I n d on e s i an   Jo u r n al   o El e c t r i c al   En gi n e e r i n g   an d   C o m p u te r   S c i e n c e   V o l .   22 ,   N o .   2 M a y   202 1 pp .   1108 ~ 111 5   IS S N :   25 0 2 - 4752 ,   D O I :   10. 1 1591 / i j e e c s . v 22 .i 2 . pp 110 8 - 1115             1108       Jou r n al   h o m e pa ge ht t p: / / i j e e c s . i a e s c or e . c om   D e e p E n z p r e d i c t i o n   o f   e n z y m e   c l a s si f i c a t i o n   b y   d e e p   l e a r n i n g       H am z C h e h i l i 1 ,   S a l ah   Ed d i n e   A l i o u an e 2 ,   A b d e l h af e d h   Be n d ah m an e 3   M o h am e d   A b d e l h afi d   H am i d e c h i 4     1 L I R E   L a bo r a t o r y - C o ns t a nt i n e   2 ,   U n i v e r s i t y   o f   C o ns t a nt i ne   1 ,   A l g e r i a   2, 3, 4 D e pa r t m e n t   o f   A ppl i e d   B i o l o gy ,   U ni v e r s i t y   of   C o ns t a n t i ne   1,   A l g e r i a       A r ti c l e   I n fo     A B S TR A C T   Ar t i c l e   h i s t or y :   R e c e i v e d   D e c   31 ,   2020   R e v i s e M a r   23 ,   20 2 1   A c c e pt e M a r   30 ,   202 1       P r e v i o us l y ,   t h e   c l a s s i f i c a t i o o f   e nz y m e s   w a s   c a r r i e o ut   by   t r a d i t i o na l   he ur i t i c   m e t ho ds ,   ho w e v e r ,   du e   t o   t h e   r a p i i nc r e a s e   i t he   n um be r   o f   e nz y m e s   be i ng   di s c o v e r e d,   ne w   m e t ho ds   a i m e t o   c l a s s i f y   t he m   a r e   r e qu i r e d .   T he i r   g o a l   i s   t o   i nc r e a s e   t he   s pe e o f   pr oc e s s i ng   a nd  t o   i m pr o v e   t he   a c c ur a c y   o f   pr e di c t i o ns .   T h e   P u r po s e   o f   t hi s   w o r i s   t o   de v e l o a a p pr o a c t ha t   pr e d i c t s   t he   e nz y m e s   c l a s s i f i c a t i o n.   T hi s   a pp r o a c i s   ba s e o t w o   a xe s   o f   a r t i f i c i a l   i nt e l l i g e nc e   ( A I ) :   na t ur a l   l a ng ua g e   pr o c e s s i ng   ( N L P )   a nd  de e p   l e a r n i ng   ( D L ) .   T he   r e s ul t s   o bt a i ne i t h e   t e s t s   s ho w   t he   e f f e c t i v e ne s s   o f   t hi s   a ppr o a c h.   T he   c o m bi na t i o o f   t he s e   t w o   t o o l s   g i v e   a   m o de l   w i t a   g r e a t   c a pa c i t y   t o   e xt r a c t   kno w l e dg e   f r o m   e nz y m e   da t a   t o   pr e d i c t   a n c l a s s i f y   t he m .   T he   pr o po s e m o de l   l e a r n s   t h r o ug i nt e n s i v e   t r a i ni ng   b y   e xpl o i t i n g   e nz y m e   s e qu e nc e s .   T hi s   w o r hi g hl i g ht s   t he   c o nt r i but i o o f   t hi s   a p pr o a c t o   i m pr ov e   t he   p r e c i s i o o f   e nz y m e   c l a s s i f i c a t i o n.   Ke y w or d s :   Cl a s s e s   D e e l e a rni n g   E n z y m e   N L P   P r e di c t i o n   P r o t e i n     T hi s   i s   an   ope n   ac c e s s   ar t i c l e   u nde r   t he   C C   B Y - SA   l i c e ns e .     Cor r e s pon di n g   Au t h or :   H a m z a   C h e h i l i   L IR E   L a bo r a t o r y - C o n s t a nt i n e   2   U n i v e r s i t y   of   Co n s t a n t i n e   1   Co n s t a nt i n e ,   25 000 ,   A l ge ri a   E m a i l :   h . c h e h i l i @ um c . e du . d z       1.   I N TR O D U C TI O N     T h e   de v e l o pm e n t   o f   t e c h n o l o g y   h a s   l e t o   t h e   e xp l o s i o n   o f   t h e   qu a n t i t y   of   b i o l o gi c a l   da t a .   L i ke   ge n o m i c s   da t a ,   e nz y m e   da t a   h a s   k n o w n   a   g r o w i n a c c um u l a t i o n   [1 ].   T h o s e   e n z y m e s   be l o n m a i n l y   t o   s i x   c l a s s e s :   o xi do r e duc t a s e ,   t r a n s f e r a s e ,   h y dr o l a s e ,   l y a s e ,   i s o m e r a s e   a nd  l i ga s e   [2].   B i o i n f o r m a t i c s   i s   a t   t h e   h e a r t   of   t hi s   d a t a :   i t   o ff e r s   t h e   di f f e r e n t   t o o l s   a n m e t h o ds   t o   p r o c e s s   a n d   i nt e rp r e t   t h i s   da t a   [3].   I o r de r   t o   m o de l   b i o l o gi c a l   p r o b l e m s ,   b i o i n f o r m a t i c s   us e s   m a t h e m a t i c s ,   s t a t i s t i c s   a n d   c o m put e s c i e n c e   [4] .   O n e   o t h e   p r o b l e m s   a ddr e s s e by   b i o i n f o r m a t i c s   i s   t h e   c l a s s i f i c a t i o n   o f   pr o t e i n s   t o   i de nt i fy   t h e   b i o l o gi c a l   f un c t i o n s   o f   t h e m   [5 ] [ 6 pa rt i c l ul a r y ,   t h e   e nz y m e s   t ha t   k n o w   a   h uge   n u m b e r   o f   di s c ov r y   [1].   T hi s   i s   a n   i m po rt a nt   po s t - ge n o m i c   a n b i o i n f o r m a t i c s   s t e [7]  t ha t   f o l l ow s   t h e   h i g t hr o ug h pu t   s e que n c i n [8].   I n   f a c t ,   t h e   p ri m a r y   s e que n c e   of   t h e   p r o t e i n   o b t a i n e a f t e r   t r a n s l a t i o n   w i l l   b e   a nn o t a t e i n   o r de t o   de t e rm i n e   i t s   f un c t i o n.   T h i s   a nn o t a t i o n   r e l i e s   m a i nl y   o n   t h e   f i n e   s t ruc t u r e   of   t h e   p r o t e i (2D   a n d   3D   s t ruc t u r e s a nd  o i t s   ph y s i o - e n z y m a t i c   f u n c t i o n .   B i o l o gi c a l   f un c t i o n s   a r e   v e r y   i m po r t a n t ,   b ut   t h e i r   l a b o r a t o ry   s t udi e s   a r e   v e r y   e xpe n s i v e   [9].   