I nte rna t io na l J o urna l o f   P u bli H ea lt h Science   ( I J P H S)   Vo l.   14 ,   No .   3 Sep tem b er   2 0 2 5 ,   p p .   1 62 9 ~ 1 63 4   I SS N:  2252 - 8 8 0 6 ,   DOI : 1 0 . 1 1 5 9 1 /ijp h s . v 1 4 i3 . 2 6 2 0 8          1629       J o ur na l ho m ep a g e h ttp : // ijp h s . ia esco r e. co m   G eno me mi ning  o seco nda ry  me tabo lites f ro m ma ri ne  Strep to m yces   spp .  as  potent  t hera p e utics f o r  RET - spe cific  no n - sm a ll - cell lung ca ncer       Rhy dh y   Ra s ik a   G urm ura s ,   H em a Na nd ini   Ra j endra n K rish na m o o rt hy ,   Ra m a na t ha n K a rupp a s a m y   D e p a r t me n t   o f   B i o t e c h n o l o g y ,   S c h o o l   o f   B i o   S c i e n c e a n d   Te c h n o l o g y ,   V e l l o r e   I n st i t u t e   o f   Te c h n o l o g y ,   V e l l o r e ,   I n d i a       Art icle  I nfo     AB S T RAC T   A r ticle  his to r y:   R ec eiv ed   No v   4 ,   2 0 2 4   R ev is ed   Dec   2 4 ,   2 0 2 4   Acc ep ted   Ma r   6 ,   2 0 2 5       Th e   re a rra n g e d   d u rin g   tran sfe c ti o n   (RET g e n e   e n c o d e a   ty ro si n e   k in a se   o n c o g e n e   imp li c a ted   i n   v a rio u c a n c e rs,  in c lu d in g   n o n - sm a ll - c e ll   lu n g   c a n c e (NSCL C).   Ti ll   n o w,  m u lt i p le  k i n a se   in h ib i to rs  a re   c o m m o n ly   u se d   to   trea RET - p o siti v e   NSCL C.   Ho we v e r,   th e se   in h i b it o rs  o ft e n   e x h ib it   sig n ifi c a n t   t o x icit y   a n d   d e m o n str a te  re d u c e d   e ffica c y   a n d   s p e c ifi c it y   t o wa r d   RET .   Re c e n tl y ,   b io a c ti v e   c o m p o u n d d e ri v e d   fro m   m a rin e   so u rc e h a v e   sh o wn   p r o m isin g   a n ti c a n c e p r o p e rti e s.  Th e re fo re ,   th is  st u d y   a ime d   t o   id e n ti f y   e ffe c t iv e   b i o a c ti v e   c o m p o u n d s   fro m   m a rin e   S tre p to my c e s   sp e c ies   u sin g   a   v irt u a sc re e n in g   a p p r o a c h   to   a d d re ss   th e se   li m it a ti o n s.  A   li tera tu re   se a rc h   id e n ti fied   2 0   m a rin e   S tr e p to my c e s   sp e c ies   a p o ten ti a so u rc e o b io a c ti v e   c o m p o u n d s.  T h e   a n t i b io ti c a n d   se c o n d a ry   m e tab o li t e   a n a ly sis  sh e ll   ( a n ti S M ASH )   o n li n e   to o we re   u se d   to   a n a ly z e   th e   g e n e   c lu ste rs  o f   th e se   m a rin e   S tre p t o my c e s   sp e c ies ,   re v e a li n g   7 , 2 5 1   m e tab o li tes .   to tal   o f   6 6 1   d isti n c m e tab o li tes   we re   a n a ly z e d   th r o u g h   a   c o m p re h e n siv e   a rra y   o f   v irt u a sc re e n in g   m e th o d o l o g ies .   Th e   m o lec u lar  d o c k in g   a n d   p h a rm a c o k in e ti c   a n a ly sis  re su lt e d   in   th e   i d e n ti fica ti o n   o f o u m e tab o li tes   with   b e tt e b in d in g   sc o re a n d   p h a rm a c o lo g ica p r o p e rti e t h a n   p ra lse ti n ib .   Co ll e c ti v e ly ,   we   h y p o th e siz e   th a t   th e   id e n ti fied   b i o a c ti v e   c o m p o u n d c o u ld   b e   c o n si d e re d   a s p o ten lea d s fo fu rth e a n a l y sis.   K ey w o r d s :   B io ac tiv co m p o u n d s   Do ck in g   Dr u g   lik elin ess   L u n g   ca n ce r   S tr ep to myc es   T h is i a n   o p e n   a c c e ss   a rticle   u n d e r th e   CC B Y - SA   li c e n se .     C o r r e s p o nd ing   A uth o r :   R am an ath an   Kar u p p asam y   Dep ar tm en t o f   B io tech n o lo g y ,   Sch o o l o f   B io   Scien ce s   an d   T ec h n o lo g y ,   Vello r I n s titu te  o f   T ec h n o lo g y   Vello r e,   T am il Na d u ,   I n d ia   E m ail:  k r am an ath a n @ v it.a c. in       1.   I NT RO D UCT I O N   T h p r ev alen ce   o f   lu n g   ca n c er   in   th wo r ld   h as  b ee n   est im ated   to   2 . 4   lak h   ca s es  in   2 0 2 3 .   T h e   in cid en ce   o f   lu n g   ca n ce r   in   I n d ia  co n tin u es  to   g r o ex p o n en tially   with   ev er y   p ass in g   y ea r ,   th u s   m ak in g   it   ess en tial  to   d ev elo p   n ew  an d   ef f ec tiv th er ap eu tics   f o r   its   tr ea tm en t.  No tab ly ,   8 5 o f   lu n g   ca n ce r   ca s es  ac co u n ts   f o r   n o n - s m all  ce ll  lu n g   ca n ce r   ( NSC L C )   [ 1 ] .   T ar g eted   th er ap ies  u tili zin g   s p ec if i in h ib ito r s   ag ain s o n co g e n ic  k in ases   h av r ev o lu tio n ized   th tr ea tm en o f   c an ce r ,   in clu d i n g   NSC L C   [ 2 ] .   Nev er th eless ,   th e   d ev elo p m e n o f   ac q u ir e d   r esis tan ce   to   th ese  th er ap eu tics   h as  em er g ed   as  s u b s tan tial  o b s t ac le  in   d ev elo p in g   m o r ef f ec tiv e   an d   s p ec if ic   in h ib ito r s   [ 3 ] .   On o f   th r ec u r r e n m u tatio n s   f o u n d   in   NSC L C   is   R E T   g en f u s io n s   ca u s ed   b y   th e   in te g r atio n   o f   two   ju x tap o s ed   g e n es  th at  wer o th er wis f u n ctio n in g   i n d ep en d en tly   o f   ea ch   o th er .   R ea r r an g ed   d u r in g   tr an s f ec tio n   ( R E T ) ,   ty r o s in k in ase  r ec ep to r ,   w h ich   p lay s   a   cr u cial  r o le  in   th e   ce n tr al  an d   p er ip h er al  n er v o u s   s y s tem s ,   h as  b ee n   id e n tifie d   t o   ex h i b it  o v e r ex p r ess io n   in   1 % 2 o f   p atien ts   with   NSC L C   [ 4 ] .   Ou t   o f   th e   4 5   R E T   f u s io n   p ar tn er s   th at  h a v e   b ee n   id en tifi ed   i n   NSC L C ,   th m o s co m m o n   o n es  th at  h av b ee n   s tu d ied   ar e   Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
