g e n y   o f   a m m o n i a - o x i d i z i n g   a r c h a e a   a n d   d e e p   s e q u e n c i n g   o f   a m o A   g e n e s   f r o m   s o i l s   o f   f o u r   d i f f e r e n t   g e o g r a p h i c   r e g i o n s , "   E n v i r o n   M i c r o b i o l ,   v o l .   1 4 ( 2 ) ,   p p .   5 2 5 - 3 9 ,   2 0 1 2 .   [ 4 1 ]   S t e h r ,   G . ,   e t   a l . ,   " E x o p o l y m e r s :   A n   e c o l o g i c a l   c h a r a c t e r i s t i c   o f   a   f l o c - a t t a c h e d ,   a m m o n i a - o x i d i z i n g   b a c t e r i u m , "   M i c r o b   E c o l ,   v o l .   3 0 ( 2 ) ,   p p .   1 1 5 - 2 6 ,   1 9 9 5 .   [ 4 2 ]   O r j a l o ,   A . V . ,   J r .   a n d   H . E .   J o h a n s s o n ,   " S t e l l a r i s ( R )   R N A   F l u o r e s c e n c e   I n   S i t u   H y b r i d i z a t i o n   f o r   t h e   S i m u l t a n e o u s   D e t e c t i o n   o f   I m m a t u r e   a n d   M a t u r e   L o n g   N o n c o d i n g   R N A s   i n   A d h e r e n t   C e l l s , "   M e t h o d s   M o l   B i o l ,   v o l .   1 4 0 2 ,     p p .   1 1 9 - 1 3 4 ,   2 0 1 6 .   [ 4 3 ]   J u n i e r ,   P . ,   e t   a l . ,   " C o m m u n i t y   a n a l y s i s   o f   b e t a p r o t e o b a c t e r i a l   a m m o n i a - o x i d i z i n g   b a c t e r i a   u s i n g   t h e   a m o C A B   o p e r o n , "   A p p l   M i c r o b i o l   B i o t e c h n o l ,   v o l .   8 3 ( 1 ) ,   p p .   1 7 5 - 8 8 ,   2 0 0 9 .   [ 4 4 ]   H a b t e s e l a s s i e ,   M . Y . ,   L .   X u ,   a n d   J . M .   N o r t o n ,   " A m m o n i a - o x i d i z e r   c o m m u n i t i e s   i n   a n   a g r i c u l t u r a l   s o i l   t r e a t e d   w i t h   c o n t r a s t i n g   n i t r o g e n   s o u r c e s , "   F r o n t   M i c r o b i o l ,   v o l .   4 ,   p p .   3 2 6 ,   2 0 1 3 .   [ 4 5 ]   U t a k e r ,   J . B .   a n d   I . F .   N e s ,   " A   q u a l i t a t i v e   e v a l u a t i o n   o f   t h e   p u b l i s h e d   o l i g o n u c l e o t i d e s   s p e c i f i c   f o r   t h e   1 6 S   r R N A   g e n e   s e q u e n c e s   o f   t h e   a m m o n i a - o x i d i z i n g   b a c t e r i a , "   S y s t   A p p l   M i c r o b i o l ,   v o l .   2 1 ( 1 ) ,   p p .   7 2 - 8 8 ,   1 9 9 8 .   [ 4 6 ]   W a r d ,   B . B .   a n d   G . D .   O ' M u l l a n ,   " W o r l d w i d e   d i s t r i b u t i o n   o f   N i t r o s o c o c c u s   o c e a n i ,   a   m a r i n e   a m m o n i a - o x i d i z i n g   g a m m a - p r o t e o b a c t e r i u m ,   d e t e c t e d   b y   P C R   a n d   s e q u e n c i n g   o f   1 6 S   r R N A   a n d   a m o A   g e n e s , "   A p p l   E n v i r o n   M i c r o b i o l ,   v o l .   6 8 ( 8 ) ,   p p .   4 1 5 3 - 7 ,   2 0 0 2 .   [ 4 7 ]   E l   S h e i k h ,   A . F . ,   A . T .   P o r e t - P e t e r s o n ,   a n d   M . G .   K l o t z ,   C h a r a c t e r i z a t i o n   o f   t w o   n e w   g e n e s ,   a m o R   a n d   a m o D ,   i n   t h e   a m o   o p e r o n   o f   t h e   m a r i n e   a m m o n i a   o x i d i z e r   N i t r o s o c o c c u s   o c e a n i   A T C C   1 9 7 0 7 , "   A p p l   E n v i r o n   M i c r o b i o l ,     v o l .   7 4 ( 1 ) ,   p p .   3 1 2 - 8 ,   2 0 0 8 .   [ 4 8 ]   W a r d ,   B . B . ,   e t   a l . ,   " A n a l y s i s   o f   a m m o n i a - o x i d i z i n g   b a c t e r i a   f r o m   h y p e r s a l i n e   M o n o   L a k e ,   C a l i f o r n i a ,   o n   t h e   b a s i s   o f   1 6 S   r R N A   s e q u e n c e s , "   A p p l   E n v i r o n   M i c r o b i o l ,   v o l .   6 6 ( 7 ) ,   p p .   2 8 7 3 - 8 1 ,   2 0 0 0 .   [ 4 9 ]   T a y l o r ,   P . W .   a n d   J . R .   W i n t o n ,   " O p t i m i z a t i o n   o f   N e s t e d   P o l y m e r a s e   C h a i n   R e a c t i o n   A s s a y s   f o r   I d e n t i f i c a t i o n   o f A e r o m o n a s   s a l m o n i c i d a , Y e r s i n i a   r u c k e r i ,   a n d F l a v o b a c t e r i u m   p s y c h r o p h i l u m , "   J o u r n a l   o f   A q u a t i c   A n i m a l   H e a l t h ,   v o l .   1 4 ( 3 ) ,   p p .   2 1 6 - 2 2 4 ,   2 0 0 2 .   [ 5 0 ]   M a h m o o d ,   S . ,   T . E .   F r e i t a g ,   a n d   J . I .   P r o s s e r ,   " C o m p a r i s o n   o f   P C R   p r i m e r - b a s e d   s t r a t e g i e s   f o r   c h a r a c t e r i z a t i o n   o f   a m m o n i a   o x i d i z e r   c o m m u n i t i e s   i n   e n v i r o n m e n t a l   s a m p l e s , "   F E M S   M i c r o b i o l   E c o l ,   v o l .   5 6 ( 3 ) ,   p p .   4 8 2 - 9 3 ,     2 0 0 6 .   [ 5 1 ]   Y a o ,   Q .   a n d   D . C .   P e n g ,   " N i t r i t e   o x i d i z i n g   b a c t e r i a   ( N O B )   d o m i n a t i n g   i n   n i t r i f y i n g   c o m m u n i t y   i n   f u l l - s c a l e   b i o l o g i c a l   n u t r i e n t   r e m o v a l   w a s t e w a t e r   t r e a t m e n t   p l a n t s , "   A M B   E x p r e s s ,   v o l .   7 ( 1 ) ,   p p .   2 5 ,   2 0 1 7 .   [ 5 2 ]   P h i l l i p s ,   C . J . ,   e t   a l . ,   " P h y l o g e n e t i c   d i f f e r e n c e s   b e t w e e n   p a r t i c l e - a s s o c i a t e d   a n d   p l a n k t o n i c   a m m o n i a - o x i d i z i n g   b a c t e r i a   o f   t h e   b e t a   s u b d i v i s i o n   o f   t h e   c l a s s   P r o t e o b a c t e r i a   i n   t h e   N o r t h w e s t e r n   M e d i t e r r a n e a n   S e a , "   A p p l .   E n v i r o n .   M i c r o b i o l . ,   v o l .   6 5 ( 2 ) ,   p p .   7 7 9 - 7 8 6 ,   1 9 9 9 .   [ 5 3 ]   P r o s s e r ,   J . I . ,   " A u t o t r o p h i c   n i t r i f i c a t i o n   i n   b a c t e r i a , "   A d v   M i c r o b   P h y s i o l ,   v o l .   3 0 ,   p p .   1 2 5 - 8 1 ,   1 9 8 9 .   [ 5 4 ]   A l l i s o n ,   S . M .   a n d   J . I .   P r o s s e r ,   " S u r v i v a l   o f   a m m o n i a   o x i d i s i n g   b a c t e r i a   i n   a i r - d r i e d   s o i l , "   F E M S   M i c r o b i o l o g y   L e t t e r s ,   v o l .   7 9 ( 1 ) ,   p p .   6 5 - 6 8 ,   1 9 9 1 .   [ 5 5 ]   X i a ,   X . ,   e t   a l . ,   " D i s s o l v e d   o r g a n i c   n i t r o g e n   t r a n s f o r m a t i o n   i n   r i v e r   w a t e r :   E f f e c t s   o f   s u s p e n d e d   s e d i m e n t   a n d   o r g a n i c   n i t r o g e n   c o n c e n t r a t i o n , "   J o u r n a l   o f   H y d r o l o g y ,   v o l .   4 8 4 ,   p p .   9 6 - 1 0 4 ,   2 0 1 3 .   [ 5 6 ]   M c C a i g ,   A . E . ,   e t   a l . ,   " N i t r o g e n   c y c l i n g   a n d   c o m m u n i t y   s t r u c t u r e   o f   p r o t e o b a c t e r i a l   b e t a - s u b g r o u p   a m m o n i a - o x i d i z i n g   b a c t e r i a   w i t h i n   p o l l u t e d   m a r i n e   f i s h   f a r m   s e d i m e n t s , "   A p p l   E n v i r o n   M i c r o b i o l ,   v o l .   