S i n c e   t h e   ge n e r a t i o o f   da t a   f r o m   n e w l y   s e que n c e pr o t e i n s   i s   i n c r e a s i ng  c o n s i de r a b l y   [10],   b i o i n f o r m a t i c s   r e s e a r c h e r s   ha v e   r e s o r t e t o   a u t o m a t i c   p r e di c t i o n   o f   t h e i r   f un c t i o n s ,   p r i m a ri l y   t hr o ug c o m put e r   m o de l i n g   m e t h o ds   [11].   T ra di t i o na l   a p p r o a c h e s   r e l y   o n   a l i g nm e n t   a l go ri t hm s   t ha t   ge n e ra l l y   a da p t   a t   l e a s t   l i n e a rl y   t o   t h e   s i z e   o f   t h e   que r y   a n t h e   da t a b a s e   [9].   T hi s   t e m po r a l   c o m pl e xi t y   i s   un a b l e   t o   ke e up  w i t h   t h e   c urr e n t   s i z e   a n e xpo n e n t i a l   g r o w t h   ra t e s   o f   c urr e n t   p r o t e i n   d a t a b a s e s ,   fo r   e xa m pl e ,   m e t h o ds   b a s e o n   K - m e r   [12]  a n d   P r o f i l e   H i dde n   M a r ko v   M o de l   (pH M M [9].   Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
In do n e s i a J   E l e c   E ng  &   Co m S c i     IS S N :   2502 - 4752       D e e p E nz p r e di c t i on   of   e nz y m e   c l as s i f i c a t i o b y   de e l e ar ni ng   ( H am z Che hi l i )   1109   H e n c e ,   a rt i f i c i a l   i n t e l l i ge n c e ,   a   f i e l e s t a b l i s h e i n   t h e   19 50s   [13]  b ut   e xpe r i e n c e a   n e w   e r a   i n   r e c e n t   y e a r s ,     gi v e s   r i s e   t o   m a n y   h o pe s   i n   v a ri o us   f i e l ds   [14] ,   t h a n ks   t o   n e w   a l go r i t hm s   a nd  t h e   m u l t i pl i c a t i o of   da t a   s e t s   a n d   t h e   t e n f o l i n c r e a s e   i c o m put i n g   po w e r   [15] .   A r t i f i c i a l   i nt e l l i ge n c e   m e t h o ds ,   s uc a s   m a c h i n e   l e a rni n g   [16]  o de e l e a rn i n g   [17] ,   h a v e   pr o v i de ne w   s o l ut i o n s   t o   v a r i o us   pr o b l e m s   i n   b i o l o g y   l i ke   pr e di c t i o n   o f   3D   pr o t e i n   s t r uc t u r e s   [18],   de t e c t i o n   o f   CO V I D - 19  c a s e s   f r o m   c h e s t   x - ra y   i m a ge s   [19 ] [ 20 o r   de s i gn  o f   n e w   pha r m a c e ut i c a l   m o l e c ul e s   [21].     O ur   c o n t ri b ut i o n   i s   t o   o ff e r   a   n e w   a ppr o a c h   o w h i c h   a r t i f i c i a l   i nt e l l i ge n c e   i s   t h e   pi l l a r .   It   i n v o l v e s   us i n na t u r a l   l a n g ua ge   p r o c e s s i n (N L P [22 ] [ 23]  w i t h   de e l e a rni n t o   de t e r m i n e   t h e   f un c t i o n   o e n z y m e s .   T h e   o r g a n i z a t i o o f   t h e   r e m a i n de r   o f   t h e   p a pe r   i s   a s   f o l l o w s :   T h e   r e s e a r c m e t h o do l o g y   i s   de s c r i b e i n   s e c t i o n   2.   S e c t i o n   pr e s e n t s   t h e   r e s ul t s   a n di s c us s e s   t he m .   T h e   l a s t   s e c t i o n   c o n c l ude s   t hi s   pa pe r   a n di s c us s e s   f ut ur e   w o r k.       2.   R ES EA R C H   M ET H O D O L O G Y   T h e   p r o po s e a ppr o a c h   s t e ps   a r e   o r g a n i z e i n   t hr e e   p ha s e s :   pr e t r e a t m e n t ,   m o de l   l e a rni n a nd  pr e di c t i o n   (F i gu r e   1) .   F o r   t h e   p r e t r e a t m e n t ,   t h e   d a t a   us e w a s   r e t ri e v e f r o m   t h e   K a gg l e   w e b s i t e ,   i n   t h e   f o r m   of   t w o   C o m m a - s e pa ra t e v a l ue s   (c s v f i l e s .   T h e   f i l e s   w e r e   m e r ge a c c o r di n t o   t h e   e n t r y   t o   h a v e   a l l   t h e   i n f o r m a t i o n   o f   a n   e n t r y   o n   t h e   s a m e   r e c o r d.   T h e n   t h e   da t a   w a s   c l e a n e by   de l e t i n t h e   r e c o r ds   t h a t   w e r e   n o t   pr o t e i n s   a n d   t h e by   de l e t i n g   t h e   e nt r i e s   w i t t h e   m i s s i ng  p r o t e i n   s e que n c e   o c l a s s i f i c a t i o n.   T o   c a rr y   o ut   t r a i n i n g ,   t h e   da t a   m us t   b e   t r a n s f o r m e d,   t ha t   i s ,   t h e   p r o t e i n   s e que n c e s   a n t h e i r   c l a s s e s   a r e   c o n v e r t e i n t o   di g i t a l   d a t a   t ha t   c a n   b e   pr o c e s s e by   t h e   c o n vo l ut i o na l   n e u ra l   n e t w o r k.   T h e n   t h i s   d a t a   i s   di v i de i nt o   t w s a m pl e s ,   t h e   f i r s t   i s   fo r   t r a i n i n a n r e pre s e n t s   90%  of   t h e   da t a ,   a n t h e   s e c o n fo r   t h e   e v a l ua t i o n   o f   t h e   m o de l   a nd  r e pr e s e nt s   t h e   r e m a i n i ng  10% .   T h e n,   t h e   m o de l   i s   c r e a t e d,   t r a i n e a nd  e v a l ua t e d ,   a n t h e   m o de l   pa r a m e t e r s   a r e   m o di f i e e a c h   t i m e   unt i l   a a de qua t e   r e s ul t   i s   o b t a i n e d .   O n c e   t h e   o pt i m a l   m o de l   pa r a m e t e r s   a r e   f o un d,   t h e   m o de l   i s   s a v e d.   A s   s oo n   a s   t h e   m o de l   i s   s a v e d,   i t   c a b e   l o a de t o   m a ke   pr e di c t i o n s   o f   e nz y m e   c l a s s e s T h e   r e s t   o f   t h i s   s e c t i o de s c ri b e s   t h e   s t e ps   o f   e a c h   p ha s e .             F i gu r e   1 .   P r o c e s s   of   t h e   g l o b a l   a pp r o a c h   Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