                      I SS N :   2 2 5 2 - 8 8 0 6   I n t J Pu b lic  Hea lth   Sci ,   Vo l.  14 ,   No .   3 Sep tem b er   20 25 1 62 9 - 1 63 4   1630   KI F5 B ,   C C DC 6 ,   an d   NC OA4 .   Mu ltip le  k in ase  in h ib ito r s   ( MK I s )   s u ch   as v an d etan ib   an d   ca b o za n tin ib   ar t h f ir s t - lin th er ap e u tics   f o r   tr e atin g   p atien ts   with   R E T - p o s itiv NSC L C .   So m o f   th e   o th er   cla s s   o f   d r u g s   in clu d ag er af en ib ,   s elp er ca tin ib ,   an d   p r alsetin ib   [5 ] [ 6 ] .   No n eth eless ,   th ese  MK I s   ex h ib ited   o f f - tar g et   ad v er s ef f ec ts   an d   lim ited   ef f icac y   [ 7 ] .   T h e r ef o r e,   it  is   im p er ativ to   d ev elo p   m o r p o ten tar g eted   k in ase   in h ib ito r s ,   s p ec if ically   ag ai n s R E T   to   o v er co m ac q u ir e d   r es is tan ce .   I n   r ec e n y ea r s ,   m a r in o r g a n is m s   h av e m er g ed   as  a   s ig n if ican s o u r ce   o f   ch em ical ly   ac tiv e   m o lecu les  with   b en e f icial  b io ac tiv p r o p er ties ,   in clu d i n g   a n tican ce r   ef f ec ts   [ 8 ] .   I is   wo r th   m en tio n in g   th at   n u m er o u s   n atu r al  co m p o u n d s   o b tain e d   f r o m   m ar in e   s o u r ce s   h av b ee n   u s ed   as  th e r ap eu t ics  to   tr ea o v ar ian   ca n ce r ,   m etastatic  b r ea s ca n ce r ,   leu k em ia  an d   s o f tis s u s ar co m [ 9 ] [ 1 0 ] .   Fo r   in s tan ce ,     Nata r ajan   et  a l.  [ 1 1 ] ,   em p l o y i n g   v ir tu al  s cr ee n in g   m et h o d ,   id en tifie d   s ix   co m p o u n d s   d e r iv ed   f r o m   m ar in e   alg ae   as  s tr o n g   in h ib ito r s   o f   A k t1   an d   Ak t2   i n   o r al  ca n ce r .   Similar ly ,   Alam r et  a l.   [ 1 2 ]   e m p lo y ed   s tr u ctu r e - b ased   v ir tu al  s cr ee n in g   ap p r o ac h   to   id en tif y   p o ten m ar in e   co m p o u n d s   as  in h ib ito r s   f o r   estro g en   r ec e p to r   alp h ( E R α ) .   T h s tu d y   s cr ee n ed   4 5 0   m ar in e - d er iv ed   co m p o u n d s   an d   r ep o r ted   s ev en   co m p o u n d s   as  p o ten tial  lead s   f o r   E R α - p o s itiv b r ea s ca n ce r .   Par ticu lar ly ,   th g en u s   S tr ep to myc es   co n s titu tes  th m o s ex ten s iv e   tax o n   with in   th e   p h y lu m   Actin o b ac ter ia   an d   h o l d s   p ar a m o u n im p o r tan ce   f o r   th p h ar m ac eu tical  s ec to r   [ 1 3 ] .   T h is   g r am - p o s itiv b ac ter ia   is   th p r o d u ce r   o f   ac tiv e   s ec o n d ar y   m etab o lites ,   in clu d in g   an titu m o r ,   im m u n o s u p p r ess iv ag e n ts ,   a n tim alar ial ,   an d   an ti b io tic.   I n ter esti n g ly ,   S tr ep to myc es   is   also   th s o u r ce   o f   an tican ce r   an tib io tics ,   in clu d in g   d o x o r u b icin ,   a n th r ac y clin e ,   an d   th g ly co p ep tid b le o m y c in   [ 1 4 ] .   Vir tu al  s cr ee n in g   p lay s   p iv o tal  r o le  in   th d is co v er y   an d   ad v an ce m en o f   an tica n ce r   th er ap eu tics   b y   f ac ilit atin g   th ef f icien id e n tific atio n   o f   p o te n tial   d r u g   ca n d id ates  f r o m   v ast  ch em ical  lib r ar ies.  Mo r eo v e r ,   it  ac ce ler ates  th d r u g   d is co v er y   p r o ce s s ,   r ed u c es  co s ts ,   an d   en h an ce s   th p r ec is io n   o f   tar g etin g   s p ec if ic   ca n ce r - r elate d   p r o tein s   o r   p at h way s   [ 1 5 ] .   A   p leth o r a   o f   s tu d ies  h av b ee n   ca r r ied   o u t   to   s cr ee n   an ti - ca n ce r   ag en ts   u s in g   c o m p u tatio n al  a p p r o ac h es.  Fo r   i n s tan ce ,   Patel  et  a l.   [ 1 6 ]   v ir t u ally   s cr ee n e d   Pu b C h em   d atab ase   to   id en tify   p o ten tial  VE GFR - 2   k in ase  i n h ib ito r s .   T h s tu d i ed   id en tifie d   f o u r   c o m p o u n d s   with   b etter   b in d in g   af f in ity ,   ab s o r p tio n ,   d is t r ib u ti o n ,   m etab o lis m ,   an d   e x cr etio n   ( ADM E )   p r o p er ties ,   an d   s ca f f o ld   s im ilar   to   AG - 0 1 3 7 3 6   as   VE GFR - 2   in h ib it o r s .   I n   an o th er   s tu d y ,   Mu r al an d   Kar u p p asam y   [ 1 7 ]   s cr ee n ed   1 5 7 4   n at u r al  co m p o u n d s   to   id e n tify   p o ten m I DH2   in h ib ito r   f o r   th m a n ag em en o f   g lio m a.   T h r e p o r ted   s q u alen as  th e   lead   m o lecu le  with   h i g h   b i n d in g   af f in ity   alo n g s id g o o d   b r ain   p en etr atin g   p o te n tial  f o r   t h m an ag e m en o f   g lio m in   th e   n ea r   f u tu r e.   Similar ly ,   Kr is h n am o o r t h y   a n d   Kar u p p asam y   [ 1 8 ]   v ir tu a lly   s cr ee n ed   FDA   ap p r o v ed   m o lec u les  to   id e n tify   p o ten tial  PD - L 1   in h ib ito r   f o r   th m an a g em en o f   tr ip le - n eg ativ b r ea s t   ca n ce r .   T h ey   id en tifie d   DB 0 1 2 3 8   as  p o ten lea d   m o lecu l with   b etter   b in d in g   af f in it y ,   p h ar m ac o k in etic   p r o p er ties   an d   co n f o r m atio n al   s tab ilit y   th an   B MS - 1166.   W ith   th ese  co n ce p tu al  f r am ewo r k s ,   th cu r r e n in v esti g atio n   aim ed   to   ascer tain   p o ten t   b io ac tiv e   co m p o u n d s   f r o m   m ar in S tr ep to myc es   b y   a d o p tin g   v i r tu a s cr ee n in g   s tr ateg y   f o r   co m b atin g   th o n co g e n ic  R E T   m o d if icatio n s   in   NSC L C   p atien ts .   T h co m p lete  m etab o lo m o f   2 0   m ar in e   S tr e p to myc es   s p p .   was   ex p lo r ed   a g ain s R E T   p r o tein .   I n ter esti n g ly ,   th is   is   th f ir s s tu d y   o f   its   k in d   to   b co n d u ct ed   with   th g o al  o f   u tili zin g   th co m p lete  m etab o l o m e.       2.   M E T H O D   2 . 1 .     