6 5 ( 1 ) ,   p p .   2 1 3 - 2 0 ,   1 9 9 9 .   [ 5 7 ]   W a r d ,   B . B . ,   M . A .   V o y t e k ,   a n d   K .   W i t z e l ,   " P h y l o g e n e t i c   D i v e r s i t y   o f   N a t u r a l   P o p u l a t i o n s   o f   A m m o n i a   O x i d i z e r s   I n v e s t i g a t e d   b y   S p e c i f i c   P C R   A m p l i f i c a t i o n , "   M i c r o b   E c o l ,   v o l .   3 3 ( 2 ) ,   p p .   8 7 - 9 6 ,   1 9 9 7 .   [ 5 8 ]   H i o r n s ,   W . D . ,   e t   a l . ,   " A m p l i f i c a t i o n   o f   1 6 S   r i b o s o m a l   R N A   g e n e s   o f   a u t o t r o p h i c   a m m o n i a - o x i d i z i n g   b a c t e r i a   d e m o n s t r a t e s   t h e   u b i q u i t y   o f   n i t r o s o s p i r a s   i n   t h e   e n v i r o n m e n t , "   M i c r o b i o l o g y ,   v o l .   1 4 1 ( P t   1 1 ) .   p p .   2 7 9 3 - 8 0 0 ,   1 9 9 5 .   [ 5 9 ]   I b e k w e ,   A . M . ,   " A .   G o n z a l e z - R u b i o ,   a n d   D . L .   S u a r e z ,   I m p a c t   o f   t r e a t e d   w a s t e w a t e r   f o r   i r r i g a t i o n   o n   s o i l   m i c r o b i a l   c o m m u n i t i e s , "   S c i   T o t a l   E n v i r o n ,   n o .   6 2 2 - 6 2 3 ,   p p .   1 6 0 3 - 1 6 1 0 ,   2 0 1 8 .   [ 6 0 ]   W h i t b y ,   C . B . ,   e t   a l . ,   " P h y l o g e n e t i c   d i f f e r e n t i a t i o n   o f   t w o   c l o s e l y   r e l a t e d   N i t r o s o m o n a s   s p p .   T h a t   i n h a b i t   d i f f e r e n t   s e d i m e n t   e n v i r o n m e n t s   i n   a n   o l i g o t r o p h i c   f r e s h w a t e r   l a k e , "   A p p l   E n v i r o n   M i c r o b i o l ,   v o l .   6 5 ( 1 1 ) ,     p p .   4 8 5 5 - 6 2 .   1 9 9 9 .   [ 6 1 ]   K o w a l c h u k ,   G . A . ,   e t   a l . ,   " C o m m u n i t y   a n a l y s i s   o f   a m m o n i a - o x i d i s i n g   b a c t e r i a ,   i n   r e l a t i o n   t o   o x y g e n   a v a i l a b i l i t y   i n   s o i l s   a n d   r o o t - o x y g e n a t e d   s e d i m e n t s ,   u s i n g   P C R ,   D G G E   a n d   o l i g o n u c l e o t i d e   p r o b e   h y b r i d i s a t i o n , "   F E M S   M i c r o b i o l o g y   E c o l o g y ,   v o l .   2 7 ( 4 ) ,   p p .   3 3 9 - 3 5 0 ,   1 9 9 8 .   [ 6 2 ]   E b i e ,   Y . ,   e t   a l . ,   " C o m p a r a t i v e   a n a l y s i s   o f   g e n e t i c   d i v e r s i t y   a n d   e x p r e s s i o n   o f   a m o A   i n   w a s t e w a t e r   t r e a t m e n t   p r o c e s s e s , "   A p p l   M i c r o b i o l   B i o t e c h n o l ,   v o l .   6 4 ( 5 ) ,   p p .   7 4 0 - 4 ,   2 0 0 4 .   [ 6 3 ]   L i u ,   W . T . ,   e t   a l . ,   " C h a r a c t e r i z a t i o n   o f   m i c r o b i a l   d i v e r s i t y   b y   d e t e r m i n i n g   t e r m i n a l   r e s t r i c t i o n   f r a g m e n t   l e n g t h   p o l y m o r p h i s m s   o f   g e n e s   e n c o d i n g   1 6 S   r R N A , "   A p p l   E n v i r o n   M i c r o b i o l ,   v o l .   6 3 ( 1 1 ) ,   p p .   4 5 1 6 - 2 2 ,   1 9 9 7 .   [ 6 4 ]   L i e s a c k ,   W .   a n d   P . F .   