                                IS S N :   2502 - 4752   In do n e s i a J   E l e c   E ng  &   Co m S c i ,   V o l .   22 ,   N o .   2 M a y   202 1   :     1108   -   1 115   1110   2. 1     D at p r e t r e a tm e n t   a.   D a t a   c o l l e c t i o n   T h e   da t a   us e w a s   r e t ri e v e f r o m   t h e   K a gg l e   s i t e ,   w h i c h   i s   s pe c i a l i z e i n   da t a   s c i e n c e   a n de e l e a rn i ng .   T h e   s o ur c e   o f   t hi s   da t a   i s   t h e   p r o t e i n   da t a   b a n k   ( P D B )   [24] .   T h i s   da t a   a ppe a r s   i t w o   CS V   f i l e s   a n c o n t a i n s   m a n y   a t t ri b ut e s .   T h o s e   us e a r e :   ID ,   p r o t e i s e que nc e   a n d   c l a s s i f i c a t i o n.   pdb _da t a _ n o _dups . c s v   c o n t a i n s   p r o t e i n   m e t a da t a   w h i c h   i nc l ude s   de t a i l s   o n   p r o t e i n   c l a s s i f i c a t i o n,   a n e x t r a c t i o n   m e t h o ds .   pdb _da t a _s e q . c s v   c o n t a i n s   3 46, 325   p r o t e i n   s t ruc t u r e   s e que n c e s ,   a s   w e l l   a s   o t h e m o l e c ul e s .   b.   D a t a   p r e p r o c e s s i n g   B e fo r e   l e a rn i ng  t a ke s   pl a c e ,   t h e   d a t a   s h o ul b e   p r o pe r l y   pr e p r o c e s s e d.   It   i s   f i r s t   l o a de d,   e xpl o r e a nd  v i s ua l i z e w i t h   P a n da s .   S i n c e   t h e   i n p ut s   n e e de fo r   l e a rni n g   s h o ul b e   pr o t e i n   s e que n c e s ,   f i l t e r i ng  s h o ul b e   do n e   t o   r e m o v e   a n y   o t h e r   m o l e c ul e s .   W e   s e l e c t   o n l y   t h e   n e c e s s a r y   a t t r i b ut e s   f o r   l e a rni n i e a c o f   t h e   t w f i l e s   a n d   r e m o v e   a l l   o t h e a t t r i b ut e s .   T h e n   w e   j o i n   t h e   t w o   da t a s e t s   i n   a   s i ngl e   D a t a F ra m e   a c c o r di n t o   t h e i r   ‘s t ruc t u r e Id’,   w h i c r e p r e s e n t s   t h e   e n t r y   fo r   e a c h   r e c o r d .   It   i s   n e c e s s a r y   t o   pr o c e e t o   t h e   de l e t i o n   o f   t h e   r e c o r ds   w i t h   m i s s i n g   v a l ue s .   W e   e n up  w i t 346, 32 r e c o r ds   c o n t a i ni n g   p r o t e i n   s e que n c e s   a n d   t h e i c l a s s i f i c a t i o n s ,   t h e w e   e xc l ude :   -   R e c o r ds   o f   pr o t e i n s   n o t   b e l o n gi n g   t o   t h e   s i e nz y m a t i c   c l a s s e s ,   w e   e n up  w i t h   140 , 083   r e c o r ds .   -   E n z y m e ’s   r e c o r ds   c o n t a i n i ng  t o o   m a n y   un k n o w n   A A   (X c o n s i de r i ng  t h e m   a s   a   b a c kg r o und  n o i s e ,   w e   e n up  w i t 139 , 637   r e c o r ds .   -   E n z y m e ’s   re c o r ds   ha v i ng  a   s i z e   b e l ow   30  A A ,   w e   e n u w i t 137 , 314   r e c o r ds .   -   E n z y m e ’s   re c o r ds   ha v i ng  a   s i z e   ab ov e   10 00   A A ,   w e   e n d   up   w i t 136 , 132   r e c o r ds .   V i s ua l i z a t i o n   o f   t w o   gr a p h s :   t h e   f i r s t   g r a p r e p r e s e n t s   t h e   n u m b e r   o f   s e que n c e s   pe r   c l a s s ,   t h e   s e c o n r e p r e s e n t s   t h e   num b e r   o s e que n c e s   i n   r e l a t i o n   t o   t h e i r   s i z e s   (F i gur e   a n F i gu r e   3).   T h e   n e xt   t a s o t h i s   s t e p   c o n s i s t s   o t h e   da t a   t r a n s f o r m a t i o n.   It   b e gi n s   w i t h   t h e   s t o r a ge   of   t h e   e n z y m e ’s   c l a s s e s   of   t h e   D a t a F r a m e   i n   a   n u m py   m a t r i x   s o   t h a t   t h e y   c a n   b e   di gi t i z e a n p r e pa re fo r   t h e   de e l e a rni n (D L )   p r o c e s s ,   us i n t h e   L a b e l B i n a ri z e r   f un c t i o n   o f   t h e   s kl e a rn   l i b r a r y .   T h e n,   t h e   e n z y m e ’s   s e que n c e s   of   t h e   D a t a F ra m e   a r e   s t o r e i a   n u m py   m a t r i i n   o rde r   t o   a l l o w   di gi t i z i n t h e m   a nd  p r e pa ri n t h e m   f o r   t h e   D L   p r o c e s s ,   us i n t h e   T o ke n i z e r   f un c t i o o f   t h e   T e n s o r f l ow   l i b ra r y   [25]   A t   t h e   e n o f   t h i s   s t e p,   T h e   da t a s e t   ( 136 , 13 2   e nz y m e s s h oul b e   s pl i t t e i nt o   t w o   pa r t s ,   t h e   f i r s t   r e p r e s e n t s   90 o f   t h e   da t a   a n w i l l   b e   us e t o   t r a i n   t h e   m o de l .   T h e   s e c o n r e p r e s e n t s   t h e   r e m a i ni n 10 a nd  w i l l   b e   us e t o   t e s t   t h e   m o de l   a nd  e v a l ua t e   i t s   a c c ur a c y .   T h e   t r a i n _t e s t _s p l i t   f un c t i o n   o f   t h e   s kl e a rn  l i b ra r y   i s   us e t o   di v i de   t h e   d a t a s e t ,   a n t h e   i nput s   o f   t h e   t w o   pa rt s   a r e   t a ke i a   r a ndo m   w a y .   T h e   n u m b e r   o f   e n z y m e   s e que n c e s   t h a t   w i l l   b e   us e a s   da t a   f o r   t ra i ni n i s   122 , 518 ,   a n t h e   r e m a i n i ng  13 , 614   w i l l   b e   us e fo r   m o de l   e v a l ua t i o n.           F i gu r e   2 G ra p h i c a l   r e pr e s e nt a t i o n   o f   t h e   n u m b e r   o f   s e que n c e s   pe r   e n z y m a t i c   c l a s s     Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