A c q ui s i t i o n   o f   g e n o me   s e q u en c es   I n   t h e   c u r r e n t   i n v e s t i g a t i o n ,   th e   g e n o m i c   s e q u e n c e s   o f   m a r i n e   S t r e p t o m y ce s   s p ec i es   w e r e   p r o c u r e d   f r o m   t h e   N a t i o n a l   C e n t e r   f o r   B i o t e c h n o l o g y   I n f o r m a t io n   ( N C B I )   ( h tt p s :/ / ww w . n cb i . n l m . n i h . g o v / ) ,   a   c o m p r e h e n s i v e   d a t a b as t h a t   p r o v i d e s   a c c ess   t o   b i o l o g i c a l s eq u e n c e s   a n d   a n n o t at i o n s   p e r t a in i n g   t o   a   wi d e   r a n g o f   t a x a   [ 1 9 ] .   I n i ti a l l y ,   w u s e d   t h e   k e y w o r d   " S tr e p t o m yc e s "   t o   r e t r i e v t h e   s e q u e n c es   f r o m   t h e   NC B I   " G e n o m e"   d a t a b a s e .   T h e n ,   t o   i d e n t i f y   t h e   m a r i n e - r e l a t e d   s p e ci es   f r o m   t h e   a r r a y   o f   g e n o m e s ,   a n   e x t e n s i v e   l i t e r a t u r e   s u r v e y   w a s   c o n d u c t e d .   T h e   s e a r c h   y ie l d e d   2 0   w h o l e   g e n o m e   a s s e m b l i e s ,   w h i c h   w e r e   d o w n l o a d e d   a n d   u t i l i s e d   f o r   f u r t h e r   g e n o m e   m i n i n g   a n a l y s is .     2 . 2   I d e n t i f i c a t i o n   o f   g e n e t i c   d e t e r mi n a n t s   i n v o l v ed   i n   b i o lo g i c a l   a c t i v i t i es   T h e   a n t i b i o t i cs   a n d   s ec o n d a r y   m e t a b o l i t e   a n a l y s i s   s h e l l   ( a n tiS M AS H )   is   a   w e b   i n t e r f a c e   d e s i g n e d   f o r   g e n o m i c   e x p l o r a t i o n ,   w h i c h   e n h a n c e s   t h e   i d e n t i f i c at i o n   a n d   c h a r a c t e r i z a t i o n   o f   b i o s y n t h e t i c   g e n e   c l u s te r s   ( B GC s )   w i t h i n   m i c r o b i a l   o r g a n i s m s   ( h t t p s : / / a n t is m a s h . s e c o n d a r y m e t a b o l i t es . o r g )   [ 2 0 ] .   T h e r e f o r e ,   t h i s   s t u d y   u t i l i z e d   a n ti S MA SH   6 . 1 . 1   b a c t e r i al   v e r s i o n   t o   e x t r a c t   th e   p o t e n t   s e c o n d a r y   m e t a b o l i t es   f r o m   m a r i n e   S t r e p t o m yc e s   s p p .   I n i t ia l l y ,   i n   t h e   d a t a   i n p u t   t a b   t h e   2 0   g e n o m e   s e q u e n c e s   i n   FA S T A   f o r m a t   w as   u p l o a d e d .   T h e n ,   t h e   d e t e ct i o n   s t r i ct n e s s   w a s   s e t o   " r el a x e d ,   a n d   t h e   e x t r a   f e a t u r es   s u c h   a s   K n o wn   C l u s t e r   B la s te r , M I B iG   C l u s t e r   C o m p a r is o n , "   T FB S   A n a l y s i s , "   " Ac t i v eS i te F i n d e r ,   a n d   “S u b C l u s t e r   B l as t e r   w e r e   e n a b le d   a n d   s u b m i t t e d   f o r   p r e d i c ti o n   o f   g e n e   c l u s t e r s .   Ul t i m at e l y ,   a   g r a p h i c a l   o u t p u t   d e p i c ti n g   c o m p o u n d s   i d e n t i f i e d   as  s e c o n d a r y   m e t a b o l it e s   w i ll   b e   d i s p l a y e d .   Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
I n t J Pu b lic  Hea lth   Sci     I SS N:   2252 - 8 8 0 6       Gen o me  min in g   o f seco n d a r meta b o lites   fr o ma r in S tr ep to myc es sp p .   a s     ( R h yd h R a s ika   Gu r mu r a s )   1631   2 . 3   B i nd in g   a f f i n i t y   a s s es s m e n t   t h r o u g h   mo l e c ul a r   d o c kin g   T o   a s c e r t a i n   t h e   b i n d i n g   a f f i n i t y   b e t w e e n   t h e   p r o t e i n   a n d   l i g a n d   m o l e c u l a r   d o c k i n g   a n a l y s i s   w a s   c a r r i e d   o u t   [ 2 1 ] .   T h e   c r y s t a l   s t r u c t u r e   o f   h u m a n   R E T   p r o t e i n   w i t h   P D B   I D :   2 I V U   w a s   e x t r a c t e d   f r o m   t h e   p r o t e i n   d a t a   b a n k   ( P D B ) .   T h e   o b t a i n e d   P D B   f i l e   w a s   r e f i n e d   a n d   p r e - p r o c e s s e d   u s i n g   t h e   A u t o D o c k   t o o l s .   F i r s t ,   t h e   w o r k i n g   d i r e c t o r y   w a s   s e t   i n   t h e   p r e f e r e n c e   o p t i o n   i n   A u t o D o c k .   T h e n ,   t h e   p r o t e i n   P D B   f i l e   w a s   l o a d e d ,   a n d   t h e   p r o p e r t i e s   l i k e   K o l l a m a n   a n d   G a s t e i g e r   c h a r g e r s   w e r e   a d d e d   t o   e s t i m a t e   t h e   p a r t i a l   c h a r g e s   o n   a t o m s   w i t h i n   p r o t e i n s   [ 2 1 ] .   N e x t ,   w e   a d d e d   t h e   p o l a r   h y d r o g e n   a t o m s   u s i n g   t h e   e d i t   o p t i o n .   T h e   A D 4   a t o m   t y p e   t h a t   i s   c r u c i a l   i n   c a l c u l a t i n g   t h e   i n t e r a c t i o n   e n e r g i e s   b e t w e e n   p r o t e i n   a n d   l i g a n d   w a s   a l s o   a s s i g n e d   t h r o u g h   t h e   e d i t   o p t i o n .   F i n a l l y ,   t h e   p r e p a r e d   p r o t e i n   f i l e   w a s   s a v e d   i n   t h e   p r o t e i n   d a t a   b a n k ,   p a r t i a l   c h a r g e   ( Q ) ,   a n d   t   o r s i o n s   ( T )   ( P D B Q T )   f o r m a t   f o r   d o c k i n g .   S i m i l a r l y ,   t h e   3 D   c o n f o r m e r s   o f   t h e   o b t a i n e d   s e c o n d a r y   m e t a b o l i t e s   i n   s t r u c t u r e   d a t a   f i l e   ( S D F )   f o r m a t   w e r e   r e t r i e v e d   f r o m   t h e   P u b c h e m   d a t a b a s e .   T h e   O p e n   B a b e l   s o f t w a r e   w a s   e m p l o y e d   t o   c o n v e r t   t h e   S D F   f i l e s   i n t o   P D B Q T   f o r m a t   f o r   t h e   p u r p o s e   o f   m o l e c u l a r   d o c k i n g .   I n   t h i s   s t u d y ,   t h e   P y R x   0 . 