D u n f i e l d ,   " T - R F L P   A n a l y s i s , "   i n   E n v i r o n m e n t a l   M i c r o b i o l o g y :   M e t h o d s   a n d   P r o t o c o l s ,   J . M .   W a l k e r ,   J . F . T .   S p e n c e r ,   a n d   A . L .   R a g o u t   d e   S p e n c e r ,   H u m a n a   P r e s s :   T o t o w a ,   N J ,   E d i t o r s .   2 0 0 4 ,   p p .   2 3 - 3 7 .   [ 6 5 ]   F e r r i s ,   M . J . ,   G .   M u y z e r ,   a n d   D . M .   W a r d ,   " D e n a t u r i n g   g r a d i e n t   g e l   e l e c t r o p h o r e s i s   p r o f i l e s   o f   1 6 S   r R N A - d e f i n e d   p o p u l a t i o n s   i n h a b i t i n g   a   h o t   s p r i n g   m i c r o b i a l   m a t   c o m m u n i t y , "   A p p l i e d   a n d   e n v i r o n m e n t a l   m i c r o b i o l o g y ,   v o l .   6 2 ( 2 ) ,   p p .   3 4 0 - 3 4 6 ,   1 9 9 6 .   [ 6 6 ]   M o l i n a ,   V . ,   e t   a l . ,   " A m m o n i a - o x i d i z i n g   b e t a - p r o t e o b a c t e r i a   f r o m   t h e   o x y g e n   m i n i m u m   z o n e   o f f   n o r t h e r n   C h i l e , "   A p p l   E n v i r o n   M i c r o b i o l ,   v o l .   7 3 ( 1 1 ) ,   p p .   3 5 4 7 - 5 5 ,   2 0 0 7 .   Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
I n t .   J .   o f   A d v .   i n   A p p l .   S c i .   I S S N :   2 2 5 2 - 8 8 1 4       M o l e c u l a r   t e c h n i q u e s   a p p l i e d   t o   i n v e s t i g a t i o n s   o f   a b u n d a n c e   o f   t h e   a m m o n i a   o x i d i z i n g     ( A m j e d   G i n a w i )   7 [ 6 7 ]   M a g a l h a e s ,   C . ,   e t   a l . ,   " C o m p o s i t i o n   a n d   a c t i v i t y   o f   b e t a - P r o t e o b a c t e r i a   a m m o n i a - o x i d i z i n g   c o m m u n i t i e s   a s s o c i a t e d   w i t h   i n t e r t i d a l   r o c k y   b i o f i l m s   a n d   s e d i m e n t s   o f   t h e   D o u r o   R i v e r   e s t u a r y ,   P o r t u g a l , "   J   A p p l   M i c r o b i o l ,   v o l .   1 0 3 ( 4 ) ,   p p .   1 2 3 9 - 5 0 ,   2 0 0 7 .   [ 6 8 ]   C s a k o ,   G . ,   " P r e s e n t   a n d   f u t u r e   o f   r a p i d   a n d / o r   h i g h - t h r o u g h p u t   m e t h o d s   f o r   n u c l e i c   a c i d   t e s t i n g , "   C l i n   C h i m   A c t a ,   v o l .   3 6 3 ( 1 - 2 ) ,   p p .   6 - 3 1 ,   2 0 0 6 .   [ 6 9 ]   R e n s i n k ,   W . A .   a n d   C . R .   B u e l l ,   " M i c r o a r r a y   e x p r e s s i o n   p r o f i l i n g   r e s o u r c e s   f o r   p l a n t   g e n o m i c s , "   T r e n d s   P l a n t   S c i ,   v o l .   1 0 ( 1 2 ) ,   p p .   6 0 3 - 9 ,   2 0 0 5 .   [ 7 0 ]   M a k r e t s o v ,   N . ,   e t   a l . ,   " A   f l u o r e s c e n c e   i n   s i t u   h y b r i d i z a t i o n   s t u d y   o f   E T V 6 - N T R K 3   f u s i o n   g e n e   i n   s e c r e t o r y   b r e a s t   c a r c i n o m a , "   G e n e s   C h r o m o s o m e s   C a n c e r ,   v o l .   4 0 ( 2 ) ,   p p .   1 5 2 - 7 ,   2 0 0 4 .   [ 7 1 ]   B r o w n ,   L . A . ,   e t   a l . ,   " A m p l i f i c a t i o n   o f   E M S Y ,   a   n o v e l   o n c o g e n e   o n   1 1 q 1 3 ,   i n   h i g h   g r a d e   o v a r i a n   s u r f a c e   e p i t h e l i a l   c a r c i n o m a s , "   G y n e c o l   O n c o l ,   v o l .   1 0 0 ( 2 ) ,   p p .   2 6 4 - 7 0 ,   2 0 0 6 .   Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.