In do n e s i a J   E l e c   E ng  &   Co m S c i     IS S N :   2502 - 4752       D e e p E nz p r e di c t i on   of   e nz y m e   c l as s i f i c a t i o b y   de e l e ar ni ng   ( H am z Che hi l i )   1111       F i gu r e   3 G ra p h i c   r e pr e s e nt a t i o n   o f   t h e   n u m b e r   o f   s e que n c e s   i n   r e l a t i o t o   t h e i s i z e s       2. 2     L e a r n i n g   a.   Ch o o s i n g   a   m o de l   T h e   de f i n e m o de l   i s   a   s e que n t i a l   (t f . ke r a s . S e que n t i a l ) ,   w hi c h   i s   a   T e n s o r F l o w   K e r a s   m o de l .   It   c o n s i s t s   of  a   c o n v 1D   l a y e r ,   de di c a t e t o   v e c t o r   pr o c e s s i n a nd  f e a t ur e   e xt ra c t i o n ,   f o l l ow e by   a   M a xP o l l i n g1D   l a y e r   w h i c h   go a l   i s   t o   r e duc e   t h e   s i z e   o l e a rne f e a t ur e s ,   c o n s o l i da t i n t h e m   o n l y   t o   t h e   m o s t   e s s e n t i a l   e l e m e n t s .   A f t e r   t h e   c o n v 1D   a n M a xP o o l i ng1D   l a y e r s ,   t h e   l e a rn e f e a t ur e s   a r e   f l a t t e n e i n t o   a   l o n g   v e c t o r   a n pa s s   t hr o ug a   f ul l y - c o n n e c t e l a y e r   b e fo r e   t h e   o ut put   l a y e r   i s   us e t o   m a ke   t h e   p r e d i c t i o n .   T h e   f ul l y - c o n n e c t e l a y e r   i de a l l y   pr o v i de s   a   b uffe r   b e t w e e n   t h e   l e a rn e c ha r a c t e r i s t i c s   a nd  t h e   o ut put   i o r de r   t i n t e r p r e t   t h e   l e a rn e c h a ra c t e ri s t i c s   be fo r e   m a ki ng  a   p r e di c t i o n .   F o r   r e gu l a ri z a t i o n ,   m a n y   dr o po ut   l a y e r s   h a v e   b e e n   us e d.   T h e   A da m   v e r s i o n   o f   t h e   s t o c h a s t i c   g r a d i e nt   de s c e n t   w i l l   be   us e t o   o pt i m i z e   t h e   n e t w o r k,   a n t h e   Ca t e go ri c a l _c r o s s e n t r o p y   l o s s   f un c t i o n   w i l l   b e   us e t oo   s i n c e   t h e   p r o b l e m   de a l t   w i t h   i s   a   m u l t i - c l a s s   c l a s s i f i c a t i o n.   D u r i n i t s   c o m pi l a t i o n,   t h e   m o de l   w i l l   c h e c k   i f   t h e   o pt i o n s   c h o s e n   a r e   c o m pa t i b l e   w i t h   e a c o t h e r T a b l e   s h o w s   t h e   m o de l   s um m a r y   c o n t a i nt i ng  a l l   t h e   us e l a y e r s   a n d   t h e   h y pe r - pa ra m e t e r s .       T a b l e   1 .   T h e   h y pe r - pa r a m e t e r s   us e t o   t r a i t h e   m o de l   L a y e (t y p e )   O u t p u t   S h a p e   P a ra m   #   e m b e d d i n g   (E m b e d d i n g )   (N o n e ,   1 0 0 0 ,   6 4 )   1664   c o n v 1 D   (N o n e ,   1 0 0 0 ,   2 5 6 )   2 6 2 4 0 0   d ro p o u t   (D r o p o u t )   (N o n e ,   1 0 0 0 ,   2 5 6 )   0   m a x _ p o o l i n g 1 d   (M a x P o o l i n g 1 D )   (N o n e ,   1 2 5 ,   2 5 6 )   0   d ro p o u t _ 1   (D ro p o u t )   (N o n e ,   1 2 5 ,   2 5 6 )   0   f l a t t e n   (F l a t t e n )   (N o n e ,   3 2 0 0 0 )   0   d ro p o u t _ 2   (D ro p o u t )   (N o n e ,   3 2 0 0 0 )   0   d e n s e   (D e n s e )   (N o n e ,   2 5 6 )   8 1 9 2 2 5 6   d ro p o u t _ 3   (D ro p o u t )   (N o n e ,   2 5 6 )   0   d e n s e _ 1   (D e n s e )   (N o n e ,   1 2 8 )   3 2 8 9 6   d ro p o u t _ 4   (D ro p o u t   (N o n e ,   1 2 8 )   0   d e n s e _ 2   (D e n s e )   (N o n e ,   6 4 )   8256   d ro p o u t _ 5   (D ro p o u t )   (N o n e ,   6 4 )   0   d e n s e _ 3   (D e n s e )   (N o n e ,   3 2 )   2080   d ro p o u t _ 6   (D ro p o u t )   (N o n e ,   3 2 )   0   d e n s e _ 4   (D e n s e )   (N o n e ,   6 )   198   T o t a l   p a ra m s :   8 , 4 9 9 , 7 5 0   T ra i n a b l e   p a ra m s :   8 , 4 9 9 , 7 5 0   N o n - t ra i n a b l e   p a ra m s :   0   N o n e       b.   M o de l   l e a rni n g   a nd  e v a l u a t i o n   T h e   m o de l   c a n   n o w   be   i n s t a nt i a t e a n t ra i n e us i ng  t h e   f i t   f un c t i o n   t o   i ni t i a t e   t ra i ni n g .   O n c e   t h e   t r a i ni n g   i s   f i n i s h e d,   w e   pr o c e e t o   t h e   e v a l u a t i o n   o f   t h e   m o de l ,   i . e .   e v a l u a t i ng  i t s   a c c ura c y .   c.   H y pe r - pa r a m e t e r s   t u ni n g   A f t e r   e v a l ua t i n g   t h e   m o de l ,   i t   i s   t i m e   t o   t e s t   t h e   i ni t i a l   p a r a m e t e r s   o f   i t ,   i . e .   m o di fy   t h e s e   m a n y   t i m e s ,   a n r e s t a r t   t h e   t ra i ni n g   a n d   e v a l ua t i o n   p ha s e s   i o r de t o   i m p r o v e   t h e   a c c ura c y   of   t h e   p r e di c t i o n .   Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
                                IS S N :   2502 - 4752   In do n e s i a J   E l e c   E ng  &   Co m S c i ,   V o l .   22 ,   N o .   2 M a y   202 1   :     1108   -   1 115   1112   d.   S a v i n g   t h e   m o de l   O n c e   w e   ge t   t h e   b e s t   r e s ul t s   b y   f i n d i n t h e   b e s t   H y pe r - pa r a m e t e r s ,   t h e   m o de l   i s   s a v e t hr o ugh  t h e   f un c t i o m o de l . s a v e ,   w h i c h   i s   o n e   o f   t h e   f un c t i o n s   t h a t   T e n s o r F l o w   pr o v i de s .     2. 3     P r e d i c ti o n   O n c e   t h e   m o de l   i s   s a v e d,   t h e   p r e di c t i o n   r e p r e s e nt s   t h e   s t a ge   p h a s e   w h e r e   t h e   m o de l   b e c o m e s   f un c t i o na l .   F i r s t ,   w e   s t a r t   by   l o a n d i n g   t h e   m o de l .   T h e n ,   w e   us e   i t   t o   p r e di c t   a u n k n o w n   c l a s s .   a.   L o a di n g   t h e   m o de l   It   i s   n o w   po s s i b l e   t o   di r e c t l y   l o a t h e   m o de l .   