8   v i r t u a l   s c r e e n i n g   t o o l   w a s   u s e d   f o r   d o c k i n g .   I n i t i a l l y ,   t h e   R E T   p r o t e i n   a n d   t h e   l i g a n d   m o l e c u l e s   w e r e   l o a d e d   i n t o   t h e   P y R x   w o r k s p a c e .   T o   p e r f o r m   b l i n d   d o c k i n g ,   a   g r i d   b o x   c o v e r i n g   t h e   e n t i r e   p r o t e i n   w a s   g e n e r a t e d   u n d e r   t h e   V i n a   s e a r c h   s p a c e .   L a s t l y ,   t h e   f o r w a r d   b u t t o n   u n d e r   t h e   V i n a   w i z a r d   w a s   c l i c k e d   t o   r u n   V i n a .   T h e   d o c k i n g   p a r a m e t e r s   w e r e   c a r e f u l l y   r e f i n e d   t o   e n s u r e   t h e   r e l i a b i l i t y   a n d   p r e c i s i o n   o f   t h e   s i m u l a t i o n   o u t c o m e s .     2 . 4 .     A s s ess i n g   t h e   dr u g - l i ke   p r o p e r t i e s   o f   t h e   bi o a c t i v e   c o mp o u n ds   D r u g - l i k e l i n es s   i s   a n   es s e n t i al   s t e p   i n   t h e   d e v el o p m e n t   o f   s u c c e s s f u l   s m a l l - m o le c u l e   d r u g s .   I t   is   d e t e r m i n e d   b y   a n a l y z i n g   t h e   p h y s i o c h e m i c al   a n d   s t r u ct u r a l   ch a r a c t e r is t i cs   o f   t h e   c o m p o u n d s   t h a t   ca n   b e   u s e d   t o   p r e d i c t   t h e i r   b e h a v i o r   i n   b i o l o g i c a l   s y s t e m s   [ 2 2 ] .   I n t e r e s t i n g ly ,   c o m p u t a t i o n a l   t e c h n i q u es   a ll o w   f o r   t h e   e f f i c i e n r e f i n e m e n t   o f   t h e   p h a r m a c o k i n e t i c   p r o p e r t i e s   a n d   t o x i c i t y   o f   d r u g   c a n d i d a t e s .   T h e r e f o r e ,   i n   t h i s   s t u d y ,   t h e   a b s o r p t i o n ,   d is t r i b u ti o n ,   m e t a b o l i s m ,   a n d   e x c r e ti o n   ( A DM E )   f e a t u r e s   w e r e   e v a l u a t e d   u s i n g   th e   A D M E T   l a b   2 . 0   ( h t t p s : // a d m e t m es h . s c b d d . c o m / )   t o   e n s u r e   t h e   e f f i c a c y   o f   t h e   s e c o n d a r y   m e t a b o l i t es .   T o   c a l cu l a t e   t h e   p r o p e r t i es  t h e   S M I L E S   f o r m u l a   o f   t h e   m o l e c u l es   w as   g i v e n   a s   i n p u t   t o   t h e   A D M E T   l a b   s e r v e r .       3.   RE SU L T S AN D I SCU SS I O N   3 . 1 .     Seco nd a ry   m et a bo lite   g ene  clus t er   di s t ributio n a m o ng   g eno m es   A n t i SM A SH   6 . 1 . 1   w a s   u s e d   in   t h e   s t u d y   t o   a s s es s   t h e   s e c o n d a r y   m e t a b o l i te s   s y n t h es i z e d   b y   b a c t e r i a .   T h e   s i g n i f i c a n t y p e s   o f   g e n c l u s t e r s   i m p l i c at e d   i n   t h ei r   b io s y n t h e s is   a r e   n o n - r i b o s o m a p e p t i d e   s y n t h e t as e s   ( N R P S ) ,   p o l y k e t i d e   s y n t h e ta s es   ( P KS ) ,   t e r p e n e ,   l i n a r i d i n ,   a n d   b u t y r o l a c t o n e .   E v i d e n c e   f r o m   l i t e r at u r e   s u g g e s ts   t h a t   NR PS ,   PK S ,   a n d   t e r p en e s   e x h i b i t   a   w i d e   r a n g e   o f   a p p l i c a t i o n s ,   w h i c h   i n cl u d e   c l i n i c al l y   r e l e v a n m e t a b o l i t es   f o r   t h e   t r e a t m e n t   o f   c a n c e r   a n d   m i c r o b i a l   i n f ec t i o n s   [ 2 3 ] .   F i g u r e   1   d e m o n s t r at e s   t h e   d i s t r i b u t i o n   o f   s e c o n d a r y   m e t a b o l i te s   p r o d u c e d   b y   t h e   d i f f e r e n t   i s o l a t es .   T h e   c o m p r e h e n s i v e   g e n o m i c   e v a l u a t i o n   o f   v a r i o u s   m a r i n e   S t r e p t o m yc e s   s p ec i es   y i e l d e d   a n   a g g r e g a t e   o f   7 2 5 1   b i o a c t i v e   s e c o n d a r y   m e t a b o l it e s .   F r o m   t h e   f i g u r e ,   i t   c a n   b e   o b s e r v e d   t h a t   S t r e p t o m yc e s   s p .   N A 0 2 9 5 0   ( 5 2 3   c o m p o u n d s )   p r o d u c e d   t h e   h i g h e s t   n u m b e r   o f   m e t a b o l i t e s ,   f o l l o w e d   b y   S t r e p t o m y c es   s p .   S C S I O   Z S 0 5 2 0   ( 4 8 4   c o m p o u n d s )   a n d   S t r e p t o m y c es   s p .   3 0 2 5   ( 4 3 0   c o m p o u n d s ) .   I n   a d d i t i o n ,   m o s t   o f   t h e   m e ta b o l i t es   w e r e   d o m i n at e d   b y   T 1 P KS ,   N PR S ,   a n d   t e r p e n e s ,   a s   s h o w n   i n   F i g u r e   2 .   O f   t h e   7 2 5 1   m e t a b o l i t e s ,   c o m p o u n d s   w i t h   i n c o m p l e t e   s tr u c t u r e   c o n f o r m a t i o n s   a n d   o v e r l a p p i n g   m e t a b o l i t es   w e r e   el i m i n at e d .   F i n a l l y ,   a   t o ta l   o f   6 6 1   d i s t i n c a n d   b i o a c t i v e   m e t a b o l i t es   w er e   c o n s i d e r e d .   T h e s w e r e   u s e d   f o r   v i r t u a l   s c r e e n i n g   p u r p o s e s .             Fig u r 1 .   Dis tr ib u tio n   o f   s ec o n d ar y   m etab o lites   ac r o s s   id en tifie d   is o lates     Fig u r 2 .   C lass if icatio n   o f   b io ac tiv co m p o u n d s   in to   d if f er en b io s y n th etic  g e n clu s ter   ty p e   Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