T h e   T e n s o r f l o w   l o a d_m o de l   f un c t i o n   a l l o w s   f a s t   l o a di n g   o f   t h e   m o de l ,   a n d   s h o w s   us   t h e   h y pe r - pa ra m e t e r s   c h o s e n   f o r   t h e   t ra i ni n g   o f   t h e   m o de l .   b.   P r e di c t i o n   us i n g   t h e   m o de l   T h e   m o de l   i s   n o w   r e a dy   t o   b e   us e t o   pr e di c t   t h e   c l a s s   o f   e n z y m e s .   W e   s i m pl y   i n p ut   t h e   e n z y m e   s e que n c e   w i t h   t h e   u n k n o w n   c l a s s ,   i t   ge t s   t o ke n i z e t h e   s a m e   w a y   o ur   da t a s e t   h a s   b e e n   t o ke n i z e a n d   fo l l ow i n g   t h e   s a m e   w o r i n de x.       3.   R ES U LTS   A N D   D I S C U S S I O N   T h i s   s e c t i o i s   de v o t e t o   t h e   de s c r i pt i o n   o f   t h e   r e s u l t s   a nd  di s c us s i o n .   F i r s t ,   w e   de s c r i t b e   t h e   r e s ul t s   b y   foc us i n g   o n   t h e   p r e c i s i o n   v a l ue s   a n t h e   c o n f us i o n   m a t r i x .   A f t e r   t ha t ,   w e   di s c us s   t h e   s i g n i f i c a n c e   of   t h e   r e s ul t s   b y   c o m pa ri n g   t hi s   w o r w i t t h e   r e l a t e d   l i t e ra t u r e .     3. 1     R e s u l ts     T o   e v a l ua t e   t h e   e f f i c i e n c y   of   t h e   m o de l ,   i t   i s   e s s e n t i a l   t o   c a l c ul a t e   t w pr e c i s i o n   v a l ue s T h e   f i r s t   i s   t h e   p r e c i s i o n   o f   t h e   m o de l   t ra i n i n g   a ppl i e t o   t h e   90%   o f   t h e   e nz y m e s   s a m pl e .   T h e   s e c o n i s   t h e   p r e c i s i o o t h e   m o de l   t r a i n i ng  a pp l i e t o   t h e   10%   o f   t h e   e n z y m e s   s a m pl e   l e f t   fo r   t h e   e v a l ua t i o n   p ha s e   t o   e v a l ua t e   t h e   e n z y m e ’s   c l a s s i f i c a t i o n   m o de l .   It   s h o ul b e   n o t e t ha t   t h e   a c c ur a c y   r a t e s   s h o ul b e   a s   h i g a s   po s s i b l e .   A f t e r   pe r f o r m i ng  t h e   t e s t s ,   h e r e   a r e   t h e   r e s ul t s   o b t a i n e d:   -   T r a i n - a c c   =   0 . 993 347916 224554   99   %   -   T e s t - a c c       =   0 . 97693 550756 57411     98  %   W e   us e t h e   c o n f us i o n   m a t r i x   (w h i c h   i s   a   m a t ri t h a t   m e a s ur e s   t h e   q ua l i t y   of   a   c l a s s i f i c a t i o n   s y s t e m t a s s e s s   t h e   qua l i t y   of  t h e   c l a s s i f i e r ' s   o ut put   o n   t h e   e n z y m e s   da t a s e t   i n   o r de r   t o   f a c i l i t a t e   t h e   r e a di n g   of   t h e   t e s t   r e s ul t s   o b t a i n e d.   T h e   di a go na l   l i n e   r e pr e s e nt s   t h e   n u m b e r   o po i n t s   a t   w h i c h   t h e   e xpe c t e d   c l a s s i f i c a t i o n   o f   e n z y m e s   m a t c h e s   t h e   a c t ua l   c l a s s i f i c a t i o n ,   w h i l e   i t e m s   n o t   b e l o n gi n t o   t h e   l i n e   a r e   e n z y m e s   t h a t   a r e   m i s c l a s s i f i e by   t h e   c l a s s i f i e (F i gu r e   4 ) .         F i gu r e   4 .   Co n f us i o n   m a t r i x   o b t a i n e a f t e r   t h e   t e s t s   Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
In do n e s i a J   E l e c   E ng  &   Co m S c i     IS S N :   2502 - 4752       D e e p E nz p r e di c t i on   of   e nz y m e   c l as s i f i c a t i o b y   de e l e ar ni ng   ( H am z Che hi l i )   1113   T h e   h i g h e r   t h e   di a go na l   v a l ue s   o f   t h e   c o n f us i o n   m a t ri ge t ,   t h e   b e t t e r   t h e y   a r e ,   a n d   t hi s   p r o v e s   t h a t   t h e   c l a s s i f i c a t i o n   w a s   e ff i c i e n t ,   i n d i c a t i n m a n y   c o r r e c t   p r e d i c t i o n s .   A t   t h e   e n o f   t h e   100   e po c h s ,   w e   h a v e   a   pr e c i s i o n   f o r   t h e   t r a i n i ng  s e t   99 . 33%   a nd  97 . 69%   f o r   t h e   t e s t   s e t .   T h e   l o s s   of   v a l i da t i o n   de c r e a s e s   w i t h   e a c e poc h   (F i gu r e   5   a nd  F i gu r e   6 ).   T h e   r e s ul t s   a r e   r e p r e s e n t e by   t h e   pr o b a b i l i t i e s   of   t h e   e n z y m e s   be l o n gi n t o   o n e   of   t h e   s i c l a s s e s .   O nl y   v a l ue s   gr e a t e r   t h a n   z e r o   a r e   di s pl a y e d.   T h e   gr e a t e s t   pr o b a b i l i t y   r e pr e s e nt s   t h e   pr e di c t e e n z y m a t i c   c l a s s .   F o r   m o r e   de t a i l e r e s ul t s   o f   t h e   t e s t ,   t h e   c l a s s i f i c a t i o n _ r e po rt ,   w hi c i s   a   S k l e a n   f u n c t i o n ,   i s   us e t o   c a l c ul a t e   t h e   p r e c i s i o n,   t h e   r e c a l l   a n t h e   f 1 - s c o r e ;   i t   s h o w s   a l s o   t h e   n u m b e r   o f   e n z y m e s   t e s t e of   e a c h   c l a s s   ( T a b l e   2 ).             F i gu r e   5 .   P r e c i s i o f o r   t h e   f i r s t   c l a s s i f i e r   f o r   10 i t e ra t i o n s     F i gu r e   6 .   L o s s   fo r   t h e   f i r s t   c l a s s i f i e r   f o r   10 i t e ra t i o n s       T a b l e   2 .   C l a s s i f i c a t i o r e po r t   s h o w i n p r e c i s i o n,   r e c a l l ,   f 1 - s c o r e   a n d   n u m b e r   o f   e n z y m e s   t e s t e o f   e a c h   c l a s s     P re c i s i o n   Re c a l l   F1 - s c o r e   S u p p o r t   H Y D RO L A S E   0 . 9 7   0 . 9 9   0 . 9 8   4474   IS O M E R A S E   0 . 9 9   0 . 9 6   0 . 9 7   663   L IG A S E   0 . 9 8   0 . 9 3   0 . 9 6   471   L Y A S E   0 . 9 6   0 . 9 6   0 . 9 6   1133   O X ID O RE D U CT A S E   0 . 9 9   0 . 9 9   0 . 9 9   3373   T RA N S F E R A S E   0 . 9 8   0 . 9 7   0 . 9 7   3500             A c c u ra c y       0 . 9 8   1 3 6 1 4   M a c r o   a v g   0 . 9 8   0 . 9 7   0 . 9 7   1 3 6 1 4   W e i g h t e d   a v g   0 . 9 8   0 . 9 8   0 . 9 8   1 3 6 1 4                 3. 2 .       D i s c u s s i o n   Cl a s s i c a l   m e t h o ds   a r e   ge n e r a l l y   de duc e f r o m   w e l l - m o t i v a t e m e t h o ds   b ut   s t i l l   r e m a i n   h e u ri s t i c   s uc h   a s   t h e   b a s i c   l o c a l   a l i g nm e nt   s e a r c h   t o o l   BL A S T   w h i c h   s e a r c h e s   a   da t a b a s e   fo r   p r o t e i n s   h o m o l o go us   t a   gi v e n   que r y   pr o t e i n,   v i a   a n   a l i g n m e n t   o f   m ul t i pl e   s e que nc e s ,   a n w h i c h   s ub s e que n t l y   a s s i gn s   a   p r o t e i n   s e que n c e   t t h e   f un c t i o n   o f   t h e   m o s t   s i m i l a r   p r o t e i n   i n   i t s   da t a b a s e .   T h e r e f o r e ,   a   m o r e   a c c ura t e   a n f a s t e m e t h o o f   pr e di c t i ng  p r o t e i n s   c l a s s e s   (e nz y m e s   i o ur  c a s e i s   n e e de d :   -   D L   m e t h o ds ,   a n d   i n   pa rt i c ul a r   s e l f - s upe r v i s e a l go r i t hm s   f r o m   na t u ra l   l a n gu a ge   p r o c e s s i n g   (N L P ) ,   a r e   pr o m i s i n g   a pp r o a c h e s   i t hi s   di r e c t i o n.   -   A l i g nm e nt - f r e e   m e t h o ds   s uc h   a s   o ur   D e e pE nz   a p p r o a c h,   c a e xt ra c t   f un c t i o na l   i n f o r m a t i o n   di r e c t l y   f r o m   t h e   s e que n c e   w i t h o ut   t h e   n e e f o r   m u l t i pl e   a l i g nm e nt .   T h e   w o r a c c o m pl i s h e a n t h e   r e s ul t s   o b t a i n e pr o v e   t h a t   D L   pl a y s   a n   e ff e c t i v e   r o l e   i n   p r e di c t i o n s   a n c l a s s i f i c a t i o n s ,   i n   p a r t i c ul a i t h e   c l a s s i f i c a t i o n   o f   e nz y m e s   t r a n s l a t e i s i l i c o .   H ow e ve r ,   o n   o n e   c o n di t i o n :   s e que n c i ng  a nd  a s s e m b l i n g   m us t   b e   do n e   pr o pe r l y   b e c a us e   t h e   s e que n c e   o f   a   ge n e   i s   t h e   s ub s t r a t e   of   f un c t i o n a l   a nn o t a t i o n .   T hi s   w o r p r o po s e s   a   c o n c r e t e   s o l ut i o n   i n   o r de t o   r e m e dy   t h e   p r o b l e m   o f   f un c t i o n a l   a nn o t a t i o n,   w hi c h   i s   o n e   o f   t h e   m a j o r   p r o b l e m s   o f   b i o i n f o r m a t i c s .   T h e   m o s t   c o r r e s po n d i n w o r t ha t   m i g h t   i nt e rr e l a t e   w i t h   D e e pE n z   i s   U D S M pr o t   [26] .   T hi s   l a t t e e xpo s e s   t h e   s e que n c e s   t o   t hr e e   l e v e l s   of   m o de l s   i o r de r   t o   c l a s s i fy   t h e   e n z y m e s :   L e v e l   i s   de v o t e t de t e r m i n e   w h e t h e r   t h e   pr o t e i n   i s   a n   e n z y m e   o r   n o t ;   l e v e l   i s   m e a n t   t o   c l a s s i fy   e n z y m e s   i n   o n e   of   t h e   s i c l a s s e s ;   t h e   l a s t   l e v e l   (l e v e l   2)  pe r m i t s   t o   f i n o ut   t h e   e nz y m e ' s   s ub - c l a s s .   Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
                                IS S N :   2502 - 4752   In do n e s i a J   E l e c   E ng  &   Co m S c i ,   V o l .   22 ,   N o .   2 M a y   202 1   :     1108   -   1 115   1114   In   o u r   a pp r o a c h ,   w hi l e   l e v e l   i s   c o n s i de r e i n   p r e t r e a t m e n t   pha s e   by   s e l e c t i n o nl y   e n z y m e s   f r o m   t h e   P D B   da t a s e t ,   t h e   l e a rn i ng  p ha s e   f oc us e s   o n   l e v e l   t o   de t e r m i n e   t h e   c l a s s   o f   e a c h   e n z y m e .   T h e   r e s ul t   ob t a i n e i n   l e v e l   1,   t h a t   i s   c o m m o n   i n   t h e   t w o   a pp r o a c h e s ,   s h o w s   t h a t   D e e pE nz   gi v e s   a   p r e di c t i o n   a c c ura c y   of   97. 69%   (≈   98   %)   w h i l e   U D S M pr o t   o b t a i n s   9 7%  (T a b l e   3) .       T a b l e   3 .   Co m p a r i s o o f   D e e pE n z   w i t h   U D S M pr o t   W o rk   L e v e l   o f   p r e d e c t i o n   P re c i s i o n   U D S M p r o t   L e v e l   1   9 7   %   D e e p E n z   L e v e l   1   9 8   %       4.   C O N C LU S I O N   T h e   e m e r ge n c e   o f   h i g h   t hr o ug h pu t   s e que n c i n g   t e c hni que s   ha s   r e p r e s e n t e a   r e a l   c h a l l e n ge   f o r   t h e   v a r i o us   di s c i pl i n e s   r e l a t e t o   s e que n c i n g.   W h e t h e r   i t e r m s   of   pr o c e s s i n o r   i nt e r p r e t a t i o n ,   b i o i n f o r m a t i c s   r e m a i n s   t h e   di s c i pl i n e   m o s t   a f fe c t e by   t h i s   a dv e nt .   O n e   of   t h e   c h a l l e n ge s   i s   ge n e   a nn o t a t i o n,   w h i c h   t h i s   w o r pa rt i a l l y   s upp o r t s   by   pr e di c t i ng  t h e   c l a s s i f i c a t i o n   of   r a w   p r o t e i n   s e que n c e s   a nd  pa rt i c l ul a r y   t h e   e n z y m e s .   T h e   a pp r o a c h   t a ke n   by   t h i s   w o r i s   t o   de v e l o a   pre di c t i o n   m o de l   b a s e o n   N L P   a n D L ,   t o   p r e di c t   ra w   e n z y m e s   c l a s s i f i c a t i o n s .   