                      I SS N :   2 2 5 2 - 8 8 0 6   I n t J Pu b lic  Hea lth   Sci ,   Vo l.  14 ,   No .   3 Sep tem b er   20 25 1 62 9 - 1 63 4   1632   3 . 2 .     M o lecula do ck ing   a g a i ns t   RE T   pro t ein   T o   g ain   b etter   u n d er s tan d in g   o f   th p r o tein - lig a n d   b i n d in g   in ter ac tio n s ,   m o lecu la r   d o ck in g   an aly s is   was   p er f o r m ed   [ 2 4 ] .   I n   th p r esen s tu d y ,   th p r e d i cted   ar r ay   o f   s ec o n d ar y   m etab o lites   alo n g s id th r ef er en ce   co m p o u n d   ( p r alsetin ib )   was  p r e p r o ce s s ed   a n d   s u b j ec ted   to   d o ck i n g   a n aly s is   v ia  Py R x   0 . 8   s o f twar e.   T h b in d in g   af f i n ity   s co r e   ca lcu lated   th r o u g h   th e   Py R x   al g o r ith m   p r o v ed   to   b e f f ec tiv in   d if f er e n tiatin g   b etwe en   b in d er s   an d   n o n - b i n d er s   [ 2 5 ] .   B in d in g   af f in itie s   ex h ib itin g   h i g h er   n eg ati v v alu e   ( k ca l/m o l)   s ig n if y   an   en h an ce d   af f in it y   f o r   th e   tar g et   p r o tein   [ 2 6 ] .   T h e   f in d in g s   s h o wed   th at   3 6 6   m o l ec u les  with   b in d in g   en er g ies  r an g i n g   f r o m   - 1 6 . 1   k ca l/m o to   - 7 . 8   k ca l/m o h ad   h ig h er   b in d i n g   af f in ity   th a n   p r alsetin ib   ( - 7 . 7 9   k ca l/m o l) .   T h u s ,   th ese  p o ten t   m o lecu les  wer f u r th er   co n s i d er ed   f o r   p h ar m ac o k in etic  an d   to x icity   an aly s is .   T ab le  1   r e p r esen ts   th d o c k in g   s co r es o f   th to p   ten   lead   m o l ec u les.   T h d o ck ed   p o s an d   th e   4     in ter ac tin g   r esid u es  b etwe en   th e   p r o tein   an d   lig a n d   m o lecu les  ar d ep icted   in   Fig u r 3 .   Fro m   Fig u r 3   it  ca n   b s ee n   th at  all  f o u r   lead   m o lecu les  in ter ac ted   in   th s am r eg io n   with   th R E T   p r o tein .   C o lle ctiv ely ,   th e   f in d in g s   s u g g est  th at  th ese   co m p o u n d s   m a y   s er v as  p r o m is in g   in h ib ito r s   tar g etin g   th R E T   p r o tein .     3 . 3 .     Drug   li k pro pert ies o f   t he  lea d m o lecules   Ass es s in g   th ADM E   p r o f ile  o f   th lead   m o lecu les  is   cr u cia in   u n d e r s tan d in g   t h eir   p h a r m ac o lo g ical  ef f ec [ 1 8 ] .   W u s ed   th e   AD ME T   lab   web   in ter f ac e   to   an a ly ze   th p h ar m ac o k in etic   an d   to x icity   p r o p er ties   o f   th lead   m o lecu les  in   th is   s tu d y .   T h f in d i n g s   ar e   tab u late d   in   T ab le  2 .   I is   ev id en f r o m   th f in d in g s   th at  o n ly   f o u r   c o m p o u n d s ,   n am el y ,   s em iv io x a n th in ,   en d o p h e n az in B ,   p h en y l n an n o lo n e   A,   a n d   p h en y ln a n n o l o n B ,   s atis f ied   th p h ar m ac o k in et ic  p r o p e r ties .   Acc o r d in g   to   th r esu lts ,   all  f o u r   lea d   m o lecu les  h a d   lo g   p - v alu es  in   t h r a n g e   o f   3   to   5 .   Similar ly ,   p lasma   clea r an ce ,   an   im p o r t an p h a r m ac o k in etic  p a r am et er ,   was  also   ass ess ed ,   an d   a ll  f o u r   co m p o u n d s   s h o wed   b etter   clea r an ce   t h an   t h r ef er e n ce .   Mo r im p o r ta n tly ,   th ey   all  ex h ib ited   lo wer   m o lecu lar   weig h th an   p r alsetin ib .   Ov er all,   th f in d i n g s   d em o n s tr ate  th at  th co m p o u n d s   s atis f y   L ip in s k r u le  o f   f iv an d   co u ld   b e   p o ten t in h i b ito r s   o f   th e   R E T   p r o tein .       T ab le  2 .   ADM E   p r o p er ties   o f   th lead   m o lecu les   S .   N o   C o m p o u n d   n a m e   M o l .   w t   ( <   5 0 0   D a )   n H A   n H D   Lo g   P   (3 - 5)   C l e a r a n c e   ( >   5 )   B B B   ( + v e )   C Y P A 3 4   C Y P D 2 6   i n h i b i t o r   1   P r a l se t i n i b   5 3 3 . 2 7 0   11   3   3 . 0 0 6   2 . 9 8 1   Y e s   No   2   S e mi v i o x a n t h i n   2 7 4 . 0 8 0   5   2   3 . 8 8 4   1 2 . 0 9 5   Y e s   No   3   En d o p h e n a z i n e   B   3 2 2 . 1 3 0   5   1   3 . 3 2 1   6 . 2 5 1   Y e s   No   4   P h e n y l n a n n o l o n e   A   2 7 8 . 1 3 0   2   0   4 . 1 1 4   8 . 5 8 8   Y e s   No   5   P h e n y l n a n n o l o n e   B   2 6 4 . 1 2 0   2   0   3 . 4 0 1   5 . 1 0 4   Y e s   No       ( a )     ( b )     ( c )     ( d )         ( e )     Fig u r 3 I n ter ac tin g   r esid u es  b etwe en   R E T   p r o tein   a n d   th e   lead   m o lecu les :   ( a)   s em iv io x an th in ,   ( b )   en d o p h en az in B ,   ( c )   phe n y ln an n o lo n A ,   ( d )   ph en y ln an n o lo n B ,   an d   (e )   p r a ls etin ib   ( r ef er en ce )   Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
I n t J Pu b lic  Hea lth   Sci     I SS N:   2252 - 8 8 0 6       Gen o me  min in g   o f seco n d a r meta b o lites   fr o ma r in S tr ep to myc es sp p .   a s     ( R h yd h R a s ika   Gu r mu r a s )   1633   T ab le  1 .   Do c k in g   s co r e   o f   t o p   ten   lead   m o lecu les in   c o m p ar i s o n   with   p r alsetin ib   S .   N o   P u b C h e m I D   C o m p o u n d   n a m e   B i n d i n g   sc o r e   ( k c a l / mo l )   1   1 2 9 0 7 3 6 0 3   P r a l se t i n i b   ( R e f e r e n c e )   - 7 . 7 9   2   1 2 4 0 8 0 8 5 9   M o o m y si n   - 1 6 . 1   3   1 4 5 7 2 0 6 2 5   Jesse n i p e p t i n   - 1 2 . 8   4   4 4 3 5 9 0   Te l o mes t a t i n   - 1 1 . 9   5   1 6 7 9 9 3 9 7 8   H o r ma o my c i n   - 1 1 . 4   6   6 4 4 6 8 8 6   M i c r o c o c c i n   P 1   - 1 0 . 6   7   1 3 2 4 9 4 5 3 5   N a sese a z i n e   C   - 1 0 . 5   8   1 2 5 3 4 9   C o r y n e b a c t i n   - 1 0 . 5   9   2 4 8 0 0 0   D i n a c t i n   - 1 0 . 3   10   2 4 9 0 0 1 7 0   X e n e m a t i d e   - 1 0 . 1   11   5 2 8 1 3 9 4   C h a r t r e u si n   - 1 0 . 1       4.   CO NCLU SI O N   T h cu r r en s tu d y   f o cu s es   o n   th id en tific atio n   o f   p o te n d r u g   m o lecu les  ag ain s R E T   u s i n g   v ir tu al  s cr ee n in g   s tr ateg ies.  No tab ly ,   th s ec o n d ar y   m eta b o lites   f r o m   m ar in e   o r g a n is m s   ac as  p r o m is in g   an ti - ca n ce r   ag en ts .   T h u s ,   th e   an tiS MA SH  o n lin p latf o r m   was  em p lo y ed   to   p r e d ict  an d   id en tify   B GC s   f r o m   m ar in e   S tr ep to myc es ,   aim in g   to   d is co v er   p o ten t   an ti - ca n ce r   m eta b o lites   tar g etin g   R E T   f o r   th e   tr e atm en o f   NSC L C .   T h g en o m m i n in g   an al y s is   in d icate d   th at  m o s m etab o lites   wer as s o ciate d   with   th T 1 PKS,  ter p en e ,   an d   NR PS   g en clu s ter s .   Su b s eq u en tly ,   th e   m o lecu lar   d o ck i n g   an d   p h ar m ac o k in etic   p r o p er ty   an aly s is   r esu lted   in   f o u r   p o te n tial  co m p o u n d s   ag ain s th R E T   p r o tein .   T h e   r esu ltan lead   m o lecu les  ex h ib ited   b etter   b in d in g   af f in ity   an d   s atis f ac to r y   p h a r m ac o lo g ic al  ac tiv ity   th an   p r a ls etin ib .   Ov er all,   o u r   f in d i n g   will  p lay   k ey   r o le   in   d ev elo p i n g   n ew  p o ten t m o l ec u les f o r   th m an a g em en t o f   R E T - s p ec if ic  NSC L C   in   th n ea r   f u tu r e.   W ith   th e   g r o win g   p r o g r ess   in   co m p u t atio n al  b io lo g y ,   s im ilar   r esear ch   u tili zin g   o th e r   S tr ep to m yc es   s p p .   b io ac tiv co m p o u n d s   ca n   b ex p lo r ed .   Mo r eo v er ,   th ac tiv ity   o f   th m ar in co m p o u n d s   ca n   b s tu d ied   f o r   o t h er   d is ea s ty p es in   th n ea r   f u tu r e.       ACK NO WL E DG E M E NT S   T h au th o r s   th an k   th m a n ag e m en o f   Vello r I n s titu te  o f   T ec h n o lo g y   f o r   p r o v i d i n g   th f ac ilit ies  to   ca r r y   o u t th is   r esear ch   wo r k .       RE F E R E NC E S   [ 1 ]   Y .   X i a o ,   P .   L i u ,   J.   W e i ,   X .   Zh a n g ,   J.  G u o ,   a n d   Y .   Li n ,   R e c e n t   p r o g r e s i n   t a r g e t e d   t h e r a p y   f o r   n o n - sm a l l   c e l l   l u n g   c a n c e r ,   Fro n t i e rs  i n   P h a rm a c o l o g y ,   v o l .   1 4 ,   F e b .   2 0 2 3 ,   d o i :   1 0 . 3 3 8 9 / f p h a r . 2 0 2 3 . 1 1 2 5 5 4 7 .   [ 2 ]   P .   R a mes h ,   W . - H .   S h i n ,   a n d   S .   V e e r a p p a p i l l a i ,   D i s c o v e r y   o f   a   p o t e n t   c a n d i d a t e   f o r   R ET - s p e c i f i c   n o n - sma l l - c e l l   l u n g   c a n c e r c o m b i n e d   i n   s i l i c o   a n d   i n   v i t r o   st r a t e g y ,   P h a rm a c e u t i c s ,   v o l .   1 3 ,   n o .   1 1 ,   p .   1 7 7 5 ,   O c t .   2 0 2 1 ,   d o i :   1 0 . 3 3 9 0 / p h a r mac e u t i c s1 3 1 1 1 7 7 5 .   [ 3 ]   M .   A r a g h i   e t   a l . ,   R e c e n t   a d v a n c e s   i n   n o n - s ma l l   c e l l   l u n g   c a n c e r   t a r g e t e d   t h e r a p y ;   a n   u p d a t e   r e v i e w ,   C a n c e C e l l   I n t e rn a t i o n a l v o l .   2 3 ,   n o .   1 ,   p .   1 6 2 ,   A u g .   2 0 2 3 ,   d o i :   1 0 . 1 1 8 6 / s 1 2 9 3 5 - 0 2 3 - 0 2 9 9 0 - y.   [ 4 ]   K .   S a t h i sh k u mar ,   M .   C h a t u r v e d i ,   P .   D a s,   S .   S t e p h e n ,   a n d   P .   M a t h u r ,   C a n c e r   i n c i d e n c e   e st i ma t e s   f o r   2 0 2 2   p r o j e c t i o n   f o r   2 0 2 5 ,   I n d i a n   J o u rn a l   o f   Me d i c a l   Re s e a r c h ,   v o l .   1 5 6 ,   n o .   4 &5 ,   p p .   5 9 8 6 0 7 ,   O c t .   2 0 2 2 ,   d o i :   1 0 . 4 1 0 3 / i j mr . i j mr _ 1 8 2 1 _ 2 2 .   [ 5 ]   A .   K .   M a h a t o   a n d   Y .   A .   S i d o r o v a ,   R ET   r e c e p t o r   t y r o si n e   k i n a s e :   r o l e   i n   n e u r o d e g e n e r a t i o n ,   o b e s i t y ,   a n d   c a n c e r , ”  I n t e r n a t i o n a l   J o u rn a l   o f   M o l e c u l a S c i e n c e s ,   v o l .   2 1 ,   n o .   1 9 ,   p .   7 1 0 8 ,   S e p .   2 0 2 0 ,   d o i :   1 0 . 3 3 9 0 / i j ms 2 1 1 9 7 1 0 8 .   [ 6 ]   A .   T.   R e g u a ,   M .   N a j j a r ,   a n d   H . - W .   Lo ,   R ET   si g n a l i n g   p a t h w a y   a n d   R E i n h i b i t o r s   i n   h u ma n   c a n c e r ,   Fr o n t i e rs   i n   O n c o l o g y v o l .   1 2 ,   p .   9 3 2 3 5 3 ,   J u l .   2 0 2 2 ,   d o i :   1 0 . 3 3 8 9 / f o n c . 2 0 2 2 . 9 3 2 3 5 3 .   [ 7 ]   C .   L u   a n d   Q .   Zh o u ,   D i a g n o s t i c s,  t h e r a p e u t i c s   a n d   R E i n h i b i t o r   r e si s t a n c e   f o r   R ET  f u si o n p o si t i v e   n o n - sm a l l   c e l l   l u n g   c a n c e r s   a n d   f u t u r e   p e r s p e c t i v e s,”   C a n c e r   T re a t m e n t   R e v i e w s ,   v o l .   9 6 ,   p .   1 0 2 1 5 3 ,   M a y   2 0 2 1 ,   d o i :   1 0 . 1 0 1 6 / j . c t r v . 2 0 2 1 . 1 0 2 1 5 3 .   [ 8 ]   A .   C .   S .   V e r í ssi m o ,   M .   P a c h e c o ,   A .   M .   S .   S i l v a ,   a n d   D .   C .   G .   A .   P i n t o ,   S e c o n d a r y   me t a b o l i t e f r o mar i n e   so u r c e w i t h   p o t e n t i a l   u s e   a s   l e a d s   f o r   a n t i c a n c e r   a p p l i c a t i o n s,”   Mo l e c u l e s ,   v o l .   2 6 ,   n o .   1 4 ,   p .   4 2 9 2 ,   Ju l .   2 0 2 1 ,   d o i :   1 0 . 3 3 9 0 / m o l e c u l e s 2 6 1 4 4 2 9 2 .   [ 9 ]   D .   S .   W i s h a r t   e t   a l . ,   D r u g B a n k :   A   k n o w l e d g e b a se  f o r   d r u g s,  d r u g   a c t i o n a n d   d r u g   t a r g e t s ,   N u c l e i c   A c i d Re se a rc h ,   v o l .   3 6 ,     n o .   s u p p l _ 1 ,   p p .   D 9 0 1 D 9 0 6 ,   Ja n .   2 0 0 8 ,   d o i :   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k m 9 5 8 .   [ 1 0 ]   S .   A .   D y sh l o v o y   a n d   F .   H o n e c k e r ,   M a r i n e   c o m p o u n d s   a n d   c a n c e r :   u p d a t e 2 0 2 0 ,   M a ri n e   D r u g s ,   v o l .   1 8 ,   n o .   1 2 ,   p .   6 4 3 ,   D e c .   