T h e   w o r a c c o m pl i s h e a n d   t h e   r e s ul t s   o b t a i n e p r o v e   t h a t   D L   pl a y s   a n   e ffe c t i ve   r o l e   i n   p r e di c t i o n s   a nd  c l a s s i f i c a t i o n s ,   e s pe c i a l l y   i n   t h e   c l a s s i f i c a t i o n   o f   e n z y m e s   t r a n s l a t e i s i l i c o .   H ow e ve r ,   de s pi t e   t h e   e f f i c i e n c y   a n a c c ura c y   pr o v e n   by   t he   e n t i r e   p r o c e s s   of   pr e di c t i o n ,   t hi s   w o r r e m a i n s   i n c o m pl e t e ,   a nd  de s e r v e s   f ur t h e r e s e a r c h.   T hus ,   t h e   f ut u re   pr o s pe c t s   a r e :   M a ke   us e   o f   A t e c hn i que s   t o   de ve l o m o r e   pr e d i c t i o n   m o de l s   i n   b i o l o g y   do m a i n,   M a ke   l e a rni n o n   l a rge r   d a t a b a s e s ;   A l l o w   t h e   m o de l   t c a rr y   o ut   l e a rn i ng  o n   l e v e l   a n l e v e l   of   t h e   e nz y m e ’s   p r e di c t i o n   p r o c e s s ;   A l l ow   t h e   m o de l   t o   us e   m o r e   da t a   t h a t h e   e nz y m e ’s   s e que n c e   t o   m a ke   t h e   p r e di c t i o n.       R EF ER EN C ES     [ 1]   S.   M .   C ue s t a ,   S .   A R a hm a n N F ur nha m ,   a n J .   M.   T ho r n t o n,   " T he   c l a s s i f i c a t i o a nd  e v o l ut i o o f   e nz y m e   f unc t i o n"   B i o phy s i c al   j our na l ,   v o l .   1 09 ,   no .   6 ,   pp .   1 082 - 108 6,   20 15 ,   do i :   10. 1 016 / j . bp j . 201 5. 0 4. 020 .   [ 2]   K .   T i p t o n,   S .   B o y c e ,   " H i s t o r y   of   t he   e nz y m e   no m e nc l a t u r e   s y s t e m , B i oi n f o r m at i c s ,   v o l .   1 09,   no .   6,   pp .   34 - 40 ,   2000 do i :   10. 109 3/ bi o i nf o r m a t i c s / 1 6. 1. 3 4 .   [ 3]   C .   B r o o ks ba n k,   M .   T .   B e r g m a n,   R .   A pw e i l e r ,   E .   B i r n e y ,   a nd  J .   T ho r nt o n,   T h e   E u r o pe a B i o i nf o r m a t i c s   I ns t i t ut e s   da t a   r e s o ur c e s   2 014 ,   N uc l e i c   A c i d s   R e s . ,   v o l .   42 ,   no .   D 1 ,   pp.   D 1 8 D 25,   J a n.   20 14 ,   do i :   10 . 109 3/ n a r / g kt 1 206 .   [ 4]   S e e - K i o ng   N g   a nd  L i m s oo W o ng ,   A c c o m pl i s hm e n t s   a nd  c ha l l e ng e s   i b i o i nf o r m a t i c s ,   I T   P r o f . ,   v o l .   6 ,   no .   1 ,   pp.   44 50 ,   J a n .   200 4,   do i :   10. 1 109 / M I T P . 2004 . 126 5543 .   [ 5]   S .   J .   S a m m u t ,   R .   D .   F i n n,   a n A .   B a t e m a n ,   P f a m   10  y e a r s   o n:   10  000  f a m i l i e s   a nd  s t i l l   g r o w i ng ,   B r i e f .   B i o i nf or m . ,   v o l .   9 ,   no .   3,   pp .   210 219 ,   M a y   2008,   do i :   10. 1093 / b i b / bbn01 0.   [ 6]   R .   C a o ,   C .   F r e i t a s ,   L .   C ha n ,   M .   S un ,   H .   J i a ng ,   a n Z .   C h e n ,   P r o L a nG O :   P r o t e i F unc t i o P r e d i c t i o U s i ng   N e ur a l   M a c hi n e   T r a ns l a t i o B a s e o a   R e c ur r e nt   N e ur a l   N e t w o r k,   M ol e c ul e s ,   v o l .   22,   no .   1 0,   A r t .   no .   10,   O c t .   2017 ,   do i :   10. 3390 / m o l e c ul e s 2 2101 732 .   [ 7]   C .   W a n   a n D .   T .   J o ne s ,   P r o t e i f unc t i o pr e d i c t i o i s   i m p r o ve by   c r e a t i ng   s y nt he t i c   f e a t ur e   s a m pl e s   w i t h   g e ne r a t i v e   a dv e r s a r i a l   ne t w o r ks ,   N at .   M ac h.   I n t e l l . ,   v o l .   2 ,   no .   9 ,   pp.   540 550 ,   S e p.   202 0,   do i :   10. 1038 / s 4225 6 - 020 - 0222 - 1.   [ 8]   F .   Z h a ng ,   H .   S o ng ,   M .   Z e ng ,   Y .   L i ,   L .   K u r g a n,   a nd  M .   L i ,   D e e p F unc :   A   D e e L e a r n i ng   F r a m e w o r f o r   A c c ur a t e   P r e d i c t i o o f   P r o t e i F unc t i o ns   f r o m   P r o t e i S e q ue nc e s   a nd   I nt e r a c t i o n s ,   P R O T E O M I C S ,   v o l .   1 9,   no .   12 ,   20 19,   do i :   10. 1002 / pm i c . 201 9000 19 .   [ 9]   S .   S e o ,   M .   O h ,   Y .   P a r k,   a nd  S .   K i m ,   D e e p F a m :   de e l e a r n i ng - ba s e d   a l i g nm e nt - f r e e   m e t ho f o r   pr o t e i f a m i l y   m o de l i ng   a nd   pr e d i c t i o n,   B i oi nf o r m a t i c s ,   v o l .   34 ,   no .   13 ,   pp .   i 254 i 262 ,   J u l .   20 18 ,     do i :   10. 1093 / b i o i nf o r m a t i c s / b t y 275.   [ 10]   M .   K ul m a no v ,   M .   A .   K ha n,   a nd  R .   H o e hndo r f ,   D e e pG O :   pr e di c t i ng   pr o t e i f unc t i o ns   f r o m   s e qu e nc e   a nd   i nt e r a c t i o ns   u s i ng   a   de e o nt o l o gy - a w a r e   c l a s s i f i e r ,   B i o i n f or m a t i c s ,   v o l .   34,   no .   4,   p p.   6 60 6 68 ,   F e b .   20 18 ,     do i :   10. 1093 / b i o i nf o r m a t i c s / b t x6 24.   [ 11]   R .   D .   S l e a t o r   a nd  P .   W a l s h,   A o v e r v i e w   o f   i s i l i c o   pr o t e i f u nc t i o pr e d i c t i o n,   A r c h .   M i c r obi ol . ,   v o l .   19 2,     no .   3 ,   pp.   1 51 1 55,   M a r .   20 10,   do i :   10 . 100 7/ s 002 03 - 010 - 054 9 - 9.   [ 12]   A .   Z i e l e z i ns ki ,   S .   V i ng a ,   J .   A l m e i d a ,   a n W .   M .   K a r l o w s k i ,   A l i g nm e nt - f r e e   s e qu e nc e   c o m pa r i s o n:   be ne f i t s ,   a ppl i c a t i o ns ,   a nd   t o o l s ,   G e nom e   B i ol . ,   v o l .   18 ,   no .   1 ,   O c t .   20 17,   do i :   10. 11 86 / s 13 059 - 017 - 13 19 - 7.   [ 13]   M .   H a e nl e i n   a n A .   K a p l a n,   A   B r i e f   H i s t o r y   of   A r t i f i c i a l   I nt e l l i g e nc e :   O t he   P a s t ,   P r e s e n t ,   a nd   F u t ur e   o f   A r t i f i c i a l   I nt e l l i g e nc e ,   C a l i f .   M an age .   R e v . ,   v o l .   61 ,   no .   4 ,   pp .   5 1 4,   A ug .   2019 ,   do i :   10. 11 77/ 0008 125 6198 6492 5.   [ 14]   C .   V i l l a ni   e t   al . ,   D o nne r   un   s e ns   à   l i nt e l l i g e nc e   a r t i f i c i e l l e :   P o ur   u ne   s t r a t é g i e   na t i o na l e   e t   e u r o e nn e ,   2018 .   [ 15]   P .   D e i t e l   a nd  H .   D e i t e l ,   P y t ho f o r   P r og r a m m e r s :   w i t B i g   D a t a   a nd  A r t i f i c i a l   I nt e l l i g e nc e   C a s e   S t ud i e s ,”   B o s t o n,   M A :   P r e n t i c e   H a l l ,   2018 .   Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
In do n e s i a J   E l e c   E ng  &   Co m S c i     IS S N :   2502 - 4752       D e e p E nz p r e di c t i on   of   e nz y m e   c l as s i f i c a t i o b y   de e l e ar ni ng   ( H am z Che hi l i )   1115   [ 16]   C .   M i s hr a ,   a nd   D .   L   G upt a ,   " D e e m a c h i ne   l e a r ni ng   a nd  n e ur a l   n e t w o r ks :   A ov e r v i e w , "   I A E I n t e r nat i on al   J our nal   o f   A r t i f i c i a l   I n t e l l i ge nc e   ( I J - A I ) ,   v o l .   6 ,   n o .   2 ,   pp .   6 6 - 73,   2 0 17,   do i :   10. 1 1591 / i j a i . v 6. i 2. pp66 - 73 .   [ 17]   G .   A l - B do ur ,   R .   A l - Q ur r a n,   M .   A l - A y y oub   a nd  A .   S h a t n a w i ,   " B e nc hm a r ki ng   o pe s o ur c e   d e e l e a r ni ng   f r a m e w o r ks , "   I n t e r na t i o na l   J o ur na l   o f   E l e c t r i c al   and  C om p ut e r   E ng i ne e r i ng   ( I J E C E ) ,   v o l .   10,   n o .   5,     pp.   54 79 - 5486 ,   202 0,   do i :   10. 1 159 1/ i j e c e . v 10i 5. p p547 9 - 5486 .   [ 18]   J .   L e e ,   P .   L .   F r e ddo l i no ,   a nd  Y .   Z ha ng ,   A I ni t i o   P r o t e i S t r uc t ur e   P r e di c t i o n,   i F r om   P r ot e i S t r uc t ur e   t o   F unc t i o w i t B i o i n f or m a t i c s ,   D .   J .   R i g de n ,   E d.   D o r d r e c ht :   S pr i ng e r   N e t h e r l a n ds ,   2 017 ,   pp .   3 35 .   [ 19]   L .   W a ng   a nd  A .   W o n g ,   C O V I D - N e t :   A   T a i l o r e D e e C o nv o l ut i o na l   N e ur a l   N e t w o r D e s i g f o r   D e t e c t i o o f   C O V I D - 19  C a s e s   f r o m   C he s t   X - R a y   I m a g e s ,   A r X i v 2003 0987 C s   E e s s ,   M a y   2020,   A c c e s s e d:   A u g .   29,   20 20 .   [ O nl i ne ] .   A v a i l a bl e :   h t t p: / / a r x i v . o r g / a bs / 20 03 . 098 71.   [ 20]   M.   Y .   K a m i l ,   "   A   de e l e a r n i ng   f r a m e w o r t o   de t e c t   C o v i d - 19  di s e a s e   v i a   c he s t   X - r a y   a nd  C T   s c a i m a g e s , "   I nt e r n at i on al   J o ur na l   of   E l e c t r i c al   and  C om p ut e r   E ng i ne e r i ng  ( I J E C E ) ,   v o l .   11,   n o .   1,   pp .   844 - 85 0,   20 21,     do i :   10. 1159 1/ i j e c e . v 11i 1. pp84 4 - 850 .   [ 21]   H .   Z h u,   B i g   D a t a   a nd  A r t i f i c i a l   I nt e l l i g e nc e   M o de l i ng   f o r   D r ug   D i s c o v e r y ,   A nn u.   R e v .   P har m ac o l .   T ox i c o l .   v o l .   60,   no .   1 ,   pp.   5 73 5 89 ,   2 020 ,   do i :   10. 11 46/ a nn ur e v - pha r m t o x - 01091 9 - 02332 4.   [ 22]   J .   S hr ut hi   a nd  S .   S w a m y ,   " A   pr i o r   c a s e   s t udy   o f   na t ur a l   l a ng ua g e   pr o c e s s i ng   o di f f e r e nt   do m a i n , "   I nt e r na t i ona l   J our nal   o f   E l e c t r i c a l   and  C om p ut e r   E ng i ne e r i ng  ( I J E C E ) ,   vo l .   10,   n o .   5,   p p.   49 28 - 4936 ,   20 20,     do i :   10. 1159 1/ i j e c e . v 10i 5. pp49 28 - 4936 .   [ 23]   O .   J .   Y i ng ,   M .   M .   A .   Z a bi d i ,   N .   R a m l i ,   U U .   S he i k ,   " S e nt i m e nt   a na l y s i s   o f   i nf o r m a l   M a l a y   t w e e t s   w i t de e l e a r n i ng , "   I A E I n t e r nat i o nal   J o ur n al   of   A r t i f i c i al   I nt e l l i ge nc e   ( I J - A I ) ,   v o l .   9,   n o .   2 ,   pp .   21 2 - 220 ,   20 20 ,     do i :   10. 1159 1/ i j a i . v 9. i 2 . pp2 12 - 220 .   [ 24]   S.   K .   B u r l e y ,   H .   M .   B e r m a n ,   G .   J .   K l e y w e g t ,   J .   L .   M a r kl e y ,   H .   N a ka m u r a ,   a n S .   V e l e nka r ,   " P r o t e i D a t a   B a n ( P D B ) :   t he   s i ng l e   g l o ba l   m a c r o m o l e c ul a r   s t r uc t u r e   a r c hi v e , "   P r ot e i C r y s t a l l o gr a phy .   H um ana  P r e s s ,   pp .   627 - 6 41,   2017 .   [ 25]   M .   A ba di   e t   al . ,   " T e ns o r f l o w :   A   s y s t e m   f o r   l a r g e - s c a l e   m a c hi ne   l e a r ni ng , "   12 t { U SE N I X }   s y m po s i um   on  ope r a t i n s y s t e m s   de s i gn   an i m p l e m e nt at i on ,   p p.   26 5 - 283 ,   2 016 .   [ 26]   N .   S t r o dt ho f f ,   P .   W a g ne r ,   M .   W e nz e l ,   a n W .   S a m e k ,   " U D S M P r o t :   uni v e r s a l   de e s e qu e nc e   m o de l s   f o r   pr o t e i n   c l a s s i f i c a t i o n , "   B i o i nf or m a t i c s vol .   36 ,   n o .   8 ,   pp .   2401 240 9,   20 20 ,   do i :   10. 109 3/ bi o i nf o r m a t i c s / b t a a 00 3.   Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.