2 0 2 0 ,   d o i :   1 0 . 3 3 9 0 / m d 1 8 1 2 0 6 4 3 .   [ 1 1 ]   P .   M .   N a t a r a j a n ,   V .   R .   U ma p a t h y ,   A .   M u r a l i ,   a n d   B .   S w a m i k a n n u ,   C o mp u t a t i o n a l   s i mu l a t i o n o f   i d e n t i f i e d   mari n e - d e r i v e d   n a t u r a l   b i o a c t i v e   c o mp o u n d a p o t e n t i a l   i n h i b i t o r o f   o r a l   c a n c e r ,   Fu t u r e   S c i e n c e   O A ,   v o l .   8 ,   n o .   3 ,   M a r .   2 0 2 2 ,   d o i :   1 0 . 2 1 4 4 / f so a - 2 0 2 1 - 0 1 4 8 .   [ 1 2 ]   A .   A l a mr i   e t   a l . ,   I n   si l i c o   s c r e e n i n g   o f   mari n e   c o mp o u n d a a n   e mer g i n g   a n d   p r o m i si n g   a p p r o a c h   a g a i n st   e st r o g e n   r e c e p t o r   a l p h a p o si t i v e   b r e a st   c a n c e r ,   B i o Me d   Re se a r c h   I n t e r n a t i o n a l ,   v o l .   2 0 2 1 ,   n o .   1 ,   Ja n .   2 0 2 1 ,   d o i :   1 0 . 1 1 5 5 / 2 0 2 1 / 9 7 3 4 2 7 9 .   [ 1 3 ]   M .   N e t t ,   H .   I k e d a ,   a n d   B .   S .   M o o r e ,   C h e mI n f o r a b s t r a c t :   G e n o mi c   b a si f o r   n a t u r a l   p r o d u c t   b i o s y n t h e t i c   d i v e r si t y   i n   t h e   a c t i n o m y c e t e s,”   C h e m I n f o rm ,   v o l .   2 6 ,   n o .   1 1 ,   p p .   1 3 6 2 1 3 8 4 ,   Ja n .   2 0 0 9 ,   d o i :   1 0 . 1 0 0 2 / c h i n . 2 0 1 0 0 3 2 6 8 .   [ 1 4 ]   M .   M .   P .   T a n g e r i n a   e t   a l . ,   M e t a b o l o mi c   st u d y   o f   m a r i n e   S t re p t o m y c e s   s p . :   S e c o n d a r y   m e t a b o l i t e s a n d   t h e   p r o d u c t i o n   o f   p o t e n t i a l   a n t i c a n c e r   c o mp o u n d s,   PLO S   O N E ,   v o l .   1 5 ,   n o .   1 2 ,   p .   e 0 2 4 4 3 8 5 ,   D e c .   2 0 2 0 ,   d o i :   1 0 . 1 3 7 1 / j o u r n a l . p o n e . 0 2 4 4 3 8 5 .   [ 1 5 ]   S .   G h a z y ,   L .   O k t a y ,   a n d   S .   D u r d a g i ,   A   n o v e l   a l g o r i t h m   f o r   t h e   v i r t u a l   s c r e e n i n g   o f   e x t e n s i v e   sma l l   m o l e c u l e   l i b r a r i e s   a g a i n st   ER C C 1 / X P F   p r o t e i n - p r o t e i n   i n t e r a c t i o n   f o r   t h e   i d e n t i f i c a t i o n   o f   t h e r a p e u t i c   r e s i st a n c e - b y p a ss i n g   sm a l l   a n t i c a n c e r   mo l e c u l e s ,   T u rk i sh   J o u r n a l   o f   B i o l o g y ,   v o l .   4 8 ,   n o .   2 ,   p p .   9 1 1 1 1 ,   A p r .   2 0 2 4 ,   d o i :   1 0 . 5 5 7 3 0 / 1 3 0 0 - 0 1 5 2 . 2 6 8 6 .   Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.
                      I SS N :   2 2 5 2 - 8 8 0 6   I n t J Pu b lic  Hea lth   Sci ,   Vo l.  14 ,   No .   3 Sep tem b er   20 25 1 62 9 - 1 63 4   1634   [ 1 6 ]   S .   P a t e l ,   V .   R .   S i n g h ,   A .   K .   S u ma n ,   S .   Jai n ,   a n d   A .   K .   S e n ,   V i r t u a l   s c r e e n i n g ,   d o c k i n g ,   a n d   d e si g n i n g   o f   N e w   V EG F   i n h i b i t o r s   a s   a n t i - c a n c e r   a g e n t s ,   C u rre n t   D ru g   D i sc o v e ry   T e c h n o l o g i e s ,   v o l .   2 1 ,   n o .   1 ,   J a n .   2 0 2 4 ,   d o i :   1 0 . 2 1 7 4 / 0 1 1 5 7 0 1 6 3 8 2 5 5 3 8 4 2 3 0 9 2 0 0 4 0 1 5 4 .   [ 1 7 ]   P .   M u r a l i   a n d   R .   K a r u p p a sam y ,   E x p l o r a t i o n   o f   n a t u r a l   p r o d u c t   d a t a b a se   f o r   t h e   i d e n t i f i c a t i o n   o f   p o t e n t   i n h i b i t o r   a g a i n st   I D H mu t a t i o n a l   v a r i a n t f o r   g l i o ma   t h e r a p y ,   J o u rn a l   o f   Mo l e c u l a r   Mo d e l i n g ,   v o l .   2 9 ,   n o .   1 ,   Ja n .   2 0 2 3 ,   d o i :   1 0 . 1 0 0 7 / s0 0 8 9 4 - 022 - 0 5 4 0 9 - z.   [ 1 8 ]   H .   R .   K r i s h n a mo o r t h y   a n d   R .   K a r u p p a sam y ,   A   m u l t i t i e r   v i r t u a l   scr e e n i n g   o f   a n t a g o n i s t t a r g e t i n g   P D - 1 / P D - L 1   i n t e r f a c e   f o r   t h e   man a g e me n t   o f   t r i p l e - n e g a t i v e   b r e a s t   c a n c e r ,   Me d i c a l   O n c o l o g y ,   v o l .   4 0 ,   n o .   1 1 ,   S e p .   2 0 2 3 ,   d o i :   1 0 . 1 0 0 7 / s1 2 0 3 2 - 0 2 3 - 0 2 1 8 3 - 7.   [ 1 9 ]   N .   A .   O Le a r y   e t   a l . ,   Ex p l o r i n g   a n d   r e t r i e v i n g   s e q u e n c e   a n d   m e t a d a t a   f o r   sp e c i e s   a c r o ss   t h e   t r e e   o f   l i f e   w i t h   N C B I   d a t a s e t s ,   S c i e n t i f i c   D a t a ,   v o l .   1 1 ,   n o .   1 ,   p .   7 3 2 ,   Ju l .   2 0 2 4 ,   d o i :   1 0 . 1 0 3 8 / s4 1 5 9 7 - 024 - 0 3 5 7 1 - y.   [ 2 0 ]   K .   B l i n   e t   a l . ,   a n t i S M A S H   7 . 0 :   n e w   a n d   i m p r o v e d   p r e d i c t i o n f o r   d e t e c t i o n ,   r e g u l a t i o n ,   c h e m i c a l   s t r u c t u r e a n d   v i s u a l i s a t i o n ,   N u c l e i c   Ac i d s R e se a rc h ,   v o l .   5 1 ,   n o .   W 1 ,   p p .   W 4 6 W 5 0 ,   Ju l .   2 0 2 3 ,   d o i :   1 0 . 1 0 9 3 / n a r / g k a d 3 4 4 .   [ 2 1 ]   S .   F o r l i ,   R .   H u e y ,   M .   E.   P i q u e ,   M .   F .   S a n n e r ,   D .   S .   G o o d s e l l ,   a n d   A .   J.  O l s o n ,   C o mp u t a t i o n a l   p r o t e i n l i g a n d   d o c k i n g   a n d   v i r t u a l   d r u g   s c r e e n i n g   w i t h   t h e   A u t o D o c k   s u i t e ,   N a t u r e   Pr o t o c o l s ,   v o l .   1 1 ,   n o .   5 ,   p p .   9 0 5 9 1 9 ,   M a y   2 0 1 6 ,   d o i :   1 0 . 1 0 3 8 / n p r o t . 2 0 1 6 . 0 5 1 .   [ 2 2 ]   M .   D .   S h o r t r i d g e   e t   a l . ,   D r u g - l i k e   smal l   m o l e c u l e t h a t   i n h i b i t   e x p r e ssi o n   o f   t h e   o n c o g e n i c   M i c r o R N A - 2 1 ,   A C S   C h e m i c a l   Bi o l o g y ,   v o l .   1 8 ,   n o .   2 ,   p p .   2 3 7 2 5 0 ,   F e b .   2 0 2 3 ,   d o i :   1 0 . 1 0 2 1 / a c s c h e m b i o . 2 c 0 0 5 0 2 .   [ 2 3 ]   M .   S .   M o h a n ,   S .   A .   S a l i m,   P .   P a k h i r a ,   a n d   S .   B u si ,   M i c r o b i a l   p r o d u c t i o n   o f   p o l y k e t i d e s   a n d   n o n - r i b o s o m a l   p e p t i d e a n d   t h e i r   a p p l i c a t i o n s,   i n   Mi c ro b i a l   Pro d u c t s   f o r   H e a l t h   a n d   N u t r i t i o n ,   S i n g a p o r e :   S p r i n g e r   N a t u r e   S i n g a p o r e ,   2 0 2 4 ,   p p .   3 6 5 3 9 0   d o i :   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 981 - 97 - 4 2 3 5 - 6 _ 1 5 .   [ 2 4 ]   S .   K a mr a n ,   A .   S i n n i a h ,   M .   A .   M .   A b d u l g h a n i ,   a n d   M .   A .   A l sh a w sh ,   T h e r a p e u t i c   p o t e n t i a l   o f   c e r t a i n   t e r p e n o i d s   a s   a n t i c a n c e r   a g e n t s:   a   s c o p i n g   r e v i e w ,   C a n c e rs ,   v o l .   1 4 ,   n o .   5 ,   p .   1 1 0 0 ,   F e b .   2 0 2 2 ,   d o i :   1 0 . 3 3 9 0 / c a n c e r s 1 4 0 5 1 1 0 0 .   [ 2 5 ]   S .   D a l l a k y a n   a n d   A .   J .   O l so n ,   S ma l l - m o l e c u l e   l i b r a r y   s c r e e n i n g   b y   d o c k i n g   w i t h   P y R x ,   i n   C h e m i c a l   b i o l o g y :   m e t h o d s   a n d   p ro t o c o l s ,   N e w   Y o r k ,   N Y :   S p r i n g e r ,   2 0 1 5 ,   p p .   2 4 3 2 5 0 .   d o i :   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 1 - 4 9 3 9 - 2 2 6 9 - 7 _ 1 9 .   [ 2 6 ]   S .   S u b b u r a j ,   P .   R a mes h ,   a n d   S .   V e e r a p p a p i l l a i ,   P h a r ma c o p h o r e - b a s e d   h y p o t h e s i c o mb i n e d   w i t h   m o l e c u l a r   d o c k i n g   p r o t o c o l   f o r   t h e   s c r e e n i n g   o f   a n t i c a n c e r   c o m p o u n d s   f r o m   S t r e p t o m y c e s   s p . ,   i n   Me t h o d s   i n   Ac t i n o b a c t e r i o l o g y ,   2 0 2 2 ,   p p .   3 1 9 3 3 3 .   d o i :   1 0 . 1 0 0 7 / 9 7 8 - 1 - 0 7 1 6 - 1 7 2 8 - 1 _ 4 0 .       B I O G RAP H I E S O F   AUTH O RS       Rhy d h y   Ra sik a   G u r m u r a s           is  a   fin a l - y e a r   Bio tec h n o l o g y   stu d e n a VIT,   Ve ll o re ,   In d ia,  se to   g ra d u a te  in   Au g u s 2 0 2 5 .   Wi th   a   str o n g   fo u n d a ti o n   i n   Bio c h e m istry ,   M o lec u lar   Bio lo g y ,   a n d   Im m u n o l o g y ,   s h e   h a c o n d u c ted   re se a rc h   i n   c o m p u ta ti o n a l   b i o lo g y   a n d   m icro b io l o g y .   P a ss io n a te  a b o u c o m p u tatio n a d ru g   d isc o v e ry ,   sh e   a ims   t o   le v e ra g e   b io in f o rm a ti c a n d   m a c h i n e   lea rn in g   t o o ls  to   i d e n ti f y   a n d   o p ti m ize   th e ra p e u ti c   c a n d id a tes   f o c h a ll e n g in g   d ise a se s.  S o o n ,   u n d e rta k in g   a n   in tern sh i p   a D u k e   Un iv e rsity ,   sh e   se e k t o   re fi n e   h e re se a rc h   sk il ls  a n d   c o n tri b u t e   to   i n n o v a t iv e   a d v a n c e m e n ts   in   b io tec h n o l o g y .   S h e   c a n   b e   c o n tac ted   a t   e m a il rh y d h y ra sik a . g u rm u r2 0 2 1 @v i tstu d e n t. a c . in .         H e m a Na n d i n i   Ra je n d r a n   K r is h n a m o o r th y           is  a   Do c to r   o P h il o so p h y   ( P h . D.)    d e g re e   fro m   Ve ll o re   I n stit u te  o f   T e c h n o l o g y   (VIT),   Ve ll o re ,   I n d ia,   a   g lo b a ll y   re c o g n ize d   i n stit u ti o n   k n o w n   fo r   it s   e x c e ll e n c e   i n   re se a rc h   a n d   i n n o v a ti o n .   S h e   c a n   b e   c o n tac ted   a t   e m a il :   h e m a n a n d in i. rk 2 0 2 0 @ v it st u d e n t . a c . in .         Ra m a n a th a n   K a r u p p a sa m y           is  a   P ro fe ss o HA G   a th e   S c h o o o B io   S c ien c e a n d   Tec h n o l o g y ,   Ve ll o re   In sti tu te  o Tec h n o l o g y ,   In d ia.  He   h a b ro a d   in tere sts  in   t h e   a re a s   o f   b io i n fo rm a ti c s,  p re c isio n   m e d ici n e ,   a n d   b i g   d a ta  sc ien c e .   He   re c e iv e d   th e   p re sti g io u ICM R   In tern a ti o n a F e ll o ws h ip   a wa rd   fo th e   Yo u n g   Bio m e d ica S c ien ti st   fo th e   y e a 2 0 1 8 - 1 9   to   e x e c u t e   p o st - d o c to ra l   re se a rc h   a P u r d u e   Un iv e rsit y ,   USA.   He   h a s   m o re   t h a n   1 9   y e a rs  o f   re se a rc h   e x p e rien c e   in   Bio in f o rm a ti c a n d   h a a u th o re d /co - a u t h o re d   m o re   th a n   1 6 5   p a p e rs  in   t h e se   a re a s.  In   a d d it i o n   to   h is i n d e p e n d e n re se a rc h   p r o jec ts  to   stu d y   d ru g   re sista n c e   p a tt e rn s   in   c a n c e r,   he   h a a ls o   a c ti v e ly   c o ll a b o ra ted   with   in v e stig a to rs  u n i v e rsity - wi d e ,   n a ti o n a ll y ,   a n d   in ter n a ti o n a ll y .   Th e   re se a rc h   wo rk m o stly   f o c u se s   o n   m a c h in e   lea rn i n g   m o d e d e v e l o p m e n f o c a n c e d ia g n o sis  a n d   m a n a g e m e n t;   c o m p u tati o n a d ru g   d e sig n   a g a in st  l u n g   c a n c e r,   b re a st  c a n c e r,   in flu e n z a S ARS - Co V - 2 ,   Zi k a ,   a n d   o t h e d ise a se   ty p e s;  Im m u n o - i n fo rm a ti c stra teg y   fo v a c c in e   d e v e l o p m e n t ,   a n d   M o lec u lar  d y n a m ics   sim u latio n   t o   g a in   i n sig h i n to   t h e   m e c h a n ism   o d ru g   re sista n c e .   He   c a n   b e   c o n tac ted   a e m a il k ra m a n a th a n @v it . a c . in .     Evaluation Warning : The document was created with Spire.PDF for Python.